ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 5, 1, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.019, 0.036, 0.052, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.002, 0.023, 0.043, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.034, 0.063, 0.092, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.063 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.024, 0.054, 0.084, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.054 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.029, 0.062, 0.096, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.062 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.041, 0.075, 0.109, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.075 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.003, 0.046, 0.088, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.046 std_dev=0.043
O2' B 0, 0.117, 0.334, 0.551, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.334 std_dev=0.217
C2' B 0, 0.125, 0.375, 0.624, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.375 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.102, 0.459, 0.817, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.459 std_dev=0.358
C3' B 0, 0.142, 0.557, 0.973, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.557 std_dev=0.416
O4' B 0, 0.041, 0.599, 1.157, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.599 std_dev=0.558
C4' B 0, 0.068, 0.647, 1.227, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.647 std_dev=0.580
O4' A 0, -0.313, 0.325, 0.962, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.325 std_dev=0.638
N9 B 0, -0.042, 0.614, 1.270, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.614 std_dev=0.656
C2' A 0, -0.301, 0.397, 1.096, 2.777 max_d=2.777 avg_d=0.397 std_dev=0.698
O5' B 0, 0.509, 1.255, 2.001, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.255 std_dev=0.746
C4' A 0, -0.327, 0.436, 1.199, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.436 std_dev=0.763
C5' B 0, 0.122, 0.930, 1.739, 3.217 max_d=3.217 avg_d=0.930 std_dev=0.809
O3' B 0, -0.117, 0.712, 1.540, 3.388 max_d=3.388 avg_d=0.712 std_dev=0.828
C4 B 0, -0.171, 0.695, 1.562, 3.417 max_d=3.417 avg_d=0.695 std_dev=0.866
C3' A 0, -0.344, 0.539, 1.422, 3.226 max_d=3.226 avg_d=0.539 std_dev=0.883
N3 B 0, -0.219, 0.701, 1.622, 3.648 max_d=3.648 avg_d=0.701 std_dev=0.921
C8 B 0, -0.180, 0.782, 1.745, 3.729 max_d=3.729 avg_d=0.782 std_dev=0.962
P B 0, 0.085, 1.072, 2.059, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.072 std_dev=0.987
O2' A 0, -0.290, 0.755, 1.800, 4.202 max_d=4.202 avg_d=0.755 std_dev=1.045
OP2 B 0, 0.004, 1.052, 2.100, 3.445 max_d=3.445 avg_d=1.052 std_dev=1.048
O3' A 0, -0.402, 0.694, 1.791, 3.306 max_d=3.306 avg_d=0.694 std_dev=1.096
C5 B 0, -0.345, 0.855, 2.055, 4.723 max_d=4.723 avg_d=0.855 std_dev=1.200
N7 B 0, -0.344, 0.914, 2.171, 4.901 max_d=4.901 avg_d=0.914 std_dev=1.258
C2 B 0, -0.425, 0.854, 2.134, 5.083 max_d=5.083 avg_d=0.854 std_dev=1.279
C5' A 0, -0.758, 0.736, 2.231, 5.784 max_d=5.784 avg_d=0.736 std_dev=1.495
N2 B 0, -0.532, 0.972, 2.475, 5.964 max_d=5.964 avg_d=0.972 std_dev=1.503
N1 B 0, -0.559, 0.965, 2.489, 6.045 max_d=6.045 avg_d=0.965 std_dev=1.524
C6 B 0, -0.537, 0.989, 2.514, 6.022 max_d=6.022 avg_d=0.989 std_dev=1.525
OP1 B 0, -0.214, 1.383, 2.981, 6.472 max_d=6.472 avg_d=1.383 std_dev=1.598
O6 B 0, -0.688, 1.163, 3.015, 7.283 max_d=7.283 avg_d=1.163 std_dev=1.852
O5' A 0, -0.973, 0.883, 2.739, 7.235 max_d=7.235 avg_d=0.883 std_dev=1.856
OP1 A 0, -0.948, 1.465, 3.879, 9.173 max_d=9.173 avg_d=1.465 std_dev=2.414
P A 0, -1.269, 1.242, 3.753, 9.800 max_d=9.800 avg_d=1.242 std_dev=2.511
OP2 A 0, -1.543, 1.408, 4.359, 11.550 max_d=11.550 avg_d=1.408 std_dev=2.951

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.25 0.01 0.22 0.04 0.62 0.43 0.26
C2 0.05 0.00 0.29 0.21 0.01 0.33 0.01 0.51 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.76 0.22 0.39 0.63 0.04 1.02 0.43 0.70
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.01 0.08 0.19 0.13 0.12 0.22 0.36 0.29 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.10 0.91 0.28 0.39
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.20 0.01 0.25 0.02 0.27 0.19 0.25 0.18 0.18 0.24 0.16 0.03 0.01 0.02 0.20 0.29 0.44 0.36 0.10
C4 0.03 0.01 0.15 0.20 0.00 0.16 0.01 0.16 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.45 0.14 0.18 0.26 0.03 0.71 0.36 0.19
C4' 0.01 0.33 0.01 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.16 0.21 0.26 0.40 0.32 0.17 0.06 0.25 0.02 0.00 0.02 0.15 0.24 0.28 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.25 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.10 0.06 0.29 0.02 0.77 0.69 0.34
C5' 0.09 0.51 0.19 0.02 0.16 0.01 0.15 0.00 0.17 0.45 0.36 0.69 0.46 0.39 0.14 0.08 0.18 0.02 0.01 0.18 0.12 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.27 0.03 0.16 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.48 0.12 0.14 0.27 0.01 0.73 0.51 0.22
C8 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.21 0.02 0.45 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.07 0.25 0.68 0.04 1.08 1.22 0.88
N1 0.04 0.02 0.22 0.25 0.02 0.26 0.01 0.36 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.65 0.16 0.28 0.45 0.03 0.85 0.25 0.45
N2 0.06 0.01 0.36 0.18 0.02 0.40 0.02 0.69 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.88 0.29 0.46 0.86 0.05 1.34 0.81 1.06
N3 0.05 0.01 0.29 0.18 0.01 0.32 0.01 0.46 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.70 0.24 0.40 0.55 0.05 0.92 0.35 0.58
N7 0.02 0.02 0.07 0.24 0.02 0.17 0.01 0.39 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.20 0.10 0.17 0.59 0.03 1.04 1.22 0.80
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.06 0.02 0.14 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.16 0.10 0.02 0.31 0.03 0.75 0.64 0.38
O2' 0.02 0.76 0.01 0.03 0.45 0.25 0.36 0.08 0.48 0.18 0.65 0.88 0.70 0.20 0.16 0.00 0.05 0.15 0.10 0.44 0.79 0.22 0.24
O3' 0.25 0.22 0.02 0.01 0.14 0.02 0.10 0.18 0.12 0.07 0.16 0.29 0.24 0.10 0.10 0.05 0.00 0.18 0.34 0.13 0.24 0.54 0.26
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.18 0.00 0.06 0.02 0.14 0.25 0.28 0.46 0.40 0.17 0.02 0.15 0.18 0.00 0.17 0.10 0.33 0.37 0.15
O5' 0.22 0.63 0.24 0.20 0.26 0.02 0.29 0.01 0.27 0.68 0.45 0.86 0.55 0.59 0.31 0.10 0.34 0.17 0.00 0.28 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.04 0.10 0.29 0.03 0.15 0.02 0.18 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.44 0.13 0.10 0.28 0.00 0.74 0.68 0.29
OP1 0.62 1.02 0.91 0.44 0.71 0.24 0.77 0.12 0.73 1.08 0.85 1.34 0.92 1.04 0.75 0.79 0.24 0.33 0.02 0.74 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.43 0.28 0.36 0.36 0.28 0.69 0.28 0.51 1.22 0.25 0.81 0.35 1.22 0.64 0.22 0.54 0.37 0.02 0.68 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.70 0.39 0.10 0.19 0.05 0.34 0.02 0.22 0.88 0.45 1.06 0.58 0.80 0.38 0.24 0.26 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 1.23 0.12 0.16 0.88 0.16 1.15 0.09 1.46 0.75 1.51 1.29 0.87 1.03 0.61 0.14 0.31 0.18 0.21 1.65 0.36 0.28 0.16
C2 0.22 0.91 0.11 0.17 0.72 0.17 0.89 0.10 1.05 0.62 1.06 0.87 0.69 0.81 0.51 0.13 0.31 0.14 0.14 1.13 0.29 0.26 0.09
C2' 0.48 1.35 0.44 0.48 0.98 0.41 1.19 0.42 1.47 0.84 1.56 1.47 1.00 1.07 0.75 0.46 0.57 0.41 0.43 1.61 0.63 0.38 0.39
C3' 0.53 1.68 0.32 0.28 1.23 0.19 1.49 0.23 1.84 1.03 1.95 1.82 1.27 1.34 0.92 0.25 0.32 0.40 0.21 2.03 0.30 0.42 0.13
C4 0.28 1.09 0.12 0.16 0.85 0.12 1.12 0.11 1.38 0.78 1.38 1.04 0.77 1.04 0.62 0.14 0.30 0.20 0.13 1.54 0.27 0.30 0.10
C4' 0.61 1.51 0.41 0.38 1.15 0.48 1.42 0.50 1.76 1.02 1.82 1.59 1.14 1.31 0.89 0.40 0.30 0.59 0.58 1.98 0.49 0.70 0.56
C5 0.30 0.92 0.16 0.20 0.83 0.13 1.15 0.23 1.40 0.87 1.31 0.75 0.64 1.13 0.65 0.18 0.34 0.25 0.18 1.60 0.30 0.35 0.17
C5' 0.80 1.46 0.67 0.72 1.19 0.85 1.48 0.90 1.81 1.14 1.82 1.48 1.12 1.40 0.99 0.71 0.68 0.86 0.96 2.07 0.89 1.04 0.95
C6 0.29 0.70 0.19 0.23 0.74 0.16 1.07 0.29 1.24 0.86 1.06 0.51 0.49 1.10 0.62 0.19 0.36 0.26 0.25 1.41 0.36 0.35 0.24
C8 0.31 1.06 0.14 0.17 0.89 0.11 1.23 0.19 1.54 0.90 1.47 0.95 0.74 1.20 0.68 0.15 0.31 0.26 0.14 1.80 0.26 0.36 0.15
N1 0.25 0.71 0.17 0.22 0.69 0.16 0.92 0.21 1.04 0.73 0.94 0.58 0.53 0.91 0.55 0.19 0.35 0.20 0.19 1.14 0.30 0.30 0.17
N2 0.18 0.81 0.08 0.15 0.60 0.25 0.69 0.16 0.83 0.45 0.88 0.82 0.64 0.60 0.40 0.10 0.28 0.16 0.20 0.88 0.37 0.22 0.15
N3 0.24 1.09 0.09 0.14 0.79 0.17 0.99 0.09 1.22 0.66 1.27 1.11 0.79 0.89 0.55 0.11 0.29 0.15 0.16 1.33 0.33 0.26 0.12
N7 0.32 0.91 0.17 0.21 0.85 0.14 1.22 0.27 1.50 0.93 1.37 0.72 0.63 1.22 0.68 0.18 0.34 0.29 0.21 1.77 0.32 0.38 0.21
N9 0.29 1.16 0.12 0.15 0.89 0.11 1.18 0.10 1.48 0.81 1.49 1.14 0.81 1.10 0.65 0.13 0.29 0.21 0.13 1.68 0.27 0.32 0.12
O2' 0.86 1.03 0.97 1.03 0.83 1.06 0.92 1.05 1.09 0.83 1.18 1.16 0.82 0.87 0.81 1.02 1.11 0.93 1.09 1.20 1.32 0.84 1.06
O3' 0.55 1.67 0.39 0.42 1.20 0.37 1.43 0.38 1.77 0.98 1.91 1.86 1.26 1.26 0.89 0.38 0.50 0.45 0.48 1.95 0.69 0.43 0.44
O4' 0.63 1.34 0.44 0.41 1.06 0.56 1.32 0.55 1.63 0.97 1.65 1.37 1.02 1.23 0.84 0.45 0.30 0.65 0.65 1.85 0.58 0.76 0.66
O5' 0.79 1.08 0.79 0.87 0.91 1.01 1.18 1.04 1.48 0.94 1.45 1.04 0.81 1.15 0.81 0.88 0.89 0.92 1.11 1.76 1.08 1.11 1.10
O6 0.29 0.42 0.21 0.25 0.64 0.21 1.03 0.41 1.15 0.92 0.82 0.41 0.30 1.15 0.61 0.20 0.38 0.32 0.37 1.36 0.50 0.39 0.34
OP1 1.16 0.33 1.31 1.46 0.55 1.61 0.63 1.60 0.84 0.77 0.73 0.21 0.45 0.72 0.79 1.44 1.52 1.37 1.74 1.18 1.75 1.61 1.73
OP2 0.87 1.21 0.80 0.98 1.09 1.19 1.46 1.32 1.78 1.22 1.67 1.10 0.90 1.47 1.00 0.94 1.08 1.08 1.39 2.12 1.46 1.36 1.39
P 0.95 0.87 1.01 1.17 0.84 1.32 1.12 1.37 1.39 0.98 1.29 0.76 0.67 1.15 0.85 1.14 1.26 1.14 1.45 1.71 1.46 1.40 1.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.17 0.00 0.17 0.04 0.25 0.28 0.15
C2 0.06 0.00 0.17 0.19 0.01 0.07 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.14 0.05 0.23 0.03 0.26 0.38 0.23
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.11 0.09 0.06 0.14 0.21 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.08 0.27 0.28 0.17
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.25 0.20 0.22 0.19 0.16 0.24 0.15 0.02 0.01 0.02 0.21 0.28 0.24 0.28 0.21
C4 0.03 0.01 0.09 0.18 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.06 0.02 0.25 0.03 0.25 0.42 0.27
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.08 0.10 0.07 0.14 0.06 0.20 0.02 0.01 0.02 0.12 0.23 0.27 0.09
C5 0.02 0.03 0.05 0.23 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.03 0.29 0.02 0.23 0.55 0.35
C5' 0.04 0.06 0.11 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.16 0.18 0.11 0.07 0.05 0.21 0.08 0.09 0.13 0.01 0.01 0.20 0.21 0.14 0.02
C6 0.04 0.02 0.09 0.25 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.24 0.12 0.03 0.29 0.01 0.23 0.57 0.35
C8 0.03 0.02 0.06 0.20 0.01 0.13 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.06 0.31 0.04 0.23 0.58 0.37
N1 0.06 0.01 0.14 0.22 0.02 0.08 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.26 0.11 0.04 0.26 0.03 0.25 0.47 0.29
N2 0.07 0.01 0.21 0.19 0.02 0.10 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.25 0.20 0.07 0.22 0.05 0.29 0.35 0.21
N3 0.06 0.01 0.16 0.16 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.15 0.06 0.22 0.03 0.27 0.36 0.22
N7 0.02 0.03 0.03 0.24 0.01 0.14 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.19 0.15 0.06 0.32 0.04 0.23 0.67 0.41
N9 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.03 0.01 0.25 0.03 0.25 0.41 0.27
O2' 0.03 0.24 0.00 0.02 0.19 0.20 0.21 0.09 0.24 0.15 0.26 0.25 0.21 0.19 0.13 0.00 0.04 0.14 0.06 0.25 0.27 0.20 0.06
O3' 0.17 0.14 0.01 0.01 0.06 0.02 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.20 0.15 0.15 0.03 0.04 0.00 0.13 0.15 0.16 0.23 0.32 0.19
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.01 0.14 0.13 0.00 0.26 0.04 0.25 0.24 0.19
O5' 0.17 0.23 0.17 0.21 0.25 0.02 0.29 0.01 0.29 0.31 0.26 0.22 0.22 0.32 0.25 0.06 0.15 0.26 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.08 0.28 0.03 0.12 0.02 0.20 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.25 0.16 0.04 0.32 0.00 0.24 0.66 0.41
OP1 0.25 0.26 0.27 0.24 0.25 0.23 0.23 0.21 0.23 0.23 0.25 0.29 0.27 0.23 0.25 0.27 0.23 0.25 0.02 0.24 0.00 0.03 0.02
OP2 0.28 0.38 0.28 0.28 0.42 0.27 0.55 0.14 0.57 0.58 0.47 0.35 0.36 0.67 0.41 0.20 0.32 0.24 0.02 0.66 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.23 0.17 0.21 0.27 0.09 0.35 0.02 0.35 0.37 0.29 0.21 0.22 0.41 0.27 0.06 0.19 0.19 0.01 0.41 0.02 0.01 0.00