ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51517

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.001, 0.014, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.006, 0.041, 0.076, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.041 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.016, 0.061, 0.106, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.061 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.008, 0.058, 0.108, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.058 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.017, 0.116, 0.216, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.116 std_dev=0.099
C4' A 0, -0.004, 0.142, 0.287, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.142 std_dev=0.145
O2' A 0, 0.038, 0.189, 0.340, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.189 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.012, 0.176, 0.339, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.176 std_dev=0.163
P B 0, 0.030, 0.209, 0.388, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.209 std_dev=0.179
OP1 A 0, 0.076, 0.263, 0.450, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.263 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.038, 0.236, 0.434, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.236 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.033, 0.237, 0.440, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.237 std_dev=0.204
P A 0, 0.087, 0.301, 0.515, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.301 std_dev=0.214
O5' A 0, 0.091, 0.310, 0.529, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.310 std_dev=0.219
O5' B 0, 0.020, 0.253, 0.485, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.253 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.098, 0.339, 0.581, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.339 std_dev=0.242
OP1 B 0, 0.013, 0.265, 0.516, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.265 std_dev=0.251
OP2 B 0, 0.101, 0.355, 0.610, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.355 std_dev=0.254
O4' B 0, -0.019, 0.247, 0.512, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.247 std_dev=0.266
C5' B 0, -0.009, 0.270, 0.549, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.270 std_dev=0.279
C4' B 0, -0.012, 0.277, 0.567, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.277 std_dev=0.290
C8 B 0, 0.003, 0.303, 0.604, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.303 std_dev=0.300
N7 B 0, 0.018, 0.328, 0.638, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.328 std_dev=0.310
C1' B 0, -0.018, 0.299, 0.617, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.299 std_dev=0.318
N9 B 0, -0.015, 0.320, 0.655, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.320 std_dev=0.335
C3' B 0, -0.017, 0.329, 0.676, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.329 std_dev=0.346
O2' B 0, -0.004, 0.348, 0.701, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.348 std_dev=0.353
C5 B 0, 0.002, 0.372, 0.742, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.372 std_dev=0.370
C2' B 0, -0.026, 0.345, 0.716, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.345 std_dev=0.371
O3' B 0, 0.021, 0.417, 0.812, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.417 std_dev=0.395
C4 B 0, -0.025, 0.371, 0.767, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.371 std_dev=0.396
O6 B 0, -0.001, 0.415, 0.832, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.415 std_dev=0.417
C6 B 0, -0.016, 0.409, 0.834, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.409 std_dev=0.425
N3 B 0, -0.035, 0.415, 0.866, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.415 std_dev=0.450
N1 B 0, -0.044, 0.452, 0.947, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.452 std_dev=0.495
C2 B 0, -0.044, 0.461, 0.966, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.461 std_dev=0.505
N2 B 0, -0.050, 0.528, 1.106, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.528 std_dev=0.578

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.15 0.16 0.11
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.10 0.04 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.10 0.11 0.08 0.02 0.04
C4 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.10 0.08 0.03
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.07 0.01 0.02 0.13 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.05 0.04
C5 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.08 0.01 0.06 0.05 0.04
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.17 0.18 0.13 0.06 0.06 0.20 0.09 0.06 0.01 0.03 0.02 0.20 0.09 0.02 0.03
C6 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08
C8 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.03 0.02 0.08 0.16 0.06
N1 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.11 0.01 0.04 0.02 0.07
N2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.06 0.02
N7 0.03 0.01 0.06 0.11 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.07 0.02 0.05 0.10 0.04
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.12 0.14 0.07
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.11 0.04 0.06
O3' 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.04 0.01 0.01 0.10 0.04 0.03 0.00 0.02 0.14 0.09 0.06 0.07 0.08
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.21 0.05 0.20 0.24 0.20
O5' 0.09 0.07 0.03 0.10 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.03 0.11 0.06 0.03 0.07 0.03 0.03 0.14 0.21 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00
O6 0.04 0.01 0.06 0.11 0.02 0.12 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.09 0.05 0.14 0.00 0.03 0.05 0.11
OP1 0.15 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.06 0.09 0.04 0.08 0.04 0.08 0.10 0.05 0.12 0.11 0.06 0.20 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.01 0.04 0.02 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.16 0.02 0.03 0.06 0.10 0.14 0.04 0.07 0.24 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.06 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.08 0.20 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.05 0.05 0.14 0.09 0.09
C2 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.04 0.08 0.02 0.06 0.04
C2' 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.07 0.12 0.09 0.07
C3' 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.09 0.05 0.05
C4 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.06 0.05
C4' 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.10 0.07 0.05
C5 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.04 0.06 0.09 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05
C5' 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.11 0.06 0.06
C6 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.10 0.05 0.08 0.13 0.09 0.09 0.07 0.03 0.03 0.05 0.04
C8 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.07 0.07 0.04 0.05 0.06 0.01 0.04 0.03 0.04 0.11 0.06 0.07
N1 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.12 0.09 0.07 0.07 0.02 0.02 0.05 0.03
N2 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.03 0.12 0.04 0.13 0.12 0.12 0.09 0.09 0.13 0.10 0.03 0.01 0.07 0.06 0.14 0.03 0.08 0.05
N3 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05
N7 0.06 0.09 0.05 0.04 0.09 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07 0.09 0.04 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06
N9 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.11 0.07 0.07
O2' 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.04 0.11 0.10 0.12 0.13 0.18 0.14 0.14
O3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.02
O4' 0.05 0.03 0.07 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.09 0.04 0.04 0.02 0.15 0.09 0.08
O5' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.09 0.08 0.14 0.10 0.03 0.09 0.09 0.11 0.16 0.19 0.18 0.17
O6 0.13 0.15 0.13 0.12 0.14 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.15 0.16 0.09 0.13 0.17 0.14 0.13 0.09 0.08 0.03 0.05 0.04
OP1 0.10 0.12 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.14 0.08 0.10 0.11 0.08 0.03 0.05 0.04
OP2 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.04 0.07 0.09 0.13 0.14 0.13
P 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.12 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.08 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.12 0.05
C5' 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.12 0.05
C8 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.12 0.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04
N2 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.03
N3 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03
N7 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.13 0.05
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.10 0.03
O5' 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01
O6 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.07 0.14 0.06
OP1 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.06 0.05 0.10 0.05 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00