ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51529

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 3, 4, 10, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.042 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.021, 0.042, 0.063, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.042 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.022, 0.046, 0.070, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.046 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.014, 0.104, 0.193, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.104 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.043, 0.152, 0.260, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.152 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.050, 0.190, 0.330, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.190 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.056, 0.197, 0.338, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.197 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.064, 0.226, 0.388, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.226 std_dev=0.162
C2' B 0, 0.221, 0.397, 0.574, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.397 std_dev=0.177
O2' B 0, 0.256, 0.442, 0.627, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.442 std_dev=0.185
C5' A 0, 0.069, 0.305, 0.541, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.305 std_dev=0.236
O3' A 0, 0.111, 0.368, 0.624, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.368 std_dev=0.256
O5' A 0, -0.018, 0.351, 0.720, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.351 std_dev=0.369
O4' B 0, 0.109, 0.508, 0.907, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.508 std_dev=0.399
C1' B 0, 0.057, 0.499, 0.941, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.499 std_dev=0.442
P A 0, -0.027, 0.423, 0.872, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.423 std_dev=0.449
C4' B 0, 0.060, 0.515, 0.970, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.515 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.056, 0.530, 1.005, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.530 std_dev=0.474
OP2 A 0, -0.032, 0.460, 0.951, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.460 std_dev=0.491
C5' B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 2.667 max_d=2.667 avg_d=0.541 std_dev=0.541
OP1 A 0, -0.093, 0.607, 1.308, 3.011 max_d=3.011 avg_d=0.607 std_dev=0.700
O5' B 0, -0.060, 0.657, 1.374, 3.264 max_d=3.264 avg_d=0.657 std_dev=0.717
N9 B 0, -0.170, 0.575, 1.321, 3.001 max_d=3.001 avg_d=0.575 std_dev=0.746
O3' B 0, -0.141, 0.667, 1.475, 3.129 max_d=3.129 avg_d=0.667 std_dev=0.808
C8 B 0, -0.159, 0.653, 1.464, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.653 std_dev=0.811
OP1 B 0, -0.066, 0.803, 1.672, 3.027 max_d=3.027 avg_d=0.803 std_dev=0.869
P B 0, -0.150, 0.802, 1.754, 4.088 max_d=4.088 avg_d=0.802 std_dev=0.952
C4 B 0, -0.555, 0.673, 1.902, 4.461 max_d=4.461 avg_d=0.673 std_dev=1.229
N7 B 0, -0.469, 0.790, 2.048, 4.682 max_d=4.682 avg_d=0.790 std_dev=1.259
C5 B 0, -0.687, 0.792, 2.270, 5.294 max_d=5.294 avg_d=0.792 std_dev=1.479
N3 B 0, -0.760, 0.728, 2.215, 5.277 max_d=5.277 avg_d=0.728 std_dev=1.487
OP2 B 0, -0.496, 1.041, 2.577, 6.679 max_d=6.679 avg_d=1.041 std_dev=1.537
C2 B 0, -1.058, 0.876, 2.809, 6.963 max_d=6.963 avg_d=0.876 std_dev=1.934
C6 B 0, -0.983, 0.974, 2.931, 7.088 max_d=7.088 avg_d=0.974 std_dev=1.957
N1 B 0, -1.152, 1.006, 3.164, 7.812 max_d=7.812 avg_d=1.006 std_dev=2.158
N6 B 0, -1.075, 1.184, 3.442, 8.332 max_d=8.332 avg_d=1.184 std_dev=2.258

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.28 0.08 0.07
C2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.02 0.10 0.02 0.44 0.19 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.11 0.16 0.13 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.19 0.13 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.11 0.16 0.12 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.10 0.16 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.10 0.02 0.43 0.18 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.12 0.02 0.49 0.22 0.13
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.13 0.01 0.51 0.24 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.14 0.02 0.46 0.20 0.13
N1 0.03 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.02 0.11 0.02 0.48 0.22 0.13
N2 0.04 0.00 0.16 0.16 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.22 0.03 0.10 0.02 0.42 0.18 0.11
N3 0.03 0.00 0.13 0.12 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.02 0.09 0.02 0.40 0.16 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.15 0.03 0.52 0.25 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.39 0.15 0.10
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.12 0.18 0.14 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.13 0.09 0.04
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.11 0.10 0.15 0.22 0.16 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.12 0.13 0.19 0.12
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.24 0.07 0.09
O5' 0.05 0.10 0.08 0.13 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.14 0.11 0.10 0.09 0.15 0.09 0.06 0.15 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.12 0.03 0.14 0.00 0.55 0.27 0.16
OP1 0.28 0.44 0.19 0.10 0.43 0.09 0.49 0.07 0.51 0.46 0.48 0.42 0.40 0.52 0.39 0.13 0.13 0.24 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.19 0.13 0.16 0.18 0.03 0.22 0.02 0.24 0.20 0.22 0.18 0.16 0.25 0.15 0.09 0.19 0.07 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.05 0.07 0.11 0.03 0.13 0.02 0.14 0.13 0.13 0.11 0.10 0.15 0.10 0.04 0.12 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 1.18 0.17 0.48 0.81 0.41 1.19 0.37 1.57 0.73 1.60 0.74 1.86 1.09 0.52 0.19 0.77 0.17 0.28 0.33 0.32 0.26
C2 0.15 0.66 0.16 0.39 0.59 0.33 0.91 0.28 1.10 0.62 0.99 0.41 1.27 0.89 0.41 0.17 0.65 0.19 0.23 0.27 0.37 0.24
C2' 0.17 1.41 0.25 0.63 0.89 0.54 1.25 0.51 1.69 0.69 1.81 0.89 1.96 1.09 0.52 0.27 0.94 0.25 0.39 0.45 0.28 0.33
C3' 0.19 1.36 0.28 0.68 0.86 0.61 1.26 0.56 1.73 0.69 1.82 0.84 2.07 1.11 0.50 0.28 1.00 0.31 0.41 0.48 0.29 0.34
C4 0.15 0.83 0.16 0.42 0.66 0.37 1.06 0.31 1.38 0.70 1.29 0.48 1.67 1.04 0.44 0.18 0.72 0.20 0.25 0.29 0.42 0.26
C4' 0.15 1.25 0.22 0.58 0.83 0.52 1.22 0.48 1.66 0.71 1.70 0.77 2.00 1.11 0.50 0.22 0.89 0.25 0.35 0.41 0.31 0.31
C5 0.20 0.48 0.17 0.38 0.49 0.37 0.94 0.28 1.21 0.68 0.98 0.28 1.58 1.01 0.36 0.18 0.69 0.25 0.27 0.30 0.56 0.31
C5' 0.17 1.12 0.23 0.60 0.76 0.56 1.18 0.50 1.61 0.69 1.61 0.67 2.01 1.10 0.46 0.23 0.91 0.29 0.35 0.42 0.37 0.32
C6 0.24 0.32 0.18 0.34 0.34 0.34 0.76 0.26 0.92 0.62 0.59 0.35 1.28 0.91 0.29 0.18 0.62 0.28 0.29 0.30 0.63 0.34
C8 0.17 0.73 0.16 0.42 0.62 0.39 1.07 0.31 1.41 0.73 1.26 0.40 1.82 1.10 0.43 0.18 0.74 0.23 0.27 0.31 0.53 0.31
N1 0.22 0.29 0.17 0.34 0.36 0.33 0.75 0.26 0.87 0.60 0.61 0.28 1.12 0.85 0.30 0.18 0.60 0.25 0.25 0.26 0.52 0.28
N2 0.15 0.68 0.16 0.39 0.59 0.30 0.80 0.29 0.93 0.55 0.88 0.49 1.03 0.76 0.41 0.18 0.61 0.15 0.25 0.28 0.31 0.25
N3 0.14 0.97 0.16 0.43 0.72 0.36 1.06 0.32 1.34 0.68 1.32 0.61 1.53 0.98 0.48 0.17 0.71 0.17 0.25 0.29 0.34 0.25
N7 0.20 0.47 0.17 0.39 0.49 0.38 0.96 0.29 1.24 0.70 0.99 0.28 1.68 1.05 0.37 0.18 0.71 0.26 0.29 0.32 0.62 0.35
N9 0.15 0.95 0.17 0.44 0.71 0.39 1.13 0.33 1.49 0.73 1.43 0.56 1.82 1.09 0.47 0.18 0.75 0.20 0.27 0.31 0.42 0.27
O2' 0.19 1.51 0.27 0.65 0.93 0.54 1.23 0.55 1.66 0.67 1.83 1.01 1.88 1.04 0.55 0.27 0.92 0.24 0.45 0.51 0.31 0.40
O3' 0.23 1.48 0.35 0.77 0.90 0.70 1.28 0.67 1.77 0.66 1.91 0.93 2.09 1.09 0.50 0.33 1.10 0.37 0.50 0.59 0.30 0.42
O4' 0.14 1.11 0.17 0.48 0.78 0.42 1.17 0.38 1.55 0.73 1.55 0.69 1.89 1.10 0.50 0.19 0.77 0.19 0.28 0.33 0.36 0.28
O5' 0.25 1.08 0.24 0.54 0.80 0.51 1.25 0.43 1.67 0.80 1.61 0.67 2.11 1.21 0.54 0.24 0.87 0.32 0.33 0.35 0.51 0.34
O6 0.30 0.61 0.19 0.30 0.28 0.33 0.57 0.26 0.64 0.57 0.36 0.61 1.03 0.83 0.25 0.19 0.56 0.32 0.35 0.35 0.77 0.42
OP1 0.47 0.68 0.52 0.87 0.46 0.86 0.89 0.77 1.29 0.48 1.20 0.35 1.76 0.87 0.29 0.51 1.21 0.63 0.57 0.71 0.46 0.52
OP2 0.37 0.90 0.31 0.49 0.79 0.50 1.26 0.42 1.61 0.91 1.43 0.60 2.11 1.30 0.61 0.28 0.82 0.42 0.42 0.40 0.79 0.51
P 0.25 0.83 0.25 0.59 0.62 0.58 1.09 0.49 1.48 0.68 1.36 0.45 1.95 1.09 0.40 0.24 0.93 0.38 0.35 0.42 0.54 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.11 0.32 0.19 0.15
C2 0.01 0.00 0.11 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.08 0.08 0.19 0.52 0.36 0.30
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.08 0.12 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.20 0.23 0.14
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.15 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.20 0.52 0.32 0.29
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.03 0.06 0.06 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.11 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.24 0.63 0.38 0.36
C5' 0.04 0.05 0.05 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.14 0.18 0.09 0.04 0.18 0.19 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03 0.25 0.66 0.41 0.39
C8 0.02 0.01 0.09 0.05 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.14 0.03 0.09 0.25 0.61 0.32 0.33
N1 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.05 0.22 0.60 0.40 0.35
N3 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.08 0.09 0.17 0.47 0.32 0.26
N6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.06 0.05 0.29 0.73 0.46 0.45
N7 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.13 0.04 0.07 0.26 0.69 0.38 0.39
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.19 0.48 0.27 0.25
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.08 0.14 0.13 0.21 0.10 0.13 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.20 0.29 0.16
O3' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.09 0.13 0.15 0.08
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.05 0.09 0.05 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.29 0.14 0.11
O5' 0.11 0.19 0.08 0.08 0.20 0.02 0.24 0.01 0.25 0.25 0.22 0.17 0.29 0.26 0.19 0.09 0.09 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.32 0.52 0.20 0.12 0.52 0.12 0.63 0.12 0.66 0.61 0.60 0.47 0.73 0.69 0.48 0.20 0.13 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.36 0.23 0.15 0.32 0.11 0.38 0.13 0.41 0.32 0.40 0.32 0.46 0.38 0.27 0.29 0.15 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.30 0.14 0.09 0.29 0.04 0.36 0.01 0.39 0.33 0.35 0.26 0.45 0.39 0.25 0.16 0.08 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00