ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51493

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O4' A 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
OP1 B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
P B 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O2' A 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
O5' B 0, 0.000, 0.369, 0.738, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.369
C5' A 0, 0.000, 0.385, 0.771, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C5' B 0, 0.000, 0.438, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.438 std_dev=0.438
O5' A 0, 0.000, 0.480, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O4' B 0, 0.000, 0.547, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.547 std_dev=0.547
C6 B 0, 0.000, 0.547, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.547 std_dev=0.547
C5 B 0, 0.000, 0.587, 1.175, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.587 std_dev=0.587
C4' B 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
N1 B 0, 0.000, 0.613, 1.226, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613
C4 B 0, 0.000, 0.620, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.620 std_dev=0.620
P A 0, 0.000, 0.626, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O4 B 0, 0.000, 0.669, 1.338, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.669 std_dev=0.669
C1' B 0, 0.000, 0.675, 1.350, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.675 std_dev=0.675
OP1 A 0, 0.000, 0.687, 1.373, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.687 std_dev=0.687
C2' B 0, 0.000, 0.742, 1.485, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.742 std_dev=0.742
N3 B 0, 0.000, 0.747, 1.493, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.747 std_dev=0.747
C3' B 0, 0.000, 0.781, 1.563, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.781 std_dev=0.781
C2 B 0, 0.000, 0.782, 1.564, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.782 std_dev=0.782
O2' B 0, 0.000, 0.783, 1.566, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.783 std_dev=0.783
OP2 A 0, 0.000, 0.794, 1.588, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.794 std_dev=0.794
O3' B 0, 0.000, 0.847, 1.694, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.847 std_dev=0.847
O2 B 0, 0.000, 1.012, 2.023, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.012 std_dev=1.012

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.02 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.00 0.33 0.08 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.20 0.01 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.14 0.08 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.33 0.10 0.15
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.16 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.37 0.17 0.19
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.37 0.19 0.20
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.06 0.01 0.02 0.37 0.17 0.18
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.00 0.35 0.14 0.17
N2 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.01 0.32 0.05 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.00 0.31 0.06 0.12
N7 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.39 0.22 0.21
N9 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.32 0.09 0.13
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.10 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.17 0.03 0.04
O3' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.17 0.09 0.01
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.08 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.23 0.00 0.06
O5' 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.38 0.24 0.23
OP1 0.26 0.33 0.20 0.14 0.33 0.16 0.37 0.10 0.37 0.37 0.35 0.32 0.31 0.39 0.32 0.17 0.17 0.23 0.00 0.38 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.05 0.17 0.04 0.19 0.17 0.14 0.05 0.06 0.22 0.09 0.03 0.09 0.00 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.06 0.00 0.15 0.02 0.19 0.01 0.20 0.18 0.17 0.12 0.12 0.21 0.13 0.04 0.01 0.06 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.01 0.34 0.34 0.16 0.28 0.03 0.17 0.17 0.19 0.20 0.01 0.43 0.26 0.29 0.30 0.20 0.01 0.06 0.04
C2 0.13 0.22 0.07 0.17 0.15 0.13 0.09 0.08 0.18 0.03 0.29 0.31 0.16 0.17 0.21 0.16 0.15 0.04 0.06 0.01
C2' 0.35 0.02 0.35 0.35 0.13 0.30 0.05 0.19 0.18 0.19 0.17 0.01 0.45 0.26 0.27 0.31 0.23 0.01 0.03 0.07
C3' 0.32 0.01 0.35 0.33 0.18 0.28 0.02 0.18 0.11 0.14 0.19 0.00 0.46 0.22 0.30 0.27 0.20 0.00 0.05 0.05
C4 0.32 0.01 0.25 0.31 0.09 0.25 0.14 0.16 0.26 0.22 0.16 0.06 0.31 0.27 0.22 0.30 0.20 0.02 0.06 0.03
C4' 0.27 0.02 0.31 0.29 0.21 0.23 0.09 0.12 0.04 0.11 0.17 0.09 0.38 0.18 0.32 0.22 0.14 0.04 0.09 0.01
C5 0.33 0.14 0.24 0.32 0.08 0.25 0.26 0.15 0.34 0.28 0.02 0.08 0.27 0.31 0.07 0.30 0.20 0.02 0.07 0.03
C5' 0.26 0.09 0.27 0.28 0.17 0.21 0.09 0.11 0.02 0.12 0.08 0.20 0.30 0.18 0.30 0.21 0.13 0.04 0.09 0.00
C6 0.25 0.08 0.15 0.26 0.11 0.18 0.31 0.10 0.34 0.23 0.01 0.01 0.18 0.28 0.01 0.23 0.17 0.04 0.08 0.00
C8 0.41 0.26 0.35 0.39 0.07 0.30 0.20 0.18 0.30 0.33 0.11 0.25 0.38 0.35 0.11 0.34 0.23 0.01 0.06 0.05
N1 0.15 0.08 0.07 0.18 0.03 0.13 0.21 0.07 0.27 0.11 0.14 0.17 0.12 0.21 0.09 0.16 0.14 0.05 0.08 0.01
N2 0.02 0.34 0.04 0.04 0.20 0.02 0.02 0.01 0.08 0.11 0.36 0.45 0.08 0.06 0.23 0.02 0.08 0.04 0.05 0.00
N3 0.22 0.20 0.17 0.24 0.19 0.21 0.06 0.13 0.18 0.08 0.32 0.29 0.26 0.20 0.27 0.24 0.18 0.03 0.06 0.03
N7 0.38 0.27 0.31 0.38 0.18 0.28 0.28 0.17 0.35 0.35 0.18 0.24 0.32 0.35 0.02 0.33 0.22 0.01 0.07 0.04
N9 0.37 0.10 0.33 0.36 0.08 0.29 0.12 0.18 0.24 0.26 0.10 0.07 0.38 0.30 0.23 0.33 0.22 0.01 0.06 0.04
O2' 0.37 0.02 0.37 0.37 0.12 0.33 0.09 0.23 0.22 0.20 0.19 0.09 0.50 0.29 0.26 0.35 0.26 0.03 0.00 0.10
O3' 0.33 0.06 0.39 0.34 0.18 0.29 0.01 0.19 0.12 0.13 0.22 0.09 0.54 0.23 0.29 0.28 0.21 0.02 0.04 0.07
O4' 0.30 0.03 0.32 0.31 0.21 0.24 0.07 0.13 0.07 0.14 0.20 0.10 0.38 0.21 0.34 0.24 0.15 0.04 0.10 0.00
O5' 0.24 0.06 0.22 0.25 0.20 0.19 0.11 0.09 0.02 0.11 0.11 0.15 0.26 0.16 0.35 0.21 0.11 0.10 0.11 0.04
O6 0.24 0.14 0.13 0.24 0.21 0.16 0.37 0.07 0.36 0.25 0.11 0.07 0.14 0.29 0.15 0.21 0.14 0.06 0.09 0.02
OP1 0.58 0.52 0.53 0.60 0.29 0.54 0.31 0.45 0.41 0.51 0.42 0.59 0.48 0.54 0.14 0.55 0.48 0.27 0.27 0.34
OP2 0.30 0.23 0.30 0.34 0.05 0.27 0.06 0.19 0.14 0.22 0.14 0.31 0.26 0.24 0.04 0.27 0.23 0.09 0.04 0.12
P 0.38 0.28 0.36 0.41 0.07 0.34 0.12 0.26 0.21 0.29 0.16 0.35 0.34 0.32 0.06 0.35 0.29 0.11 0.09 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.11 0.04 0.05 0.23 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.02 0.11 0.04 0.13 0.01 0.05 0.18 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.09 0.12 0.10
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.12 0.10 0.12 0.09 0.01 0.01 0.14 0.02 0.01 0.10 0.00 0.04
C4 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.12 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.04 0.10 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01
C5 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.14 0.01 0.05 0.14 0.15 0.10 0.13
C5' 0.02 0.13 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.11 0.19 0.08 0.11 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00
C6 0.02 0.00 0.13 0.12 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.11 0.00 0.08 0.17 0.15 0.12 0.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00
N3 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.03 0.05 0.23 0.10
O2 0.03 0.00 0.18 0.09 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.01 0.01 0.17 0.09 0.09 0.33 0.17
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.12 0.14 0.23 0.08 0.22 0.06 0.01 0.20 0.00 0.11 0.13 0.10 0.03 0.07 0.03 0.04
O3' 0.08 0.03 0.04 0.01 0.12 0.00 0.14 0.11 0.11 0.03 0.08 0.01 0.11 0.00 0.14 0.06 0.12 0.28 0.13 0.21
O4 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.02
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.17 0.10 0.06 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01
O5' 0.01 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.17 0.04 0.03 0.09 0.03 0.12 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.00 0.05 0.09 0.10 0.02 0.04 0.15 0.02 0.15 0.03 0.05 0.09 0.07 0.28 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.23 0.12 0.00 0.09 0.05 0.10 0.05 0.12 0.07 0.23 0.33 0.03 0.13 0.11 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.11 0.10 0.04 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.10 0.17 0.04 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00