ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51487

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.016, 0.042, 0.067, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.019, 0.045, 0.072, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.020, 0.060, 0.101, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.060 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.014, 0.091, 0.168, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.091 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.071, 0.280, 0.488, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.280 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.054, 0.303, 0.552, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.303 std_dev=0.249
P B 0, 0.157, 0.442, 0.727, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.442 std_dev=0.285
OP2 B 0, 0.210, 0.499, 0.789, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.499 std_dev=0.290
C4' A 0, 0.065, 0.386, 0.706, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.386 std_dev=0.321
O3' A 0, 0.126, 0.496, 0.865, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.496 std_dev=0.370
O5' B 0, 0.124, 0.511, 0.899, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.511 std_dev=0.387
OP1 B 0, 0.237, 0.639, 1.042, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.639 std_dev=0.402
C5 B 0, 0.078, 0.492, 0.905, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.492 std_dev=0.414
C6 B 0, 0.120, 0.540, 0.961, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.540 std_dev=0.421
C5' B 0, 0.219, 0.681, 1.144, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.681 std_dev=0.462
C2' B 0, 0.237, 0.731, 1.225, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.731 std_dev=0.494
C3' B 0, 0.219, 0.717, 1.215, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.717 std_dev=0.498
C4' B 0, 0.256, 0.770, 1.284, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.770 std_dev=0.514
O5' A 0, 0.242, 0.756, 1.271, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.756 std_dev=0.514
C4 B 0, 0.167, 0.685, 1.204, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.685 std_dev=0.519
N1 B 0, 0.237, 0.768, 1.300, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.768 std_dev=0.531
C5' A 0, 0.127, 0.658, 1.190, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.658 std_dev=0.532
OP2 A 0, 0.323, 0.860, 1.396, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.860 std_dev=0.537
O4' B 0, 0.289, 0.827, 1.364, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.827 std_dev=0.537
C1' B 0, 0.287, 0.826, 1.366, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.826 std_dev=0.539
O4 B 0, 0.196, 0.743, 1.290, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.743 std_dev=0.547
O3' B 0, 0.322, 0.874, 1.425, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.874 std_dev=0.551
P A 0, 0.315, 0.874, 1.432, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.874 std_dev=0.558
O2' B 0, 0.355, 0.913, 1.472, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.913 std_dev=0.559
OP1 A 0, 0.390, 1.057, 1.724, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.057 std_dev=0.667
N3 B 0, 0.265, 0.989, 1.714, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.989 std_dev=0.725
C2 B 0, 0.305, 1.045, 1.785, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.045 std_dev=0.740
O2 B 0, 0.385, 1.346, 2.306, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.346 std_dev=0.960

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.22 0.13
C2 0.03 0.00 0.03 0.09 0.00 0.06 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.02 0.09 0.00 0.12 0.19 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.19 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.11 0.12 0.08 0.07 0.13 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.16 0.07 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.12 0.19 0.13
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.14 0.10 0.04 0.04 0.16 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.02 0.09 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.16 0.01 0.15 0.19 0.15
C5' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.20 0.00 0.28 0.00 0.30 0.25 0.25 0.15 0.14 0.31 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.06 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.14 0.01 0.14 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.17
C8 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.16 0.01 0.14 0.20 0.14
N1 0.02 0.00 0.01 0.12 0.01 0.10 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.02 0.13 0.00 0.15 0.19 0.15
N2 0.04 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.05 0.04 0.07 0.01 0.12 0.19 0.13
N3 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.05 0.02 0.06 0.01 0.11 0.20 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.16 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.02 0.20 0.02 0.17 0.19 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.11 0.21 0.13
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.10 0.16 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.16 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.10 0.05 0.05 0.14 0.07 0.03 0.00 0.04 0.04 0.16 0.04 0.07 0.02
O4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.06 0.01 0.10 0.22 0.13
O5' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.17 0.16 0.13 0.07 0.06 0.20 0.09 0.02 0.04 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.16 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.16 0.01 0.21 0.00 0.21 0.22 0.20
OP1 0.10 0.12 0.07 0.07 0.12 0.02 0.15 0.06 0.17 0.14 0.15 0.12 0.11 0.17 0.11 0.02 0.04 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.19 0.19 0.13 0.19 0.09 0.19 0.07 0.19 0.20 0.19 0.19 0.20 0.19 0.21 0.16 0.07 0.22 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.13 0.10 0.07 0.13 0.04 0.15 0.01 0.17 0.14 0.15 0.13 0.12 0.17 0.13 0.07 0.02 0.13 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.16 0.07 0.15 0.05 0.26 0.10 0.23 0.10 0.07 0.13 0.28 0.09 0.17 0.11 0.08 0.27 0.06 0.11
C2 0.06 0.09 0.14 0.05 0.20 0.07 0.29 0.13 0.24 0.11 0.11 0.12 0.25 0.06 0.22 0.14 0.10 0.27 0.11 0.14
C2' 0.02 0.05 0.13 0.07 0.11 0.08 0.21 0.12 0.18 0.05 0.03 0.13 0.25 0.08 0.13 0.14 0.09 0.26 0.11 0.12
C3' 0.08 0.12 0.07 0.06 0.05 0.16 0.11 0.19 0.08 0.06 0.09 0.20 0.19 0.06 0.08 0.24 0.15 0.32 0.18 0.19
C4 0.08 0.09 0.16 0.08 0.20 0.06 0.29 0.11 0.25 0.13 0.11 0.11 0.27 0.07 0.22 0.13 0.08 0.27 0.05 0.11
C4' 0.05 0.09 0.10 0.02 0.09 0.12 0.17 0.18 0.14 0.05 0.07 0.17 0.23 0.03 0.11 0.20 0.14 0.33 0.14 0.18
C5 0.13 0.13 0.20 0.12 0.24 0.09 0.32 0.12 0.29 0.18 0.16 0.12 0.29 0.10 0.26 0.14 0.09 0.26 0.03 0.11
C5' 0.18 0.20 0.11 0.15 0.10 0.26 0.11 0.32 0.10 0.15 0.17 0.28 0.16 0.15 0.10 0.34 0.27 0.44 0.26 0.30
C6 0.16 0.17 0.23 0.15 0.28 0.11 0.35 0.13 0.31 0.21 0.20 0.14 0.31 0.12 0.29 0.15 0.10 0.25 0.06 0.12
C8 0.12 0.11 0.18 0.11 0.22 0.09 0.30 0.13 0.27 0.16 0.13 0.12 0.28 0.09 0.23 0.14 0.09 0.27 0.03 0.11
N1 0.12 0.14 0.19 0.09 0.25 0.07 0.33 0.11 0.29 0.18 0.17 0.12 0.28 0.08 0.27 0.13 0.08 0.25 0.03 0.11
N2 0.03 0.08 0.10 0.06 0.17 0.12 0.27 0.17 0.21 0.07 0.09 0.15 0.22 0.06 0.20 0.17 0.15 0.28 0.19 0.19
N3 0.05 0.08 0.13 0.05 0.17 0.07 0.27 0.12 0.22 0.09 0.09 0.14 0.25 0.06 0.19 0.13 0.10 0.27 0.10 0.13
N7 0.15 0.14 0.21 0.14 0.25 0.12 0.33 0.14 0.29 0.19 0.17 0.13 0.29 0.11 0.27 0.15 0.10 0.26 0.04 0.12
N9 0.08 0.08 0.16 0.08 0.19 0.07 0.28 0.11 0.25 0.12 0.10 0.12 0.27 0.08 0.21 0.12 0.08 0.27 0.04 0.11
O2' 0.13 0.06 0.23 0.16 0.19 0.11 0.31 0.12 0.28 0.15 0.08 0.07 0.35 0.19 0.20 0.10 0.11 0.24 0.10 0.12
O3' 0.07 0.10 0.09 0.06 0.04 0.15 0.11 0.17 0.07 0.03 0.07 0.17 0.20 0.07 0.07 0.22 0.13 0.30 0.18 0.17
O4' 0.08 0.06 0.17 0.09 0.15 0.06 0.26 0.11 0.24 0.11 0.07 0.12 0.30 0.10 0.17 0.11 0.08 0.27 0.04 0.11
O5' 0.10 0.12 0.17 0.10 0.13 0.12 0.20 0.17 0.17 0.11 0.11 0.18 0.29 0.09 0.14 0.19 0.14 0.30 0.12 0.16
O6 0.22 0.23 0.29 0.21 0.32 0.17 0.38 0.17 0.35 0.27 0.26 0.19 0.34 0.17 0.34 0.19 0.16 0.23 0.14 0.16
OP1 0.10 0.10 0.22 0.14 0.17 0.06 0.23 0.08 0.21 0.13 0.11 0.12 0.34 0.14 0.19 0.11 0.07 0.16 0.12 0.07
OP2 0.13 0.12 0.26 0.18 0.22 0.07 0.28 0.07 0.25 0.16 0.15 0.11 0.38 0.16 0.24 0.08 0.08 0.13 0.15 0.07
P 0.10 0.09 0.22 0.14 0.17 0.05 0.24 0.08 0.21 0.12 0.10 0.12 0.34 0.13 0.18 0.10 0.07 0.18 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.08 0.13 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.02 0.01 0.09 0.10 0.10 0.14 0.09
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.14 0.01 0.09 0.25 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.19 0.18 0.13
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.05 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.17 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.20 0.19 0.21 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.14 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.11 0.08 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01 0.06 0.26 0.25 0.28 0.24
C5' 0.04 0.08 0.05 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.11 0.06 0.04 0.03 0.14 0.01 0.00 0.09 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.11 0.01 0.09 0.26 0.25 0.27 0.22
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.15 0.16 0.16 0.13
N3 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.13 0.12 0.16 0.12
O2 0.01 0.00 0.25 0.14 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.39 0.06 0.01 0.13 0.06 0.05 0.13 0.06
O2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.14 0.01 0.14 0.39 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.21 0.25 0.16
O3' 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.11 0.06 0.02 0.06 0.03 0.00 0.06 0.07 0.04 0.15 0.13 0.07
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.20 0.19 0.22 0.18
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.02 0.00 0.04 0.07 0.11 0.05
O5' 0.08 0.10 0.08 0.03 0.20 0.01 0.26 0.00 0.26 0.15 0.13 0.06 0.08 0.04 0.20 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.10 0.19 0.17 0.19 0.14 0.25 0.09 0.25 0.16 0.12 0.05 0.21 0.15 0.19 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.14 0.18 0.13 0.21 0.02 0.28 0.02 0.27 0.16 0.16 0.13 0.25 0.13 0.22 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.13 0.08 0.18 0.02 0.24 0.02 0.22 0.13 0.12 0.06 0.16 0.07 0.18 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00