ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51511

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.044 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.016, 0.043, 0.071, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.020, 0.048, 0.076, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.048 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.016, 0.046, 0.077, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.046 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.019, 0.051, 0.083, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.051 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.017, 0.050, 0.084, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.050 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.032, 0.071, 0.111, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.071 std_dev=0.039
O6 A 0, 0.031, 0.074, 0.118, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.074 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.037, 0.085, 0.133, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.085 std_dev=0.048
N2 A 0, 0.028, 0.103, 0.177, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.103 std_dev=0.075
O2' B 0, 0.200, 0.535, 0.870, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.535 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.361, 0.835, 1.308, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.835 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.048, 0.693, 1.339, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.693 std_dev=0.645
C3' A 0, 0.692, 1.389, 2.086, 1.827 max_d=1.827 avg_d=1.389 std_dev=0.697
O4' A 0, 0.064, 0.764, 1.465, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.764 std_dev=0.701
C2' A 0, 0.138, 0.891, 1.644, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.891 std_dev=0.753
O4' B 0, 0.661, 1.460, 2.258, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.460 std_dev=0.799
N9 B 0, 0.792, 1.592, 2.393, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.592 std_dev=0.801
C4' B 0, 0.714, 1.605, 2.497, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.605 std_dev=0.891
C4' A 0, 0.163, 1.057, 1.951, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.057 std_dev=0.894
C3' B 0, 0.388, 1.289, 2.190, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.289 std_dev=0.901
O3' B 0, 0.943, 1.898, 2.854, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.898 std_dev=0.955
C4 B 0, 0.813, 1.843, 2.874, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.843 std_dev=1.030
O2' A 0, 0.763, 1.853, 2.942, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.853 std_dev=1.090
N3 B 0, 0.693, 1.806, 2.918, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.806 std_dev=1.112
C8 B 0, 1.229, 2.465, 3.701, 3.222 max_d=3.222 avg_d=2.465 std_dev=1.236
O5' A 0, 0.709, 1.968, 3.227, 3.395 max_d=3.395 avg_d=1.968 std_dev=1.259
C5' B 0, 1.170, 2.511, 3.851, 3.666 max_d=3.666 avg_d=2.511 std_dev=1.341
O3' A 0, 0.456, 1.808, 3.161, 3.397 max_d=3.397 avg_d=1.808 std_dev=1.353
C5 B 0, 1.201, 2.618, 4.034, 3.962 max_d=3.962 avg_d=2.618 std_dev=1.417
C2 B 0, 0.962, 2.450, 3.937, 4.068 max_d=4.068 avg_d=2.450 std_dev=1.487
N7 B 0, 1.474, 3.017, 4.561, 4.236 max_d=4.236 avg_d=3.017 std_dev=1.543
C5' A 0, 0.629, 2.184, 3.738, 4.050 max_d=4.050 avg_d=2.184 std_dev=1.554
N2 B 0, 1.227, 2.946, 4.665, 4.807 max_d=4.807 avg_d=2.946 std_dev=1.719
N1 B 0, 1.161, 2.912, 4.663, 4.897 max_d=4.897 avg_d=2.912 std_dev=1.751
C6 B 0, 1.333, 3.093, 4.852, 4.973 max_d=4.973 avg_d=3.093 std_dev=1.760
P A 0, 1.088, 2.945, 4.803, 5.077 max_d=5.077 avg_d=2.945 std_dev=1.858
O5' B 0, 1.095, 2.973, 4.851, 5.140 max_d=5.140 avg_d=2.973 std_dev=1.878
OP2 A 0, 0.211, 2.239, 4.268, 4.992 max_d=4.992 avg_d=2.239 std_dev=2.028
O6 B 0, 1.655, 3.760, 5.865, 5.987 max_d=5.987 avg_d=3.760 std_dev=2.105
OP1 A 0, 1.916, 4.437, 6.958, 6.948 max_d=6.948 avg_d=4.437 std_dev=2.521
P B 0, 1.628, 4.179, 6.730, 7.095 max_d=7.095 avg_d=4.179 std_dev=2.551
OP2 B 0, 2.112, 4.844, 7.577, 7.744 max_d=7.744 avg_d=4.844 std_dev=2.732
OP1 B 0, 1.467, 4.347, 7.227, 7.922 max_d=7.922 avg_d=4.347 std_dev=2.880

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03 0.06 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.28 0.01 0.22 0.06 0.43 0.23 0.23
C2 0.08 0.00 0.35 0.30 0.03 0.14 0.03 0.26 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.31 0.18 0.32 0.36 0.02 1.05 0.41 0.39
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.06 0.21 0.12 0.23 0.26 0.45 0.36 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.50 0.07 0.45 0.32 0.49
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.28 0.01 0.34 0.02 0.36 0.29 0.34 0.31 0.26 0.35 0.23 0.02 0.01 0.03 0.16 0.38 0.25 0.26 0.10
C4 0.03 0.03 0.18 0.28 0.00 0.03 0.01 0.15 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.20 0.07 0.16 0.29 0.04 0.89 0.46 0.31
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.17 0.08 0.21 0.14 0.16 0.05 0.35 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.19 0.03
C5 0.02 0.03 0.06 0.34 0.01 0.06 0.00 0.10 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.31 0.14 0.08 0.26 0.04 0.98 0.62 0.28
C5' 0.10 0.26 0.21 0.02 0.15 0.01 0.10 0.00 0.14 0.06 0.21 0.31 0.25 0.05 0.09 0.14 0.23 0.02 0.01 0.14 0.27 0.33 0.01
C6 0.04 0.02 0.12 0.36 0.03 0.04 0.02 0.14 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.29 0.16 0.14 0.30 0.01 1.10 0.64 0.31
C8 0.03 0.04 0.23 0.29 0.02 0.17 0.03 0.06 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.44 0.15 0.18 0.16 0.09 0.69 0.62 0.20
N1 0.06 0.01 0.26 0.34 0.03 0.08 0.03 0.21 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.25 0.13 0.25 0.34 0.01 1.12 0.53 0.36
N2 0.12 0.01 0.45 0.31 0.04 0.21 0.03 0.31 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.42 0.28 0.39 0.38 0.04 1.07 0.36 0.42
N3 0.07 0.01 0.36 0.26 0.01 0.14 0.02 0.25 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.31 0.20 0.31 0.34 0.03 0.92 0.36 0.37
N7 0.02 0.03 0.14 0.35 0.01 0.16 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.44 0.23 0.11 0.19 0.09 0.87 0.75 0.20
N9 0.01 0.05 0.01 0.23 0.01 0.05 0.02 0.09 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.21 0.03 0.02 0.24 0.06 0.69 0.41 0.26
O2' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.20 0.35 0.31 0.14 0.29 0.44 0.25 0.42 0.31 0.44 0.21 0.00 0.06 0.22 0.28 0.36 0.21 0.28 0.32
O3' 0.28 0.18 0.02 0.01 0.07 0.02 0.14 0.23 0.16 0.15 0.13 0.28 0.20 0.23 0.03 0.06 0.00 0.21 0.19 0.22 0.68 0.38 0.33
O4' 0.01 0.32 0.01 0.03 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.18 0.25 0.39 0.31 0.11 0.02 0.22 0.21 0.00 0.09 0.13 0.23 0.25 0.10
O5' 0.22 0.36 0.50 0.16 0.29 0.01 0.26 0.01 0.30 0.16 0.34 0.38 0.34 0.19 0.24 0.28 0.19 0.09 0.00 0.32 0.02 0.02 0.00
O6 0.06 0.02 0.07 0.38 0.04 0.08 0.04 0.14 0.01 0.09 0.01 0.04 0.03 0.09 0.06 0.36 0.22 0.13 0.32 0.00 1.15 0.72 0.31
OP1 0.43 1.05 0.45 0.25 0.89 0.17 0.98 0.27 1.10 0.69 1.12 1.07 0.92 0.87 0.69 0.21 0.68 0.23 0.02 1.15 0.00 0.03 0.02
OP2 0.23 0.41 0.32 0.26 0.46 0.19 0.62 0.33 0.64 0.62 0.53 0.36 0.36 0.75 0.41 0.28 0.38 0.25 0.02 0.72 0.03 0.00 0.02
P 0.23 0.39 0.49 0.10 0.31 0.03 0.28 0.01 0.31 0.20 0.36 0.42 0.37 0.20 0.26 0.32 0.33 0.10 0.00 0.31 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 2.22 0.15 0.04 1.31 0.67 1.55 0.83 2.10 0.69 2.41 2.64 1.60 1.16 0.68 0.18 0.35 0.56 0.32 2.26 0.64 0.24 0.46
C2 0.24 1.75 0.27 0.18 1.29 0.36 1.50 0.34 1.80 0.91 1.89 1.78 1.39 1.26 0.81 0.26 0.44 0.30 0.21 1.87 0.15 0.61 0.21
C2' 0.53 2.68 0.60 0.48 1.72 0.15 1.89 0.33 2.42 1.01 2.79 3.17 2.08 1.45 1.08 0.62 0.89 0.06 0.16 2.52 0.30 0.36 0.10
C3' 0.46 2.94 0.47 0.27 1.84 0.35 2.09 0.57 2.74 1.06 3.15 3.48 2.22 1.60 1.12 0.45 0.60 0.14 0.09 2.92 0.53 0.30 0.27
C4 0.22 2.12 0.26 0.15 1.41 0.42 1.73 0.43 2.21 0.98 2.39 2.32 1.54 1.44 0.86 0.25 0.40 0.33 0.19 2.37 0.15 0.64 0.20
C4' 0.11 2.47 0.06 0.21 1.43 0.84 1.73 1.06 2.38 0.72 2.74 2.95 1.75 1.27 0.72 0.07 0.09 0.61 0.49 2.60 0.92 0.26 0.65
C5 0.30 2.04 0.35 0.25 1.51 0.21 1.97 0.15 2.45 1.26 2.50 2.03 1.46 1.77 1.01 0.30 0.42 0.16 0.49 2.70 0.41 1.09 0.57
C5' 0.05 2.40 0.12 0.29 1.41 0.88 1.78 1.03 2.47 0.77 2.77 2.82 1.65 1.36 0.70 0.19 0.07 0.61 0.43 2.76 0.83 0.22 0.54
C6 0.38 1.79 0.42 0.34 1.52 0.03 2.04 0.17 2.44 1.45 2.33 1.53 1.30 1.93 1.11 0.34 0.45 0.14 0.76 2.68 0.74 1.39 0.89
C8 0.25 2.20 0.30 0.18 1.50 0.37 1.93 0.37 2.49 1.13 2.64 2.38 1.55 1.66 0.94 0.26 0.39 0.28 0.29 2.78 0.17 0.85 0.33
N1 0.35 1.64 0.39 0.31 1.43 0.09 1.80 0.09 2.07 1.27 1.99 1.40 1.27 1.67 1.02 0.33 0.46 0.11 0.61 2.20 0.57 1.14 0.69
N2 0.22 1.37 0.22 0.14 1.03 0.47 1.12 0.49 1.33 0.65 1.42 1.42 1.17 0.90 0.63 0.21 0.44 0.44 0.15 1.36 0.24 0.33 0.16
N3 0.20 1.99 0.22 0.12 1.29 0.52 1.50 0.58 1.89 0.79 2.11 2.22 1.51 1.18 0.75 0.23 0.41 0.44 0.16 1.99 0.31 0.38 0.20
N7 0.31 2.08 0.36 0.26 1.54 0.21 2.05 0.14 2.60 1.32 2.63 2.09 1.46 1.87 1.04 0.30 0.42 0.16 0.54 2.93 0.46 1.18 0.63
N9 0.20 2.22 0.24 0.11 1.42 0.50 1.74 0.56 2.28 0.93 2.51 2.51 1.59 1.42 0.83 0.23 0.38 0.40 0.14 2.48 0.26 0.53 0.18
O2' 0.28 2.08 0.46 0.39 1.15 0.49 1.21 0.70 1.67 0.41 2.08 2.61 1.58 0.76 0.58 0.57 0.85 0.45 0.47 1.71 0.79 0.28 0.65
O3' 0.13 2.72 0.17 0.23 1.51 0.79 1.72 1.09 2.41 0.63 2.89 3.35 1.97 1.17 0.74 0.23 0.27 0.56 0.63 2.57 1.17 0.43 0.88
O4' 0.29 2.11 0.21 0.40 1.17 1.05 1.48 1.21 2.10 0.58 2.40 2.52 1.43 1.09 0.52 0.22 0.13 0.85 0.64 2.32 0.98 0.35 0.75
O5' 0.18 2.19 0.19 0.32 1.31 0.87 1.74 0.95 2.41 0.81 2.63 2.51 1.46 1.40 0.66 0.23 0.15 0.65 0.36 2.75 0.64 0.39 0.39
O6 0.47 1.52 0.50 0.45 1.54 0.18 2.21 0.46 2.60 1.71 2.26 1.06 1.09 2.23 1.22 0.38 0.47 0.31 1.08 2.96 1.15 1.84 1.30
OP1 0.76 1.58 0.92 1.05 0.78 1.45 1.27 1.44 1.96 0.37 2.10 1.83 0.87 0.97 0.28 1.04 0.93 1.14 0.81 2.38 1.05 0.19 0.76
OP2 0.79 3.16 0.72 0.50 2.32 0.16 2.90 0.20 3.65 1.89 3.78 3.38 2.37 2.59 1.65 0.57 0.57 0.34 0.72 4.12 0.44 1.45 0.78
P 0.07 2.19 0.16 0.30 1.37 0.79 1.89 0.80 2.59 0.95 2.73 2.43 1.45 1.59 0.74 0.25 0.18 0.53 0.16 3.00 0.41 0.57 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.16 0.11 0.05 0.01 0.01 0.25 0.01 0.20 0.04 0.22 0.21 0.19
C2 0.11 0.00 0.34 0.38 0.02 0.13 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.18 0.07 0.28 0.03 0.31 0.36 0.30
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.13 0.03 0.02 0.16 0.05 0.26 0.21 0.46 0.35 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.41 0.04 0.49 0.55 0.46
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.30 0.01 0.31 0.01 0.34 0.22 0.38 0.43 0.35 0.27 0.23 0.03 0.01 0.03 0.15 0.32 0.28 0.11 0.15
C4 0.04 0.02 0.13 0.30 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.25 0.07 0.04 0.28 0.02 0.30 0.33 0.29
C4' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.13 0.12 0.18 0.13 0.14 0.10 0.33 0.01 0.01 0.02 0.09 0.14 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.11 0.04 0.36 0.02 0.38 0.41 0.37
C5' 0.05 0.09 0.16 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.13 0.10 0.12 0.09 0.16 0.08 0.16 0.20 0.02 0.01 0.11 0.17 0.16 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.34 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.40 0.14 0.05 0.37 0.00 0.41 0.45 0.39
C8 0.06 0.02 0.26 0.22 0.02 0.13 0.02 0.13 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.44 0.12 0.06 0.35 0.05 0.36 0.35 0.34
N1 0.06 0.02 0.21 0.38 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.27 0.16 0.06 0.33 0.02 0.37 0.42 0.35
N2 0.16 0.01 0.46 0.43 0.03 0.18 0.01 0.12 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.27 0.28 0.10 0.26 0.05 0.28 0.35 0.28
N3 0.11 0.01 0.35 0.35 0.01 0.13 0.02 0.09 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.17 0.17 0.07 0.25 0.03 0.27 0.31 0.26
N7 0.05 0.02 0.20 0.27 0.02 0.14 0.01 0.16 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.50 0.16 0.03 0.40 0.06 0.43 0.44 0.41
N9 0.01 0.03 0.01 0.23 0.01 0.10 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.24 0.02 0.01 0.26 0.04 0.27 0.27 0.26
O2' 0.01 0.19 0.01 0.03 0.25 0.33 0.41 0.16 0.40 0.44 0.27 0.27 0.17 0.50 0.24 0.00 0.04 0.23 0.21 0.48 0.29 0.55 0.30
O3' 0.25 0.18 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.20 0.14 0.12 0.16 0.28 0.17 0.16 0.02 0.04 0.00 0.15 0.25 0.17 0.31 0.23 0.24
O4' 0.01 0.07 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.10 0.07 0.03 0.01 0.23 0.15 0.00 0.08 0.07 0.09 0.13 0.11
O5' 0.20 0.28 0.41 0.15 0.28 0.02 0.36 0.01 0.37 0.35 0.33 0.26 0.25 0.40 0.26 0.21 0.25 0.08 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.04 0.32 0.02 0.09 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.48 0.17 0.07 0.40 0.00 0.45 0.50 0.43
OP1 0.22 0.31 0.49 0.28 0.30 0.14 0.38 0.17 0.41 0.36 0.37 0.28 0.27 0.43 0.27 0.29 0.31 0.09 0.02 0.45 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.36 0.55 0.11 0.33 0.08 0.41 0.16 0.45 0.35 0.42 0.35 0.31 0.44 0.27 0.55 0.23 0.13 0.02 0.50 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.30 0.46 0.15 0.29 0.02 0.37 0.01 0.39 0.34 0.35 0.28 0.26 0.41 0.26 0.30 0.24 0.11 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00