ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51512

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.002, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.001, 0.028, 0.055, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.007, 0.035, 0.063, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.008, 0.037, 0.066, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.002, 0.032, 0.061, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.002, 0.036, 0.070, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.006, 0.048, 0.090, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O3' B 0, 0.016, 0.117, 0.218, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.117 std_dev=0.101
OP1 B 0, 0.005, 0.114, 0.223, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.114 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.005, 0.130, 0.255, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.130 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.002, 0.145, 0.289, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.145 std_dev=0.144
C3' B 0, 0.018, 0.172, 0.326, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.172 std_dev=0.154
O2' B 0, 0.016, 0.170, 0.325, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.170 std_dev=0.154
C5' B 0, 0.018, 0.176, 0.335, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.176 std_dev=0.158
OP1 A 0, 0.018, 0.179, 0.340, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.179 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.015, 0.178, 0.340, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.178 std_dev=0.162
O5' B 0, 0.016, 0.180, 0.344, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.180 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.007, 0.171, 0.335, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.171 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.017, 0.183, 0.349, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.183 std_dev=0.166
P B 0, 0.006, 0.185, 0.364, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.185 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.007, 0.200, 0.392, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.200 std_dev=0.192
N2 B 0, 0.007, 0.201, 0.396, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.201 std_dev=0.194
N3 B 0, 0.016, 0.214, 0.413, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.214 std_dev=0.198
C1' B 0, 0.014, 0.215, 0.416, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.215 std_dev=0.201
O2' A 0, 0.007, 0.220, 0.433, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.220 std_dev=0.213
P A 0, 0.008, 0.221, 0.434, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.221 std_dev=0.213
OP2 A 0, 0.011, 0.229, 0.447, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.229 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.015, 0.246, 0.477, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.246 std_dev=0.231
N9 B 0, 0.008, 0.245, 0.482, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.245 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.007, 0.252, 0.497, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.252 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.012, 0.260, 0.508, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.260 std_dev=0.248
O3' A 0, 0.008, 0.256, 0.504, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.256 std_dev=0.248
O5' A 0, 0.010, 0.279, 0.548, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.279 std_dev=0.269
OP2 B 0, 0.004, 0.291, 0.579, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.291 std_dev=0.288
N1 B 0, 0.018, 0.318, 0.617, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.318 std_dev=0.300
C8 B 0, 0.004, 0.311, 0.618, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.311 std_dev=0.307
C5 B 0, 0.010, 0.327, 0.644, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.327 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.016, 0.361, 0.707, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.361 std_dev=0.346
N7 B 0, 0.003, 0.356, 0.709, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.356 std_dev=0.353
O6 B 0, 0.018, 0.421, 0.824, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.421 std_dev=0.403

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.09
C2 0.05 0.00 0.09 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.09 0.03 0.01 0.02 0.03 0.09 0.06
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.11 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.09 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02
C4 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04
C5 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.03 0.08 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.10 0.05
N1 0.05 0.01 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04
N2 0.05 0.00 0.11 0.09 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.17 0.12 0.03 0.02 0.01 0.04 0.09 0.07
N3 0.05 0.00 0.10 0.08 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.10 0.03 0.02 0.02 0.04 0.10 0.08
N7 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.01
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.08
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.03 0.12 0.17 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.12 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.15 0.12
O5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.04 0.02 0.02
OP1 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.09 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.09 0.08 0.05 0.10 0.06 0.06 0.02 0.04 0.10 0.07 0.09 0.10 0.06 0.12 0.06 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.06 0.05 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.01 0.08 0.03 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06 0.10 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.01 0.08 0.11 0.04 0.02 0.06 0.08
C2 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.06 0.10 0.12 0.06 0.03 0.06 0.08
C2' 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04 0.05 0.02 0.07 0.03 0.03
C3' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.10 0.04 0.03
C4 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.04 0.05 0.10 0.13 0.06 0.02 0.08 0.10
C4' 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.08 0.04 0.04
C5 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.13 0.07 0.02 0.09 0.11
C5' 0.06 0.08 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.01 0.07 0.06 0.04 0.09 0.04 0.03
C6 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.12 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.11 0.12 0.07 0.02 0.09 0.10
C8 0.10 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.05 0.06 0.12 0.14 0.08 0.02 0.10 0.11
N1 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.10 0.12 0.07 0.03 0.07 0.08
N2 0.07 0.10 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07 0.12 0.07 0.06 0.09 0.10 0.10 0.06 0.08 0.03 0.06 0.09 0.13 0.06 0.04 0.05 0.08
N3 0.08 0.09 0.06 0.09 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.04 0.05 0.10 0.13 0.06 0.02 0.06 0.09
N7 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06 0.12 0.13 0.08 0.02 0.10 0.11
N9 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.04 0.04 0.11 0.14 0.07 0.02 0.08 0.11
O2' 0.05 0.04 0.11 0.10 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.12 0.15 0.03 0.02 0.07 0.11 0.08 0.04
O3' 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.10 0.03 0.04 0.03 0.14 0.07 0.06
O4' 0.06 0.07 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.03 0.02 0.09 0.11 0.05 0.02 0.06 0.08
O5' 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.03 0.08 0.06 0.06 0.08 0.02 0.03
O6 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.12 0.07 0.02 0.09 0.10
OP1 0.10 0.11 0.07 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.06 0.03 0.12 0.09 0.10 0.04 0.06 0.07
OP2 0.04 0.06 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.12 0.02 0.02
P 0.06 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.06 0.04 0.05 0.10 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.04
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.03
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05
N2 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.03 0.04 0.03 0.02 0.11 0.07
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.03
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01
O3' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01
OP1 0.04 0.02 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.01 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.07 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00