ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51507

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.032, 0.057, 0.083, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.057 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.030, 0.061, 0.091, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.061 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.038, 0.071, 0.104, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.071 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.054, 0.102, 0.150, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.102 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.065, 0.124, 0.184, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.124 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.044, 0.103, 0.163, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.075, 0.161, 0.246, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.161 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.056, 0.145, 0.234, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.145 std_dev=0.089
C5 B 0, 0.099, 0.217, 0.336, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.217 std_dev=0.118
C4 B 0, 0.101, 0.219, 0.338, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.219 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.069, 0.188, 0.307, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.188 std_dev=0.119
C2 B 0, 0.063, 0.186, 0.309, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.186 std_dev=0.123
N3 B 0, 0.079, 0.205, 0.331, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.205 std_dev=0.126
N1 B 0, 0.071, 0.201, 0.331, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.201 std_dev=0.130
C6 B 0, 0.086, 0.219, 0.352, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.219 std_dev=0.133
N2 B 0, 0.069, 0.207, 0.345, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.207 std_dev=0.138
N7 B 0, 0.131, 0.269, 0.408, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.269 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.100, 0.241, 0.381, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.241 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.083, 0.227, 0.370, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.227 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.133, 0.276, 0.419, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.276 std_dev=0.143
C1' B 0, 0.154, 0.313, 0.472, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.313 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.147, 0.308, 0.468, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.308 std_dev=0.160
O6 B 0, 0.113, 0.277, 0.442, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.277 std_dev=0.165
P A 0, 0.090, 0.259, 0.427, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.259 std_dev=0.168
OP1 A 0, 0.107, 0.275, 0.444, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.275 std_dev=0.169
C2' B 0, 0.184, 0.367, 0.550, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.367 std_dev=0.183
O4' B 0, 0.202, 0.385, 0.569, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.385 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.217, 0.408, 0.599, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.408 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.194, 0.387, 0.580, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.387 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.209, 0.403, 0.596, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.403 std_dev=0.194
C5' B 0, 0.220, 0.422, 0.623, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.422 std_dev=0.201
O5' B 0, 0.186, 0.389, 0.591, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.389 std_dev=0.202
O3' B 0, 0.182, 0.386, 0.591, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.386 std_dev=0.205
OP2 A 0, 0.122, 0.328, 0.535, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.328 std_dev=0.207
P B 0, 0.209, 0.436, 0.663, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.436 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.264, 0.522, 0.780, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.522 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.176, 0.477, 0.777, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.477 std_dev=0.300

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.10 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.08 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.07 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.04 0.03
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.00 0.10 0.10 0.08
N2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.08 0.01 0.10 0.11 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.01 0.09 0.09 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.05 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.08 0.06 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.10 0.07 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.02 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.08 0.07
OP1 0.07 0.10 0.05 0.04 0.09 0.05 0.09 0.03 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.06 0.04 0.08 0.02 0.09 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.10 0.07 0.07 0.08 0.04 0.07 0.03 0.08 0.04 0.10 0.11 0.09 0.05 0.06 0.07 0.08 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.03 0.08 0.10 0.08 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.05 0.11 0.04 0.13 0.05 0.12 0.07 0.05 0.05 0.12 0.07 0.07 0.04 0.06 0.17 0.11 0.14 0.14 0.12 0.26 0.15
C2 0.13 0.09 0.12 0.16 0.09 0.17 0.09 0.14 0.08 0.11 0.06 0.12 0.11 0.12 0.10 0.13 0.19 0.16 0.14 0.11 0.11 0.19 0.13
C2' 0.04 0.04 0.04 0.09 0.05 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.07 0.04 0.10 0.05 0.06 0.14 0.07 0.12 0.16 0.10 0.26 0.14
C3' 0.05 0.04 0.04 0.09 0.04 0.10 0.06 0.09 0.08 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.14 0.07 0.11 0.14 0.09 0.24 0.13
C4 0.11 0.12 0.09 0.13 0.08 0.15 0.06 0.13 0.07 0.06 0.09 0.15 0.12 0.07 0.08 0.09 0.18 0.14 0.15 0.12 0.12 0.23 0.15
C4' 0.07 0.08 0.05 0.11 0.04 0.12 0.05 0.11 0.07 0.05 0.07 0.11 0.07 0.06 0.04 0.06 0.17 0.10 0.13 0.12 0.11 0.25 0.14
C5 0.12 0.14 0.10 0.13 0.11 0.15 0.09 0.14 0.10 0.07 0.12 0.15 0.14 0.08 0.10 0.10 0.16 0.15 0.15 0.11 0.13 0.21 0.15
C5' 0.08 0.10 0.06 0.10 0.06 0.12 0.06 0.10 0.08 0.05 0.09 0.13 0.08 0.07 0.06 0.07 0.16 0.10 0.12 0.12 0.10 0.23 0.13
C6 0.14 0.14 0.11 0.13 0.12 0.15 0.10 0.14 0.10 0.09 0.11 0.15 0.14 0.10 0.12 0.12 0.16 0.15 0.14 0.10 0.13 0.18 0.13
C8 0.11 0.13 0.08 0.12 0.09 0.14 0.07 0.13 0.09 0.05 0.12 0.15 0.12 0.05 0.08 0.07 0.16 0.14 0.15 0.12 0.14 0.25 0.16
N1 0.14 0.11 0.12 0.14 0.10 0.16 0.08 0.14 0.07 0.10 0.07 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.17 0.16 0.14 0.08 0.12 0.17 0.13
N2 0.15 0.08 0.16 0.19 0.11 0.19 0.13 0.15 0.12 0.14 0.08 0.09 0.11 0.15 0.13 0.16 0.22 0.17 0.14 0.13 0.09 0.17 0.12
N3 0.11 0.11 0.10 0.15 0.08 0.16 0.08 0.14 0.09 0.09 0.07 0.13 0.11 0.11 0.08 0.11 0.19 0.14 0.15 0.13 0.11 0.22 0.14
N7 0.12 0.15 0.09 0.12 0.12 0.14 0.10 0.14 0.12 0.07 0.13 0.16 0.14 0.08 0.10 0.09 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.23 0.15
N9 0.09 0.12 0.07 0.12 0.07 0.14 0.05 0.13 0.07 0.04 0.09 0.14 0.11 0.06 0.06 0.07 0.17 0.13 0.15 0.12 0.13 0.25 0.16
O2' 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.09 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10 0.06 0.06 0.12 0.07 0.06 0.12 0.07 0.13 0.17 0.09 0.26 0.14
O3' 0.06 0.04 0.06 0.10 0.05 0.11 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.07 0.15 0.07 0.11 0.14 0.10 0.24 0.12
O4' 0.09 0.11 0.07 0.12 0.07 0.14 0.06 0.12 0.08 0.05 0.09 0.14 0.10 0.06 0.06 0.07 0.18 0.12 0.15 0.12 0.12 0.26 0.15
O5' 0.07 0.10 0.05 0.08 0.06 0.10 0.06 0.08 0.09 0.06 0.10 0.13 0.08 0.07 0.06 0.07 0.14 0.09 0.10 0.12 0.08 0.20 0.10
O6 0.14 0.15 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.12 0.13 0.15 0.15 0.12 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.12 0.14 0.15 0.13
OP1 0.10 0.14 0.08 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.11 0.07 0.13 0.16 0.12 0.07 0.09 0.08 0.16 0.12 0.09 0.12 0.09 0.17 0.10
OP2 0.07 0.11 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.06 0.10 0.13 0.09 0.06 0.06 0.07 0.13 0.08 0.09 0.11 0.08 0.18 0.09
P 0.06 0.10 0.04 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.04 0.10 0.13 0.08 0.05 0.05 0.06 0.13 0.08 0.08 0.11 0.07 0.17 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.05 0.07 0.01 0.03 0.15 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.10 0.04
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.06 0.10 0.05
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.06 0.00 0.04 0.12 0.05
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.11 0.10 0.09
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.05 0.07 0.01 0.03 0.14 0.05
N2 0.03 0.00 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.06 0.10 0.01 0.05 0.18 0.09
N3 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.04 0.06 0.01 0.04 0.12 0.04
N7 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.08 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.08 0.04 0.03
O3' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.10 0.14 0.11 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.02 0.02
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.06 0.04
O5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.07 0.10 0.06 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.07 0.00 0.05 0.12 0.05
OP1 0.08 0.03 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.02 0.04 0.11 0.03 0.05 0.04 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.15 0.04 0.02 0.10 0.03 0.10 0.01 0.12 0.10 0.14 0.18 0.12 0.09 0.08 0.04 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.09 0.05 0.09 0.04 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00