ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N7 A 0, -0.001, 0.031, 0.062, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.001, 0.043, 0.085, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.043 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.026, 0.069, 0.112, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.069 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.034, 0.084, 0.134, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.084 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.030, 0.089, 0.147, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.089 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.033, 0.103, 0.173, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.103 std_dev=0.070
P B 0, 0.065, 0.150, 0.235, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.150 std_dev=0.085
C5' A 0, 0.060, 0.156, 0.252, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.156 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.053, 0.153, 0.253, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.153 std_dev=0.100
OP1 A 0, 0.121, 0.227, 0.332, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.227 std_dev=0.105
OP2 B 0, 0.123, 0.237, 0.351, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.237 std_dev=0.114
O5' B 0, 0.076, 0.196, 0.317, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.196 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.051, 0.173, 0.294, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.108, 0.232, 0.355, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.232 std_dev=0.124
P A 0, 0.148, 0.279, 0.410, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.279 std_dev=0.131
OP1 B 0, 0.092, 0.234, 0.377, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.234 std_dev=0.143
C5' B 0, 0.179, 0.325, 0.471, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.325 std_dev=0.146
C4' B 0, 0.179, 0.353, 0.527, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.353 std_dev=0.174
OP2 A 0, 0.196, 0.372, 0.548, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.372 std_dev=0.176
O4' B 0, 0.175, 0.352, 0.528, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.352 std_dev=0.177
C3' B 0, 0.162, 0.360, 0.557, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.360 std_dev=0.197
N9 B 0, 0.141, 0.339, 0.538, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.339 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.128, 0.333, 0.538, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.333 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.155, 0.362, 0.569, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.362 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.148, 0.362, 0.576, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.362 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.150, 0.374, 0.598, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.374 std_dev=0.224
O3' B 0, 0.182, 0.413, 0.644, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.413 std_dev=0.231
C2' B 0, 0.161, 0.394, 0.627, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.394 std_dev=0.233
N7 B 0, 0.131, 0.365, 0.599, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.365 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.156, 0.398, 0.640, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.398 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.173, 0.419, 0.665, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.419 std_dev=0.246
N1 B 0, 0.183, 0.430, 0.678, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.430 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.171, 0.424, 0.678, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.424 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.166, 0.437, 0.708, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.437 std_dev=0.271
O6 B 0, 0.182, 0.463, 0.744, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.463 std_dev=0.281
N2 B 0, 0.174, 0.470, 0.766, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.470 std_dev=0.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.10 0.01 0.12 0.14 0.11
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.00 0.12 0.14 0.11
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.09 0.01 0.11 0.13 0.10
N2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.08 0.01 0.09 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.08 0.00 0.09 0.11 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.13 0.15 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.10 0.10 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05
O5' 0.06 0.08 0.03 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.03 0.03 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.10 0.00 0.12 0.15 0.12
OP1 0.07 0.09 0.06 0.06 0.10 0.04 0.12 0.04 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10 0.05 0.06 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.06 0.04 0.12 0.02 0.14 0.01 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.15 0.10 0.04 0.04 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.04 0.03 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.03 0.02 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.13 0.05 0.08 0.07 0.14 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.06 0.07 0.08 0.07
C2 0.07 0.11 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.12 0.06 0.07 0.09 0.15 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08
C2' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.12 0.06 0.09 0.08 0.15 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.03 0.07 0.03
C3' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.12 0.04 0.08 0.05 0.12 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.03 0.07 0.03
C4 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.11 0.04 0.09 0.07 0.13 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.09 0.08
C4' 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.13 0.05 0.08 0.05 0.09 0.04 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06
C5 0.10 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.11 0.05 0.08 0.06 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.08
C5' 0.08 0.04 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.13 0.07 0.10 0.05 0.05 0.04 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06
C6 0.12 0.07 0.12 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.08 0.13 0.07 0.08 0.08 0.13 0.12 0.11 0.09 0.11 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08
C8 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09
N1 0.11 0.06 0.10 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07
N2 0.07 0.14 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.14 0.09 0.06 0.12 0.17 0.13 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09
N3 0.06 0.12 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.13 0.06 0.07 0.10 0.18 0.09 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.09 0.08 0.08
N7 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.12 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09
N9 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.11 0.05 0.09 0.06 0.13 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.08
O2' 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.11 0.09 0.16 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.08 0.04 0.08 0.04
O3' 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.12 0.04 0.08 0.06 0.13 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.07 0.04 0.03 0.09 0.03
O4' 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.14 0.05 0.08 0.06 0.10 0.04 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.11 0.06 0.09 0.09 0.09
O5' 0.12 0.07 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.14 0.09 0.13 0.07 0.06 0.08 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.10 0.06 0.07 0.07
O6 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.10 0.16 0.06 0.15 0.17 0.13 0.10 0.13 0.17 0.16 0.15 0.11 0.13 0.06 0.14 0.09 0.11 0.09
OP1 0.12 0.07 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.15 0.10 0.14 0.08 0.05 0.08 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08
OP2 0.14 0.09 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.15 0.12 0.15 0.10 0.08 0.10 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10
P 0.12 0.07 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.14 0.10 0.13 0.08 0.06 0.08 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.10 0.07 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.08 0.13 0.01 0.11 0.15 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.16 0.14 0.09
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.16 0.11 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.11 0.16 0.08
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.06 0.12 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.08 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.10 0.19 0.10
C5' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.08 0.12 0.19 0.14 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.09 0.00 0.11 0.17 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.08 0.01 0.12 0.22 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.11 0.01 0.11 0.16 0.10
N2 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.10 0.15 0.01 0.12 0.14 0.12
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.08 0.13 0.00 0.12 0.15 0.10
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.09 0.01 0.12 0.23 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.18 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.16 0.13 0.08
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.18 0.11 0.11
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.10 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.14 0.08
O5' 0.02 0.13 0.04 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.11 0.15 0.13 0.09 0.06 0.03 0.06 0.03 0.00 0.10 0.02 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.10 0.00 0.12 0.18 0.12
OP1 0.13 0.11 0.16 0.16 0.11 0.11 0.10 0.07 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.16 0.18 0.12 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.15 0.14 0.11 0.16 0.08 0.19 0.01 0.17 0.22 0.16 0.14 0.15 0.23 0.18 0.13 0.11 0.14 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.05 0.10 0.00 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.08 0.08 0.11 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00