Doublet Group distance statistics: 51509

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.020, 0.040, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.040 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.038 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.015, 0.049, 0.084, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.025, 0.072, 0.119, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.072 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.160, 0.408, 0.656, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.408 std_dev=0.248
O4' A 0, -0.006, 0.297, 0.600, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.297 std_dev=0.303
O2' B 0, 0.215, 0.527, 0.839, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.527 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.228, 0.619, 1.010, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.619 std_dev=0.391
C1' B 0, 0.198, 0.596, 0.993, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.596 std_dev=0.398
N9 B 0, 0.202, 0.650, 1.099, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.650 std_dev=0.448
P B 0, 0.336, 0.845, 1.354, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.845 std_dev=0.509
C8 B 0, 0.325, 0.862, 1.399, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.862 std_dev=0.537
O5' A 0, 0.341, 0.878, 1.416, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.878 std_dev=0.538
C4' A 0, 0.073, 0.616, 1.159, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.616 std_dev=0.543
C3' A 0, 0.225, 0.786, 1.346, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.786 std_dev=0.561
C5' A 0, 0.176, 0.770, 1.363, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.770 std_dev=0.593
P A 0, 0.661, 1.338, 2.015, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.338 std_dev=0.677
O2' A 0, 0.204, 0.907, 1.611, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.907 std_dev=0.703
O5' B 0, 0.594, 1.326, 2.059, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.326 std_dev=0.733
N3 B 0, 0.356, 1.136, 1.916, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.136 std_dev=0.780
C4 B 0, 0.231, 1.031, 1.831, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.031 std_dev=0.800
O4' B 0, 0.270, 1.190, 2.110, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.190 std_dev=0.920
N7 B 0, 0.449, 1.375, 2.301, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.375 std_dev=0.926
OP1 B 0, 1.219, 2.291, 3.363, 3.010 max_d=3.010 avg_d=2.291 std_dev=1.072
O3' A 0, 0.283, 1.360, 2.437, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.360 std_dev=1.077
OP1 A 0, 1.082, 2.239, 3.396, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.239 std_dev=1.157
C5 B 0, 0.300, 1.481, 2.662, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.481 std_dev=1.181
C2 B 0, 0.503, 1.716, 2.929, 3.132 max_d=3.132 avg_d=1.716 std_dev=1.213
OP2 B 0, 1.233, 2.461, 3.688, 3.992 max_d=3.992 avg_d=2.461 std_dev=1.227
N2 B 0, 0.618, 1.913, 3.208, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.913 std_dev=1.295
C4' B 0, 0.311, 1.635, 2.959, 3.272 max_d=3.272 avg_d=1.635 std_dev=1.324
C3' B 0, 0.313, 1.671, 3.029, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.671 std_dev=1.358
C5' B 0, 0.359, 1.749, 3.140, 3.730 max_d=3.730 avg_d=1.749 std_dev=1.390
OP2 A 0, 0.698, 2.185, 3.672, 4.199 max_d=4.199 avg_d=2.185 std_dev=1.487
N1 B 0, 0.526, 2.178, 3.830, 4.149 max_d=4.149 avg_d=2.178 std_dev=1.652
C6 B 0, 0.379, 2.088, 3.796, 4.216 max_d=4.216 avg_d=2.088 std_dev=1.709
O3' B 0, 0.374, 2.524, 4.674, 4.756 max_d=4.756 avg_d=2.524 std_dev=2.150
O6 B 0, 0.442, 2.592, 4.743, 5.222 max_d=5.222 avg_d=2.592 std_dev=2.151

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.03 0.05 0.10 0.08 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.14 0.02 0.71 0.42 0.29
C2 0.08 0.00 0.16 0.15 0.02 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.29 0.44 0.14 0.18 0.03 0.89 0.75 0.19
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.11 0.02 0.10 0.22 0.12 0.06 0.15 0.19 0.15 0.06 0.04 0.00 0.05 0.02 0.48 0.12 0.78 0.34 0.55
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.24 0.01 0.38 0.02 0.37 0.43 0.26 0.13 0.11 0.47 0.25 0.02 0.01 0.04 0.08 0.44 0.24 0.15 0.09
C4 0.03 0.02 0.11 0.24 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.22 0.06 0.20 0.00 0.90 0.74 0.19
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.12 0.23 0.06 0.15 0.09 0.22 0.10 0.30 0.01 0.01 0.02 0.17 0.17 0.21 0.12
C5 0.01 0.01 0.10 0.38 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.18 0.04 0.34 0.01 0.92 0.98 0.20
C5' 0.09 0.12 0.22 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.18 0.21 0.13 0.15 0.12 0.25 0.10 0.09 0.24 0.02 0.01 0.23 0.20 0.32 0.02
C6 0.02 0.02 0.12 0.37 0.00 0.12 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.36 0.20 0.05 0.36 0.01 0.91 1.08 0.23
C8 0.03 0.02 0.06 0.43 0.01 0.23 0.02 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.27 0.26 0.12 0.35 0.03 0.93 0.86 0.19
N1 0.05 0.01 0.15 0.26 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.34 0.29 0.09 0.27 0.03 0.90 0.95 0.19
N2 0.10 0.01 0.19 0.13 0.02 0.15 0.02 0.15 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.26 0.60 0.18 0.17 0.05 0.88 0.68 0.19
N3 0.08 0.01 0.15 0.11 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.24 0.46 0.14 0.15 0.02 0.88 0.63 0.22
N7 0.02 0.02 0.06 0.47 0.01 0.22 0.00 0.25 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.34 0.30 0.09 0.43 0.03 0.93 1.09 0.23
N9 0.01 0.03 0.04 0.25 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.13 0.03 0.17 0.02 0.87 0.63 0.21
O2' 0.03 0.29 0.00 0.02 0.28 0.30 0.34 0.09 0.36 0.27 0.34 0.26 0.24 0.34 0.22 0.00 0.04 0.18 0.37 0.39 0.65 0.32 0.47
O3' 0.33 0.44 0.05 0.01 0.22 0.01 0.18 0.24 0.20 0.26 0.29 0.60 0.46 0.30 0.13 0.04 0.00 0.21 0.21 0.24 0.50 0.30 0.28
O4' 0.01 0.14 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.12 0.09 0.18 0.14 0.09 0.03 0.18 0.21 0.00 0.10 0.05 0.48 0.48 0.31
O5' 0.14 0.18 0.48 0.08 0.20 0.02 0.34 0.01 0.36 0.35 0.27 0.17 0.15 0.43 0.17 0.37 0.21 0.10 0.00 0.44 0.02 0.04 0.01
O6 0.02 0.03 0.12 0.44 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.39 0.24 0.05 0.44 0.00 0.88 1.24 0.29
OP1 0.71 0.89 0.78 0.24 0.90 0.17 0.92 0.20 0.91 0.93 0.90 0.88 0.88 0.93 0.87 0.65 0.50 0.48 0.02 0.88 0.00 0.06 0.01
OP2 0.42 0.75 0.34 0.15 0.74 0.21 0.98 0.32 1.08 0.86 0.95 0.68 0.63 1.09 0.63 0.32 0.30 0.48 0.04 1.24 0.06 0.00 0.02
P 0.29 0.19 0.55 0.09 0.19 0.12 0.20 0.02 0.23 0.19 0.19 0.19 0.22 0.23 0.21 0.47 0.28 0.31 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.14 0.17 0.29 0.25 0.54 0.15 0.51 0.06 0.27 0.07 0.12 0.27 0.18 0.32 0.25 0.88 0.67 0.60 0.08 0.63 0.37 0.38
C2 0.30 0.20 0.24 0.38 0.17 0.36 0.16 0.36 0.14 0.27 0.18 0.35 0.15 0.22 0.25 0.29 1.00 0.40 0.43 0.15 0.67 0.39 0.33
C2' 0.25 0.24 0.44 0.22 0.22 0.20 0.19 0.17 0.18 0.20 0.20 0.32 0.24 0.19 0.22 0.30 0.40 0.42 0.43 0.17 0.45 0.32 0.21
C3' 0.55 0.71 0.17 0.16 0.64 0.52 0.67 0.52 0.71 0.61 0.74 0.76 0.65 0.65 0.60 0.26 0.58 0.81 0.71 0.72 0.69 0.50 0.53
C4 0.32 0.13 0.24 0.35 0.15 0.43 0.11 0.41 0.10 0.23 0.14 0.26 0.12 0.16 0.24 0.28 0.97 0.48 0.47 0.12 0.65 0.37 0.33
C4' 0.60 0.41 0.10 0.34 0.49 0.73 0.42 0.71 0.35 0.50 0.33 0.41 0.50 0.45 0.53 0.29 0.89 0.93 0.82 0.31 0.77 0.48 0.58
C5 0.31 0.17 0.24 0.42 0.16 0.41 0.13 0.40 0.11 0.25 0.16 0.30 0.13 0.19 0.24 0.33 1.05 0.44 0.44 0.13 0.70 0.38 0.35
C5' 0.58 0.40 0.11 0.38 0.47 0.73 0.41 0.71 0.35 0.49 0.33 0.39 0.48 0.44 0.52 0.26 0.95 0.90 0.78 0.32 0.77 0.48 0.57
C6 0.31 0.21 0.24 0.50 0.18 0.38 0.17 0.39 0.14 0.29 0.18 0.35 0.17 0.24 0.26 0.35 1.12 0.39 0.41 0.14 0.75 0.41 0.37
C8 0.33 0.09 0.24 0.36 0.16 0.46 0.10 0.44 0.07 0.22 0.11 0.17 0.14 0.15 0.24 0.29 0.99 0.52 0.48 0.10 0.66 0.37 0.34
N1 0.31 0.23 0.25 0.50 0.19 0.36 0.19 0.37 0.15 0.31 0.19 0.37 0.19 0.26 0.27 0.35 1.11 0.37 0.41 0.16 0.74 0.41 0.36
N2 0.31 0.22 0.23 0.35 0.20 0.32 0.20 0.33 0.17 0.31 0.19 0.34 0.18 0.27 0.27 0.25 0.95 0.36 0.43 0.18 0.66 0.39 0.33
N3 0.31 0.14 0.23 0.30 0.15 0.40 0.11 0.38 0.10 0.22 0.15 0.29 0.10 0.16 0.23 0.24 0.91 0.47 0.46 0.13 0.62 0.37 0.32
N7 0.32 0.14 0.24 0.42 0.16 0.43 0.12 0.42 0.10 0.24 0.14 0.24 0.13 0.18 0.24 0.32 1.04 0.46 0.45 0.12 0.70 0.37 0.35
N9 0.34 0.08 0.23 0.31 0.16 0.46 0.09 0.44 0.06 0.22 0.11 0.16 0.15 0.14 0.25 0.27 0.93 0.55 0.51 0.11 0.63 0.36 0.33
O2' 0.43 0.40 0.18 0.11 0.37 0.33 0.32 0.29 0.27 0.35 0.30 0.50 0.42 0.32 0.38 0.41 0.53 0.57 0.59 0.24 0.56 0.36 0.35
O3' 1.22 1.49 0.50 0.65 1.38 1.15 1.42 1.16 1.47 1.33 1.52 1.54 1.38 1.38 1.31 0.72 0.99 1.51 1.34 1.46 1.24 1.10 1.19
O4' 0.57 0.20 0.13 0.48 0.34 0.79 0.22 0.76 0.12 0.37 0.11 0.18 0.36 0.26 0.44 0.29 1.10 0.89 0.78 0.13 0.79 0.45 0.55
O5' 0.48 0.44 0.20 0.36 0.46 0.58 0.45 0.57 0.44 0.46 0.43 0.43 0.45 0.46 0.47 0.23 0.89 0.73 0.62 0.43 0.70 0.48 0.48
O6 0.30 0.22 0.23 0.56 0.18 0.37 0.17 0.39 0.14 0.30 0.19 0.37 0.18 0.26 0.26 0.36 1.15 0.36 0.39 0.14 0.81 0.45 0.40
OP1 1.13 0.79 0.65 1.12 0.91 1.34 0.80 1.30 0.67 0.95 0.66 0.76 0.92 0.84 1.00 0.83 1.75 1.40 1.29 0.57 1.41 0.99 1.15
OP2 0.44 0.39 0.77 0.47 0.41 0.37 0.42 0.37 0.43 0.41 0.41 0.37 0.40 0.43 0.41 0.79 0.53 0.46 0.54 0.45 0.56 0.53 0.46
P 0.49 0.42 0.19 0.40 0.45 0.59 0.45 0.58 0.43 0.47 0.42 0.39 0.44 0.46 0.47 0.30 0.98 0.72 0.69 0.42 0.78 0.55 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.35 0.00 0.23 0.05 0.39 0.62 0.27
C2 0.04 0.00 0.28 0.26 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.38 0.18 0.40 0.03 0.37 0.48 0.19
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.12 0.04 0.03 0.21 0.08 0.23 0.18 0.36 0.28 0.16 0.03 0.00 0.04 0.02 0.48 0.05 0.84 0.66 0.57
C3' 0.03 0.26 0.01 0.00 0.25 0.01 0.30 0.01 0.32 0.29 0.29 0.26 0.23 0.33 0.21 0.04 0.01 0.03 0.30 0.36 0.51 0.36 0.16
C4 0.02 0.01 0.12 0.25 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.23 0.11 0.42 0.04 0.36 0.50 0.20
C4' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.16 0.02 0.07 0.05 0.15 0.07 0.40 0.01 0.01 0.02 0.10 0.21 0.50 0.13
C5 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.08 0.00 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.09 0.07 0.52 0.03 0.36 0.46 0.24
C5' 0.06 0.06 0.21 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.12 0.19 0.08 0.07 0.06 0.20 0.08 0.21 0.24 0.02 0.01 0.15 0.19 0.34 0.01
C6 0.04 0.02 0.08 0.32 0.02 0.07 0.02 0.12 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.37 0.13 0.10 0.54 0.01 0.38 0.47 0.27
C8 0.02 0.01 0.23 0.29 0.01 0.16 0.01 0.19 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.42 0.11 0.07 0.54 0.05 0.34 0.48 0.22
N1 0.05 0.00 0.18 0.29 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.29 0.26 0.16 0.49 0.03 0.37 0.46 0.23
N2 0.05 0.01 0.36 0.26 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.20 0.49 0.20 0.36 0.04 0.39 0.48 0.19
N3 0.04 0.01 0.28 0.23 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.41 0.17 0.36 0.03 0.38 0.51 0.20
N7 0.02 0.02 0.16 0.33 0.01 0.15 0.01 0.20 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.47 0.11 0.03 0.59 0.06 0.38 0.46 0.28
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.14 0.03 0.40 0.04 0.35 0.54 0.20
O2' 0.03 0.20 0.00 0.04 0.25 0.40 0.38 0.21 0.37 0.42 0.29 0.20 0.16 0.47 0.24 0.00 0.04 0.28 0.21 0.43 0.73 0.82 0.52
O3' 0.35 0.38 0.04 0.01 0.23 0.01 0.09 0.24 0.13 0.11 0.26 0.49 0.41 0.11 0.14 0.04 0.00 0.23 0.34 0.09 0.51 0.42 0.29
O4' 0.00 0.18 0.02 0.03 0.11 0.01 0.07 0.02 0.10 0.07 0.16 0.20 0.17 0.03 0.03 0.28 0.23 0.00 0.12 0.09 0.25 0.74 0.36
O5' 0.23 0.40 0.48 0.30 0.42 0.02 0.52 0.01 0.54 0.54 0.49 0.36 0.36 0.59 0.40 0.21 0.34 0.12 0.00 0.58 0.03 0.02 0.01
O6 0.05 0.03 0.05 0.36 0.04 0.10 0.03 0.15 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.43 0.09 0.09 0.58 0.00 0.41 0.51 0.33
OP1 0.39 0.37 0.84 0.51 0.36 0.21 0.36 0.19 0.38 0.34 0.37 0.39 0.38 0.38 0.35 0.73 0.51 0.25 0.03 0.41 0.00 0.03 0.01
OP2 0.62 0.48 0.66 0.36 0.50 0.50 0.46 0.34 0.47 0.48 0.46 0.48 0.51 0.46 0.54 0.82 0.42 0.74 0.02 0.51 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.19 0.57 0.16 0.20 0.13 0.24 0.01 0.27 0.22 0.23 0.19 0.20 0.28 0.20 0.52 0.29 0.36 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00