ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51515

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.006, 0.038, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.011, 0.045, 0.078, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.010, 0.048, 0.086, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.048 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.008, 0.053, 0.097, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.053 std_dev=0.044
O4' B 0, 0.110, 0.442, 0.774, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.442 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.083, 0.438, 0.793, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.438 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.129, 0.520, 0.910, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.520 std_dev=0.390
C1' B 0, 0.055, 0.461, 0.868, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.461 std_dev=0.406
O4' A 0, -0.102, 0.347, 0.796, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.347 std_dev=0.449
C4' B 0, 0.169, 0.635, 1.100, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.635 std_dev=0.466
C2' A 0, -0.097, 0.425, 0.948, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.425 std_dev=0.522
O3' B 0, 0.243, 0.845, 1.448, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.845 std_dev=0.602
O2' B 0, 0.251, 0.872, 1.492, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.872 std_dev=0.621
O2' A 0, -0.110, 0.544, 1.198, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.544 std_dev=0.654
C4' A 0, -0.107, 0.561, 1.229, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.561 std_dev=0.668
N9 B 0, -0.048, 0.714, 1.476, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.714 std_dev=0.762
C3' A 0, -0.145, 0.644, 1.434, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.644 std_dev=0.790
C4 B 0, 0.048, 0.982, 1.916, 2.238 max_d=2.238 avg_d=0.982 std_dev=0.934
N3 B 0, 0.140, 1.077, 2.014, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.077 std_dev=0.937
O5' A 0, 0.103, 1.060, 2.016, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.060 std_dev=0.957
C8 B 0, -0.057, 0.902, 1.860, 2.229 max_d=2.229 avg_d=0.902 std_dev=0.959
C5' B 0, 0.348, 1.337, 2.326, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.337 std_dev=0.989
O3' A 0, -0.108, 1.008, 2.124, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.008 std_dev=1.116
C5' A 0, -0.177, 0.971, 2.118, 2.582 max_d=2.582 avg_d=0.971 std_dev=1.147
C5 B 0, 0.072, 1.235, 2.398, 2.793 max_d=2.793 avg_d=1.235 std_dev=1.163
N7 B 0, 0.027, 1.202, 2.378, 2.798 max_d=2.798 avg_d=1.202 std_dev=1.176
C2 B 0, 0.209, 1.389, 2.568, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.389 std_dev=1.179
P A 0, 0.452, 1.661, 2.870, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.661 std_dev=1.209
N2 B 0, 0.288, 1.581, 2.874, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.581 std_dev=1.293
OP2 A 0, 0.469, 1.824, 3.180, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.824 std_dev=1.356
N1 B 0, 0.224, 1.591, 2.959, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.591 std_dev=1.368
C6 B 0, 0.176, 1.556, 2.936, 3.353 max_d=3.353 avg_d=1.556 std_dev=1.380
OP1 A 0, 0.605, 2.065, 3.525, 3.125 max_d=3.125 avg_d=2.065 std_dev=1.460
O6 B 0, 0.223, 1.817, 3.412, 3.883 max_d=3.883 avg_d=1.817 std_dev=1.595
O5' B 0, -0.175, 1.622, 3.418, 4.127 max_d=4.127 avg_d=1.622 std_dev=1.797
P B 0, 0.095, 2.784, 5.472, 6.419 max_d=6.419 avg_d=2.784 std_dev=2.689
OP1 B 0, -0.366, 2.550, 5.465, 6.630 max_d=6.630 avg_d=2.550 std_dev=2.915
OP2 B 0, 0.693, 4.210, 7.727, 8.608 max_d=8.608 avg_d=4.210 std_dev=3.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.02 0.14 0.52 0.31
C2 0.02 0.00 0.32 0.34 0.01 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.42 0.05 0.26 0.02 0.29 0.59 0.39
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.15 0.22 0.39 0.32 0.08 0.02 0.00 0.04 0.02 0.29 0.06 0.34 0.39 0.18
C3' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.13 0.00 0.02 0.04 0.09 0.24 0.23 0.43 0.32 0.15 0.04 0.04 0.00 0.01 0.39 0.03 0.53 0.31 0.24
C4 0.01 0.01 0.15 0.13 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.04 0.32 0.01 0.31 0.55 0.39
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.07 0.18 0.12 0.10 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.20 0.45 0.12
C5 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.46 0.02 0.43 0.53 0.44
C5' 0.02 0.13 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.17 0.07 0.18 0.12 0.14 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.08 0.26 0.45 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.12 0.06 0.47 0.01 0.46 0.55 0.46
C8 0.01 0.01 0.15 0.24 0.00 0.13 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.25 0.01 0.49 0.04 0.42 0.47 0.43
N1 0.01 0.00 0.22 0.23 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.30 0.06 0.37 0.02 0.38 0.57 0.42
N2 0.03 0.00 0.39 0.43 0.01 0.18 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.56 0.05 0.19 0.03 0.24 0.61 0.37
N3 0.02 0.00 0.32 0.32 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.38 0.04 0.21 0.00 0.24 0.59 0.37
N7 0.00 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.00 0.14 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.17 0.01 0.55 0.04 0.50 0.50 0.48
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.31 0.03 0.29 0.52 0.37
O2' 0.03 0.33 0.00 0.04 0.14 0.08 0.08 0.07 0.14 0.10 0.24 0.42 0.31 0.04 0.01 0.00 0.08 0.07 0.20 0.10 0.37 0.34 0.08
O3' 0.03 0.42 0.04 0.00 0.15 0.01 0.03 0.07 0.12 0.25 0.30 0.56 0.38 0.17 0.04 0.08 0.00 0.01 0.35 0.05 0.75 0.22 0.32
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.07 0.19 0.60 0.39
O5' 0.12 0.26 0.29 0.39 0.32 0.01 0.46 0.01 0.47 0.49 0.37 0.19 0.21 0.55 0.31 0.20 0.35 0.10 0.00 0.55 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.10 0.05 0.07 0.55 0.00 0.53 0.56 0.50
OP1 0.14 0.29 0.34 0.53 0.31 0.20 0.43 0.26 0.46 0.42 0.38 0.24 0.24 0.50 0.29 0.37 0.75 0.19 0.01 0.53 0.00 0.00 0.00
OP2 0.52 0.59 0.39 0.31 0.55 0.45 0.53 0.45 0.55 0.47 0.57 0.61 0.59 0.50 0.52 0.34 0.22 0.60 0.02 0.56 0.00 0.00 0.00
P 0.31 0.39 0.18 0.24 0.39 0.12 0.44 0.01 0.46 0.43 0.42 0.37 0.37 0.48 0.37 0.08 0.32 0.39 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 1.25 0.11 0.43 0.89 0.28 1.16 0.32 1.48 0.76 1.54 1.31 0.87 1.05 0.61 0.27 0.88 0.19 0.30 1.67 0.80 0.72 0.17
C2 0.16 0.77 0.05 0.32 0.67 0.24 0.88 0.24 1.04 0.63 0.98 0.61 0.57 0.83 0.48 0.17 0.75 0.14 0.16 1.12 0.32 1.20 0.44
C2' 0.29 0.97 0.47 0.83 0.58 0.63 0.85 0.53 1.19 0.42 1.26 1.05 0.60 0.71 0.33 0.60 1.25 0.21 0.72 1.39 1.27 0.44 0.51
C3' 0.27 1.02 0.44 0.82 0.61 0.67 0.91 0.60 1.29 0.46 1.35 1.09 0.61 0.78 0.33 0.52 1.22 0.25 0.77 1.53 1.38 0.38 0.59
C4 0.19 1.01 0.08 0.36 0.79 0.25 1.09 0.24 1.36 0.76 1.34 0.90 0.68 1.03 0.57 0.20 0.82 0.15 0.09 1.52 0.36 1.14 0.39
C4' 0.22 1.31 0.13 0.51 0.91 0.37 1.21 0.39 1.59 0.75 1.65 1.39 0.90 1.08 0.60 0.26 0.92 0.09 0.51 1.83 1.14 0.47 0.37
C5 0.17 0.74 0.09 0.30 0.70 0.22 1.08 0.16 1.34 0.79 1.21 0.45 0.47 1.08 0.54 0.17 0.78 0.11 0.31 1.56 0.21 1.48 0.69
C5' 0.24 1.35 0.05 0.45 0.96 0.37 1.30 0.41 1.70 0.84 1.74 1.39 0.92 1.19 0.66 0.18 0.83 0.09 0.46 1.98 1.10 0.47 0.32
C6 0.13 0.38 0.10 0.24 0.56 0.20 0.96 0.11 1.15 0.76 0.88 0.11 0.23 1.02 0.46 0.13 0.71 0.07 0.52 1.35 0.43 1.73 0.94
C8 0.21 0.96 0.09 0.34 0.80 0.23 1.17 0.21 1.49 0.84 1.41 0.80 0.63 1.15 0.60 0.20 0.84 0.15 0.14 1.75 0.26 1.24 0.48
N1 0.13 0.42 0.07 0.25 0.55 0.20 0.86 0.14 0.98 0.68 0.78 0.08 0.27 0.89 0.44 0.13 0.69 0.07 0.46 1.10 0.33 1.61 0.83
N2 0.12 0.65 0.06 0.34 0.56 0.26 0.69 0.30 0.80 0.47 0.77 0.57 0.52 0.63 0.39 0.18 0.70 0.15 0.13 0.86 0.47 0.99 0.31
N3 0.19 1.04 0.07 0.37 0.78 0.26 1.01 0.29 1.23 0.67 1.25 0.99 0.75 0.91 0.54 0.21 0.81 0.18 0.13 1.34 0.55 0.96 0.25
N7 0.18 0.74 0.10 0.30 0.71 0.22 1.12 0.15 1.42 0.84 1.25 0.44 0.46 1.15 0.56 0.17 0.80 0.11 0.32 1.70 0.22 1.50 0.71
N9 0.22 1.11 0.09 0.38 0.84 0.26 1.15 0.26 1.46 0.79 1.46 1.06 0.75 1.08 0.60 0.22 0.86 0.17 0.09 1.66 0.48 1.01 0.28
O2' 0.36 0.98 0.61 0.95 0.54 0.69 0.76 0.63 1.10 0.33 1.20 1.12 0.61 0.59 0.29 0.75 1.36 0.25 0.97 1.27 1.56 0.58 0.82
O3' 0.42 0.95 0.63 1.01 0.51 0.84 0.79 0.79 1.18 0.33 1.26 1.05 0.55 0.63 0.28 0.71 1.39 0.42 1.06 1.42 1.74 0.51 0.92
O4' 0.39 1.45 0.15 0.29 1.07 0.21 1.37 0.33 1.72 0.95 1.77 1.51 1.05 1.26 0.79 0.22 0.70 0.32 0.25 1.93 0.79 0.71 0.15
O5' 0.50 1.50 0.30 0.23 1.23 0.27 1.62 0.43 2.01 1.20 1.96 1.43 1.10 1.57 0.96 0.28 0.64 0.44 0.27 2.33 0.72 1.05 0.38
O6 0.13 0.13 0.12 0.20 0.37 0.20 0.83 0.09 0.97 0.74 0.52 0.64 0.18 1.00 0.38 0.11 0.67 0.09 0.70 1.27 0.74 1.98 1.18
OP1 0.21 0.91 0.20 0.52 0.74 0.48 1.12 0.52 1.45 0.79 1.35 0.78 0.59 1.11 0.55 0.11 0.93 0.28 0.34 1.78 0.81 1.00 0.33
OP2 0.33 0.72 0.42 0.83 0.59 0.83 1.03 0.80 1.40 0.68 1.25 0.54 0.40 1.04 0.42 0.34 1.23 0.48 0.57 1.80 1.01 0.78 0.36
P 0.23 0.93 0.27 0.64 0.75 0.61 1.16 0.62 1.53 0.80 1.43 0.80 0.58 1.15 0.54 0.18 1.04 0.33 0.45 1.88 0.91 0.88 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.39 0.03 0.29 0.90 0.45
C2 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.14 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.27 0.14 0.60 0.02 0.50 1.60 0.87
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.32 0.05 0.37 0.54 0.24
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.12 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.03 0.15 0.21 0.10
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.16 0.07 0.68 0.03 0.66 1.55 0.90
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.10 0.19 0.13 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.23 0.32 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.05 0.83 0.02 0.95 1.84 1.12
C5' 0.03 0.19 0.06 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.14 0.21 0.15 0.26 0.16 0.20 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.16 0.29 0.30 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.15 0.08 0.86 0.01 0.98 1.97 1.20
C8 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.10 0.02 0.21 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.79 0.03 0.97 1.64 1.01
N1 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.23 0.11 0.74 0.01 0.75 1.84 1.06
N2 0.03 0.01 0.04 0.12 0.01 0.19 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.31 0.18 0.50 0.02 0.33 1.49 0.76
N3 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.13 0.01 0.16 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.25 0.14 0.54 0.03 0.42 1.41 0.75
N7 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.89 0.03 1.14 1.87 1.18
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.65 0.03 0.65 1.38 0.81
O2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.05 0.07 0.10 0.13 0.17 0.13 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.27 0.06 0.39 0.45 0.17
O3' 0.06 0.27 0.02 0.01 0.16 0.00 0.11 0.04 0.15 0.01 0.23 0.31 0.25 0.03 0.07 0.06 0.00 0.05 0.29 0.12 0.29 0.34 0.24
O4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.07 0.11 0.18 0.14 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.40 0.08 0.11 0.94 0.46
O5' 0.39 0.60 0.32 0.20 0.68 0.01 0.83 0.01 0.86 0.79 0.74 0.50 0.54 0.89 0.65 0.27 0.29 0.40 0.00 0.94 0.03 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.12 0.08 0.94 0.00 1.16 2.12 1.32
OP1 0.29 0.50 0.37 0.15 0.66 0.23 0.95 0.29 0.98 0.97 0.75 0.33 0.42 1.14 0.65 0.39 0.29 0.11 0.03 1.16 0.00 0.00 0.00
OP2 0.90 1.60 0.54 0.21 1.55 0.32 1.84 0.30 1.97 1.64 1.84 1.49 1.41 1.87 1.38 0.45 0.34 0.94 0.01 2.12 0.00 0.00 0.00
P 0.45 0.87 0.24 0.10 0.90 0.05 1.12 0.01 1.20 1.01 1.06 0.76 0.75 1.18 0.81 0.17 0.24 0.46 0.00 1.32 0.00 0.00 0.00