ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51502

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 5, 5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.018, 0.042, 0.065, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.043 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.001, 0.028, 0.057, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.028 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.003, 0.037, 0.072, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.037 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.031, 0.070, 0.110, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.070 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.034, 0.080, 0.125, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.080 std_dev=0.045
N2 A 0, 0.002, 0.056, 0.110, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.056 std_dev=0.054
O6 A 0, -0.024, 0.082, 0.188, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.082 std_dev=0.106
O2' B 0, 0.321, 0.484, 0.647, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.484 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.254, 0.470, 0.686, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.470 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.319, 0.604, 0.889, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.604 std_dev=0.285
O4' A 0, -0.107, 0.463, 1.033, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.463 std_dev=0.570
C2' A 0, -0.065, 0.510, 1.084, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.510 std_dev=0.575
O5' B 0, 0.371, 0.988, 1.605, 2.822 max_d=2.822 avg_d=0.988 std_dev=0.617
C1' B 0, 0.043, 0.667, 1.292, 3.000 max_d=3.000 avg_d=0.667 std_dev=0.625
C3' A 0, 0.045, 0.730, 1.415, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.730 std_dev=0.685
C4' B 0, 0.121, 0.819, 1.518, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.819 std_dev=0.699
N2 B 0, 0.219, 0.946, 1.674, 3.513 max_d=3.513 avg_d=0.946 std_dev=0.728
C4' A 0, -0.057, 0.712, 1.481, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.712 std_dev=0.769
C5' B 0, 0.235, 1.031, 1.828, 3.735 max_d=3.735 avg_d=1.031 std_dev=0.797
N3 B 0, -0.003, 0.796, 1.595, 3.805 max_d=3.805 avg_d=0.796 std_dev=0.799
O3' A 0, 0.156, 0.966, 1.776, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.966 std_dev=0.810
O3' B 0, 0.186, 1.041, 1.896, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.041 std_dev=0.855
O2' A 0, -0.056, 0.842, 1.740, 2.778 max_d=2.778 avg_d=0.842 std_dev=0.898
O4' B 0, -0.018, 0.927, 1.872, 4.409 max_d=4.409 avg_d=0.927 std_dev=0.945
C2 B 0, -0.096, 0.905, 1.907, 4.673 max_d=4.673 avg_d=0.905 std_dev=1.001
N9 B 0, -0.325, 0.766, 1.857, 4.930 max_d=4.930 avg_d=0.766 std_dev=1.091
C4 B 0, -0.348, 0.830, 2.008, 5.336 max_d=5.336 avg_d=0.830 std_dev=1.178
C5' A 0, -0.071, 1.122, 2.315, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.122 std_dev=1.193
OP2 B 0, 0.740, 1.953, 3.166, 5.991 max_d=5.991 avg_d=1.953 std_dev=1.213
P B 0, -0.089, 1.146, 2.381, 5.435 max_d=5.435 avg_d=1.146 std_dev=1.235
O5' A 0, -0.009, 1.316, 2.641, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.316 std_dev=1.325
N1 B 0, -0.463, 1.093, 2.648, 7.031 max_d=7.031 avg_d=1.093 std_dev=1.556
C8 B 0, -0.629, 0.985, 2.600, 7.118 max_d=7.118 avg_d=0.985 std_dev=1.614
OP2 A 0, -0.021, 1.630, 3.281, 4.431 max_d=4.431 avg_d=1.630 std_dev=1.651
OP1 B 0, 1.195, 2.873, 4.550, 7.689 max_d=7.689 avg_d=2.873 std_dev=1.677
C5 B 0, -0.672, 1.088, 2.847, 7.815 max_d=7.815 avg_d=1.088 std_dev=1.760
P A 0, -0.157, 1.604, 3.365, 4.578 max_d=4.578 avg_d=1.604 std_dev=1.761
C6 B 0, -0.741, 1.247, 3.235, 8.853 max_d=8.853 avg_d=1.247 std_dev=1.988
N7 B 0, -0.821, 1.216, 3.253, 8.962 max_d=8.962 avg_d=1.216 std_dev=2.037
OP1 A 0, -0.208, 1.993, 4.194, 5.918 max_d=5.918 avg_d=1.993 std_dev=2.201
O6 B 0, -0.958, 1.542, 4.042, 11.090 max_d=11.090 avg_d=1.542 std_dev=2.500

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.23 0.04 0.20 0.53 0.29
C2 0.06 0.00 0.40 0.30 0.03 0.11 0.01 0.16 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.24 0.27 0.30 0.04 0.32 0.65 0.41
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.04 0.10 0.17 0.17 0.19 0.30 0.48 0.39 0.11 0.03 0.01 0.05 0.02 0.46 0.13 0.48 0.61 0.45
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.02 0.36 0.30 0.34 0.32 0.26 0.35 0.21 0.04 0.01 0.03 0.29 0.39 0.38 0.23 0.19
C4 0.03 0.03 0.21 0.27 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.16 0.13 0.31 0.03 0.27 0.62 0.35
C4' 0.02 0.11 0.04 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.09 0.25 0.05 0.18 0.12 0.23 0.10 0.28 0.04 0.01 0.02 0.15 0.15 0.30 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.25 0.20 0.05 0.38 0.03 0.35 0.65 0.38
C5' 0.08 0.16 0.17 0.02 0.12 0.01 0.20 0.00 0.19 0.30 0.14 0.20 0.16 0.31 0.12 0.12 0.17 0.02 0.01 0.25 0.25 0.28 0.02
C6 0.02 0.03 0.17 0.36 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.21 0.23 0.10 0.39 0.01 0.39 0.68 0.41
C8 0.02 0.03 0.19 0.30 0.01 0.25 0.02 0.30 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.41 0.24 0.19 0.39 0.03 0.27 0.58 0.30
N1 0.05 0.01 0.30 0.34 0.02 0.05 0.01 0.14 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.18 0.22 0.20 0.34 0.02 0.36 0.67 0.41
N2 0.07 0.01 0.48 0.32 0.02 0.18 0.02 0.20 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.40 0.32 0.33 0.28 0.03 0.32 0.64 0.42
N3 0.06 0.01 0.39 0.26 0.01 0.12 0.03 0.16 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.26 0.24 0.27 0.28 0.06 0.28 0.62 0.38
N7 0.01 0.01 0.11 0.35 0.02 0.23 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.40 0.27 0.12 0.44 0.04 0.37 0.65 0.37
N9 0.01 0.03 0.03 0.21 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.19 0.12 0.03 0.29 0.04 0.22 0.57 0.29
O2' 0.03 0.26 0.01 0.04 0.13 0.28 0.25 0.12 0.21 0.41 0.18 0.40 0.26 0.40 0.19 0.00 0.10 0.18 0.28 0.27 0.35 0.59 0.32
O3' 0.22 0.24 0.05 0.01 0.16 0.04 0.20 0.17 0.23 0.24 0.22 0.32 0.24 0.27 0.12 0.10 0.00 0.15 0.31 0.27 0.55 0.29 0.31
O4' 0.01 0.27 0.02 0.03 0.13 0.01 0.05 0.02 0.10 0.19 0.20 0.33 0.27 0.12 0.03 0.18 0.15 0.00 0.12 0.08 0.17 0.46 0.28
O5' 0.23 0.30 0.46 0.29 0.31 0.02 0.38 0.01 0.39 0.39 0.34 0.28 0.28 0.44 0.29 0.28 0.31 0.12 0.00 0.44 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.04 0.13 0.39 0.03 0.15 0.03 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.27 0.27 0.08 0.44 0.00 0.45 0.69 0.44
OP1 0.20 0.32 0.48 0.38 0.27 0.15 0.35 0.25 0.39 0.27 0.36 0.32 0.28 0.37 0.22 0.35 0.55 0.17 0.02 0.45 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.65 0.61 0.23 0.62 0.30 0.65 0.28 0.68 0.58 0.67 0.64 0.62 0.65 0.57 0.59 0.29 0.46 0.02 0.69 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.41 0.45 0.19 0.35 0.10 0.38 0.02 0.41 0.30 0.41 0.42 0.38 0.37 0.29 0.32 0.31 0.28 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.28 0.23 0.26 0.27 0.33 0.30 0.37 0.33 0.31 0.32 0.33 0.26 0.32 0.29 0.26 0.53 0.41 0.36 0.38 0.63 0.67 0.35
C2 0.32 0.24 0.23 0.25 0.27 0.29 0.35 0.33 0.36 0.40 0.30 0.32 0.19 0.42 0.32 0.23 0.42 0.35 0.34 0.41 0.59 0.68 0.34
C2' 0.54 0.27 0.55 0.59 0.33 0.64 0.25 0.65 0.26 0.34 0.28 0.31 0.37 0.26 0.41 0.54 0.76 0.65 0.40 0.32 0.86 0.40 0.35
C3' 0.55 0.51 0.50 0.49 0.52 0.60 0.51 0.66 0.49 0.52 0.49 0.50 0.52 0.51 0.53 0.45 0.63 0.68 0.43 0.48 0.95 0.44 0.43
C4 0.36 0.36 0.23 0.24 0.45 0.31 0.57 0.38 0.62 0.53 0.52 0.26 0.33 0.61 0.44 0.24 0.43 0.42 0.37 0.69 0.68 0.77 0.40
C4' 0.28 0.28 0.21 0.24 0.27 0.34 0.30 0.40 0.34 0.29 0.32 0.28 0.26 0.31 0.27 0.27 0.57 0.44 0.30 0.38 0.74 0.53 0.29
C5 0.44 0.64 0.25 0.25 0.72 0.32 0.95 0.43 1.04 0.82 0.90 0.42 0.54 0.98 0.65 0.24 0.38 0.46 0.43 1.17 0.83 0.91 0.52
C5' 0.32 0.44 0.24 0.22 0.39 0.35 0.46 0.44 0.54 0.40 0.53 0.45 0.37 0.45 0.36 0.31 0.53 0.48 0.27 0.61 0.79 0.58 0.31
C6 0.47 0.67 0.27 0.26 0.83 0.30 1.10 0.42 1.17 0.98 0.96 0.41 0.58 1.16 0.76 0.24 0.36 0.44 0.48 1.30 0.88 0.98 0.58
C8 0.42 0.61 0.23 0.24 0.63 0.33 0.83 0.45 0.95 0.71 0.84 0.47 0.50 0.86 0.58 0.24 0.41 0.48 0.42 1.09 0.80 0.88 0.49
N1 0.40 0.42 0.26 0.25 0.59 0.28 0.78 0.36 0.78 0.75 0.61 0.26 0.37 0.85 0.59 0.24 0.33 0.36 0.42 0.87 0.73 0.85 0.47
N2 0.29 0.39 0.23 0.26 0.21 0.30 0.19 0.30 0.24 0.19 0.32 0.48 0.35 0.17 0.20 0.22 0.50 0.35 0.31 0.24 0.49 0.58 0.29
N3 0.31 0.24 0.22 0.25 0.23 0.30 0.28 0.35 0.30 0.32 0.28 0.36 0.20 0.33 0.28 0.22 0.49 0.38 0.32 0.35 0.60 0.65 0.33
N7 0.47 0.77 0.25 0.25 0.80 0.34 1.07 0.48 1.23 0.91 1.08 0.56 0.62 1.11 0.71 0.23 0.39 0.50 0.46 1.40 0.90 0.97 0.58
N9 0.36 0.38 0.23 0.25 0.43 0.32 0.54 0.40 0.60 0.50 0.52 0.30 0.35 0.57 0.42 0.24 0.46 0.44 0.37 0.68 0.69 0.76 0.40
O2' 0.30 0.70 0.36 0.41 0.48 0.41 0.66 0.38 0.89 0.43 0.94 0.76 0.45 0.60 0.35 0.43 0.72 0.39 0.40 1.02 0.71 0.57 0.41
O3' 0.40 0.42 0.36 0.38 0.40 0.51 0.45 0.55 0.51 0.41 0.50 0.39 0.39 0.45 0.39 0.33 0.65 0.58 0.44 0.57 0.92 0.47 0.43
O4' 0.34 0.21 0.31 0.36 0.28 0.37 0.31 0.41 0.32 0.34 0.26 0.19 0.25 0.35 0.32 0.38 0.63 0.43 0.47 0.39 0.67 0.78 0.47
O5' 0.60 0.77 0.34 0.41 0.74 0.60 0.85 0.69 0.94 0.77 0.91 0.72 0.68 0.86 0.70 0.32 0.62 0.75 0.59 1.03 0.94 0.88 0.59
O6 0.52 0.82 0.30 0.27 1.01 0.31 1.38 0.44 1.48 1.21 1.20 0.52 0.69 1.48 0.91 0.24 0.38 0.47 0.57 1.67 1.01 1.14 0.71
OP1 0.62 0.87 0.41 0.42 0.82 0.60 0.96 0.73 1.09 0.86 1.05 0.84 0.75 0.97 0.75 0.45 0.59 0.77 0.59 1.22 0.94 0.97 0.62
OP2 0.79 0.95 0.68 0.65 0.97 0.73 1.14 0.86 1.27 1.05 1.18 0.84 0.86 1.17 0.93 0.74 0.73 0.87 0.74 1.44 1.03 1.21 0.81
P 0.58 0.78 0.45 0.44 0.75 0.53 0.91 0.65 1.04 0.81 0.98 0.71 0.67 0.93 0.70 0.53 0.60 0.68 0.55 1.19 0.90 0.97 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.13 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.29 0.01 0.38 0.04 0.67 0.45 0.39
C2 0.04 0.00 0.22 0.11 0.03 0.12 0.00 0.29 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.31 0.41 0.19 0.42 0.04 0.91 0.63 0.47
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.09 0.03 0.05 0.16 0.06 0.17 0.15 0.27 0.21 0.12 0.04 0.01 0.08 0.04 0.34 0.06 0.55 0.54 0.35
C3' 0.03 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.08 0.13 0.09 0.15 0.10 0.12 0.06 0.03 0.01 0.02 0.19 0.10 0.31 0.36 0.18
C4 0.02 0.03 0.09 0.07 0.00 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.31 0.11 0.47 0.03 0.94 0.65 0.52
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.11 0.14 0.11 0.16 0.12 0.13 0.06 0.11 0.06 0.01 0.03 0.12 0.28 0.30 0.06
C5 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.09 0.00 0.32 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.24 0.05 0.55 0.03 1.06 0.79 0.60
C5' 0.13 0.29 0.16 0.03 0.28 0.01 0.32 0.00 0.34 0.31 0.32 0.29 0.26 0.34 0.24 0.10 0.12 0.03 0.01 0.36 0.36 0.42 0.03
C6 0.03 0.03 0.06 0.08 0.01 0.11 0.01 0.34 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.14 0.29 0.09 0.53 0.00 1.08 0.80 0.60
C8 0.01 0.03 0.17 0.13 0.01 0.14 0.03 0.31 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.26 0.17 0.13 0.60 0.03 1.06 0.81 0.65
N1 0.03 0.01 0.15 0.09 0.02 0.11 0.01 0.32 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.35 0.14 0.48 0.02 1.01 0.72 0.54
N2 0.05 0.01 0.27 0.15 0.02 0.16 0.01 0.29 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.47 0.24 0.38 0.03 0.86 0.57 0.43
N3 0.03 0.01 0.21 0.10 0.01 0.12 0.02 0.26 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.30 0.40 0.19 0.41 0.06 0.85 0.57 0.45
N7 0.01 0.01 0.12 0.12 0.01 0.13 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.17 0.09 0.61 0.03 1.13 0.89 0.68
N9 0.00 0.03 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.11 0.24 0.02 0.50 0.03 0.90 0.63 0.52
O2' 0.02 0.31 0.01 0.03 0.14 0.11 0.14 0.10 0.14 0.26 0.22 0.40 0.30 0.23 0.11 0.00 0.11 0.07 0.30 0.14 0.57 0.62 0.37
O3' 0.29 0.41 0.08 0.01 0.31 0.06 0.24 0.12 0.29 0.17 0.35 0.47 0.40 0.17 0.24 0.11 0.00 0.22 0.34 0.27 0.42 0.43 0.31
O4' 0.01 0.19 0.04 0.02 0.11 0.01 0.05 0.03 0.09 0.13 0.14 0.24 0.19 0.09 0.02 0.07 0.22 0.00 0.38 0.07 0.64 0.41 0.39
O5' 0.38 0.42 0.34 0.19 0.47 0.03 0.55 0.01 0.53 0.60 0.48 0.38 0.41 0.61 0.50 0.30 0.34 0.38 0.00 0.56 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.04 0.06 0.10 0.03 0.12 0.03 0.36 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03 0.14 0.27 0.07 0.56 0.00 1.14 0.87 0.64
OP1 0.67 0.91 0.55 0.31 0.94 0.28 1.06 0.36 1.08 1.06 1.01 0.86 0.85 1.13 0.90 0.57 0.42 0.64 0.02 1.14 0.00 0.02 0.00
OP2 0.45 0.63 0.54 0.36 0.65 0.30 0.79 0.42 0.80 0.81 0.72 0.57 0.57 0.89 0.63 0.62 0.43 0.41 0.03 0.87 0.02 0.00 0.00
P 0.39 0.47 0.35 0.18 0.52 0.06 0.60 0.03 0.60 0.65 0.54 0.43 0.45 0.68 0.52 0.37 0.31 0.39 0.01 0.64 0.00 0.00 0.00