ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51518

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.004, 0.031, 0.059, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.007, 0.037, 0.068, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.037 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.015, 0.052, 0.088, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.015, 0.055, 0.094, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.055 std_dev=0.039
O6 A 0, 0.010, 0.051, 0.093, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.041
C2 A 0, -0.010, 0.041, 0.093, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.041 std_dev=0.051
N3 A 0, -0.010, 0.044, 0.098, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.044 std_dev=0.054
C1' A 0, -0.010, 0.052, 0.114, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.052 std_dev=0.062
N2 A 0, -0.010, 0.094, 0.198, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.094 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.126, 0.447, 0.768, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.447 std_dev=0.321
C2' A 0, 0.006, 0.393, 0.779, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.393 std_dev=0.386
O2' B 0, 0.200, 0.683, 1.167, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.683 std_dev=0.484
C4' A 0, 0.220, 0.845, 1.469, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.845 std_dev=0.624
C2' B 0, 0.289, 1.027, 1.765, 1.703 max_d=1.703 avg_d=1.027 std_dev=0.738
O2' A 0, 0.317, 1.091, 1.865, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.091 std_dev=0.774
C5' A 0, 0.316, 1.130, 1.945, 1.889 max_d=1.889 avg_d=1.130 std_dev=0.815
C3' A 0, 0.071, 0.893, 1.715, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.893 std_dev=0.822
O3' B 0, -0.005, 0.998, 2.001, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.998 std_dev=1.003
C3' B 0, 0.327, 1.487, 2.647, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.487 std_dev=1.160
OP1 A 0, 0.419, 1.659, 2.900, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.659 std_dev=1.240
P A 0, 0.488, 1.728, 2.969, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.728 std_dev=1.240
C1' B 0, 0.529, 1.853, 3.178, 3.013 max_d=3.013 avg_d=1.853 std_dev=1.324
OP2 A 0, 0.336, 1.690, 3.044, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.690 std_dev=1.354
O5' A 0, 0.500, 1.873, 3.247, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.873 std_dev=1.374
O3' A 0, -0.127, 1.464, 3.055, 3.676 max_d=3.676 avg_d=1.464 std_dev=1.591
O4' B 0, 0.721, 2.496, 4.270, 3.973 max_d=3.973 avg_d=2.496 std_dev=1.775
C4' B 0, 0.573, 2.400, 4.226, 4.429 max_d=4.429 avg_d=2.400 std_dev=1.827
N9 B 0, 0.456, 2.305, 4.154, 4.528 max_d=4.528 avg_d=2.305 std_dev=1.849
C8 B 0, 0.438, 2.557, 4.676, 5.189 max_d=5.189 avg_d=2.557 std_dev=2.119
O5' B 0, 0.784, 3.104, 5.423, 5.576 max_d=5.576 avg_d=3.104 std_dev=2.320
N3 B 0, 0.234, 2.607, 4.981, 5.741 max_d=5.741 avg_d=2.607 std_dev=2.373
C4 B 0, 0.263, 2.647, 5.030, 5.778 max_d=5.778 avg_d=2.647 std_dev=2.384
C5' B 0, 0.783, 3.375, 5.968, 6.303 max_d=6.303 avg_d=3.375 std_dev=2.592
OP1 B 0, 1.063, 3.667, 6.272, 5.800 max_d=5.800 avg_d=3.667 std_dev=2.605
P B 0, 1.095, 3.739, 6.384, 5.669 max_d=5.669 avg_d=3.739 std_dev=2.645
N7 B 0, 0.206, 3.011, 5.815, 6.752 max_d=6.752 avg_d=3.011 std_dev=2.804
OP2 B 0, 1.206, 4.146, 7.086, 6.492 max_d=6.492 avg_d=4.146 std_dev=2.940
C5 B 0, 0.081, 3.067, 6.052, 7.113 max_d=7.113 avg_d=3.067 std_dev=2.985
C2 B 0, 0.027, 3.017, 6.007, 7.092 max_d=7.092 avg_d=3.017 std_dev=2.990
N2 B 0, 0.018, 3.070, 6.122, 7.233 max_d=7.233 avg_d=3.070 std_dev=3.052
N1 B 0, -0.174, 3.448, 7.069, 8.452 max_d=8.452 avg_d=3.448 std_dev=3.622
C6 B 0, -0.188, 3.505, 7.199, 8.612 max_d=8.612 avg_d=3.505 std_dev=3.694
O6 B 0, -0.397, 3.928, 8.254, 9.954 max_d=9.954 avg_d=3.928 std_dev=4.326

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.11 0.05 0.02 0.08 0.14 0.10 0.00 0.01 0.03 0.18 0.00 0.03 0.04 0.04 0.92 0.23
C2 0.10 0.00 0.23 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.71 0.30 0.11 0.18 0.01 0.12 0.68 0.07
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.10 0.03 0.03 0.20 0.08 0.13 0.16 0.30 0.23 0.09 0.01 0.01 0.05 0.02 0.16 0.04 0.10 0.68 0.11
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.17 0.00 0.36 0.04 0.32 0.55 0.15 0.19 0.09 0.55 0.26 0.00 0.01 0.01 0.43 0.41 0.33 0.10 0.29
C4 0.05 0.01 0.10 0.17 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.43 0.13 0.05 0.22 0.02 0.09 0.73 0.03
C4' 0.01 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.13 0.27 0.03 0.17 0.10 0.27 0.10 0.28 0.04 0.00 0.02 0.19 0.13 0.55 0.10
C5 0.03 0.00 0.03 0.36 0.01 0.16 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.31 0.02 0.40 0.01 0.20 0.50 0.18
C5' 0.11 0.09 0.20 0.04 0.04 0.01 0.12 0.00 0.13 0.18 0.04 0.16 0.13 0.23 0.04 0.09 0.14 0.02 0.01 0.20 0.21 0.44 0.01
C6 0.05 0.00 0.08 0.32 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.48 0.26 0.03 0.42 0.00 0.25 0.37 0.25
C8 0.02 0.01 0.13 0.55 0.01 0.27 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.14 0.55 0.06 0.42 0.01 0.13 0.69 0.13
N1 0.08 0.00 0.16 0.15 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.62 0.13 0.07 0.31 0.01 0.20 0.50 0.15
N2 0.14 0.01 0.30 0.19 0.02 0.17 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.82 0.51 0.15 0.15 0.01 0.11 0.72 0.12
N3 0.10 0.01 0.23 0.09 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.65 0.34 0.11 0.12 0.01 0.06 0.79 0.12
N7 0.00 0.00 0.09 0.55 0.01 0.27 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.58 0.05 0.53 0.02 0.23 0.40 0.29
N9 0.01 0.03 0.01 0.26 0.01 0.10 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.19 0.20 0.00 0.18 0.01 0.03 0.84 0.09
O2' 0.03 0.71 0.01 0.00 0.43 0.28 0.37 0.09 0.48 0.14 0.62 0.82 0.65 0.21 0.19 0.00 0.04 0.20 0.31 0.45 0.20 0.63 0.05
O3' 0.18 0.30 0.05 0.01 0.13 0.04 0.31 0.14 0.26 0.55 0.13 0.51 0.34 0.58 0.20 0.04 0.00 0.14 0.61 0.39 0.55 0.26 0.50
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.07 0.15 0.11 0.05 0.00 0.20 0.14 0.00 0.21 0.02 0.04 0.98 0.36
O5' 0.03 0.18 0.16 0.43 0.22 0.02 0.40 0.01 0.42 0.42 0.31 0.15 0.12 0.53 0.18 0.31 0.61 0.21 0.00 0.53 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.04 0.41 0.02 0.19 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.45 0.39 0.02 0.53 0.00 0.33 0.17 0.37
OP1 0.04 0.12 0.10 0.33 0.09 0.13 0.20 0.21 0.25 0.13 0.20 0.11 0.06 0.23 0.03 0.20 0.55 0.04 0.02 0.33 0.00 0.00 0.00
OP2 0.92 0.68 0.68 0.10 0.73 0.55 0.50 0.44 0.37 0.69 0.50 0.72 0.79 0.40 0.84 0.63 0.26 0.98 0.02 0.17 0.00 0.00 0.01
P 0.23 0.07 0.11 0.29 0.03 0.10 0.18 0.01 0.25 0.13 0.15 0.12 0.12 0.29 0.09 0.05 0.50 0.36 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.38 0.87 0.33 0.43 0.70 0.36 0.91 0.59 1.11 0.67 1.09 0.83 0.64 0.86 0.55 0.33 0.45 0.39 0.40 1.25 0.70 0.37 0.40
C2 0.22 0.44 0.23 0.31 0.40 0.19 0.54 0.40 0.62 0.43 0.58 0.37 0.30 0.53 0.33 0.26 0.36 0.21 0.22 0.68 0.59 0.38 0.24
C2' 0.39 1.35 0.41 0.48 0.98 0.35 1.25 0.59 1.57 0.85 1.63 1.43 0.97 1.13 0.71 0.40 0.51 0.37 0.42 1.75 0.78 0.33 0.48
C3' 0.34 0.96 0.28 0.38 0.69 0.34 0.89 0.46 1.16 0.59 1.20 1.03 0.68 0.81 0.50 0.32 0.45 0.41 0.27 1.32 0.57 0.47 0.28
C4 0.23 0.53 0.29 0.40 0.49 0.23 0.71 0.57 0.87 0.53 0.79 0.35 0.34 0.71 0.38 0.28 0.44 0.22 0.32 0.99 0.63 0.32 0.29
C4' 0.38 0.71 0.32 0.42 0.58 0.38 0.77 0.57 0.96 0.57 0.93 0.67 0.53 0.74 0.47 0.37 0.46 0.41 0.36 1.11 0.63 0.43 0.32
C5 0.11 0.18 0.37 0.50 0.32 0.28 0.60 0.73 0.72 0.48 0.54 0.13 0.07 0.66 0.27 0.31 0.53 0.07 0.42 0.88 0.65 0.26 0.31
C5' 0.26 0.56 0.31 0.42 0.49 0.31 0.71 0.60 0.90 0.52 0.83 0.47 0.38 0.71 0.38 0.37 0.46 0.29 0.35 1.09 0.61 0.36 0.27
C6 0.05 0.17 0.42 0.54 0.15 0.34 0.44 0.80 0.48 0.40 0.24 0.49 0.21 0.55 0.16 0.34 0.57 0.05 0.47 0.62 0.66 0.26 0.34
C8 0.18 0.42 0.34 0.48 0.44 0.27 0.72 0.71 0.90 0.55 0.76 0.22 0.26 0.76 0.35 0.29 0.51 0.16 0.42 1.10 0.64 0.27 0.30
N1 0.07 0.17 0.36 0.46 0.20 0.24 0.41 0.61 0.45 0.37 0.31 0.30 0.14 0.47 0.18 0.33 0.50 0.04 0.32 0.53 0.63 0.31 0.28
N2 0.28 0.47 0.13 0.17 0.36 0.24 0.43 0.23 0.50 0.36 0.51 0.51 0.36 0.41 0.31 0.19 0.21 0.29 0.22 0.53 0.54 0.45 0.22
N3 0.29 0.64 0.21 0.30 0.53 0.23 0.69 0.42 0.82 0.51 0.80 0.58 0.47 0.65 0.41 0.24 0.34 0.30 0.26 0.90 0.60 0.40 0.27
N7 0.10 0.16 0.38 0.53 0.30 0.32 0.61 0.80 0.76 0.50 0.54 0.22 0.09 0.70 0.26 0.31 0.56 0.06 0.49 0.96 0.65 0.24 0.33
N9 0.26 0.63 0.30 0.42 0.55 0.26 0.79 0.59 0.98 0.58 0.91 0.49 0.43 0.78 0.43 0.28 0.45 0.26 0.36 1.13 0.64 0.32 0.31
O2' 0.96 2.00 0.92 0.97 1.60 0.87 1.83 1.09 2.13 1.42 2.22 2.12 1.62 1.70 1.31 0.91 0.96 0.90 0.97 2.27 1.37 0.75 1.10
O3' 0.67 1.27 0.61 0.69 0.99 0.71 1.14 0.78 1.36 0.86 1.44 1.38 1.02 1.04 0.81 0.65 0.75 0.72 0.61 1.48 0.84 0.64 0.62
O4' 0.38 0.57 0.31 0.41 0.53 0.37 0.69 0.60 0.83 0.55 0.77 0.48 0.45 0.70 0.46 0.36 0.44 0.40 0.39 0.96 0.66 0.40 0.33
O5' 0.40 0.23 0.12 0.21 0.23 0.19 0.31 0.36 0.44 0.24 0.36 0.25 0.28 0.32 0.26 0.20 0.31 0.43 0.03 0.61 0.29 0.68 0.10
O6 0.14 0.53 0.49 0.63 0.15 0.48 0.28 0.99 0.25 0.36 0.19 0.86 0.50 0.48 0.13 0.37 0.65 0.20 0.63 0.41 0.71 0.25 0.43
OP1 0.26 0.26 0.12 0.28 0.11 0.10 0.16 0.59 0.25 0.13 0.05 0.50 0.32 0.27 0.12 0.18 0.34 0.24 0.30 0.45 0.44 0.62 0.23
OP2 0.44 0.55 0.86 0.99 0.62 0.73 0.82 1.12 0.93 0.73 0.79 0.38 0.47 0.88 0.58 0.89 1.10 0.39 0.74 1.08 0.89 0.06 0.53
P 0.27 0.19 0.22 0.37 0.14 0.16 0.22 0.58 0.31 0.19 0.16 0.36 0.26 0.30 0.16 0.29 0.48 0.26 0.24 0.47 0.43 0.58 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.06 0.54 0.36 0.23
C2 0.06 0.00 0.20 0.18 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.52 0.23 0.12 0.12 0.01 0.28 0.97 0.27
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.18 0.12 0.06 0.17 0.23 0.20 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.11 0.10 0.51 0.35 0.20
C3' 0.00 0.18 0.01 0.00 0.17 0.01 0.23 0.04 0.23 0.27 0.20 0.20 0.16 0.29 0.17 0.02 0.02 0.01 0.21 0.26 0.47 0.39 0.15
C4 0.04 0.00 0.12 0.17 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.15 0.06 0.16 0.02 0.29 0.91 0.29
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.09 0.18 0.04 0.06 0.03 0.18 0.08 0.20 0.03 0.01 0.01 0.12 0.68 0.08 0.36
C5 0.04 0.00 0.08 0.23 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.31 0.21 0.02 0.25 0.01 0.46 1.15 0.51
C5' 0.09 0.14 0.18 0.04 0.16 0.00 0.24 0.00 0.24 0.30 0.18 0.14 0.13 0.33 0.17 0.04 0.13 0.01 0.00 0.28 0.10 0.15 0.02
C6 0.05 0.01 0.12 0.23 0.02 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.40 0.22 0.05 0.25 0.00 0.52 1.25 0.56
C8 0.00 0.01 0.06 0.27 0.01 0.18 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.23 0.07 0.28 0.01 0.41 0.94 0.46
N1 0.06 0.01 0.17 0.20 0.01 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.48 0.21 0.09 0.19 0.01 0.37 1.15 0.44
N2 0.06 0.01 0.23 0.20 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.57 0.30 0.14 0.08 0.02 0.29 0.92 0.20
N3 0.06 0.00 0.20 0.16 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.49 0.22 0.12 0.09 0.02 0.31 0.82 0.19
N7 0.02 0.00 0.04 0.29 0.00 0.18 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.19 0.27 0.04 0.32 0.01 0.61 1.23 0.64
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.11 0.00 0.15 0.03 0.31 0.72 0.23
O2' 0.03 0.52 0.01 0.02 0.34 0.20 0.31 0.04 0.40 0.10 0.48 0.57 0.49 0.19 0.16 0.00 0.04 0.14 0.14 0.38 0.51 0.34 0.16
O3' 0.10 0.23 0.02 0.02 0.15 0.03 0.21 0.13 0.22 0.23 0.21 0.30 0.22 0.27 0.11 0.04 0.00 0.08 0.28 0.26 0.56 0.31 0.23
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.09 0.14 0.12 0.04 0.00 0.14 0.08 0.00 0.08 0.04 0.66 0.11 0.37
O5' 0.05 0.12 0.11 0.21 0.16 0.01 0.25 0.00 0.25 0.28 0.19 0.08 0.09 0.32 0.15 0.14 0.28 0.08 0.00 0.29 0.02 0.05 0.01
O6 0.06 0.01 0.10 0.26 0.02 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.38 0.26 0.04 0.29 0.00 0.68 1.36 0.69
OP1 0.54 0.28 0.51 0.47 0.29 0.68 0.46 0.10 0.52 0.41 0.37 0.29 0.31 0.61 0.31 0.51 0.56 0.66 0.02 0.68 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.97 0.35 0.39 0.91 0.08 1.15 0.15 1.25 0.94 1.15 0.92 0.82 1.23 0.72 0.34 0.31 0.11 0.05 1.36 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.27 0.20 0.15 0.29 0.36 0.51 0.02 0.56 0.46 0.44 0.20 0.19 0.64 0.23 0.16 0.23 0.37 0.01 0.69 0.00 0.01 0.00