ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51521

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.000, 0.137, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C3' A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O3' A 0, 0.000, 0.225, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.225 std_dev=0.225
O5' A 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C5' A 0, 0.000, 0.295, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.295 std_dev=0.295
P A 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
O3' B 0, 0.000, 0.506, 1.012, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.506 std_dev=0.506
OP2 A 0, 0.000, 0.529, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.529 std_dev=0.529
O2' B 0, 0.000, 0.546, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.546 std_dev=0.546
C4' B 0, 0.000, 0.566, 1.131, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C3' B 0, 0.000, 0.586, 1.172, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C5' B 0, 0.000, 0.588, 1.175, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.588 std_dev=0.588
OP2 B 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
P B 0, 0.000, 0.626, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.626 std_dev=0.626
C2' B 0, 0.000, 0.632, 1.264, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.632 std_dev=0.632
O4' B 0, 0.000, 0.660, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.660 std_dev=0.660
C1' B 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
O5' B 0, 0.000, 0.701, 1.402, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.701 std_dev=0.701
N3 B 0, 0.000, 0.714, 1.428, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.714 std_dev=0.714
N2 B 0, 0.000, 0.727, 1.454, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.727 std_dev=0.727
N9 B 0, 0.000, 0.730, 1.461, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.730 std_dev=0.730
OP1 B 0, 0.000, 0.736, 1.472, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.736 std_dev=0.736
C4 B 0, 0.000, 0.741, 1.482, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.741 std_dev=0.741
C2 B 0, 0.000, 0.755, 1.510, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.755 std_dev=0.755
C8 B 0, 0.000, 0.769, 1.538, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.769 std_dev=0.769
C5 B 0, 0.000, 0.811, 1.622, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.811 std_dev=0.811
N1 B 0, 0.000, 0.824, 1.649, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.824 std_dev=0.824
N7 B 0, 0.000, 0.825, 1.650, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.825 std_dev=0.825
C6 B 0, 0.000, 0.863, 1.726, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.863 std_dev=0.863
O6 B 0, 0.000, 0.936, 1.872, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.936 std_dev=0.936

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.04
C2 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.02 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.02
C5' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.03 0.04 0.03
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02
N2 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.00 0.10 0.01 0.02
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02
N7 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02
O2' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.08 0.02 0.05
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.03
O5' 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.05
OP1 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.10 0.09 0.01 0.07 0.06 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.06 0.17 0.14 0.12 0.14 0.14 0.09 0.12 0.18 0.08 0.02 0.08 0.17 0.15 0.19 0.13 0.17 0.03 0.14 0.22 0.07 0.09
C2 0.13 0.01 0.13 0.14 0.09 0.16 0.12 0.14 0.10 0.18 0.05 0.04 0.03 0.17 0.13 0.13 0.14 0.17 0.06 0.12 0.29 0.09 0.14
C2' 0.14 0.04 0.15 0.12 0.10 0.12 0.11 0.07 0.09 0.16 0.06 0.00 0.06 0.15 0.13 0.17 0.11 0.15 0.03 0.11 0.19 0.04 0.07
C3' 0.13 0.02 0.15 0.12 0.09 0.11 0.10 0.07 0.08 0.15 0.04 0.02 0.04 0.14 0.12 0.16 0.11 0.15 0.03 0.09 0.20 0.04 0.07
C4 0.15 0.05 0.16 0.15 0.12 0.14 0.14 0.10 0.13 0.19 0.08 0.01 0.07 0.18 0.15 0.17 0.14 0.17 0.03 0.15 0.24 0.07 0.10
C4' 0.16 0.05 0.17 0.14 0.12 0.14 0.13 0.10 0.11 0.18 0.07 0.01 0.07 0.17 0.15 0.19 0.13 0.18 0.05 0.12 0.23 0.07 0.11
C5 0.17 0.08 0.18 0.17 0.14 0.16 0.17 0.12 0.16 0.22 0.11 0.03 0.09 0.22 0.18 0.19 0.17 0.18 0.04 0.19 0.27 0.09 0.12
C5' 0.15 0.05 0.17 0.14 0.11 0.14 0.13 0.10 0.11 0.18 0.07 0.01 0.07 0.17 0.15 0.18 0.13 0.18 0.04 0.12 0.23 0.07 0.10
C6 0.17 0.08 0.18 0.18 0.14 0.18 0.18 0.15 0.17 0.23 0.11 0.02 0.08 0.23 0.18 0.17 0.19 0.19 0.06 0.20 0.31 0.12 0.15
C8 0.17 0.09 0.19 0.16 0.15 0.15 0.17 0.09 0.16 0.21 0.12 0.05 0.10 0.21 0.18 0.20 0.16 0.18 0.02 0.18 0.23 0.07 0.09
N1 0.16 0.05 0.16 0.18 0.12 0.19 0.16 0.17 0.14 0.22 0.09 0.01 0.06 0.21 0.17 0.14 0.18 0.19 0.07 0.17 0.32 0.12 0.16
N2 0.10 0.03 0.08 0.11 0.05 0.16 0.08 0.16 0.06 0.15 0.00 0.08 0.02 0.14 0.10 0.06 0.09 0.17 0.08 0.08 0.30 0.09 0.14
N3 0.12 0.02 0.13 0.13 0.09 0.14 0.11 0.10 0.09 0.17 0.05 0.03 0.03 0.16 0.13 0.14 0.12 0.16 0.04 0.11 0.25 0.07 0.11
N7 0.18 0.10 0.20 0.17 0.16 0.16 0.19 0.11 0.18 0.23 0.13 0.06 0.11 0.23 0.19 0.20 0.17 0.18 0.02 0.20 0.25 0.09 0.11
N9 0.15 0.07 0.17 0.15 0.12 0.14 0.15 0.09 0.14 0.19 0.09 0.03 0.08 0.19 0.16 0.19 0.14 0.17 0.02 0.15 0.22 0.07 0.09
O2' 0.14 0.05 0.16 0.12 0.10 0.11 0.11 0.07 0.10 0.16 0.06 0.02 0.07 0.14 0.13 0.18 0.10 0.16 0.04 0.10 0.17 0.04 0.07
O3' 0.12 0.01 0.14 0.11 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.14 0.02 0.03 0.03 0.12 0.11 0.15 0.10 0.14 0.03 0.07 0.19 0.03 0.06
O4' 0.16 0.06 0.17 0.15 0.12 0.15 0.14 0.10 0.12 0.19 0.08 0.02 0.08 0.18 0.16 0.19 0.14 0.18 0.04 0.14 0.23 0.08 0.11
O5' 0.15 0.05 0.16 0.13 0.11 0.13 0.13 0.08 0.11 0.17 0.07 0.01 0.07 0.16 0.14 0.17 0.12 0.16 0.01 0.12 0.21 0.05 0.08
O6 0.18 0.09 0.19 0.20 0.16 0.20 0.21 0.17 0.20 0.26 0.14 0.04 0.10 0.26 0.20 0.17 0.20 0.20 0.07 0.23 0.34 0.14 0.17
OP1 0.22 0.12 0.23 0.21 0.18 0.21 0.21 0.17 0.19 0.26 0.15 0.07 0.14 0.25 0.22 0.25 0.21 0.24 0.08 0.21 0.31 0.15 0.18
OP2 0.15 0.03 0.16 0.14 0.10 0.14 0.13 0.10 0.10 0.18 0.06 0.01 0.06 0.17 0.15 0.17 0.14 0.17 0.03 0.12 0.25 0.08 0.11
P 0.17 0.06 0.18 0.16 0.13 0.16 0.15 0.11 0.13 0.20 0.08 0.02 0.08 0.19 0.17 0.19 0.15 0.19 0.04 0.15 0.26 0.09 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.11 0.07
C2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01 0.16 0.00 0.05 0.02 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.08
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.06 0.11 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.16 0.00 0.06 0.03 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.07 0.05
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.20 0.01 0.07 0.00 0.04
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.10 0.08 0.04 0.04 0.11 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.22 0.00 0.08 0.04 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.06 0.05 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.19 0.00 0.07 0.02 0.04
N2 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.04 0.01 0.14 0.01 0.05 0.03 0.01
N3 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.01 0.14 0.00 0.05 0.04 0.00
N7 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.22 0.01 0.08 0.01 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.14 0.01 0.04 0.07 0.02
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.11 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.11 0.05
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.09 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.11 0.08
O5' 0.06 0.16 0.01 0.05 0.16 0.00 0.20 0.00 0.22 0.19 0.19 0.14 0.14 0.22 0.14 0.00 0.11 0.05 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.24 0.00 0.10 0.07 0.09
OP1 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.04 0.07 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.02 0.13 0.11 0.03 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.11 0.09 0.11 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00