ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 1, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.015, 0.034, 0.054, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C2' B 0, 0.292, 0.648, 1.003, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.648 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.341, 0.819, 1.298, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.819 std_dev=0.479
O4' A 0, -0.060, 0.776, 1.612, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.776 std_dev=0.836
C2' A 0, -0.031, 0.852, 1.734, 2.420 max_d=2.420 avg_d=0.852 std_dev=0.882
C3' A 0, 0.065, 1.182, 2.298, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.182 std_dev=1.116
C4' A 0, -0.030, 1.133, 2.296, 3.277 max_d=3.277 avg_d=1.133 std_dev=1.163
O3' A 0, 0.236, 1.418, 2.599, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.418 std_dev=1.181
O2' A 0, -0.066, 1.189, 2.444, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.189 std_dev=1.255
C3' B 0, 0.272, 1.623, 2.974, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.623 std_dev=1.351
C1' B 0, 0.298, 1.932, 3.566, 3.935 max_d=3.935 avg_d=1.932 std_dev=1.634
O3' B 0, 0.369, 2.078, 3.786, 4.015 max_d=4.015 avg_d=2.078 std_dev=1.708
C5' A 0, -0.009, 2.025, 4.058, 5.785 max_d=5.785 avg_d=2.025 std_dev=2.033
C4' B 0, 0.248, 2.414, 4.580, 5.245 max_d=5.245 avg_d=2.414 std_dev=2.166
O4' B 0, 0.279, 2.525, 4.770, 5.496 max_d=5.496 avg_d=2.525 std_dev=2.246
N9 B 0, 0.267, 2.591, 4.915, 5.805 max_d=5.805 avg_d=2.591 std_dev=2.324
O5' A 0, 0.215, 2.577, 4.940, 6.716 max_d=6.716 avg_d=2.577 std_dev=2.363
OP2 B 0, 0.353, 2.904, 5.455, 6.464 max_d=6.464 avg_d=2.904 std_dev=2.551
C8 B 0, 0.267, 2.872, 5.477, 6.812 max_d=6.812 avg_d=2.872 std_dev=2.605
C5' B 0, 0.142, 3.099, 6.056, 7.126 max_d=7.126 avg_d=3.099 std_dev=2.957
O5' B 0, 0.066, 3.156, 6.245, 7.364 max_d=7.364 avg_d=3.156 std_dev=3.089
C4 B 0, 0.344, 3.473, 6.601, 7.604 max_d=7.604 avg_d=3.473 std_dev=3.128
P A 0, 0.158, 3.415, 6.671, 8.927 max_d=8.927 avg_d=3.415 std_dev=3.256
OP2 A 0, 0.144, 3.475, 6.805, 9.027 max_d=9.027 avg_d=3.475 std_dev=3.330
N7 B 0, 0.234, 3.600, 6.967, 9.049 max_d=9.049 avg_d=3.600 std_dev=3.367
N3 B 0, 0.491, 3.889, 7.288, 7.557 max_d=7.557 avg_d=3.889 std_dev=3.399
P B 0, -0.089, 3.527, 7.143, 8.604 max_d=8.604 avg_d=3.527 std_dev=3.616
C5 B 0, 0.304, 4.082, 7.860, 9.651 max_d=9.651 avg_d=4.082 std_dev=3.778
OP1 A 0, 0.256, 4.100, 7.944, 10.933 max_d=10.933 avg_d=4.100 std_dev=3.844
C2 B 0, 0.591, 5.067, 9.543, 9.778 max_d=9.778 avg_d=5.067 std_dev=4.476
OP1 B 0, 0.125, 4.630, 9.135, 10.716 max_d=10.716 avg_d=4.630 std_dev=4.505
C6 B 0, 0.393, 5.247, 10.101, 12.070 max_d=12.070 avg_d=5.247 std_dev=4.854
N2 B 0, 0.753, 5.781, 10.808, 11.301 max_d=11.301 avg_d=5.781 std_dev=5.027
N1 B 0, 0.542, 5.704, 10.866, 11.987 max_d=11.987 avg_d=5.704 std_dev=5.162
O6 B 0, 0.363, 5.929, 11.495, 14.159 max_d=14.159 avg_d=5.929 std_dev=5.566

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.19 0.03 0.31 0.25 0.16
C2 0.03 0.00 0.59 0.54 0.01 0.20 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.42 0.52 0.35 0.42 0.01 0.39 0.43 0.27
C2' 0.01 0.59 0.00 0.01 0.30 0.02 0.15 0.11 0.26 0.28 0.45 0.71 0.58 0.15 0.03 0.01 0.03 0.03 0.26 0.19 0.54 0.55 0.43
C3' 0.03 0.54 0.01 0.00 0.37 0.01 0.38 0.02 0.45 0.35 0.51 0.62 0.49 0.37 0.23 0.02 0.02 0.02 0.14 0.45 0.42 0.24 0.18
C4 0.02 0.01 0.30 0.37 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.25 0.18 0.41 0.01 0.31 0.30 0.21
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.09 0.30 0.12 0.29 0.20 0.26 0.10 0.26 0.03 0.00 0.02 0.12 0.24 0.16 0.06
C5 0.02 0.01 0.15 0.38 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.27 0.08 0.58 0.01 0.43 0.51 0.40
C5' 0.05 0.24 0.11 0.02 0.11 0.01 0.21 0.00 0.18 0.44 0.16 0.35 0.23 0.42 0.17 0.16 0.15 0.02 0.01 0.24 0.17 0.11 0.02
C6 0.02 0.00 0.26 0.45 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.34 0.15 0.58 0.00 0.44 0.59 0.42
C8 0.01 0.01 0.28 0.35 0.00 0.30 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.50 0.32 0.21 0.73 0.03 0.62 0.59 0.57
N1 0.03 0.00 0.45 0.51 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.44 0.27 0.50 0.01 0.40 0.53 0.33
N2 0.04 0.00 0.71 0.62 0.01 0.29 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.61 0.66 0.42 0.43 0.01 0.48 0.48 0.33
N3 0.03 0.00 0.58 0.49 0.00 0.20 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.42 0.45 0.35 0.35 0.01 0.34 0.29 0.20
N7 0.01 0.01 0.15 0.37 0.00 0.26 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.44 0.33 0.12 0.75 0.03 0.64 0.69 0.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.14 0.01 0.42 0.02 0.35 0.27 0.23
O2' 0.02 0.42 0.01 0.02 0.09 0.26 0.18 0.16 0.11 0.50 0.22 0.61 0.42 0.44 0.18 0.00 0.03 0.18 0.16 0.18 0.54 0.58 0.36
O3' 0.21 0.52 0.03 0.02 0.25 0.03 0.27 0.15 0.34 0.32 0.44 0.66 0.45 0.33 0.14 0.03 0.00 0.12 0.25 0.35 0.51 0.28 0.24
O4' 0.01 0.35 0.03 0.02 0.18 0.00 0.08 0.02 0.15 0.21 0.27 0.42 0.35 0.12 0.01 0.18 0.12 0.00 0.21 0.11 0.19 0.21 0.13
O5' 0.19 0.42 0.26 0.14 0.41 0.02 0.58 0.01 0.58 0.73 0.50 0.43 0.35 0.75 0.42 0.16 0.25 0.21 0.00 0.66 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.19 0.45 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.18 0.35 0.11 0.66 0.00 0.52 0.71 0.52
OP1 0.31 0.39 0.54 0.42 0.31 0.24 0.43 0.17 0.44 0.62 0.40 0.48 0.34 0.64 0.35 0.54 0.51 0.19 0.01 0.52 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.43 0.55 0.24 0.30 0.16 0.51 0.11 0.59 0.59 0.53 0.48 0.29 0.69 0.27 0.58 0.28 0.21 0.02 0.71 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.27 0.43 0.18 0.21 0.06 0.40 0.02 0.42 0.57 0.33 0.33 0.20 0.62 0.23 0.36 0.24 0.13 0.01 0.52 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.57 3.42 0.28 0.44 2.27 0.99 2.75 1.41 3.55 1.56 3.78 3.92 2.64 2.33 1.41 0.22 0.86 0.29 1.24 3.99 1.87 1.41 1.45
C2 0.48 2.25 0.27 0.31 1.66 0.62 1.92 0.67 2.32 1.14 2.44 2.36 1.84 1.61 1.08 0.23 0.77 0.22 0.39 2.44 1.02 0.78 0.65
C2' 0.41 2.61 0.56 1.22 1.38 1.88 1.88 2.28 2.71 0.82 2.96 3.17 1.82 1.52 0.51 0.66 1.50 1.23 2.12 3.20 2.33 1.75 2.06
C3' 0.37 2.73 0.45 0.98 1.58 1.71 2.18 2.14 3.01 1.24 3.17 3.27 1.90 1.94 0.82 0.51 1.22 1.17 2.12 3.59 2.48 1.96 2.20
C4 0.59 2.93 0.28 0.32 2.04 0.68 2.43 0.87 3.07 1.40 3.26 3.20 2.30 2.04 1.30 0.21 0.80 0.18 0.65 3.35 1.20 0.98 0.86
C4' 0.84 3.61 0.66 0.51 2.51 1.15 3.13 1.69 3.97 2.04 4.09 4.10 2.77 2.84 1.71 0.43 0.61 0.81 1.72 4.56 2.44 2.06 2.05
C5 0.64 2.78 0.29 0.39 1.94 0.55 2.30 0.59 2.92 1.35 3.13 3.02 2.16 1.93 1.27 0.28 0.85 0.31 0.30 3.18 0.93 0.78 0.56
C5' 1.07 3.73 0.84 0.54 2.71 1.08 3.38 1.59 4.22 2.32 4.28 4.15 2.90 3.13 1.95 0.55 0.50 0.96 1.69 4.89 2.41 2.21 2.09
C6 0.61 2.39 0.29 0.53 1.68 0.57 1.97 0.49 2.46 1.18 2.66 2.57 1.86 1.65 1.12 0.36 0.95 0.44 0.14 2.65 0.86 0.59 0.42
C8 0.67 3.20 0.30 0.34 2.19 0.64 2.63 0.85 3.40 1.52 3.62 3.56 2.47 2.22 1.41 0.23 0.82 0.20 0.66 3.80 1.21 1.02 0.87
N1 0.54 2.10 0.28 0.50 1.53 0.53 1.76 0.45 2.15 1.06 2.30 2.20 1.69 1.48 1.02 0.35 0.94 0.36 0.12 2.28 0.89 0.57 0.43
N2 0.35 1.76 0.25 0.26 1.36 0.70 1.54 0.71 1.81 0.94 1.88 1.81 1.50 1.30 0.89 0.20 0.70 0.34 0.42 1.88 1.06 0.75 0.68
N3 0.51 2.73 0.28 0.32 1.93 0.80 2.28 1.01 2.82 1.32 2.98 2.98 2.20 1.92 1.23 0.20 0.77 0.25 0.77 3.02 1.32 1.04 0.97
N7 0.69 2.97 0.30 0.40 2.05 0.56 2.45 0.62 3.15 1.43 3.37 3.27 2.29 2.06 1.34 0.28 0.85 0.33 0.35 3.48 0.94 0.82 0.59
N9 0.62 3.21 0.29 0.35 2.19 0.77 2.64 1.06 3.39 1.51 3.60 3.59 2.50 2.22 1.39 0.20 0.81 0.17 0.87 3.77 1.43 1.15 1.07
O2' 0.59 2.61 0.67 1.43 1.25 2.19 1.63 2.70 2.47 0.59 2.85 3.26 1.81 1.20 0.35 0.68 1.68 1.49 2.50 2.88 2.80 2.00 2.44
O3' 0.76 2.57 0.68 1.16 1.46 2.03 2.05 2.52 2.81 1.39 2.98 3.14 1.75 1.93 0.91 0.62 1.26 1.60 2.58 3.36 2.98 2.36 2.69
O4' 1.12 3.97 0.82 0.39 2.86 0.78 3.43 1.27 4.27 2.22 4.43 4.43 3.15 3.03 2.01 0.62 0.52 0.64 1.25 4.80 2.06 1.79 1.65
O5' 0.59 3.26 0.40 0.49 2.20 1.01 2.85 1.39 3.70 1.79 3.79 3.69 2.44 2.59 1.43 0.34 0.86 0.65 1.50 4.37 1.98 1.80 1.72
O6 0.62 2.21 0.28 0.67 1.53 0.72 1.80 0.65 2.26 1.09 2.45 2.42 1.69 1.51 1.04 0.43 1.06 0.61 0.41 2.44 0.98 0.53 0.52
OP1 0.80 3.33 0.64 0.52 2.32 1.13 3.01 1.60 3.87 2.05 3.93 3.74 2.47 2.81 1.61 0.46 0.60 0.94 1.81 4.57 2.34 2.19 2.11
OP2 0.40 2.97 0.29 0.40 1.99 0.83 2.66 1.10 3.52 1.62 3.58 3.31 2.15 2.40 1.25 0.42 0.86 0.49 1.26 4.19 1.58 1.58 1.42
P 0.72 3.39 0.53 0.30 2.37 0.83 3.05 1.24 3.92 1.99 3.99 3.76 2.54 2.79 1.61 0.38 0.59 0.64 1.42 4.61 1.95 1.90 1.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.32 0.00 0.22 0.01 0.37 0.46 0.15
C2 0.04 0.00 0.41 0.43 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.15 0.15 0.23 0.03 0.57 0.75 0.34
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.20 0.01 0.09 0.21 0.16 0.20 0.31 0.49 0.40 0.12 0.02 0.00 0.03 0.03 0.69 0.11 0.93 0.34 0.60
C3' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.36 0.01 0.41 0.03 0.46 0.27 0.47 0.42 0.37 0.36 0.24 0.02 0.01 0.01 0.41 0.48 0.53 0.28 0.26
C4 0.02 0.01 0.20 0.36 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.27 0.07 0.07 0.27 0.01 0.51 0.71 0.33
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.19 0.20 0.16 0.09 0.08 0.23 0.12 0.30 0.04 0.00 0.02 0.22 0.14 0.47 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.41 0.00 0.19 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.11 0.04 0.34 0.01 0.61 0.82 0.47
C5' 0.05 0.19 0.21 0.03 0.18 0.01 0.27 0.00 0.29 0.24 0.26 0.17 0.14 0.30 0.13 0.09 0.21 0.02 0.01 0.34 0.25 0.38 0.01
C6 0.01 0.02 0.16 0.46 0.00 0.19 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.39 0.15 0.06 0.33 0.01 0.68 0.87 0.51
C8 0.02 0.02 0.20 0.27 0.01 0.20 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.11 0.13 0.41 0.02 0.48 0.70 0.43
N1 0.03 0.01 0.31 0.47 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.32 0.14 0.11 0.27 0.02 0.64 0.84 0.44
N2 0.05 0.01 0.49 0.42 0.02 0.09 0.02 0.17 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.19 0.19 0.21 0.04 0.57 0.73 0.31
N3 0.04 0.01 0.40 0.37 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.16 0.15 0.22 0.02 0.51 0.68 0.28
N7 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.23 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.44 0.15 0.10 0.43 0.03 0.63 0.83 0.55
N9 0.01 0.02 0.02 0.24 0.00 0.12 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.24 0.09 0.02 0.29 0.01 0.41 0.61 0.27
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.27 0.30 0.38 0.09 0.39 0.39 0.32 0.30 0.25 0.44 0.24 0.00 0.07 0.23 0.44 0.44 0.90 0.36 0.50
O3' 0.32 0.15 0.03 0.01 0.07 0.04 0.11 0.21 0.15 0.11 0.14 0.19 0.16 0.15 0.09 0.07 0.00 0.21 0.20 0.20 0.29 0.40 0.13
O4' 0.00 0.15 0.03 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.13 0.11 0.19 0.15 0.10 0.02 0.23 0.21 0.00 0.21 0.04 0.17 0.67 0.31
O5' 0.22 0.23 0.69 0.41 0.27 0.02 0.34 0.01 0.33 0.41 0.27 0.21 0.22 0.43 0.29 0.44 0.20 0.21 0.00 0.37 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.11 0.48 0.01 0.22 0.01 0.34 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.44 0.20 0.04 0.37 0.00 0.77 0.91 0.59
OP1 0.37 0.57 0.93 0.53 0.51 0.14 0.61 0.25 0.68 0.48 0.64 0.57 0.51 0.63 0.41 0.90 0.29 0.17 0.01 0.77 0.00 0.02 0.00
OP2 0.46 0.75 0.34 0.28 0.71 0.47 0.82 0.38 0.87 0.70 0.84 0.73 0.68 0.83 0.61 0.36 0.40 0.67 0.02 0.91 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.34 0.60 0.26 0.33 0.09 0.47 0.01 0.51 0.43 0.44 0.31 0.28 0.55 0.27 0.50 0.13 0.31 0.01 0.59 0.00 0.01 0.00