ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51497

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 23, 19, 6, 6, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.014, 0.025, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.023, 0.037, 0.051, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.035, 0.056, 0.077, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.056 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.024, 0.049, 0.073, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.049 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.025, 0.054, 0.084, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.054 std_dev=0.029
O2' B 0, 0.087, 0.220, 0.352, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.220 std_dev=0.132
C2' B 0, 0.126, 0.259, 0.393, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.259 std_dev=0.134
C4' B 0, 0.173, 0.308, 0.444, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.135
C3' B 0, 0.141, 0.288, 0.436, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.288 std_dev=0.148
C1' B 0, 0.121, 0.279, 0.437, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.279 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.132, 0.294, 0.457, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.294 std_dev=0.162
O4' B 0, 0.144, 0.307, 0.471, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.307 std_dev=0.164
C5' B 0, 0.223, 0.388, 0.553, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.388 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.064, 0.289, 0.514, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.289 std_dev=0.225
N9 B 0, 0.078, 0.310, 0.542, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.310 std_dev=0.232
N2 B 0, 0.056, 0.311, 0.567, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.311 std_dev=0.256
C4 B 0, 0.047, 0.308, 0.569, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.308 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.029, 0.304, 0.578, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.304 std_dev=0.275
C2' A 0, -0.163, 0.118, 0.399, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.118 std_dev=0.281
O4' A 0, -0.135, 0.148, 0.431, 2.229 max_d=2.229 avg_d=0.148 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.049, 0.351, 0.653, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.351 std_dev=0.302
C4' A 0, -0.179, 0.158, 0.494, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.158 std_dev=0.336
C5 B 0, -0.003, 0.342, 0.687, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.342 std_dev=0.345
N1 B 0, -0.024, 0.332, 0.689, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.332 std_dev=0.356
N7 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 2.889 max_d=2.889 avg_d=0.371 std_dev=0.371
O2' A 0, -0.200, 0.177, 0.555, 2.956 max_d=2.956 avg_d=0.177 std_dev=0.377
C3' A 0, -0.216, 0.171, 0.559, 3.035 max_d=3.035 avg_d=0.171 std_dev=0.387
O5' B 0, 0.091, 0.486, 0.881, 3.109 max_d=3.109 avg_d=0.486 std_dev=0.395
C6 B 0, -0.040, 0.359, 0.757, 3.150 max_d=3.150 avg_d=0.359 std_dev=0.398
OP1 B 0, 0.174, 0.628, 1.083, 3.348 max_d=3.348 avg_d=0.628 std_dev=0.454
O3' A 0, -0.218, 0.244, 0.705, 3.632 max_d=3.632 avg_d=0.244 std_dev=0.462
P B 0, 0.111, 0.587, 1.063, 3.747 max_d=3.747 avg_d=0.587 std_dev=0.476
O6 B 0, -0.072, 0.405, 0.881, 3.770 max_d=3.770 avg_d=0.405 std_dev=0.476
OP2 B 0, 0.141, 0.676, 1.211, 4.171 max_d=4.171 avg_d=0.676 std_dev=0.535
C5' A 0, -0.390, 0.250, 0.891, 5.007 max_d=5.007 avg_d=0.250 std_dev=0.641
O5' A 0, -0.503, 0.259, 1.021, 5.920 max_d=5.920 avg_d=0.259 std_dev=0.762
OP1 A 0, -0.687, 0.361, 1.409, 8.175 max_d=8.175 avg_d=0.361 std_dev=1.048
P A 0, -0.798, 0.317, 1.432, 8.647 max_d=8.647 avg_d=0.317 std_dev=1.115
OP2 A 0, -0.972, 0.387, 1.746, 10.559 max_d=10.559 avg_d=0.387 std_dev=1.359

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.14 0.16 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.17 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.15 0.31 0.01 0.17 0.25 0.32
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04 0.15 0.11 0.08
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.22 0.16 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.09 0.13 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.08 0.08 0.01 0.14 0.12 0.05
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.10 0.13 0.22 0.16 0.07 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.01 0.28 0.28 0.16
C5' 0.02 0.25 0.02 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.21 0.17 0.34 0.22 0.17 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.10 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.07 0.09 0.01 0.21 0.19 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.08 0.30 0.02 0.49 0.56 0.43
N1 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.12 0.21 0.00 0.10 0.12 0.19
N2 0.03 0.00 0.06 0.22 0.01 0.22 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.18 0.44 0.01 0.33 0.46 0.50
N3 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.16 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.12 0.15 0.27 0.01 0.14 0.20 0.26
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.24 0.02 0.49 0.54 0.39
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.11 0.01 0.26 0.27 0.18
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.08 0.11 0.19 0.14 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.11 0.10 0.06
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.10 0.18 0.12 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.25 0.10
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.18 0.15 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.15 0.06
O5' 0.06 0.31 0.07 0.06 0.08 0.02 0.08 0.01 0.09 0.30 0.21 0.44 0.27 0.24 0.11 0.05 0.06 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.06 0.08 0.00 0.28 0.27 0.14
OP1 0.14 0.17 0.15 0.09 0.14 0.05 0.28 0.10 0.21 0.49 0.10 0.33 0.14 0.49 0.26 0.11 0.08 0.08 0.02 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.25 0.11 0.13 0.12 0.06 0.28 0.04 0.19 0.56 0.12 0.46 0.20 0.54 0.27 0.10 0.25 0.15 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.32 0.08 0.06 0.05 0.02 0.16 0.01 0.09 0.43 0.19 0.50 0.26 0.39 0.18 0.06 0.10 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.09 0.16 0.17 0.11 0.09 0.09 0.11 0.13 0.11 0.16 0.15 0.17 0.19 0.16
C2 0.09 0.16 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.15 0.09 0.17 0.19 0.13 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.13 0.16 0.14 0.17 0.14
C2' 0.10 0.14 0.11 0.13 0.10 0.11 0.11 0.12 0.14 0.09 0.15 0.16 0.11 0.10 0.09 0.10 0.16 0.12 0.17 0.16 0.16 0.19 0.17
C3' 0.15 0.17 0.22 0.25 0.16 0.19 0.17 0.20 0.18 0.16 0.18 0.18 0.16 0.17 0.16 0.20 0.30 0.15 0.15 0.19 0.22 0.16 0.14
C4 0.09 0.15 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.14 0.09 0.16 0.18 0.11 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.13 0.16 0.15 0.17 0.14
C4' 0.19 0.18 0.22 0.24 0.18 0.21 0.18 0.21 0.19 0.19 0.19 0.19 0.18 0.18 0.18 0.22 0.26 0.19 0.16 0.19 0.24 0.17 0.17
C5 0.10 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.09 0.16 0.17 0.11 0.10 0.09 0.13 0.12 0.11 0.12 0.16 0.13 0.16 0.12
C5' 0.29 0.19 0.32 0.36 0.23 0.36 0.22 0.37 0.19 0.27 0.18 0.17 0.21 0.24 0.26 0.34 0.39 0.32 0.30 0.19 0.40 0.28 0.31
C6 0.10 0.15 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.14 0.09 0.16 0.18 0.11 0.10 0.09 0.14 0.13 0.11 0.11 0.16 0.12 0.15 0.12
C8 0.10 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.09 0.16 0.16 0.11 0.10 0.09 0.12 0.13 0.11 0.13 0.16 0.14 0.17 0.13
N1 0.10 0.16 0.09 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.15 0.09 0.17 0.19 0.12 0.10 0.09 0.13 0.12 0.11 0.11 0.16 0.12 0.15 0.12
N2 0.10 0.17 0.11 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.16 0.11 0.17 0.19 0.15 0.12 0.11 0.10 0.12 0.11 0.15 0.16 0.16 0.19 0.16
N3 0.09 0.16 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.09 0.16 0.18 0.12 0.10 0.09 0.10 0.13 0.11 0.15 0.16 0.16 0.18 0.15
N7 0.10 0.14 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.15 0.10 0.16 0.16 0.11 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.12 0.16 0.13 0.16 0.13
N9 0.09 0.14 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.14 0.09 0.16 0.17 0.11 0.10 0.09 0.11 0.13 0.11 0.14 0.16 0.15 0.18 0.14
O2' 0.22 0.13 0.17 0.18 0.13 0.26 0.12 0.26 0.13 0.17 0.14 0.16 0.13 0.13 0.17 0.21 0.18 0.27 0.34 0.14 0.31 0.33 0.34
O3' 0.11 0.15 0.19 0.23 0.13 0.15 0.15 0.16 0.16 0.13 0.17 0.17 0.13 0.14 0.12 0.17 0.29 0.10 0.11 0.18 0.16 0.12 0.10
O4' 0.18 0.20 0.18 0.19 0.18 0.18 0.19 0.18 0.20 0.18 0.20 0.21 0.19 0.18 0.18 0.19 0.19 0.18 0.15 0.20 0.22 0.17 0.16
O5' 0.37 0.19 0.40 0.45 0.26 0.46 0.24 0.48 0.20 0.32 0.18 0.17 0.23 0.28 0.32 0.43 0.50 0.41 0.40 0.19 0.51 0.36 0.41
O6 0.12 0.15 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.16 0.18 0.12 0.12 0.11 0.15 0.14 0.12 0.11 0.16 0.12 0.14 0.12
OP1 0.26 0.17 0.28 0.35 0.10 0.41 0.09 0.45 0.14 0.17 0.19 0.26 0.10 0.11 0.17 0.34 0.40 0.34 0.36 0.16 0.49 0.28 0.37
OP2 0.41 0.13 0.44 0.52 0.20 0.59 0.17 0.63 0.11 0.33 0.13 0.20 0.15 0.25 0.31 0.50 0.59 0.51 0.56 0.11 0.71 0.49 0.58
P 0.44 0.14 0.47 0.54 0.26 0.59 0.23 0.62 0.15 0.37 0.13 0.14 0.21 0.29 0.36 0.52 0.60 0.52 0.54 0.13 0.67 0.47 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.18 0.01 0.17 0.20 0.18
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.10 0.07 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.07 0.12 0.07 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.18 0.01 0.17 0.17 0.18
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.23 0.01 0.22 0.23 0.23
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.07 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.24 0.00 0.24 0.26 0.25
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.22 0.01 0.20 0.18 0.21
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.21 0.01 0.21 0.24 0.23
N2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.16 0.01 0.16 0.19 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.15 0.01 0.15 0.16 0.15
N7 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.25 0.01 0.25 0.25 0.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.16 0.01 0.14 0.13 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.10 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.08 0.13 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.14 0.05
O5' 0.07 0.18 0.08 0.11 0.18 0.01 0.23 0.01 0.24 0.22 0.21 0.16 0.15 0.25 0.16 0.05 0.08 0.03 0.00 0.26 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.26 0.00 0.28 0.30 0.28
OP1 0.08 0.17 0.10 0.12 0.17 0.06 0.22 0.07 0.24 0.20 0.21 0.16 0.15 0.25 0.14 0.08 0.13 0.05 0.02 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.20 0.07 0.07 0.17 0.12 0.23 0.15 0.26 0.18 0.24 0.19 0.16 0.25 0.13 0.10 0.10 0.14 0.02 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.18 0.07 0.08 0.18 0.02 0.23 0.01 0.25 0.21 0.23 0.17 0.15 0.26 0.15 0.05 0.07 0.05 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00