ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51491

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O3' A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.000, 0.108, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
P A 0, 0.000, 0.159, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O5' A 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
OP2 A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O5' B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
P B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C5' B 0, 0.000, 0.348, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O3' B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
O4' B 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C2' B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C1' B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C6 B 0, 0.000, 0.438, 0.875, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C5 B 0, 0.000, 0.447, 0.894, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.447 std_dev=0.447
N1 B 0, 0.000, 0.448, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.448 std_dev=0.448
O4 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C4 B 0, 0.000, 0.466, 0.932, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.466 std_dev=0.466
C2 B 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
N3 B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
O2 B 0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.13 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.12 0.05
C4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.14 0.06
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.14 0.06
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.15 0.08
N1 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.14 0.05
N2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.14 0.05
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.12 0.04
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.15 0.07
N9 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.07
O2' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.05
O5' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
O6 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.13 0.05
OP1 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.13 0.04 0.03 0.12 0.05 0.14 0.03 0.14 0.15 0.14 0.14 0.12 0.15 0.13 0.01 0.04 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.07 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.07 0.01
C2 0.08 0.07 0.06 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.07 0.03 0.03 0.09 0.05 0.06 0.07 0.01
C2' 0.06 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.10 0.07 0.01
C3' 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.10 0.07 0.02
C4 0.08 0.07 0.07 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.03 0.10 0.07 0.04 0.02 0.09 0.06 0.05 0.08 0.02
C4' 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.08 0.06 0.01
C5 0.11 0.09 0.09 0.08 0.02 0.08 0.01 0.08 0.06 0.10 0.05 0.12 0.10 0.06 0.00 0.11 0.08 0.01 0.10 0.05
C5' 0.07 0.06 0.06 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.09 0.06 0.03 0.02 0.08 0.05 0.04 0.08 0.01
C6 0.11 0.09 0.09 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.07 0.10 0.05 0.12 0.10 0.06 0.00 0.12 0.08 0.01 0.10 0.07
C8 0.11 0.10 0.10 0.09 0.03 0.10 0.03 0.10 0.07 0.11 0.06 0.12 0.10 0.08 0.01 0.12 0.09 0.01 0.11 0.05
N1 0.10 0.09 0.08 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.09 0.05 0.11 0.09 0.04 0.01 0.11 0.07 0.00 0.09 0.05
N2 0.04 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.04 0.00 0.13 0.01 0.06
N3 0.07 0.06 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.09 0.06 0.02 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.00
N7 0.12 0.10 0.11 0.10 0.03 0.10 0.03 0.10 0.08 0.11 0.06 0.13 0.11 0.08 0.01 0.13 0.09 0.01 0.11 0.07
N9 0.09 0.07 0.08 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.04 0.08 0.04 0.10 0.08 0.05 0.01 0.09 0.06 0.05 0.09 0.02
O2' 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.07 0.03
O3' 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.12 0.07 0.03
O4' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.00
O5' 0.12 0.11 0.10 0.09 0.05 0.09 0.05 0.10 0.09 0.12 0.08 0.13 0.10 0.07 0.03 0.12 0.09 0.00 0.12 0.06
O6 0.12 0.10 0.10 0.08 0.03 0.09 0.03 0.07 0.08 0.12 0.07 0.13 0.10 0.06 0.01 0.13 0.08 0.04 0.09 0.08
OP1 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.00 0.07 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01
OP2 0.03 0.04 0.04 0.05 0.10 0.05 0.10 0.05 0.05 0.03 0.07 0.02 0.04 0.07 0.12 0.02 0.06 0.14 0.04 0.08
P 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.03 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.08 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.09 0.01
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.06
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.03
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01
O4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.10 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.11 0.02 0.06
O5' 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.11 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.06 0.11 0.09 0.14 0.06 0.03 0.05 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00