ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51508

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.029, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.020, 0.037, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.018, 0.043, 0.069, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.017, 0.042, 0.068, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.042 std_dev=0.026
C2' B 0, 0.212, 0.472, 0.733, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.472 std_dev=0.261
O4' A 0, 0.045, 0.503, 0.960, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.503 std_dev=0.457
C2' A 0, 0.057, 0.531, 1.004, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.531 std_dev=0.474
O2' B 0, 0.244, 0.878, 1.512, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.878 std_dev=0.634
O2' A 0, -0.023, 0.625, 1.273, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.625 std_dev=0.648
OP2 A 0, 0.450, 1.118, 1.786, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.118 std_dev=0.668
C4' A 0, 0.135, 0.824, 1.512, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.824 std_dev=0.688
C3' A 0, 0.129, 0.857, 1.584, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.857 std_dev=0.727
C3' B 0, 0.384, 1.356, 2.328, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.356 std_dev=0.972
O3' A 0, 0.146, 1.148, 2.151, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.148 std_dev=1.002
C1' B 0, -0.029, 0.980, 1.989, 3.218 max_d=3.218 avg_d=0.980 std_dev=1.009
C5' A 0, 0.265, 1.353, 2.440, 3.673 max_d=3.673 avg_d=1.353 std_dev=1.088
O5' A 0, 0.229, 1.376, 2.522, 3.923 max_d=3.923 avg_d=1.376 std_dev=1.147
P A 0, 0.346, 1.568, 2.790, 4.226 max_d=4.226 avg_d=1.568 std_dev=1.222
C4' B 0, 0.408, 1.806, 3.205, 3.843 max_d=3.843 avg_d=1.806 std_dev=1.399
O4' B 0, 0.184, 1.598, 3.012, 4.320 max_d=4.320 avg_d=1.598 std_dev=1.414
N9 B 0, -0.266, 1.186, 2.639, 4.580 max_d=4.580 avg_d=1.186 std_dev=1.452
O3' B 0, 0.550, 2.161, 3.773, 3.677 max_d=3.677 avg_d=2.161 std_dev=1.612
C8 B 0, -0.429, 1.293, 3.014, 5.390 max_d=5.390 avg_d=1.293 std_dev=1.722
OP1 A 0, 0.697, 2.422, 4.146, 5.446 max_d=5.446 avg_d=2.422 std_dev=1.724
C5' B 0, 0.543, 2.378, 4.214, 5.607 max_d=5.607 avg_d=2.378 std_dev=1.835
C4 B 0, -0.433, 1.525, 3.483, 6.101 max_d=6.101 avg_d=1.525 std_dev=1.958
O5' B 0, 0.114, 2.115, 4.116, 6.300 max_d=6.300 avg_d=2.115 std_dev=2.001
N7 B 0, -0.530, 1.600, 3.729, 6.656 max_d=6.656 avg_d=1.600 std_dev=2.130
N3 B 0, -0.522, 1.684, 3.890, 6.829 max_d=6.829 avg_d=1.684 std_dev=2.206
C5 B 0, -0.579, 1.784, 4.147, 7.327 max_d=7.327 avg_d=1.784 std_dev=2.363
P B 0, -0.017, 2.570, 5.156, 8.297 max_d=8.297 avg_d=2.570 std_dev=2.587
OP2 B 0, -0.262, 2.463, 5.188, 8.735 max_d=8.735 avg_d=2.463 std_dev=2.725
OP1 B 0, 0.419, 3.155, 5.892, 8.152 max_d=8.152 avg_d=3.155 std_dev=2.736
C2 B 0, -0.823, 2.150, 5.123, 9.097 max_d=9.097 avg_d=2.150 std_dev=2.973
C6 B 0, -0.808, 2.266, 5.340, 9.435 max_d=9.435 avg_d=2.266 std_dev=3.074
N1 B 0, -0.937, 2.426, 5.788, 10.264 max_d=10.264 avg_d=2.426 std_dev=3.363
N2 B 0, -1.045, 2.427, 5.898, 10.559 max_d=10.559 avg_d=2.427 std_dev=3.472
O6 B 0, -0.938, 2.575, 6.088, 10.747 max_d=10.747 avg_d=2.575 std_dev=3.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.14 0.01 0.31 0.10 0.12
C2 0.02 0.00 0.28 0.24 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.27 0.18 0.10 0.01 0.70 0.40 0.15
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.01 0.08 0.15 0.13 0.14 0.22 0.34 0.28 0.08 0.03 0.00 0.07 0.01 0.32 0.10 0.44 0.33 0.37
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.19 0.01 0.20 0.03 0.23 0.17 0.24 0.25 0.22 0.19 0.13 0.02 0.01 0.01 0.11 0.24 0.52 0.28 0.25
C4 0.01 0.01 0.15 0.19 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.17 0.10 0.12 0.00 0.69 0.38 0.17
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.05 0.09 0.06 0.08 0.04 0.23 0.05 0.01 0.02 0.06 0.28 0.21 0.07
C5 0.01 0.00 0.08 0.20 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.17 0.05 0.13 0.01 0.91 0.50 0.23
C5' 0.06 0.11 0.15 0.03 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.18 0.10 0.14 0.09 0.16 0.10 0.08 0.15 0.04 0.01 0.12 0.29 0.40 0.02
C6 0.01 0.00 0.13 0.23 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.22 0.09 0.11 0.00 0.99 0.55 0.24
C8 0.00 0.01 0.14 0.17 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.22 0.15 0.11 0.19 0.01 0.80 0.42 0.25
N1 0.02 0.00 0.22 0.24 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.25 0.15 0.10 0.01 0.87 0.49 0.20
N2 0.03 0.01 0.34 0.25 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.32 0.22 0.11 0.01 0.64 0.37 0.13
N3 0.02 0.00 0.28 0.22 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.24 0.17 0.11 0.00 0.59 0.33 0.13
N7 0.00 0.01 0.08 0.19 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.17 0.05 0.16 0.01 1.00 0.55 0.28
N9 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.14 0.01 0.57 0.30 0.16
O2' 0.04 0.24 0.00 0.02 0.17 0.23 0.21 0.08 0.23 0.22 0.23 0.29 0.22 0.24 0.13 0.00 0.11 0.16 0.24 0.25 0.46 0.27 0.32
O3' 0.09 0.27 0.07 0.01 0.17 0.05 0.17 0.15 0.22 0.15 0.25 0.32 0.24 0.17 0.08 0.11 0.00 0.07 0.23 0.22 0.91 0.39 0.44
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.10 0.01 0.05 0.04 0.09 0.11 0.15 0.22 0.17 0.05 0.01 0.16 0.07 0.00 0.12 0.08 0.15 0.22 0.11
O5' 0.14 0.10 0.32 0.11 0.12 0.02 0.13 0.01 0.11 0.19 0.10 0.11 0.11 0.16 0.14 0.24 0.23 0.12 0.00 0.11 0.06 0.04 0.01
O6 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.22 0.08 0.11 0.00 1.11 0.63 0.27
OP1 0.31 0.70 0.44 0.52 0.69 0.28 0.91 0.29 0.99 0.80 0.87 0.64 0.59 1.00 0.57 0.46 0.91 0.15 0.06 1.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.40 0.33 0.28 0.38 0.21 0.50 0.40 0.55 0.42 0.49 0.37 0.33 0.55 0.30 0.27 0.39 0.22 0.04 0.63 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.15 0.37 0.25 0.17 0.07 0.23 0.02 0.24 0.25 0.20 0.13 0.13 0.28 0.16 0.32 0.44 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 2.10 0.13 0.38 0.86 1.03 0.78 1.40 1.35 0.34 1.98 2.82 1.52 0.19 0.22 0.21 0.84 1.01 1.81 1.33 2.21 2.05 2.23
C2 0.37 1.08 0.17 0.39 0.43 0.72 0.35 0.86 0.59 0.40 0.92 1.44 0.85 0.25 0.24 0.21 1.00 0.84 1.09 0.54 1.29 1.05 1.24
C2' 0.38 2.48 0.45 0.31 1.17 0.88 1.08 1.28 1.69 0.26 2.36 3.22 1.85 0.38 0.47 0.45 0.72 0.88 1.69 1.66 2.12 2.04 2.15
C3' 0.32 2.55 0.44 0.25 1.23 0.83 1.18 1.25 1.84 0.17 2.51 3.29 1.89 0.45 0.48 0.43 0.64 0.83 1.65 1.85 2.13 2.08 2.15
C4 0.42 1.38 0.17 0.34 0.45 0.86 0.34 1.11 0.71 0.52 1.20 1.95 1.01 0.29 0.25 0.21 0.91 0.99 1.45 0.66 1.70 1.52 1.70
C4' 0.33 2.37 0.15 0.36 1.05 1.06 1.04 1.46 1.70 0.20 2.35 3.09 1.70 0.33 0.32 0.15 0.75 1.00 1.88 1.75 2.42 2.25 2.39
C5 0.52 0.90 0.18 0.35 0.18 0.75 0.16 0.96 0.30 0.69 0.71 1.40 0.61 0.51 0.41 0.21 0.96 0.98 1.28 0.25 1.50 1.35 1.50
C5' 0.34 2.27 0.16 0.35 0.99 1.05 0.98 1.43 1.64 0.23 2.26 2.97 1.61 0.30 0.30 0.19 0.74 1.01 1.84 1.70 2.40 2.21 2.35
C6 0.56 0.44 0.20 0.40 0.22 0.61 0.31 0.75 0.13 0.72 0.28 0.82 0.26 0.61 0.51 0.21 1.03 0.89 1.01 0.16 1.19 1.03 1.16
C8 0.48 1.33 0.17 0.32 0.34 0.89 0.21 1.19 0.61 0.67 1.15 1.96 0.91 0.43 0.33 0.21 0.88 1.06 1.59 0.55 1.87 1.76 1.91
N1 0.49 0.51 0.19 0.43 0.17 0.58 0.21 0.69 0.17 0.58 0.38 0.83 0.35 0.45 0.40 0.21 1.07 0.81 0.91 0.16 1.08 0.89 1.03
N2 0.28 1.09 0.18 0.43 0.59 0.67 0.52 0.75 0.71 0.27 0.96 1.32 0.95 0.29 0.29 0.22 1.03 0.67 0.90 0.67 1.10 0.81 1.00
N3 0.34 1.57 0.16 0.36 0.65 0.87 0.55 1.10 0.92 0.36 1.38 2.08 1.21 0.22 0.21 0.20 0.91 0.93 1.40 0.87 1.65 1.42 1.62
N7 0.54 0.93 0.18 0.33 0.17 0.79 0.16 1.03 0.28 0.77 0.74 1.48 0.61 0.58 0.45 0.21 0.93 1.03 1.40 0.21 1.63 1.51 1.66
N9 0.40 1.64 0.15 0.34 0.56 0.94 0.45 1.25 0.91 0.51 1.47 2.30 1.18 0.24 0.22 0.21 0.87 1.03 1.64 0.87 1.95 1.80 1.97
O2' 0.44 2.66 0.32 0.33 1.30 1.01 1.23 1.45 1.90 0.21 2.60 3.38 1.98 0.46 0.54 0.51 0.79 0.96 1.84 1.89 2.28 2.26 2.36
O3' 0.44 2.90 0.56 0.21 1.53 0.70 1.53 1.15 2.25 0.34 2.93 3.62 2.18 0.76 0.72 0.59 0.60 0.71 1.54 2.31 2.03 2.08 2.09
O4' 0.44 2.09 0.18 0.51 0.86 1.16 0.83 1.52 1.42 0.39 2.03 2.80 1.48 0.27 0.29 0.25 0.91 1.10 1.92 1.44 2.41 2.18 2.37
O5' 0.34 2.11 0.25 0.22 0.91 0.89 0.87 1.25 1.47 0.26 2.07 2.80 1.51 0.25 0.29 0.31 0.74 0.94 1.64 1.50 2.14 1.99 2.11
O6 0.61 0.06 0.21 0.44 0.43 0.52 0.54 0.62 0.40 0.82 0.14 0.34 0.14 0.77 0.64 0.21 1.07 0.85 0.86 0.46 1.01 0.90 0.99
OP1 0.37 2.07 0.82 0.57 0.88 0.80 0.76 1.24 1.31 0.41 1.96 2.78 1.52 0.22 0.34 0.80 0.67 0.81 1.73 1.29 2.23 2.24 2.26
OP2 0.56 1.71 0.26 0.54 0.63 1.04 0.52 1.36 1.02 0.57 1.62 2.38 1.20 0.29 0.37 0.38 1.04 1.13 1.75 1.02 2.19 2.05 2.19
P 0.31 2.01 0.33 0.19 0.83 0.83 0.75 1.21 1.32 0.33 1.93 2.69 1.44 0.18 0.25 0.39 0.73 0.91 1.64 1.33 2.14 2.05 2.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.23 0.01 0.50 0.16 0.31
C2 0.03 0.00 0.28 0.29 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.30 0.16 0.19 0.01 0.85 0.21 0.39
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.23 0.12 0.15 0.22 0.33 0.28 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.60 0.09 0.56 0.56 0.65
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.29 0.01 0.36 0.03 0.39 0.31 0.35 0.25 0.24 0.37 0.24 0.01 0.01 0.02 0.32 0.42 0.22 0.20 0.24
C4 0.02 0.01 0.15 0.29 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.21 0.16 0.08 0.18 0.00 0.87 0.22 0.39
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.18 0.09 0.09 0.05 0.19 0.10 0.31 0.03 0.01 0.03 0.16 0.21 0.12 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.36 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.11 0.03 0.17 0.01 1.07 0.30 0.43
C5' 0.07 0.12 0.23 0.03 0.10 0.01 0.16 0.00 0.18 0.15 0.15 0.13 0.10 0.19 0.08 0.08 0.23 0.04 0.02 0.21 0.29 0.18 0.02
C6 0.01 0.00 0.12 0.39 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.15 0.06 0.17 0.00 1.12 0.32 0.44
C8 0.00 0.01 0.15 0.31 0.00 0.18 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.33 0.10 0.11 0.15 0.01 1.02 0.29 0.42
N1 0.02 0.00 0.22 0.35 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.21 0.12 0.18 0.00 1.01 0.27 0.41
N2 0.04 0.01 0.33 0.25 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.40 0.21 0.21 0.01 0.79 0.17 0.38
N3 0.03 0.01 0.28 0.24 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.32 0.16 0.20 0.01 0.76 0.19 0.37
N7 0.00 0.01 0.08 0.37 0.00 0.19 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.38 0.14 0.06 0.17 0.01 1.17 0.35 0.45
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.10 0.01 0.18 0.01 0.79 0.21 0.38
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.21 0.31 0.32 0.08 0.32 0.33 0.24 0.09 0.09 0.38 0.21 0.00 0.07 0.23 0.39 0.36 0.44 0.43 0.47
O3' 0.33 0.30 0.04 0.01 0.16 0.03 0.11 0.23 0.15 0.10 0.21 0.40 0.32 0.14 0.10 0.07 0.00 0.22 0.34 0.17 0.44 0.21 0.32
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.04 0.06 0.11 0.12 0.21 0.16 0.06 0.01 0.23 0.22 0.00 0.11 0.04 0.30 0.27 0.07
O5' 0.23 0.19 0.60 0.32 0.18 0.03 0.17 0.02 0.17 0.15 0.18 0.21 0.20 0.17 0.18 0.39 0.34 0.11 0.00 0.18 0.06 0.03 0.01
O6 0.01 0.01 0.09 0.42 0.00 0.16 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.17 0.04 0.18 0.00 1.23 0.38 0.46
OP1 0.50 0.85 0.56 0.22 0.87 0.21 1.07 0.29 1.12 1.02 1.01 0.79 0.76 1.17 0.79 0.44 0.44 0.30 0.06 1.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.21 0.56 0.20 0.22 0.12 0.30 0.18 0.32 0.29 0.27 0.17 0.19 0.35 0.21 0.43 0.21 0.27 0.03 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.39 0.65 0.24 0.39 0.05 0.43 0.02 0.44 0.42 0.41 0.38 0.37 0.45 0.38 0.47 0.32 0.07 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00