ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51498

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 7, 5, 0, 6, 6, 5, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.014, 0.039, 0.063, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.048 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.017, 0.053, 0.088, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.053 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.013, 0.053, 0.093, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.053 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.019, 0.061, 0.104, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.061 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.036, 0.087, 0.138, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.087 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.042, 0.106, 0.169, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.106 std_dev=0.063
C8 A 0, 0.041, 0.116, 0.192, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.116 std_dev=0.075
O2' B 0, 0.135, 0.364, 0.594, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.364 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.079, 0.377, 0.676, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.377 std_dev=0.299
C3' B 0, 0.055, 0.512, 0.969, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.512 std_dev=0.457
O4' A 0, -0.043, 0.452, 0.946, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.452 std_dev=0.495
C2' A 0, -0.079, 0.485, 1.050, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.485 std_dev=0.564
O5' B 0, 0.123, 0.823, 1.522, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.823 std_dev=0.699
P B 0, 0.148, 0.879, 1.610, 3.238 max_d=3.238 avg_d=0.879 std_dev=0.731
C4' A 0, -0.080, 0.733, 1.546, 2.186 max_d=2.186 avg_d=0.733 std_dev=0.813
OP2 B 0, 0.207, 1.032, 1.857, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.032 std_dev=0.825
O3' B 0, -0.153, 0.685, 1.523, 3.541 max_d=3.541 avg_d=0.685 std_dev=0.838
C3' A 0, -0.070, 0.774, 1.618, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.774 std_dev=0.844
O5' A 0, -0.007, 0.891, 1.789, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.891 std_dev=0.898
C1' B 0, -0.349, 0.571, 1.492, 3.879 max_d=3.879 avg_d=0.571 std_dev=0.920
C4' B 0, -0.149, 0.781, 1.711, 3.978 max_d=3.978 avg_d=0.781 std_dev=0.930
O2' A 0, -0.068, 0.878, 1.824, 2.649 max_d=2.649 avg_d=0.878 std_dev=0.946
C5' B 0, -0.053, 0.936, 1.924, 4.173 max_d=4.173 avg_d=0.936 std_dev=0.988
C5' A 0, -0.084, 1.005, 2.094, 3.369 max_d=3.369 avg_d=1.005 std_dev=1.089
OP2 A 0, 0.013, 1.172, 2.332, 4.433 max_d=4.433 avg_d=1.172 std_dev=1.159
O4' B 0, -0.371, 0.813, 1.997, 4.992 max_d=4.992 avg_d=0.813 std_dev=1.184
P A 0, -0.065, 1.126, 2.318, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.126 std_dev=1.192
O3' A 0, -0.093, 1.107, 2.308, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.107 std_dev=1.200
OP1 B 0, -0.001, 1.298, 2.597, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.298 std_dev=1.299
N9 B 0, -0.615, 0.789, 2.193, 5.685 max_d=5.685 avg_d=0.789 std_dev=1.404
C8 B 0, -0.396, 1.124, 2.644, 6.327 max_d=6.327 avg_d=1.124 std_dev=1.520
OP1 A 0, -0.123, 1.437, 2.997, 5.555 max_d=5.555 avg_d=1.437 std_dev=1.560
C4 B 0, -0.957, 1.029, 3.014, 7.991 max_d=7.991 avg_d=1.029 std_dev=1.985
N7 B 0, -0.695, 1.436, 3.568, 8.779 max_d=8.779 avg_d=1.436 std_dev=2.131
N3 B 0, -0.941, 1.204, 3.350, 8.596 max_d=8.596 avg_d=1.204 std_dev=2.146
C5 B 0, -1.088, 1.332, 3.752, 9.718 max_d=9.718 avg_d=1.332 std_dev=2.420
C2 B 0, -1.219, 1.543, 4.304, 10.990 max_d=10.990 avg_d=1.543 std_dev=2.761
N2 B 0, -1.203, 1.842, 4.887, 11.904 max_d=11.904 avg_d=1.842 std_dev=3.045
C6 B 0, -1.468, 1.644, 4.757, 12.306 max_d=12.306 avg_d=1.644 std_dev=3.112
N1 B 0, -1.508, 1.703, 4.914, 12.776 max_d=12.776 avg_d=1.703 std_dev=3.211
O6 B 0, -1.619, 1.989, 5.597, 14.329 max_d=14.329 avg_d=1.989 std_dev=3.608

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.16 0.02 0.24 0.35 0.18
C2 0.05 0.00 0.36 0.31 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.27 0.26 0.30 0.01 0.62 0.68 0.53
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.19 0.01 0.11 0.22 0.17 0.18 0.28 0.44 0.35 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.52 0.14 0.52 0.67 0.53
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.32 0.00 0.41 0.02 0.44 0.38 0.39 0.28 0.26 0.44 0.27 0.02 0.01 0.02 0.15 0.48 0.17 0.18 0.09
C4 0.02 0.01 0.19 0.32 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.13 0.25 0.01 0.50 0.55 0.39
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.17 0.25 0.12 0.15 0.11 0.25 0.12 0.31 0.02 0.01 0.01 0.20 0.14 0.12 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.41 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.19 0.06 0.33 0.02 0.61 0.59 0.45
C5' 0.07 0.22 0.22 0.02 0.14 0.00 0.19 0.00 0.22 0.21 0.22 0.26 0.20 0.24 0.08 0.07 0.21 0.01 0.01 0.25 0.16 0.05 0.01
C6 0.02 0.00 0.17 0.44 0.01 0.17 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.23 0.10 0.38 0.00 0.71 0.69 0.55
C8 0.02 0.01 0.18 0.38 0.01 0.25 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.43 0.24 0.17 0.28 0.03 0.44 0.31 0.22
N1 0.03 0.00 0.28 0.39 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.22 0.19 0.35 0.01 0.70 0.72 0.57
N2 0.07 0.00 0.44 0.28 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.35 0.31 0.31 0.01 0.64 0.71 0.57
N3 0.05 0.01 0.35 0.26 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.28 0.25 0.25 0.01 0.52 0.60 0.45
N7 0.02 0.01 0.11 0.44 0.01 0.25 0.00 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.46 0.29 0.10 0.37 0.03 0.58 0.47 0.38
N9 0.01 0.02 0.03 0.27 0.01 0.12 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.07 0.02 0.17 0.02 0.36 0.39 0.23
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.19 0.31 0.35 0.07 0.33 0.43 0.22 0.26 0.17 0.46 0.23 0.00 0.04 0.23 0.39 0.41 0.45 0.73 0.46
O3' 0.29 0.27 0.01 0.01 0.15 0.02 0.19 0.21 0.23 0.24 0.22 0.35 0.28 0.29 0.07 0.04 0.00 0.20 0.19 0.29 0.34 0.29 0.24
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.17 0.19 0.31 0.25 0.10 0.02 0.23 0.20 0.00 0.06 0.07 0.26 0.25 0.18
O5' 0.16 0.30 0.52 0.15 0.25 0.01 0.33 0.01 0.38 0.28 0.35 0.31 0.25 0.37 0.17 0.39 0.19 0.06 0.00 0.43 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.14 0.48 0.01 0.20 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.41 0.29 0.07 0.43 0.00 0.78 0.72 0.58
OP1 0.24 0.62 0.52 0.17 0.50 0.14 0.61 0.16 0.71 0.44 0.70 0.64 0.52 0.58 0.36 0.45 0.34 0.26 0.01 0.78 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.68 0.67 0.18 0.55 0.12 0.59 0.05 0.69 0.31 0.72 0.71 0.60 0.47 0.39 0.73 0.29 0.25 0.02 0.72 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.53 0.53 0.09 0.39 0.06 0.45 0.01 0.55 0.22 0.57 0.57 0.45 0.38 0.23 0.46 0.24 0.18 0.00 0.58 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.58 2.05 0.23 0.22 1.50 0.24 1.87 0.22 2.28 1.33 2.32 2.32 1.59 1.77 1.10 0.26 0.45 0.39 0.29 2.58 0.36 0.69 0.33
C2 0.45 1.52 0.25 0.22 1.25 0.33 1.55 0.29 1.74 1.21 1.69 1.53 1.26 1.53 0.96 0.22 0.40 0.19 0.27 1.89 0.36 0.75 0.35
C2' 0.95 2.43 0.67 0.56 1.89 0.50 2.30 0.48 2.76 1.74 2.80 2.62 1.91 2.19 1.50 0.65 0.61 0.75 0.63 3.06 0.63 0.89 0.69
C3' 0.87 2.34 0.56 0.38 1.86 0.35 2.34 0.41 2.83 1.79 2.78 2.52 1.83 2.28 1.47 0.47 0.38 0.69 0.65 3.25 0.66 0.99 0.76
C4 0.50 1.93 0.26 0.24 1.46 0.33 1.86 0.32 2.22 1.35 2.20 2.06 1.49 1.80 1.07 0.23 0.46 0.23 0.27 2.49 0.43 0.77 0.36
C4' 0.51 1.88 0.19 0.21 1.41 0.22 1.86 0.21 2.31 1.35 2.25 2.08 1.43 1.83 1.04 0.22 0.45 0.36 0.31 2.73 0.38 0.71 0.40
C5 0.43 1.88 0.28 0.29 1.43 0.46 1.88 0.46 2.27 1.37 2.23 1.96 1.42 1.85 1.04 0.21 0.50 0.18 0.30 2.59 0.55 0.84 0.40
C5' 0.35 1.66 0.19 0.30 1.25 0.35 1.76 0.34 2.21 1.28 2.09 1.84 1.21 1.77 0.90 0.32 0.52 0.20 0.28 2.68 0.44 0.71 0.41
C6 0.33 1.68 0.27 0.32 1.29 0.56 1.73 0.56 2.07 1.30 2.02 1.70 1.26 1.75 0.94 0.19 0.51 0.24 0.33 2.34 0.59 0.87 0.42
C8 0.50 2.07 0.27 0.26 1.54 0.37 2.00 0.38 2.47 1.42 2.45 2.24 1.56 1.93 1.12 0.23 0.50 0.22 0.28 2.86 0.54 0.81 0.39
N1 0.34 1.49 0.26 0.29 1.21 0.51 1.57 0.48 1.81 1.23 1.75 1.47 1.17 1.59 0.90 0.19 0.46 0.20 0.30 1.98 0.47 0.83 0.38
N2 0.45 1.15 0.24 0.19 1.04 0.25 1.23 0.20 1.32 1.03 1.26 1.11 1.03 1.24 0.85 0.23 0.33 0.22 0.30 1.41 0.34 0.71 0.36
N3 0.53 1.78 0.25 0.21 1.38 0.26 1.70 0.23 1.97 1.27 1.95 1.89 1.43 1.64 1.04 0.24 0.41 0.29 0.28 2.16 0.35 0.73 0.35
N7 0.44 1.98 0.28 0.30 1.48 0.47 1.97 0.49 2.42 1.41 2.39 2.10 1.47 1.92 1.07 0.21 0.52 0.19 0.30 2.81 0.62 0.85 0.43
N9 0.54 2.05 0.26 0.23 1.52 0.29 1.94 0.29 2.36 1.38 2.36 2.26 1.57 1.85 1.11 0.24 0.46 0.29 0.27 2.68 0.43 0.75 0.36
O2' 0.95 2.59 0.48 0.34 1.91 0.32 2.22 0.30 2.68 1.61 2.86 2.88 2.05 2.02 1.46 0.47 0.47 0.81 0.61 2.90 0.41 0.88 0.60
O3' 1.10 2.62 0.58 0.42 2.04 0.49 2.45 0.46 2.96 1.84 2.99 2.87 2.12 2.34 1.61 0.35 0.46 0.98 0.77 3.36 0.57 1.06 0.79
O4' 0.43 1.71 0.19 0.36 1.22 0.42 1.60 0.36 2.01 1.10 1.99 1.96 1.31 1.55 0.85 0.30 0.60 0.36 0.22 2.37 0.37 0.63 0.25
O5' 0.39 1.75 0.35 0.44 1.29 0.51 1.82 0.51 2.28 1.33 2.18 1.95 1.27 1.83 0.94 0.44 0.61 0.30 0.38 2.77 0.63 0.75 0.52
O6 0.26 1.60 0.27 0.37 1.20 0.68 1.66 0.69 2.03 1.24 1.97 1.63 1.17 1.70 0.85 0.18 0.54 0.37 0.40 2.33 0.72 0.93 0.48
OP1 0.44 1.29 0.64 0.75 0.98 0.87 1.56 0.90 2.00 1.22 1.80 1.43 0.82 1.68 0.76 0.76 0.83 0.55 0.71 2.54 0.97 0.93 0.84
OP2 0.54 1.36 0.69 0.89 0.93 1.05 1.48 1.04 1.92 1.12 1.79 1.58 0.89 1.58 0.70 0.82 1.04 0.74 0.70 2.44 1.03 0.74 0.77
P 0.31 1.29 0.53 0.70 0.90 0.84 1.47 0.83 1.91 1.10 1.75 1.49 0.81 1.58 0.64 0.68 0.84 0.49 0.54 2.44 0.82 0.71 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.17 0.01 0.17 0.02 0.37 0.29 0.21
C2 0.03 0.00 0.26 0.22 0.01 0.18 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.20 0.53 0.01 0.62 0.80 0.64
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.02 0.07 0.14 0.11 0.18 0.20 0.33 0.26 0.13 0.05 0.00 0.04 0.02 0.33 0.09 0.63 0.56 0.45
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.19 0.20 0.20 0.27 0.20 0.21 0.11 0.02 0.01 0.01 0.12 0.20 0.57 0.26 0.25
C4 0.01 0.01 0.13 0.15 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.10 0.34 0.01 0.39 0.48 0.33
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.21 0.11 0.25 0.18 0.18 0.07 0.16 0.02 0.00 0.02 0.07 0.35 0.15 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.11 0.05 0.40 0.01 0.41 0.59 0.37
C5' 0.08 0.35 0.14 0.01 0.20 0.01 0.24 0.00 0.24 0.38 0.27 0.46 0.33 0.37 0.18 0.05 0.12 0.02 0.01 0.26 0.26 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.06 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.08 0.41 0.01 0.41 0.62 0.39
C8 0.01 0.01 0.18 0.20 0.00 0.21 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.12 0.13 0.55 0.01 0.60 0.78 0.58
N1 0.02 0.00 0.20 0.20 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.15 0.45 0.01 0.51 0.69 0.51
N2 0.03 0.00 0.33 0.27 0.01 0.25 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.24 0.24 0.66 0.01 0.84 1.06 0.87
N3 0.03 0.00 0.26 0.20 0.00 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.18 0.20 0.49 0.02 0.56 0.68 0.56
N7 0.01 0.01 0.13 0.21 0.00 0.18 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.13 0.08 0.54 0.02 0.57 0.82 0.57
N9 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.02 0.31 0.01 0.40 0.44 0.30
O2' 0.04 0.19 0.00 0.02 0.08 0.16 0.14 0.05 0.13 0.26 0.12 0.28 0.19 0.25 0.12 0.00 0.04 0.11 0.26 0.16 0.65 0.71 0.46
O3' 0.17 0.19 0.04 0.01 0.12 0.02 0.11 0.12 0.13 0.12 0.15 0.24 0.18 0.13 0.10 0.04 0.00 0.13 0.11 0.14 0.58 0.26 0.23
O4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.10 0.00 0.05 0.02 0.08 0.13 0.15 0.24 0.20 0.08 0.02 0.11 0.13 0.00 0.09 0.05 0.18 0.19 0.10
O5' 0.17 0.53 0.33 0.12 0.34 0.02 0.40 0.01 0.41 0.55 0.45 0.66 0.49 0.54 0.31 0.26 0.11 0.09 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.14 0.05 0.43 0.00 0.42 0.68 0.42
OP1 0.37 0.62 0.63 0.57 0.39 0.35 0.41 0.26 0.41 0.60 0.51 0.84 0.56 0.57 0.40 0.65 0.58 0.18 0.02 0.42 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.80 0.56 0.26 0.48 0.15 0.59 0.25 0.62 0.78 0.69 1.06 0.68 0.82 0.44 0.71 0.26 0.19 0.02 0.68 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.64 0.45 0.25 0.33 0.09 0.37 0.01 0.39 0.58 0.51 0.87 0.56 0.57 0.30 0.46 0.23 0.10 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00