ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51499

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 5, 7, 5, 2, 2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.024, 0.086, 0.148, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.086 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.027, 0.101, 0.175, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.101 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.060, 0.164, 0.267, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.164 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.066, 0.181, 0.296, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.181 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.053, 0.172, 0.291, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.172 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.131, 0.272, 0.412, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.272 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.063, 0.288, 0.513, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.288 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.107, 0.395, 0.683, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.395 std_dev=0.288
C4' B 0, 0.089, 0.380, 0.671, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.380 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.100, 0.393, 0.686, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.393 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.071, 0.375, 0.679, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.375 std_dev=0.304
C1' B 0, 0.081, 0.386, 0.690, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.386 std_dev=0.305
O2' B 0, 0.150, 0.466, 0.783, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.466 std_dev=0.317
N9 B 0, 0.074, 0.405, 0.736, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.405 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.089, 0.429, 0.769, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.429 std_dev=0.340
C8 B 0, 0.092, 0.450, 0.808, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.450 std_dev=0.358
C4 B 0, 0.078, 0.436, 0.795, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.436 std_dev=0.358
O3' B 0, 0.147, 0.514, 0.881, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.514 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.088, 0.469, 0.851, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.469 std_dev=0.381
C5 B 0, 0.086, 0.475, 0.865, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.475 std_dev=0.390
N7 B 0, 0.083, 0.481, 0.879, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.481 std_dev=0.398
O5' B 0, -0.012, 0.404, 0.821, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.404 std_dev=0.416
C2 B 0, 0.122, 0.549, 0.976, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.549 std_dev=0.427
C6 B 0, 0.111, 0.548, 0.986, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.548 std_dev=0.437
N1 B 0, 0.136, 0.582, 1.029, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.582 std_dev=0.447
N2 B 0, 0.145, 0.624, 1.103, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.624 std_dev=0.479
P B 0, -0.014, 0.469, 0.953, 2.735 max_d=2.735 avg_d=0.469 std_dev=0.483
O6 B 0, 0.120, 0.606, 1.092, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.606 std_dev=0.486
OP2 B 0, -0.036, 0.490, 1.016, 3.013 max_d=3.013 avg_d=0.490 std_dev=0.526
OP1 B 0, 0.047, 0.577, 1.107, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.577 std_dev=0.530
O5' A 0, -0.200, 0.512, 1.224, 3.194 max_d=3.194 avg_d=0.512 std_dev=0.712
P A 0, -0.327, 0.697, 1.720, 4.934 max_d=4.934 avg_d=0.697 std_dev=1.023
OP1 A 0, -0.257, 0.806, 1.869, 4.606 max_d=4.606 avg_d=0.806 std_dev=1.063
OP2 A 0, -0.386, 0.841, 2.067, 6.208 max_d=6.208 avg_d=0.841 std_dev=1.227

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.01 0.20 0.18 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.39 0.01 0.35 0.46 0.37
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.03 0.20 0.14 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.29 0.09 0.26 0.13 0.22
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.42 0.01 0.38 0.45 0.40
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.15 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.53 0.01 0.51 0.64 0.56
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.12 0.09 0.08 0.15 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.16 0.16 0.32 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.55 0.00 0.55 0.71 0.60
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.54 0.01 0.49 0.54 0.54
N1 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.48 0.01 0.47 0.61 0.50
N2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.34 0.01 0.30 0.41 0.31
N3 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.34 0.01 0.30 0.37 0.30
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.60 0.01 0.59 0.72 0.65
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.39 0.01 0.34 0.36 0.35
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06 0.17 0.18 0.11
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.09 0.05 0.05 0.00 0.02 0.28 0.11 0.28 0.13 0.24
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.17 0.02 0.21 0.24 0.11
O5' 0.19 0.39 0.20 0.29 0.42 0.02 0.53 0.01 0.55 0.54 0.48 0.34 0.34 0.60 0.39 0.06 0.28 0.17 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.61 0.00 0.64 0.83 0.69
OP1 0.20 0.35 0.20 0.26 0.38 0.15 0.51 0.16 0.55 0.49 0.47 0.30 0.30 0.59 0.34 0.17 0.28 0.21 0.02 0.64 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.46 0.14 0.13 0.45 0.24 0.64 0.32 0.71 0.54 0.61 0.41 0.37 0.72 0.36 0.18 0.13 0.24 0.02 0.83 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.37 0.15 0.22 0.40 0.05 0.56 0.01 0.60 0.54 0.50 0.31 0.30 0.65 0.35 0.11 0.24 0.11 0.01 0.69 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.36 0.17 0.17 0.24 0.19 0.29 0.19 0.36 0.18 0.39 0.41 0.27 0.25 0.16 0.25 0.27 0.13 0.15 0.39 0.17 0.14 0.14
C2 0.10 0.32 0.15 0.17 0.24 0.23 0.27 0.23 0.31 0.18 0.33 0.34 0.27 0.23 0.17 0.23 0.25 0.16 0.17 0.32 0.20 0.15 0.17
C2' 0.14 0.35 0.18 0.18 0.25 0.19 0.29 0.20 0.36 0.21 0.38 0.38 0.27 0.26 0.19 0.24 0.28 0.14 0.16 0.38 0.19 0.15 0.15
C3' 0.16 0.33 0.19 0.18 0.26 0.19 0.31 0.20 0.37 0.25 0.38 0.35 0.26 0.30 0.21 0.24 0.27 0.16 0.17 0.41 0.19 0.19 0.17
C4 0.13 0.33 0.17 0.18 0.23 0.22 0.28 0.22 0.35 0.20 0.37 0.36 0.24 0.25 0.17 0.26 0.24 0.18 0.18 0.37 0.20 0.18 0.18
C4' 0.11 0.35 0.16 0.17 0.25 0.18 0.30 0.18 0.38 0.21 0.40 0.38 0.26 0.27 0.18 0.24 0.28 0.13 0.14 0.42 0.16 0.15 0.13
C5 0.17 0.28 0.19 0.20 0.22 0.25 0.29 0.25 0.35 0.23 0.35 0.28 0.19 0.28 0.18 0.27 0.22 0.23 0.22 0.39 0.23 0.23 0.22
C5' 0.15 0.35 0.17 0.16 0.27 0.17 0.34 0.17 0.42 0.25 0.42 0.37 0.26 0.32 0.21 0.24 0.25 0.16 0.16 0.47 0.15 0.20 0.16
C6 0.19 0.23 0.19 0.21 0.20 0.26 0.28 0.27 0.33 0.24 0.31 0.24 0.14 0.29 0.18 0.26 0.21 0.26 0.25 0.37 0.25 0.26 0.25
C8 0.17 0.31 0.19 0.19 0.23 0.23 0.30 0.23 0.38 0.22 0.38 0.33 0.22 0.28 0.18 0.27 0.23 0.21 0.20 0.42 0.21 0.22 0.20
N1 0.14 0.28 0.16 0.19 0.21 0.25 0.27 0.26 0.31 0.21 0.31 0.29 0.21 0.25 0.16 0.24 0.22 0.23 0.22 0.33 0.23 0.20 0.22
N2 0.14 0.33 0.15 0.18 0.27 0.22 0.27 0.23 0.30 0.18 0.33 0.35 0.31 0.22 0.20 0.21 0.28 0.10 0.16 0.30 0.21 0.12 0.16
N3 0.10 0.34 0.16 0.17 0.25 0.21 0.27 0.21 0.33 0.18 0.36 0.37 0.28 0.23 0.17 0.24 0.27 0.14 0.16 0.34 0.19 0.14 0.15
N7 0.19 0.27 0.20 0.20 0.22 0.25 0.30 0.25 0.37 0.24 0.36 0.26 0.18 0.30 0.19 0.28 0.22 0.24 0.23 0.42 0.23 0.26 0.24
N9 0.13 0.34 0.17 0.18 0.23 0.21 0.29 0.21 0.36 0.20 0.39 0.38 0.25 0.26 0.17 0.26 0.25 0.17 0.17 0.40 0.19 0.18 0.17
O2' 0.12 0.36 0.18 0.20 0.25 0.22 0.28 0.24 0.35 0.18 0.38 0.41 0.29 0.24 0.18 0.24 0.34 0.13 0.18 0.37 0.23 0.15 0.18
O3' 0.17 0.33 0.19 0.17 0.27 0.18 0.32 0.19 0.37 0.25 0.37 0.35 0.26 0.30 0.22 0.23 0.27 0.15 0.16 0.41 0.18 0.18 0.16
O4' 0.09 0.34 0.15 0.17 0.22 0.19 0.28 0.18 0.36 0.17 0.39 0.39 0.24 0.23 0.14 0.25 0.27 0.13 0.14 0.39 0.16 0.14 0.14
O5' 0.39 0.37 0.32 0.33 0.37 0.44 0.39 0.47 0.40 0.38 0.40 0.37 0.36 0.39 0.38 0.34 0.33 0.48 0.45 0.42 0.46 0.46 0.48
O6 0.23 0.15 0.20 0.23 0.19 0.28 0.29 0.29 0.33 0.27 0.27 0.18 0.10 0.32 0.21 0.26 0.22 0.29 0.29 0.38 0.29 0.31 0.30
OP1 0.37 0.44 0.28 0.28 0.41 0.38 0.45 0.42 0.49 0.41 0.48 0.44 0.40 0.44 0.39 0.26 0.24 0.44 0.41 0.52 0.41 0.46 0.45
OP2 0.53 0.57 0.46 0.47 0.56 0.53 0.59 0.57 0.62 0.57 0.61 0.56 0.55 0.59 0.55 0.45 0.45 0.60 0.60 0.64 0.59 0.66 0.63
P 0.39 0.46 0.30 0.30 0.43 0.40 0.46 0.44 0.50 0.43 0.50 0.46 0.42 0.46 0.41 0.31 0.28 0.47 0.44 0.53 0.44 0.49 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.11 0.07
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.05 0.09 0.01 0.11 0.17 0.12
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.11 0.14 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.14 0.08 0.15 0.16 0.13 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.07 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.09 0.01 0.11 0.17 0.11
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.03 0.12 0.01 0.15 0.20 0.14
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.04 0.04 0.09 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.19 0.04 0.13 0.00 0.17 0.22 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.14 0.18 0.13
N1 0.03 0.00 0.11 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.21 0.05 0.11 0.01 0.14 0.20 0.14
N2 0.04 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.21 0.05 0.08 0.01 0.10 0.17 0.11
N3 0.03 0.00 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.04 0.08 0.01 0.09 0.15 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.14 0.01 0.17 0.22 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.14 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.02 0.11 0.15 0.11 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.07 0.08 0.07 0.05
O3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.14 0.02 0.16 0.02 0.19 0.09 0.21 0.21 0.16 0.13 0.08 0.03 0.00 0.02 0.08 0.21 0.11 0.12 0.09
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05
O5' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.12 0.11 0.08 0.08 0.14 0.09 0.04 0.08 0.05 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.21 0.04 0.14 0.00 0.20 0.24 0.18
OP1 0.06 0.11 0.07 0.07 0.11 0.05 0.15 0.04 0.17 0.14 0.14 0.10 0.09 0.17 0.10 0.08 0.11 0.04 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.17 0.10 0.08 0.17 0.03 0.20 0.02 0.22 0.18 0.20 0.17 0.15 0.22 0.14 0.07 0.12 0.09 0.02 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.07 0.06 0.11 0.02 0.14 0.01 0.16 0.13 0.14 0.11 0.10 0.16 0.10 0.05 0.09 0.05 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00