ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51513

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.016, 0.037, 0.059, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.037 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.019, 0.046, 0.072, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.046 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.020, 0.048, 0.076, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.048 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.027, 0.065, 0.102, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.065 std_dev=0.038
C4 B 0, 0.084, 0.226, 0.368, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.226 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.095, 0.237, 0.379, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.237 std_dev=0.142
O2' B 0, 0.093, 0.241, 0.389, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.241 std_dev=0.148
C2' A 0, 0.101, 0.262, 0.422, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.262 std_dev=0.160
N9 B 0, 0.120, 0.289, 0.459, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.289 std_dev=0.170
O4' A 0, 0.117, 0.291, 0.465, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.291 std_dev=0.174
N3 B 0, 0.132, 0.313, 0.495, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.313 std_dev=0.181
C5 B 0, 0.075, 0.259, 0.443, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.259 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.141, 0.342, 0.542, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.342 std_dev=0.201
C8 B 0, 0.151, 0.360, 0.568, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.360 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.158, 0.380, 0.602, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.380 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.159, 0.384, 0.609, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.384 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.177, 0.420, 0.663, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.420 std_dev=0.243
O4' B 0, 0.181, 0.436, 0.690, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.436 std_dev=0.255
C6 B 0, 0.118, 0.380, 0.641, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.380 std_dev=0.261
N1 B 0, 0.184, 0.454, 0.725, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.454 std_dev=0.271
N2 B 0, 0.236, 0.562, 0.889, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.562 std_dev=0.327
O3' A 0, 0.204, 0.547, 0.890, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.547 std_dev=0.343
O6 B 0, 0.138, 0.493, 0.848, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.493 std_dev=0.355
C3' B 0, 0.263, 0.635, 1.007, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.635 std_dev=0.372
C3' A 0, 0.237, 0.611, 0.985, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.611 std_dev=0.374
C4' B 0, 0.290, 0.686, 1.083, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.686 std_dev=0.396
O3' B 0, 0.300, 0.716, 1.132, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.716 std_dev=0.416
O5' B 0, 0.314, 0.752, 1.190, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.752 std_dev=0.438
C4' A 0, 0.340, 0.825, 1.310, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.825 std_dev=0.485
P A 0, 0.357, 0.847, 1.337, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.847 std_dev=0.490
C5' B 0, 0.358, 0.850, 1.341, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.850 std_dev=0.492
OP1 B 0, 0.369, 0.888, 1.406, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.888 std_dev=0.519
P B 0, 0.405, 0.959, 1.514, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.959 std_dev=0.555
O5' A 0, 0.461, 1.094, 1.728, 1.529 max_d=1.529 avg_d=1.094 std_dev=0.633
OP2 B 0, 0.530, 1.269, 2.008, 1.805 max_d=1.805 avg_d=1.269 std_dev=0.739
OP1 A 0, 0.617, 1.469, 2.321, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.469 std_dev=0.852
OP2 A 0, 0.712, 1.686, 2.661, 2.288 max_d=2.288 avg_d=1.686 std_dev=0.974
C5' A 0, 0.728, 1.740, 2.752, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.740 std_dev=1.012

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.01 0.42 0.13 0.14
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.16 0.00 0.42 0.13 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.03 0.33 0.09 0.09
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.10 0.09 0.08 0.05 0.05 0.10 0.06 0.03 0.01 0.03 0.12 0.10 0.16 0.13 0.06
C4 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.14 0.01 0.41 0.15 0.11
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.13 0.01 0.07 0.04 0.12 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.28 0.09 0.14
C5 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.12 0.01 0.39 0.19 0.10
C5' 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.17 0.00 0.15 0.26 0.07 0.06 0.01 0.26 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.20 0.06 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.13 0.00 0.40 0.19 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.09 0.02 0.36 0.21 0.10
N1 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.14 0.00 0.41 0.15 0.10
N2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.17 0.00 0.43 0.12 0.11
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.15 0.01 0.43 0.12 0.12
N7 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.09 0.02 0.36 0.23 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.02 0.40 0.15 0.12
O2' 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.42 0.16 0.20
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.04 0.04 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.08 0.19 0.04 0.12
O4' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.43 0.15 0.17
O5' 0.11 0.16 0.09 0.12 0.14 0.01 0.12 0.01 0.13 0.09 0.14 0.17 0.15 0.09 0.11 0.04 0.11 0.12 0.00 0.11 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.04 0.11 0.00 0.38 0.21 0.09
OP1 0.42 0.42 0.33 0.16 0.41 0.28 0.39 0.06 0.40 0.36 0.41 0.43 0.43 0.36 0.40 0.42 0.19 0.43 0.02 0.38 0.00 0.02 0.00
OP2 0.13 0.13 0.09 0.13 0.15 0.09 0.19 0.04 0.19 0.21 0.15 0.12 0.12 0.23 0.15 0.16 0.04 0.15 0.02 0.21 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.11 0.09 0.06 0.11 0.14 0.10 0.02 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.12 0.20 0.12 0.17 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.11 0.04 0.02 0.06 0.06 0.08 0.08 0.13 0.09 0.15 0.13 0.07 0.10 0.06 0.11 0.02 0.09 0.11 0.17 0.17 0.15 0.14
C2 0.07 0.10 0.01 0.02 0.10 0.05 0.15 0.04 0.14 0.16 0.11 0.12 0.07 0.18 0.11 0.08 0.05 0.09 0.06 0.16 0.13 0.07 0.13
C2' 0.07 0.12 0.02 0.03 0.09 0.08 0.12 0.08 0.15 0.12 0.15 0.13 0.09 0.14 0.09 0.07 0.07 0.12 0.12 0.18 0.18 0.12 0.16
C3' 0.05 0.09 0.03 0.03 0.05 0.08 0.07 0.13 0.06 0.11 0.09 0.13 0.05 0.12 0.07 0.07 0.04 0.10 0.15 0.06 0.21 0.23 0.18
C4 0.05 0.11 0.02 0.01 0.08 0.05 0.11 0.05 0.13 0.11 0.13 0.13 0.07 0.12 0.08 0.09 0.05 0.09 0.08 0.14 0.14 0.09 0.12
C4' 0.13 0.04 0.16 0.14 0.10 0.16 0.14 0.24 0.08 0.21 0.04 0.11 0.03 0.22 0.15 0.16 0.08 0.15 0.25 0.09 0.31 0.38 0.28
C5 0.06 0.11 0.02 0.04 0.08 0.06 0.10 0.04 0.10 0.11 0.11 0.15 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.13 0.06 0.12
C5' 0.17 0.05 0.19 0.17 0.14 0.22 0.21 0.32 0.15 0.29 0.02 0.17 0.03 0.31 0.20 0.17 0.09 0.20 0.34 0.23 0.43 0.51 0.39
C6 0.08 0.12 0.04 0.07 0.09 0.08 0.10 0.05 0.09 0.13 0.10 0.17 0.09 0.12 0.10 0.07 0.11 0.09 0.05 0.09 0.12 0.05 0.13
C8 0.04 0.10 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.08 0.11 0.14 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.14 0.10 0.12
N1 0.08 0.11 0.03 0.06 0.10 0.07 0.13 0.05 0.11 0.15 0.10 0.15 0.09 0.15 0.12 0.07 0.09 0.09 0.04 0.12 0.12 0.06 0.13
N2 0.07 0.08 0.02 0.02 0.09 0.04 0.16 0.05 0.14 0.19 0.10 0.10 0.05 0.21 0.12 0.08 0.05 0.10 0.06 0.17 0.13 0.09 0.14
N3 0.06 0.09 0.02 0.01 0.09 0.05 0.14 0.06 0.16 0.14 0.13 0.11 0.06 0.17 0.09 0.09 0.03 0.10 0.09 0.19 0.15 0.10 0.14
N7 0.05 0.10 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.03 0.07 0.09 0.09 0.15 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06 0.13 0.06 0.11
N9 0.04 0.11 0.03 0.01 0.07 0.05 0.09 0.06 0.12 0.10 0.14 0.13 0.07 0.11 0.07 0.10 0.04 0.09 0.10 0.13 0.15 0.11 0.13
O2' 0.05 0.11 0.03 0.02 0.08 0.07 0.12 0.10 0.16 0.11 0.15 0.12 0.07 0.14 0.07 0.08 0.01 0.11 0.13 0.23 0.19 0.15 0.16
O3' 0.06 0.09 0.05 0.04 0.05 0.09 0.07 0.14 0.07 0.12 0.09 0.13 0.05 0.12 0.07 0.07 0.02 0.10 0.17 0.07 0.23 0.25 0.20
O4' 0.09 0.04 0.12 0.10 0.06 0.10 0.08 0.15 0.03 0.13 0.05 0.09 0.02 0.13 0.10 0.17 0.05 0.09 0.16 0.03 0.20 0.26 0.18
O5' 0.27 0.20 0.27 0.27 0.26 0.30 0.29 0.36 0.27 0.32 0.22 0.17 0.22 0.32 0.28 0.25 0.22 0.30 0.35 0.29 0.38 0.46 0.37
O6 0.10 0.11 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.18 0.10 0.11 0.11 0.05 0.14 0.10 0.06 0.07 0.12 0.07 0.14
OP1 0.36 0.44 0.34 0.35 0.38 0.35 0.35 0.28 0.38 0.31 0.44 0.47 0.41 0.31 0.35 0.35 0.39 0.38 0.34 0.36 0.30 0.10 0.28
OP2 0.13 0.20 0.09 0.12 0.14 0.18 0.12 0.17 0.14 0.10 0.19 0.22 0.17 0.10 0.13 0.04 0.15 0.19 0.22 0.11 0.23 0.09 0.19
P 0.10 0.17 0.05 0.09 0.11 0.14 0.08 0.13 0.10 0.06 0.16 0.21 0.14 0.05 0.09 0.04 0.13 0.16 0.17 0.07 0.17 0.13 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05
C2 0.03 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.09 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.10
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.04 0.05 0.01 0.09 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.08 0.01 0.13 0.11 0.09
C5' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.05 0.09 0.00 0.14 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.11 0.10 0.07
N1 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.04 0.07 0.01 0.11 0.11 0.07
N2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.08 0.05
N3 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.07 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.08 0.02 0.14 0.11 0.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.08 0.07 0.06
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.08 0.04 0.12 0.18 0.13 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.08 0.12 0.13
O3' 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03 0.08 0.02
O4' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.09 0.03 0.06
O5' 0.01 0.04 0.03 0.08 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.05 0.07 0.03 0.03 0.08 0.03 0.03 0.07 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.06 0.12 0.00 0.18 0.13 0.12
OP1 0.05 0.08 0.05 0.03 0.09 0.02 0.13 0.02 0.14 0.11 0.11 0.07 0.07 0.14 0.08 0.08 0.03 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.09 0.07 0.06 0.08 0.03 0.11 0.03 0.11 0.10 0.11 0.08 0.07 0.11 0.07 0.12 0.08 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.10 0.03 0.07 0.03 0.09 0.02 0.09 0.07 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.13 0.02 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00