ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51531

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 2, 3, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.021, 0.034, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.019, 0.033, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.026, 0.040, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.040 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.021, 0.048, 0.076, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.048 std_dev=0.028
O2' B 0, 0.110, 0.285, 0.459, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.285 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.098, 0.299, 0.499, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.299 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.077, 0.338, 0.599, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.338 std_dev=0.261
C2' B 0, 0.192, 0.466, 0.740, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.466 std_dev=0.274
O4' A 0, 0.058, 0.364, 0.671, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.364 std_dev=0.306
O5' A 0, 0.311, 0.685, 1.059, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.685 std_dev=0.374
C3' A 0, 0.145, 0.610, 1.075, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.610 std_dev=0.465
C4' A 0, 0.128, 0.606, 1.085, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.606 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.097, 0.646, 1.195, 2.272 max_d=2.272 avg_d=0.646 std_dev=0.549
O3' A 0, 0.212, 0.863, 1.514, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.863 std_dev=0.651
C1' B 0, 0.189, 0.996, 1.804, 3.080 max_d=3.080 avg_d=0.996 std_dev=0.807
C5' A 0, 0.235, 1.048, 1.861, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.048 std_dev=0.813
C4' B 0, 0.259, 1.174, 2.089, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.174 std_dev=0.915
P A 0, 0.390, 1.308, 2.226, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.308 std_dev=0.918
O3' B 0, 0.048, 1.105, 2.162, 3.957 max_d=3.957 avg_d=1.105 std_dev=1.057
O4' B 0, 0.307, 1.416, 2.526, 3.512 max_d=3.512 avg_d=1.416 std_dev=1.109
C5' B 0, 0.147, 1.284, 2.420, 4.358 max_d=4.358 avg_d=1.284 std_dev=1.137
N9 B 0, 0.017, 1.217, 2.416, 4.762 max_d=4.762 avg_d=1.217 std_dev=1.200
OP1 A 0, 0.518, 1.789, 3.059, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.789 std_dev=1.271
O5' B 0, 0.125, 1.476, 2.827, 5.667 max_d=5.667 avg_d=1.476 std_dev=1.351
OP2 A 0, 0.378, 1.822, 3.266, 4.198 max_d=4.198 avg_d=1.822 std_dev=1.444
C8 B 0, -0.001, 1.552, 3.105, 5.479 max_d=5.479 avg_d=1.552 std_dev=1.553
C4 B 0, -0.283, 1.284, 2.851, 6.591 max_d=6.591 avg_d=1.284 std_dev=1.567
N3 B 0, -0.468, 1.153, 2.774, 6.908 max_d=6.908 avg_d=1.153 std_dev=1.621
P B 0, -0.158, 1.737, 3.633, 8.260 max_d=8.260 avg_d=1.737 std_dev=1.896
OP1 B 0, -0.009, 1.950, 3.909, 8.173 max_d=8.173 avg_d=1.950 std_dev=1.959
C5 B 0, -0.386, 1.668, 3.722, 8.315 max_d=8.315 avg_d=1.668 std_dev=2.054
N7 B 0, -0.214, 1.857, 3.928, 7.728 max_d=7.728 avg_d=1.857 std_dev=2.071
C2 B 0, -0.721, 1.362, 3.446, 8.874 max_d=8.874 avg_d=1.362 std_dev=2.084
OP2 B 0, 0.368, 2.721, 5.075, 9.804 max_d=9.804 avg_d=2.721 std_dev=2.353
N1 B 0, -0.867, 1.653, 4.173, 10.592 max_d=10.592 avg_d=1.653 std_dev=2.520
C6 B 0, -0.686, 1.853, 4.392, 10.437 max_d=10.437 avg_d=1.853 std_dev=2.539
N6 B 0, -0.804, 2.279, 5.362, 12.402 max_d=12.402 avg_d=2.279 std_dev=3.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.03 0.39 0.35 0.14
C2 0.05 0.00 0.23 0.37 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.45 0.05 0.33 0.01 0.57 0.81 0.47
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.02 0.12 0.09 0.18 0.27 0.23 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.11 0.29 0.36 0.18
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.24 0.00 0.22 0.02 0.28 0.09 0.35 0.41 0.33 0.12 0.10 0.02 0.01 0.01 0.38 0.28 0.15 0.29 0.26
C4 0.03 0.01 0.12 0.24 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.26 0.02 0.34 0.02 0.54 0.81 0.48
C4' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.16 0.07 0.16 0.16 0.13 0.11 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.17 0.45 0.19 0.17
C5 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.25 0.02 0.41 0.02 0.78 1.04 0.67
C5' 0.03 0.24 0.02 0.02 0.20 0.01 0.25 0.00 0.29 0.16 0.28 0.24 0.20 0.23 0.13 0.07 0.05 0.01 0.01 0.32 0.20 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.28 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.34 0.02 0.42 0.00 0.86 1.11 0.72
C8 0.02 0.02 0.09 0.09 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.05 0.42 0.03 0.68 0.97 0.64
N1 0.04 0.01 0.18 0.35 0.02 0.16 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.42 0.03 0.39 0.01 0.73 0.99 0.61
N2 0.06 0.01 0.27 0.41 0.01 0.16 0.02 0.24 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.51 0.07 0.30 0.02 0.53 0.74 0.40
N3 0.05 0.01 0.23 0.33 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.38 0.05 0.29 0.01 0.47 0.70 0.38
N7 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.14 0.04 0.45 0.03 0.91 1.16 0.78
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.01 0.32 0.03 0.43 0.71 0.41
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.09 0.14 0.09 0.06 0.03 0.00 0.04 0.07 0.08 0.07 0.69 0.15 0.24
O3' 0.02 0.45 0.01 0.01 0.26 0.03 0.25 0.05 0.34 0.10 0.42 0.51 0.38 0.14 0.09 0.04 0.00 0.02 0.32 0.34 0.23 0.17 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.03 0.48 0.17 0.16
O5' 0.15 0.33 0.29 0.38 0.34 0.01 0.41 0.01 0.42 0.42 0.39 0.30 0.29 0.45 0.32 0.08 0.32 0.07 0.00 0.45 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.11 0.28 0.02 0.17 0.02 0.32 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.34 0.03 0.45 0.00 1.02 1.23 0.82
OP1 0.39 0.57 0.29 0.15 0.54 0.45 0.78 0.20 0.86 0.68 0.73 0.53 0.47 0.91 0.43 0.69 0.23 0.48 0.01 1.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.81 0.36 0.29 0.81 0.19 1.04 0.28 1.11 0.97 0.99 0.74 0.70 1.16 0.71 0.15 0.17 0.17 0.02 1.23 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.47 0.18 0.26 0.48 0.17 0.67 0.02 0.72 0.64 0.61 0.40 0.38 0.78 0.41 0.24 0.16 0.16 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 1.37 0.12 0.45 1.03 0.33 1.44 0.29 1.83 0.95 1.84 0.93 2.15 1.35 0.72 0.16 0.80 0.14 0.25 0.73 0.77 0.41
C2 0.11 0.55 0.13 0.35 0.51 0.34 0.79 0.25 0.93 0.59 0.81 0.35 1.08 0.81 0.37 0.13 0.61 0.18 0.17 0.75 0.68 0.30
C2' 0.35 1.47 0.26 0.52 1.15 0.45 1.63 0.41 2.07 1.11 2.01 1.02 2.46 1.55 0.83 0.22 0.87 0.29 0.41 0.79 0.82 0.54
C3' 0.42 1.34 0.42 0.60 1.10 0.54 1.60 0.51 2.01 1.16 1.89 0.92 2.48 1.60 0.84 0.40 0.89 0.37 0.55 0.90 0.85 0.69
C4 0.11 0.80 0.12 0.40 0.66 0.36 1.03 0.27 1.28 0.72 1.19 0.49 1.53 1.02 0.46 0.13 0.70 0.16 0.19 0.76 0.73 0.34
C4' 0.28 1.40 0.18 0.45 1.08 0.36 1.56 0.34 1.98 1.08 1.92 0.96 2.40 1.52 0.78 0.15 0.80 0.19 0.37 0.76 0.79 0.52
C5 0.13 0.45 0.15 0.36 0.43 0.40 0.81 0.30 1.00 0.59 0.84 0.23 1.28 0.87 0.31 0.12 0.62 0.25 0.20 0.82 0.77 0.33
C5' 0.27 1.22 0.25 0.47 0.97 0.40 1.45 0.38 1.83 1.05 1.73 0.81 2.28 1.46 0.73 0.23 0.79 0.22 0.44 0.83 0.80 0.60
C6 0.20 0.37 0.16 0.30 0.32 0.42 0.62 0.32 0.76 0.49 0.60 0.29 0.99 0.71 0.23 0.11 0.52 0.32 0.22 0.86 0.79 0.31
C8 0.10 0.75 0.13 0.41 0.63 0.39 1.04 0.30 1.33 0.73 1.20 0.44 1.67 1.06 0.44 0.13 0.71 0.18 0.20 0.79 0.79 0.35
N1 0.18 0.35 0.15 0.29 0.30 0.39 0.58 0.29 0.69 0.46 0.54 0.27 0.87 0.66 0.22 0.12 0.50 0.29 0.20 0.83 0.74 0.29
N2 0.13 0.52 0.12 0.33 0.51 0.29 0.70 0.21 0.77 0.56 0.68 0.40 0.86 0.72 0.39 0.14 0.58 0.16 0.17 0.70 0.62 0.30
N3 0.15 0.95 0.11 0.40 0.76 0.33 1.09 0.25 1.32 0.75 1.27 0.65 1.50 1.04 0.54 0.14 0.72 0.13 0.19 0.72 0.67 0.33
N7 0.13 0.48 0.15 0.38 0.45 0.42 0.85 0.31 1.07 0.62 0.90 0.23 1.40 0.92 0.32 0.13 0.65 0.25 0.21 0.83 0.80 0.34
N9 0.13 1.00 0.12 0.42 0.79 0.36 1.18 0.28 1.50 0.80 1.44 0.64 1.81 1.15 0.55 0.14 0.75 0.13 0.21 0.75 0.75 0.36
O2' 0.42 1.82 0.18 0.47 1.38 0.36 1.86 0.37 2.36 1.24 2.38 1.29 2.74 1.72 0.98 0.18 0.87 0.31 0.43 0.77 0.92 0.55
O3' 0.52 1.46 0.56 0.69 1.22 0.62 1.76 0.64 2.18 1.32 2.03 1.03 2.71 1.78 0.96 0.54 0.94 0.47 0.72 1.07 0.94 0.86
O4' 0.25 1.36 0.13 0.45 1.02 0.32 1.43 0.28 1.83 0.96 1.82 0.93 2.18 1.36 0.72 0.19 0.80 0.15 0.26 0.72 0.77 0.41
O5' 0.27 0.94 0.31 0.64 0.77 0.57 1.23 0.53 1.58 0.87 1.45 0.58 2.01 1.25 0.56 0.35 0.99 0.34 0.48 0.99 1.06 0.63
O6 0.29 0.62 0.17 0.25 0.40 0.44 0.61 0.35 0.74 0.47 0.67 0.53 0.94 0.67 0.28 0.11 0.45 0.40 0.26 0.92 0.84 0.32
OP1 0.56 0.59 0.55 0.86 0.58 0.84 0.97 0.79 1.24 0.76 1.04 0.43 1.68 1.05 0.53 0.56 1.18 0.68 0.69 1.04 0.89 0.70
OP2 0.57 0.89 0.68 0.85 0.87 0.72 1.30 0.71 1.57 1.06 1.36 0.66 2.01 1.39 0.76 0.78 1.14 0.55 0.76 1.32 1.49 0.95
P 0.28 0.74 0.36 0.68 0.65 0.59 1.11 0.55 1.42 0.81 1.25 0.41 1.87 1.17 0.49 0.44 1.03 0.37 0.51 1.04 1.09 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.20 0.01 0.16 0.50 0.31 0.19
C2 0.03 0.00 0.24 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.24 0.16 0.23 0.72 0.59 0.35
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.15 0.04 0.11 0.12 0.15 0.08 0.21 0.23 0.14 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.33 0.61 0.72 0.42
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.17 0.01 0.24 0.02 0.25 0.26 0.21 0.14 0.28 0.29 0.16 0.01 0.01 0.02 0.18 0.46 0.82 0.34
C4 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.13 0.08 0.22 0.75 0.59 0.36
C4' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.05 0.05 0.09 0.12 0.06 0.24 0.01 0.00 0.02 0.28 0.45 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.11 0.04 0.24 0.90 0.79 0.45
C5' 0.07 0.13 0.12 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.11 0.13 0.12 0.15 0.12 0.09 0.14 0.16 0.03 0.01 0.23 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.25 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.14 0.08 0.25 0.93 0.83 0.47
C8 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.13 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.19 0.15 0.11 0.22 0.89 0.76 0.45
N1 0.03 0.00 0.21 0.21 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.18 0.12 0.25 0.84 0.73 0.42
N3 0.03 0.00 0.23 0.14 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.26 0.15 0.22 0.66 0.51 0.31
N6 0.04 0.01 0.14 0.28 0.02 0.09 0.02 0.15 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.23 0.16 0.07 0.27 1.04 0.96 0.52
N7 0.02 0.01 0.06 0.29 0.01 0.12 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.19 0.17 0.07 0.24 0.99 0.91 0.50
N9 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.20 0.71 0.52 0.33
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.19 0.24 0.18 0.14 0.23 0.19 0.29 0.32 0.23 0.19 0.11 0.00 0.06 0.12 0.20 0.60 0.75 0.35
O3' 0.20 0.24 0.02 0.01 0.13 0.01 0.11 0.16 0.14 0.15 0.18 0.26 0.16 0.17 0.07 0.06 0.00 0.13 0.14 0.42 0.85 0.29
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.03 0.08 0.11 0.12 0.15 0.07 0.07 0.01 0.12 0.13 0.00 0.14 0.42 0.19 0.24
O5' 0.16 0.23 0.33 0.18 0.22 0.02 0.24 0.01 0.25 0.22 0.25 0.22 0.27 0.24 0.20 0.20 0.14 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.72 0.61 0.46 0.75 0.28 0.90 0.23 0.93 0.89 0.84 0.66 1.04 0.99 0.71 0.60 0.42 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.59 0.72 0.82 0.59 0.45 0.79 0.40 0.83 0.76 0.73 0.51 0.96 0.91 0.52 0.75 0.85 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.42 0.34 0.36 0.09 0.45 0.02 0.47 0.45 0.42 0.31 0.52 0.50 0.33 0.35 0.29 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00