ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51510

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.019, 0.041, 0.064, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.041 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.015, 0.042, 0.068, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.005, 0.038, 0.070, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.038 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.034 std_dev=0.033
C2 A 0, -0.002, 0.032, 0.066, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.032 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.033, 0.069, 0.105, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.069 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.036, 0.077, 0.118, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.077 std_dev=0.041
O6 A 0, 0.036, 0.079, 0.122, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.079 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.017, 0.087, 0.158, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.087 std_dev=0.070
N2 A 0, 0.009, 0.083, 0.158, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.083 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.050, 0.130, 0.209, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.130 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.026, 0.126, 0.226, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.018, 0.144, 0.271, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.144 std_dev=0.127
O4' B 0, 0.104, 0.249, 0.393, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.249 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.078, 0.223, 0.369, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.223 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.145, 0.296, 0.446, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.296 std_dev=0.150
C5' A 0, 0.029, 0.182, 0.334, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.182 std_dev=0.152
C5' B 0, 0.141, 0.301, 0.460, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.301 std_dev=0.159
C4' B 0, 0.134, 0.297, 0.461, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.297 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.150, 0.318, 0.486, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.318 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.172, 0.362, 0.552, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.362 std_dev=0.190
O3' B 0, 0.149, 0.342, 0.536, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.342 std_dev=0.194
P A 0, 0.063, 0.258, 0.454, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.258 std_dev=0.196
N2 B 0, 0.177, 0.374, 0.571, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.374 std_dev=0.197
O5' B 0, 0.135, 0.333, 0.531, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.333 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.174, 0.376, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.376 std_dev=0.202
O3' A 0, 0.087, 0.297, 0.508, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.297 std_dev=0.210
OP1 A 0, 0.135, 0.356, 0.577, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.356 std_dev=0.221
N9 B 0, 0.169, 0.392, 0.614, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.392 std_dev=0.223
C4 B 0, 0.164, 0.400, 0.636, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.400 std_dev=0.236
P B 0, 0.105, 0.343, 0.582, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.343 std_dev=0.238
C2' B 0, 0.139, 0.380, 0.620, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.380 std_dev=0.240
C3' B 0, 0.087, 0.331, 0.575, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.331 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.155, 0.418, 0.682, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.418 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.182, 0.489, 0.797, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.489 std_dev=0.308
C8 B 0, 0.144, 0.467, 0.790, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.467 std_dev=0.323
OP2 A 0, 0.009, 0.333, 0.657, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.333 std_dev=0.324
C5 B 0, 0.130, 0.458, 0.787, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.458 std_dev=0.328
C6 B 0, 0.109, 0.463, 0.817, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.463 std_dev=0.354
OP1 B 0, 0.200, 0.564, 0.927, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.564 std_dev=0.363
N7 B 0, 0.125, 0.517, 0.910, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.517 std_dev=0.393
OP2 B 0, 0.164, 0.562, 0.959, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.562 std_dev=0.398
O6 B 0, 0.117, 0.549, 0.982, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.549 std_dev=0.432

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.12 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03
C2 0.08 0.00 0.09 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.13 0.08 0.09 0.09 0.02 0.07 0.06 0.05
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.13 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02
C4 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.06 0.03
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.12 0.08 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.03
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.12 0.09 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.01
C6 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.04
C8 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.05 0.07 0.03
N1 0.06 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.10 0.06 0.06 0.06 0.01 0.05 0.09 0.04
N2 0.12 0.01 0.13 0.11 0.03 0.12 0.04 0.12 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.20 0.13 0.13 0.11 0.05 0.10 0.06 0.06
N3 0.08 0.01 0.08 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.08 0.08 0.10 0.01 0.09 0.06 0.06
N7 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.02 0.05 0.09 0.04
N9 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.07 0.05 0.04
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.10 0.20 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.13 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.07 0.05 0.06 0.04
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.13 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.05
O5' 0.05 0.09 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.11 0.10 0.03 0.07 0.04 0.08 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00
O6 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.02 0.03 0.00 0.06 0.11 0.05
OP1 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.10 0.09 0.05 0.07 0.04 0.05 0.08 0.02 0.06 0.00 0.02 0.02
OP2 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.05 0.05 0.06 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.12 0.09 0.10 0.06 0.09 0.07 0.12 0.08 0.29 0.15
C2 0.12 0.12 0.11 0.08 0.13 0.05 0.11 0.07 0.09 0.11 0.09 0.15 0.15 0.11 0.13 0.13 0.16 0.04 0.08 0.09 0.11 0.22 0.08
C2' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.09 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.06 0.11 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.12 0.08 0.27 0.12
C3' 0.04 0.05 0.06 0.03 0.06 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.06 0.11 0.06 0.10 0.05 0.06 0.03 0.13 0.08 0.27 0.11
C4 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.11 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.06 0.05 0.10 0.08 0.28 0.12
C4' 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11 0.08 0.08 0.13 0.10 0.15 0.08 0.10 0.08 0.15 0.07 0.30 0.16
C5 0.08 0.05 0.09 0.05 0.09 0.09 0.12 0.10 0.12 0.14 0.09 0.09 0.07 0.15 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.15 0.07 0.32 0.14
C5' 0.14 0.13 0.17 0.14 0.14 0.14 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.11 0.12 0.18 0.14 0.21 0.13 0.12 0.11 0.20 0.09 0.33 0.19
C6 0.09 0.05 0.10 0.07 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.16 0.07 0.12 0.08 0.17 0.11 0.11 0.07 0.09 0.05 0.13 0.07 0.34 0.16
C8 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.12 0.09 0.14 0.13 0.12 0.09 0.06 0.15 0.09 0.11 0.06 0.08 0.05 0.18 0.07 0.31 0.14
N1 0.08 0.10 0.08 0.05 0.11 0.08 0.10 0.10 0.08 0.13 0.07 0.15 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.06 0.06 0.08 0.06 0.29 0.12
N2 0.22 0.19 0.19 0.16 0.22 0.08 0.19 0.06 0.18 0.18 0.16 0.19 0.22 0.17 0.22 0.20 0.22 0.13 0.14 0.20 0.18 0.12 0.05
N3 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.04 0.09 0.06 0.07 0.10 0.06 0.12 0.13 0.09 0.11 0.12 0.15 0.03 0.07 0.07 0.12 0.21 0.08
N7 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.15 0.10 0.16 0.15 0.14 0.08 0.06 0.17 0.11 0.13 0.06 0.09 0.05 0.20 0.07 0.33 0.15
N9 0.07 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.13 0.09 0.11 0.08 0.07 0.05 0.13 0.08 0.28 0.13
O2' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.13 0.08 0.17 0.10 0.09 0.09 0.10 0.05 0.11 0.05 0.05 0.03 0.11 0.09 0.12 0.09 0.29 0.16
O3' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.12 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.13 0.10 0.26 0.10
O4' 0.11 0.09 0.14 0.12 0.10 0.14 0.12 0.15 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.11 0.16 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.30 0.18
O5' 0.16 0.17 0.19 0.16 0.16 0.17 0.19 0.17 0.21 0.19 0.21 0.16 0.14 0.21 0.16 0.22 0.13 0.15 0.12 0.25 0.10 0.37 0.20
O6 0.12 0.06 0.13 0.09 0.14 0.12 0.19 0.13 0.17 0.21 0.10 0.12 0.08 0.23 0.15 0.14 0.06 0.11 0.05 0.18 0.10 0.39 0.18
OP1 0.14 0.15 0.18 0.14 0.15 0.15 0.18 0.15 0.20 0.18 0.19 0.13 0.14 0.19 0.15 0.21 0.12 0.12 0.10 0.25 0.09 0.35 0.19
OP2 0.17 0.19 0.21 0.17 0.20 0.11 0.21 0.10 0.23 0.21 0.21 0.17 0.18 0.22 0.19 0.27 0.17 0.10 0.14 0.27 0.15 0.34 0.18
P 0.14 0.15 0.18 0.15 0.16 0.13 0.18 0.13 0.19 0.18 0.18 0.14 0.14 0.19 0.16 0.22 0.13 0.11 0.11 0.23 0.11 0.33 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.09 0.07 0.19 0.08
C2 0.04 0.00 0.08 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.04 0.05 0.10 0.02 0.10 0.24 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.05 0.08 0.12 0.06 0.09 0.08 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.09 0.07 0.04
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.09 0.04 0.06 0.05 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.14 0.12 0.06 0.05
C4 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.10 0.05 0.09 0.25 0.10
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.15 0.10 0.04
C5 0.04 0.03 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.10 0.13 0.03 0.16 0.06 0.10 0.21 0.10
C5' 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.07 0.05 0.03 0.04 0.08 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.17 0.18 0.04 0.03
C6 0.04 0.02 0.08 0.08 0.02 0.06 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.09 0.13 0.05 0.19 0.02 0.11 0.18 0.11
C8 0.05 0.02 0.12 0.09 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.04 0.16 0.11 0.09 0.23 0.10
N1 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.07 0.03 0.14 0.01 0.12 0.22 0.11
N2 0.04 0.01 0.09 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.15 0.02 0.07 0.07 0.02 0.08 0.23 0.09
N3 0.04 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.25 0.12
N7 0.04 0.03 0.11 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.15 0.14 0.03 0.19 0.11 0.10 0.21 0.10
N9 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.11 0.01 0.09 0.09 0.08 0.25 0.11
O2' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.06 0.09 0.15 0.07 0.15 0.11 0.15 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.15 0.09 0.04 0.04
O3' 0.09 0.04 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.13 0.14 0.07 0.02 0.05 0.14 0.11 0.04 0.00 0.06 0.04 0.18 0.14 0.06 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.10 0.10 0.19 0.08
O5' 0.05 0.10 0.02 0.08 0.10 0.02 0.16 0.02 0.19 0.16 0.14 0.07 0.07 0.19 0.09 0.03 0.04 0.09 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.09 0.02 0.15 0.14 0.05 0.12 0.06 0.17 0.02 0.11 0.01 0.02 0.03 0.11 0.09 0.15 0.18 0.10 0.29 0.00 0.15 0.13 0.17
OP1 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.15 0.10 0.18 0.11 0.09 0.12 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.14 0.10 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.24 0.07 0.06 0.25 0.10 0.21 0.04 0.18 0.23 0.22 0.23 0.25 0.21 0.25 0.04 0.06 0.19 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.04 0.05 0.10 0.04 0.10 0.03 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.04 0.04 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00