ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51519

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O5' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
P A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
OP1 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O3' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2' B 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
OP2 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O3' B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2' B 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C4' B 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C3' B 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C1' B 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O4' B 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C5' B 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N3 B 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N2 B 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O5' B 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N9 B 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4 B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C2 B 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C8 B 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
OP1 B 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
P B 0, 0.000, 0.085, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C5 B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N1 B 0, 0.000, 0.087, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.087 std_dev=0.087
N7 B 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C6 B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
OP2 B 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O6 B 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
C2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
C2' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
N2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
N3 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
OP2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
P 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00