ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51516

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C2 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, -0.002, 0.008, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C8 A 0, -0.002, 0.012, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 B 0, 0.030, 0.109, 0.188, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.109 std_dev=0.079
N7 B 0, 0.028, 0.111, 0.195, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.111 std_dev=0.084
N9 B 0, 0.035, 0.120, 0.205, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.120 std_dev=0.085
C2' A 0, -0.007, 0.093, 0.192, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.093 std_dev=0.100
C5 B 0, 0.041, 0.141, 0.242, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.141 std_dev=0.100
C1' B 0, 0.035, 0.139, 0.242, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.139 std_dev=0.104
C4 B 0, 0.039, 0.147, 0.255, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.147 std_dev=0.108
O4' A 0, -0.004, 0.115, 0.233, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.115 std_dev=0.118
P A 0, 0.001, 0.120, 0.240, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.120 std_dev=0.119
O4' B 0, 0.026, 0.166, 0.305, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.166 std_dev=0.139
C3' A 0, -0.018, 0.122, 0.262, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.122 std_dev=0.140
C4' A 0, -0.010, 0.131, 0.271, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.131 std_dev=0.140
C6 B 0, 0.043, 0.186, 0.329, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.186 std_dev=0.143
O3' A 0, -0.026, 0.121, 0.267, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.121 std_dev=0.146
O6 B 0, 0.040, 0.189, 0.339, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.189 std_dev=0.150
O2' B 0, 0.029, 0.180, 0.331, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.180 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.028, 0.179, 0.330, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.179 std_dev=0.151
N3 B 0, 0.033, 0.189, 0.345, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.189 std_dev=0.156
OP1 A 0, -0.015, 0.156, 0.328, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.156 std_dev=0.172
O2' A 0, -0.003, 0.191, 0.385, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.191 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.010, 0.206, 0.402, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.206 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.039, 0.235, 0.431, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.235 std_dev=0.196
C4' B 0, 0.004, 0.201, 0.398, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.201 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.033, 0.232, 0.431, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.232 std_dev=0.199
O5' B 0, -0.002, 0.226, 0.455, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.226 std_dev=0.228
C5' B 0, -0.004, 0.230, 0.464, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.230 std_dev=0.234
O3' B 0, -0.014, 0.221, 0.455, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.221 std_dev=0.234
O5' A 0, -0.040, 0.203, 0.447, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.203 std_dev=0.243
N2 B 0, 0.026, 0.277, 0.528, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.277 std_dev=0.251
C5' A 0, -0.031, 0.222, 0.476, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.222 std_dev=0.253
OP2 A 0, -0.034, 0.220, 0.475, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.220 std_dev=0.254
P B 0, -0.031, 0.305, 0.641, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.305 std_dev=0.336
OP1 B 0, -0.040, 0.306, 0.651, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.306 std_dev=0.345
OP2 B 0, -0.055, 0.379, 0.813, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.379 std_dev=0.434

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.02 0.07 0.19 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.00 0.07 0.12 0.02 0.09 0.12 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.01 0.17 0.16 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.02 0.11 0.22 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.14 0.02 0.09 0.12 0.04
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.23 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.16 0.02 0.10 0.08 0.06
C5' 0.06 0.11 0.09 0.03 0.12 0.00 0.16 0.00 0.17 0.16 0.14 0.09 0.10 0.18 0.12 0.08 0.03 0.01 0.01 0.19 0.09 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.06 0.16 0.01 0.11 0.06 0.06
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.18 0.02 0.11 0.09 0.06
N1 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.09 0.05
N2 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.15 0.01 0.08 0.10 0.03 0.08 0.13 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.07 0.11 0.02 0.08 0.14 0.03
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.18 0.02 0.11 0.05 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.14 0.02 0.09 0.14 0.03
O2' 0.03 0.13 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.08 0.10 0.02 0.12 0.15 0.12 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.24 0.08 0.25 0.09 0.15
O3' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.09 0.22 0.02
O4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.06 0.06 0.28 0.11
O5' 0.10 0.12 0.22 0.13 0.14 0.00 0.16 0.01 0.16 0.18 0.14 0.10 0.11 0.18 0.14 0.24 0.09 0.06 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.06 0.17 0.00 0.12 0.02 0.08
OP1 0.07 0.09 0.17 0.11 0.09 0.02 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.25 0.09 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.12 0.16 0.22 0.12 0.23 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.13 0.14 0.05 0.14 0.09 0.22 0.28 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.09 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.15 0.02 0.11 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04 0.02 0.16 0.14 0.09
C2 0.03 0.08 0.03 0.00 0.02 0.11 0.02 0.14 0.04 0.03 0.07 0.11 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.04 0.22 0.20 0.16
C2' 0.08 0.05 0.14 0.13 0.08 0.05 0.08 0.02 0.07 0.10 0.05 0.03 0.07 0.09 0.09 0.13 0.15 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05 0.00
C3' 0.07 0.04 0.13 0.12 0.07 0.04 0.07 0.01 0.05 0.09 0.04 0.03 0.06 0.08 0.08 0.12 0.14 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.01
C4 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.09 0.01 0.12 0.04 0.02 0.06 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.04 0.21 0.19 0.14
C4' 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.15 0.14 0.08
C5 0.04 0.09 0.00 0.03 0.03 0.11 0.02 0.14 0.05 0.02 0.08 0.12 0.06 0.01 0.01 0.04 0.03 0.10 0.10 0.05 0.24 0.22 0.17
C5' 0.07 0.15 0.03 0.03 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.04 0.14 0.18 0.12 0.06 0.06 0.05 0.03 0.09 0.07 0.12 0.18 0.19 0.13
C6 0.05 0.10 0.02 0.05 0.04 0.14 0.03 0.17 0.06 0.02 0.09 0.14 0.07 0.01 0.02 0.07 0.06 0.11 0.12 0.05 0.26 0.25 0.19
C8 0.03 0.08 0.02 0.01 0.03 0.09 0.02 0.12 0.04 0.02 0.07 0.11 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.21 0.19 0.14
N1 0.05 0.10 0.01 0.04 0.04 0.14 0.03 0.17 0.05 0.02 0.09 0.13 0.07 0.01 0.02 0.07 0.05 0.11 0.12 0.05 0.26 0.24 0.19
N2 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.04 0.03 0.06 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.09 0.08 0.03 0.22 0.18 0.15
N3 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.03 0.06 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.03 0.20 0.17 0.13
N7 0.04 0.09 0.01 0.03 0.03 0.11 0.03 0.14 0.05 0.02 0.08 0.12 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.10 0.05 0.23 0.22 0.16
N9 0.02 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.03 0.02 0.06 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.03 0.19 0.17 0.12
O2' 0.18 0.14 0.25 0.25 0.17 0.16 0.18 0.14 0.16 0.19 0.15 0.12 0.16 0.19 0.18 0.24 0.27 0.14 0.17 0.17 0.05 0.09 0.13
O3' 0.09 0.06 0.15 0.14 0.08 0.07 0.08 0.04 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.09 0.09 0.14 0.16 0.05 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02
O4' 0.06 0.10 0.01 0.03 0.06 0.11 0.06 0.15 0.08 0.04 0.10 0.12 0.08 0.04 0.05 0.03 0.02 0.11 0.11 0.09 0.25 0.24 0.18
O5' 0.16 0.23 0.11 0.10 0.17 0.18 0.16 0.18 0.19 0.12 0.23 0.27 0.21 0.12 0.15 0.14 0.08 0.19 0.14 0.19 0.23 0.24 0.18
O6 0.07 0.12 0.05 0.09 0.05 0.16 0.04 0.19 0.07 0.02 0.11 0.16 0.09 0.01 0.03 0.10 0.11 0.12 0.15 0.06 0.28 0.28 0.22
OP1 0.11 0.16 0.05 0.04 0.12 0.12 0.11 0.13 0.13 0.08 0.16 0.19 0.14 0.08 0.10 0.07 0.02 0.14 0.09 0.13 0.18 0.18 0.13
OP2 0.12 0.03 0.16 0.16 0.10 0.10 0.10 0.09 0.07 0.15 0.03 0.01 0.06 0.14 0.12 0.14 0.17 0.10 0.12 0.07 0.02 0.02 0.07
P 0.05 0.11 0.02 0.02 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.02 0.11 0.14 0.09 0.03 0.04 0.03 0.03 0.08 0.05 0.08 0.16 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.09 0.01 0.13 0.11 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.09 0.01 0.11 0.13 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.10 0.11 0.07
C3' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.09 0.02 0.12 0.14 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.10 0.10 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.06 0.06
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06
C5' 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08
C8 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
N1 0.02 0.00 0.11 0.12 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.00 0.09 0.01 0.12 0.10 0.09
N2 0.03 0.01 0.13 0.14 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.17 0.01 0.11 0.01 0.15 0.13 0.11
N3 0.01 0.01 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.11 0.08 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.04
O2' 0.00 0.08 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.01 0.08 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.14 0.13 0.09
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.11 0.03 0.14 0.17 0.10 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.11 0.12 0.16 0.09
O4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.02
O5' 0.04 0.09 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.03 0.09 0.11 0.07 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08
OP1 0.08 0.13 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.03 0.12 0.15 0.11 0.03 0.07 0.14 0.12 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.11 0.11 0.12 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.10 0.13 0.08 0.00 0.03 0.13 0.16 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.07 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.11 0.07 0.04 0.04 0.09 0.09 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00