ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51522

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' B 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C4' A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
N2 A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O3' B 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C3' B 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C2' B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
O5' A 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O3' A 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
OP2 A 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
P A 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
OP1 A 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C4' B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.000, 0.312, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.312 std_dev=0.312
N2 B 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
O4' B 0, 0.000, 0.375, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C5' B 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
N1 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C4 B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N9 B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
O5' B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
OP1 B 0, 0.000, 0.445, 0.889, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.445 std_dev=0.445
OP2 B 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C6 B 0, 0.000, 0.447, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.447 std_dev=0.447
C5 B 0, 0.000, 0.448, 0.896, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.448 std_dev=0.448
P B 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C8 B 0, 0.000, 0.488, 0.976, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
O6 B 0, 0.000, 0.494, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.494 std_dev=0.494
N7 B 0, 0.000, 0.496, 0.993, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.496 std_dev=0.496

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.03
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.05 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.08 0.09
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.00 0.11 0.10 0.10
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.08 0.08
N2 0.05 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
N3 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03 0.04
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.12 0.09 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.05
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02
O5' 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.09 0.05 0.00 0.03 0.09 0.06 0.01 0.03 0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.10 0.00 0.14 0.13 0.13
OP1 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.10 0.07 0.11 0.10 0.09 0.04 0.06 0.12 0.08 0.03 0.04 0.05 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05 0.10 0.07 0.08 0.02 0.03 0.09 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.02 0.04 0.11 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.10 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.05 0.05 0.00 0.08 0.06
C2 0.09 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.02 0.03 0.03 0.08 0.08 0.00 0.03 0.09 0.05 0.04 0.01 0.10 0.06
C2' 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.05 0.07 0.11 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.08 0.06 0.04 0.01 0.09 0.07
C3' 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.05 0.08 0.11 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.08 0.06 0.06 0.01 0.09 0.07
C4 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04
C4' 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.04 0.07 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.05 0.06 0.00 0.09 0.06
C5 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.04 0.00
C5' 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.04 0.08 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.04 0.07 0.00 0.08 0.05
C6 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.02 0.03
C8 0.03 0.08 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.00 0.09 0.11 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.04 0.05 0.02
N1 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.00
N2 0.13 0.04 0.07 0.07 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08 0.13 0.05 0.01 0.06 0.12 0.12 0.02 0.05 0.14 0.11 0.09 0.03 0.14 0.10
N3 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.09 0.07 0.01 0.00 0.10 0.07
N7 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.11 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03 0.01
N9 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.03 0.07 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.07 0.04
O2' 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.03 0.05 0.06 0.10 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.08 0.07 0.03 0.01 0.10 0.07
O3' 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.04 0.06 0.07 0.11 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.09 0.07 0.05 0.02 0.10 0.08
O4' 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.00 0.08 0.06
O5' 0.11 0.01 0.06 0.06 0.06 0.10 0.05 0.11 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.07 0.09 0.04 0.06 0.12 0.09 0.01 0.03 0.13 0.10
O6 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.07 0.09 0.06 0.13 0.02 0.08
OP1 0.14 0.05 0.09 0.09 0.10 0.14 0.08 0.15 0.05 0.13 0.03 0.02 0.09 0.10 0.13 0.07 0.09 0.16 0.13 0.03 0.08 0.17 0.14
OP2 0.12 0.03 0.07 0.07 0.08 0.11 0.06 0.11 0.03 0.10 0.02 0.01 0.07 0.08 0.10 0.05 0.07 0.13 0.09 0.01 0.04 0.14 0.10
P 0.12 0.04 0.07 0.07 0.08 0.11 0.06 0.12 0.03 0.10 0.02 0.01 0.07 0.08 0.10 0.05 0.07 0.13 0.10 0.02 0.04 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.06 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.05 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.06 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.06 0.07 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01
C8 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01
N2 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.08 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.02
N7 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02
N9 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.06 0.00
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06 0.06 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.07 0.01 0.02
O5' 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02
OP1 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.08 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.04 0.06 0.06 0.01 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00