ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51488

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2' A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.006, 0.035, 0.064, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.001, 0.032, 0.063, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.032 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.016, 0.052, 0.088, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.052 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.002, 0.039, 0.077, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.039 std_dev=0.037
O3' A 0, 0.004, 0.049, 0.095, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.049 std_dev=0.045
C5' A 0, 0.044, 0.122, 0.199, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.122 std_dev=0.078
O5' A 0, 0.083, 0.198, 0.313, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.198 std_dev=0.115
P A 0, 0.093, 0.235, 0.376, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.235 std_dev=0.142
P B 0, 0.106, 0.258, 0.410, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.258 std_dev=0.152
OP2 A 0, 0.092, 0.251, 0.410, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.251 std_dev=0.159
OP1 A 0, 0.071, 0.241, 0.411, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.241 std_dev=0.170
OP2 B 0, 0.141, 0.382, 0.623, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.382 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.074, 0.336, 0.599, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.336 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.108, 0.375, 0.643, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.375 std_dev=0.268
C5' B 0, 0.212, 0.573, 0.933, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.573 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.285, 0.675, 1.065, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.675 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.283, 0.682, 1.081, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.682 std_dev=0.399
C3' B 0, 0.213, 0.632, 1.052, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.632 std_dev=0.420
C4' B 0, 0.249, 0.686, 1.124, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.686 std_dev=0.438
O3' B 0, 0.182, 0.628, 1.074, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.628 std_dev=0.446
C4 B 0, 0.319, 0.773, 1.227, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.773 std_dev=0.454
N1 B 0, 0.332, 0.798, 1.264, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.798 std_dev=0.466
O4 B 0, 0.316, 0.800, 1.284, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.800 std_dev=0.484
N3 B 0, 0.366, 0.866, 1.366, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.866 std_dev=0.500
C2' B 0, 0.292, 0.799, 1.307, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.799 std_dev=0.507
O4' B 0, 0.326, 0.834, 1.342, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.834 std_dev=0.508
C1' B 0, 0.343, 0.863, 1.383, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.863 std_dev=0.520
C2 B 0, 0.376, 0.898, 1.421, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.898 std_dev=0.522
O2 B 0, 0.420, 1.022, 1.623, 1.541 max_d=1.541 avg_d=1.022 std_dev=0.602
O2' B 0, 0.338, 0.951, 1.564, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.951 std_dev=0.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.05 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.05 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04
N2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.05 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.05 0.06
OP1 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.40 0.28 0.20 0.38 0.16 0.28 0.12 0.26 0.32 0.43 0.44 0.28 0.19 0.41 0.22 0.09 0.13 0.07 0.08
C2 0.29 0.40 0.27 0.20 0.41 0.16 0.33 0.12 0.30 0.34 0.42 0.41 0.26 0.18 0.42 0.23 0.09 0.09 0.07 0.06
C2' 0.29 0.39 0.27 0.18 0.36 0.16 0.25 0.12 0.24 0.31 0.42 0.44 0.28 0.17 0.39 0.22 0.09 0.10 0.05 0.06
C3' 0.29 0.39 0.27 0.19 0.36 0.17 0.27 0.13 0.25 0.31 0.42 0.44 0.28 0.18 0.40 0.23 0.10 0.12 0.07 0.08
C4 0.29 0.40 0.28 0.21 0.40 0.16 0.32 0.13 0.29 0.33 0.43 0.42 0.27 0.20 0.44 0.23 0.10 0.13 0.08 0.09
C4' 0.29 0.40 0.27 0.19 0.37 0.16 0.27 0.13 0.26 0.31 0.42 0.44 0.28 0.18 0.40 0.23 0.09 0.13 0.07 0.08
C5 0.28 0.37 0.27 0.21 0.40 0.16 0.33 0.13 0.29 0.32 0.41 0.39 0.25 0.21 0.43 0.22 0.11 0.15 0.09 0.10
C5' 0.31 0.41 0.29 0.21 0.40 0.18 0.30 0.13 0.28 0.33 0.44 0.45 0.29 0.20 0.43 0.24 0.11 0.17 0.10 0.11
C6 0.26 0.35 0.25 0.20 0.38 0.15 0.33 0.13 0.29 0.30 0.38 0.36 0.23 0.20 0.41 0.21 0.11 0.15 0.10 0.10
C8 0.28 0.39 0.28 0.22 0.39 0.16 0.31 0.13 0.28 0.32 0.42 0.41 0.27 0.21 0.44 0.22 0.11 0.16 0.09 0.10
N1 0.27 0.36 0.25 0.20 0.38 0.16 0.34 0.13 0.30 0.31 0.39 0.36 0.23 0.19 0.40 0.22 0.10 0.11 0.08 0.08
N2 0.31 0.41 0.27 0.19 0.40 0.16 0.33 0.11 0.30 0.35 0.43 0.42 0.26 0.16 0.38 0.24 0.08 0.04 0.06 0.04
N3 0.30 0.41 0.28 0.20 0.41 0.16 0.31 0.12 0.29 0.34 0.44 0.43 0.27 0.18 0.43 0.23 0.09 0.10 0.07 0.07
N7 0.27 0.37 0.27 0.21 0.39 0.16 0.32 0.13 0.28 0.31 0.41 0.39 0.25 0.22 0.43 0.21 0.11 0.17 0.10 0.11
N9 0.29 0.40 0.28 0.21 0.40 0.16 0.31 0.13 0.28 0.32 0.43 0.43 0.28 0.20 0.43 0.22 0.10 0.14 0.08 0.09
O2' 0.27 0.37 0.25 0.16 0.30 0.14 0.20 0.11 0.20 0.28 0.38 0.43 0.26 0.14 0.32 0.20 0.07 0.08 0.04 0.04
O3' 0.28 0.37 0.25 0.17 0.32 0.16 0.23 0.14 0.23 0.29 0.39 0.42 0.26 0.16 0.35 0.22 0.10 0.11 0.06 0.07
O4' 0.29 0.40 0.28 0.20 0.38 0.16 0.28 0.12 0.26 0.32 0.43 0.44 0.28 0.19 0.41 0.22 0.09 0.14 0.07 0.09
O5' 0.30 0.41 0.29 0.22 0.39 0.17 0.30 0.12 0.28 0.33 0.44 0.45 0.29 0.21 0.43 0.24 0.11 0.19 0.10 0.12
O6 0.24 0.32 0.23 0.20 0.36 0.14 0.32 0.13 0.27 0.28 0.35 0.32 0.21 0.20 0.38 0.19 0.11 0.18 0.11 0.11
OP1 0.31 0.42 0.29 0.22 0.41 0.18 0.32 0.14 0.29 0.34 0.45 0.45 0.28 0.21 0.46 0.24 0.12 0.17 0.11 0.12
OP2 0.28 0.39 0.27 0.21 0.40 0.17 0.32 0.15 0.28 0.32 0.43 0.42 0.26 0.21 0.45 0.23 0.13 0.17 0.12 0.12
P 0.29 0.40 0.27 0.21 0.40 0.16 0.31 0.13 0.28 0.32 0.43 0.43 0.27 0.20 0.44 0.22 0.11 0.17 0.10 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.17 0.09
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.15 0.23 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.16 0.08
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.08 0.13 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.18 0.23 0.15
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.16 0.21 0.14
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.13 0.20 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.21 0.12
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.24 0.15
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.14 0.23 0.13
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.05
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.08 0.05
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.20 0.22 0.16
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.15 0.09 0.08 0.18 0.01 0.16 0.00 0.13 0.12 0.17 0.14 0.04 0.06 0.20 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.23 0.16 0.13 0.23 0.07 0.21 0.02 0.20 0.21 0.24 0.23 0.13 0.08 0.22 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.08 0.08 0.15 0.02 0.14 0.00 0.12 0.12 0.15 0.13 0.05 0.05 0.16 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00