ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51490

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.011, 0.037, 0.064, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.012, 0.041, 0.071, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.008, 0.081, 0.155, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.081 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.030, 0.115, 0.200, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.115 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.044, 0.151, 0.258, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.151 std_dev=0.107
C4' A 0, -0.004, 0.135, 0.274, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.135 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.022, 0.165, 0.307, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.165 std_dev=0.142
O5' B 0, 0.037, 0.187, 0.337, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.187 std_dev=0.150
P B 0, 0.072, 0.246, 0.420, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.246 std_dev=0.174
C5' A 0, 0.020, 0.209, 0.397, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.209 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.015, 0.220, 0.426, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.220 std_dev=0.205
P A 0, 0.070, 0.288, 0.506, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.288 std_dev=0.218
OP1 B 0, 0.094, 0.321, 0.549, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.321 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.109, 0.374, 0.638, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.374 std_dev=0.265
OP2 B 0, 0.042, 0.308, 0.573, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.308 std_dev=0.266
C5' B 0, 0.083, 0.377, 0.670, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.377 std_dev=0.293
OP2 A 0, 0.067, 0.380, 0.692, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.380 std_dev=0.312
OP1 A 0, 0.144, 0.493, 0.843, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.493 std_dev=0.349
C4' B 0, 0.091, 0.471, 0.852, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.471 std_dev=0.381
C3' B 0, 0.104, 0.526, 0.949, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.526 std_dev=0.423
O3' B 0, 0.078, 0.508, 0.939, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.508 std_dev=0.430
O4' B 0, 0.119, 0.554, 0.989, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.554 std_dev=0.435
C6 B 0, 0.119, 0.598, 1.076, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.598 std_dev=0.478
C5 B 0, 0.153, 0.642, 1.132, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.642 std_dev=0.489
C1' B 0, 0.140, 0.643, 1.145, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.643 std_dev=0.503
C2' B 0, 0.122, 0.626, 1.130, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.626 std_dev=0.504
N1 B 0, 0.173, 0.680, 1.188, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.680 std_dev=0.507
C4 B 0, 0.227, 0.786, 1.346, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.786 std_dev=0.559
O2' B 0, 0.095, 0.667, 1.239, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.667 std_dev=0.572
C2 B 0, 0.239, 0.821, 1.403, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.821 std_dev=0.582
O4 B 0, 0.249, 0.850, 1.452, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.850 std_dev=0.602
N3 B 0, 0.253, 0.864, 1.476, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.864 std_dev=0.611
O2 B 0, 0.264, 0.903, 1.542, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.903 std_dev=0.639

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.10 0.07 0.01
C2 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.11 0.08 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.06 0.01
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.12 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.07 0.03
C4 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.09 0.07 0.04
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.11 0.01 0.07 0.08 0.03
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.12 0.00 0.07 0.08 0.04
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.11 0.01 0.06 0.08 0.02
N1 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.11 0.01 0.09 0.08 0.05
N2 0.03 0.00 0.08 0.12 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.15 0.03 0.10 0.01 0.13 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.11 0.07 0.05
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.12 0.01 0.05 0.09 0.01
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.10 0.06 0.02
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.08 0.15 0.11 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.10 0.07 0.01
O5' 0.05 0.10 0.02 0.02 0.10 0.02 0.11 0.00 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.02 0.05 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.13 0.00 0.07 0.09 0.04
OP1 0.10 0.11 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.13 0.11 0.05 0.09 0.10 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.02 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.10 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.11 0.12 0.09 0.09 0.18 0.19 0.06
C2 0.06 0.03 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.16 0.24 0.09
C2' 0.06 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.14 0.07 0.07 0.12 0.21 0.05
C3' 0.02 0.03 0.04 0.06 0.13 0.04 0.14 0.05 0.09 0.03 0.08 0.03 0.02 0.07 0.17 0.02 0.03 0.09 0.22 0.06
C4 0.08 0.01 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.09 0.11 0.08 0.09 0.21 0.20 0.08
C4' 0.04 0.03 0.07 0.08 0.10 0.05 0.11 0.06 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.09 0.14 0.04 0.05 0.14 0.19 0.05
C5 0.10 0.04 0.11 0.12 0.08 0.10 0.06 0.10 0.04 0.06 0.06 0.04 0.10 0.12 0.12 0.10 0.08 0.24 0.17 0.08
C5' 0.06 0.05 0.09 0.11 0.10 0.07 0.10 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.12 0.14 0.05 0.05 0.16 0.16 0.04
C6 0.10 0.05 0.12 0.12 0.09 0.10 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.10 0.11 0.12 0.11 0.08 0.26 0.17 0.09
C8 0.11 0.04 0.13 0.13 0.08 0.11 0.05 0.12 0.04 0.06 0.06 0.05 0.12 0.14 0.12 0.11 0.09 0.23 0.16 0.08
N1 0.06 0.02 0.08 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07 0.08 0.23 0.23 0.08
N2 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.10 0.25 0.11
N3 0.07 0.03 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.12 0.08 0.09 0.16 0.23 0.09
N7 0.12 0.06 0.14 0.15 0.09 0.12 0.07 0.13 0.07 0.08 0.08 0.06 0.13 0.15 0.13 0.12 0.08 0.25 0.14 0.09
N9 0.09 0.02 0.11 0.11 0.07 0.09 0.05 0.10 0.01 0.04 0.04 0.04 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.21 0.19 0.08
O2' 0.07 0.03 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.04 0.03 0.02 0.07 0.06 0.09 0.13 0.08 0.09 0.11 0.21 0.04
O3' 0.01 0.02 0.03 0.05 0.13 0.03 0.16 0.04 0.11 0.03 0.07 0.04 0.01 0.07 0.17 0.01 0.03 0.05 0.22 0.07
O4' 0.08 0.02 0.10 0.11 0.07 0.09 0.06 0.10 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.12 0.11 0.08 0.09 0.19 0.18 0.07
O5' 0.11 0.12 0.14 0.15 0.16 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12 0.17 0.19 0.09 0.06 0.16 0.16 0.03
O6 0.14 0.08 0.15 0.15 0.11 0.13 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10 0.08 0.14 0.14 0.13 0.14 0.08 0.29 0.10 0.11
OP1 0.06 0.09 0.08 0.09 0.15 0.07 0.15 0.07 0.11 0.08 0.12 0.07 0.06 0.10 0.18 0.06 0.01 0.14 0.17 0.02
OP2 0.01 0.04 0.02 0.04 0.11 0.01 0.10 0.04 0.06 0.03 0.08 0.02 0.00 0.05 0.14 0.02 0.11 0.19 0.22 0.13
P 0.04 0.06 0.07 0.08 0.12 0.05 0.11 0.05 0.07 0.05 0.10 0.05 0.05 0.10 0.15 0.03 0.03 0.16 0.17 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.19 0.06
C2 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.04 0.11 0.16 0.17 0.11
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.04 0.24 0.08
C4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.16 0.26 0.19 0.18
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.15 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.15 0.25 0.18 0.16
C5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.00 0.10 0.06 0.10 0.05 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.12 0.18 0.19 0.11
N1 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.13 0.18 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.03 0.15 0.22 0.18 0.16
O2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.06 0.10 0.13 0.16 0.09
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.23 0.07
O3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.13 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.08 0.24 0.09
O4 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.01 0.18 0.30 0.20 0.21
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.15 0.05
O5' 0.05 0.11 0.01 0.04 0.16 0.02 0.15 0.01 0.12 0.09 0.15 0.10 0.03 0.11 0.18 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.06 0.16 0.02 0.04 0.26 0.03 0.25 0.03 0.18 0.13 0.22 0.13 0.04 0.08 0.30 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.17 0.25 0.24 0.19 0.15 0.18 0.08 0.19 0.18 0.18 0.16 0.23 0.24 0.20 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.09 0.08 0.18 0.04 0.16 0.00 0.11 0.08 0.16 0.09 0.07 0.09 0.21 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00