Doublet Group distance statistics: 51532

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 5, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.019, 0.030, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N1	A	0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.020, 0.040, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N3	A	0, 0.018, 0.038, 0.058, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N7	A	0, 0.004, 0.031, 0.058, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.031 std_dev=0.027
O6	A	0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.048 std_dev=0.027
C8	A	0, 0.005, 0.034, 0.063, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.034 std_dev=0.029
N2	A	0, 0.045, 0.077, 0.109, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.077 std_dev=0.032
O4'	A	0, 0.025, 0.142, 0.259, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.142 std_dev=0.117
C2'	A	0, 0.107, 0.244, 0.381, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.244 std_dev=0.137
O3'	B	0, 0.186, 0.327, 0.468, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.327 std_dev=0.141
C2'	B	0, 0.114, 0.283, 0.451, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.283 std_dev=0.168
C3'	B	0, 0.173, 0.341, 0.510, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.341 std_dev=0.169
C4'	B	0, 0.216, 0.391, 0.567, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.391 std_dev=0.175
O4'	B	0, 0.173, 0.366, 0.560, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.366 std_dev=0.193
C1'	B	0, 0.130, 0.326, 0.521, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.326 std_dev=0.196
O2'	B	0, 0.160, 0.366, 0.573, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.366 std_dev=0.207
C5'	B	0, 0.232, 0.448, 0.664, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.448 std_dev=0.216
O5'	B	0, 0.177, 0.419, 0.660, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.419 std_dev=0.241
N9	B	0, 0.108, 0.351, 0.593, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.351 std_dev=0.243
C8	B	0, 0.147, 0.401, 0.656, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.401 std_dev=0.255
P	B	0, 0.199, 0.496, 0.793, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.496 std_dev=0.297
O2'	A	0, 0.151, 0.451, 0.751, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.451 std_dev=0.300
C4'	A	0, -0.054, 0.272, 0.598, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.272 std_dev=0.326
C4	B	0, 0.019, 0.357, 0.696, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.357 std_dev=0.339
N7	B	0, 0.087, 0.429, 0.771, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.429 std_dev=0.342
N3	B	0, -0.011, 0.379, 0.769, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.379 std_dev=0.390
C5	B	0, 0.004, 0.399, 0.793, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.399 std_dev=0.395
C3'	A	0, -0.046, 0.356, 0.757, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.356 std_dev=0.401
C2	B	0, -0.039, 0.441, 0.921, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.441 std_dev=0.480
C5'	A	0, -0.086, 0.400, 0.887, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.400 std_dev=0.486
C6	B	0, -0.061, 0.446, 0.952, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.446 std_dev=0.507
N1	B	0, -0.072, 0.466, 1.003, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.466 std_dev=0.537
N6	B	0, -0.069, 0.522, 1.114, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.522 std_dev=0.591
O3'	A	0, -0.133, 0.517, 1.168, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.517 std_dev=0.651
OP1	B	0, 0.093, 0.745, 1.397, 2.512 max_d=2.512 avg_d=0.745 std_dev=0.652
OP2	A	0, -0.017, 0.753, 1.524, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.753 std_dev=0.771
O5'	A	0, -0.201, 0.655, 1.512, 2.717 max_d=2.717 avg_d=0.655 std_dev=0.857
OP2	B	0, -0.168, 0.693, 1.553, 3.550 max_d=3.550 avg_d=0.693 std_dev=0.861
P	A	0, -0.173, 0.764, 1.701, 3.287 max_d=3.287 avg_d=0.764 std_dev=0.937
OP1	A	0, -0.267, 0.926, 2.119, 4.329 max_d=4.329 avg_d=0.926 std_dev=1.193

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.03	0.03	0.01	0.03	0.10	0.04	0.01	0.05	0.04	0.06	0.01	0.01	0.05	0.19	0.01	0.27	0.05	0.21	0.26	0.20
C2	0.06	0.00	0.07	0.07	0.03	0.09	0.02	0.28	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.13	0.34	0.10	0.19	0.01	0.19	0.31	0.17
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.02	0.06	0.12	0.07	0.07	0.07	0.06	0.06	0.07	0.04	0.01	0.03	0.02	0.43	0.08	0.34	0.17	0.33
C3'	0.03	0.07	0.00	0.00	0.07	0.00	0.14	0.02	0.14	0.21	0.09	0.10	0.07	0.20	0.09	0.02	0.01	0.01	0.28	0.18	0.24	0.20	0.24
C4	0.03	0.03	0.05	0.07	0.00	0.11	0.00	0.30	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.21	0.05	0.29	0.02	0.25	0.29	0.23
C4'	0.01	0.09	0.02	0.00	0.11	0.00	0.17	0.01	0.17	0.21	0.13	0.07	0.08	0.21	0.12	0.06	0.04	0.00	0.03	0.21	0.13	0.25	0.05
C5	0.03	0.02	0.06	0.14	0.00	0.17	0.00	0.40	0.02	0.02	0.03	0.01	0.00	0.00	0.02	0.13	0.14	0.04	0.39	0.03	0.39	0.36	0.35
C5'	0.10	0.28	0.12	0.02	0.30	0.01	0.40	0.00	0.42	0.39	0.37	0.22	0.24	0.44	0.27	0.08	0.08	0.02	0.00	0.48	0.22	0.26	0.02
C6	0.04	0.00	0.07	0.14	0.02	0.17	0.02	0.42	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.03	0.04	0.12	0.18	0.06	0.35	0.01	0.40	0.38	0.33
C8	0.01	0.04	0.07	0.21	0.01	0.21	0.02	0.39	0.04	0.00	0.04	0.02	0.02	0.00	0.01	0.16	0.13	0.06	0.54	0.05	0.47	0.37	0.46
N1	0.05	0.01	0.07	0.09	0.03	0.13	0.03	0.37	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.03	0.05	0.12	0.27	0.09	0.25	0.01	0.29	0.33	0.23
N2	0.04	0.01	0.06	0.10	0.01	0.07	0.01	0.22	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.17	0.43	0.11	0.20	0.01	0.16	0.32	0.18
N3	0.06	0.01	0.06	0.07	0.01	0.08	0.00	0.24	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.13	0.32	0.10	0.20	0.02	0.17	0.30	0.17
N7	0.01	0.02	0.07	0.20	0.01	0.21	0.00	0.44	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.18	0.11	0.04	0.53	0.05	0.53	0.45	0.49
N9	0.01	0.05	0.04	0.09	0.02	0.12	0.02	0.27	0.04	0.01	0.05	0.03	0.04	0.01	0.00	0.10	0.14	0.02	0.36	0.05	0.27	0.27	0.27
O2'	0.05	0.13	0.01	0.02	0.11	0.06	0.13	0.08	0.12	0.16	0.12	0.17	0.13	0.18	0.10	0.00	0.05	0.09	0.43	0.13	0.41	0.23	0.37
O3'	0.19	0.34	0.03	0.01	0.21	0.04	0.14	0.08	0.18	0.13	0.27	0.43	0.32	0.11	0.14	0.05	0.00	0.14	0.22	0.15	0.24	0.21	0.21
O4'	0.01	0.10	0.02	0.01	0.05	0.00	0.04	0.02	0.06	0.06	0.09	0.11	0.10	0.04	0.02	0.09	0.14	0.00	0.24	0.07	0.30	0.41	0.28
O5'	0.27	0.19	0.43	0.28	0.29	0.03	0.39	0.00	0.35	0.54	0.25	0.20	0.20	0.53	0.36	0.43	0.22	0.24	0.00	0.41	0.03	0.03	0.01
O6	0.05	0.01	0.08	0.18	0.02	0.21	0.03	0.48	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.05	0.05	0.13	0.15	0.07	0.41	0.00	0.50	0.45	0.42
OP1	0.21	0.19	0.34	0.24	0.25	0.13	0.39	0.22	0.40	0.47	0.29	0.16	0.17	0.53	0.27	0.41	0.24	0.30	0.03	0.50	0.00	0.02	0.01
OP2	0.26	0.31	0.17	0.20	0.29	0.25	0.36	0.26	0.38	0.37	0.33	0.32	0.30	0.45	0.27	0.23	0.21	0.41	0.03	0.45	0.02	0.00	0.02
P	0.20	0.17	0.33	0.24	0.23	0.05	0.35	0.02	0.33	0.46	0.23	0.18	0.17	0.49	0.27	0.37	0.21	0.28	0.01	0.42	0.01	0.02	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.31	0.12	0.12	0.14	0.11	0.10	0.16	0.15	0.13	0.29	0.24	0.15	0.15	0.10	0.15	0.12	0.08	0.13	0.60	0.42	0.08
C2	0.12	0.07	0.13	0.13	0.09	0.11	0.19	0.13	0.20	0.19	0.10	0.09	0.28	0.25	0.12	0.16	0.14	0.10	0.14	0.41	0.45	0.12
C2'	0.11	0.29	0.11	0.11	0.15	0.10	0.11	0.16	0.16	0.11	0.27	0.23	0.15	0.13	0.10	0.13	0.11	0.07	0.14	0.59	0.50	0.12
C3'	0.24	0.33	0.26	0.27	0.25	0.25	0.21	0.34	0.24	0.19	0.31	0.30	0.19	0.18	0.22	0.25	0.24	0.20	0.35	0.46	0.62	0.31
C4	0.13	0.19	0.12	0.12	0.11	0.11	0.17	0.14	0.17	0.20	0.11	0.18	0.30	0.25	0.13	0.14	0.13	0.12	0.14	0.50	0.41	0.08
C4'	0.21	0.35	0.22	0.22	0.23	0.21	0.19	0.29	0.24	0.17	0.34	0.29	0.20	0.16	0.19	0.23	0.21	0.17	0.30	0.50	0.45	0.23
C5	0.15	0.16	0.13	0.14	0.17	0.14	0.25	0.15	0.29	0.23	0.19	0.17	0.42	0.30	0.17	0.14	0.14	0.15	0.14	0.46	0.37	0.09
C5'	0.19	0.27	0.19	0.19	0.19	0.20	0.18	0.26	0.17	0.22	0.25	0.22	0.16	0.22	0.19	0.23	0.23	0.19	0.27	0.60	0.28	0.21
C6	0.17	0.18	0.15	0.15	0.21	0.15	0.30	0.15	0.36	0.25	0.29	0.17	0.46	0.32	0.20	0.16	0.16	0.17	0.15	0.39	0.37	0.11
C8	0.14	0.22	0.12	0.12	0.14	0.13	0.20	0.15	0.20	0.21	0.16	0.19	0.34	0.26	0.15	0.13	0.13	0.14	0.14	0.54	0.36	0.07
N1	0.15	0.12	0.14	0.15	0.18	0.14	0.27	0.14	0.32	0.23	0.25	0.12	0.39	0.30	0.17	0.15	0.15	0.14	0.15	0.37	0.40	0.12
N2	0.08	0.09	0.10	0.11	0.07	0.08	0.15	0.11	0.16	0.17	0.12	0.07	0.21	0.21	0.09	0.16	0.12	0.06	0.14	0.37	0.50	0.14
N3	0.12	0.21	0.13	0.14	0.09	0.11	0.12	0.14	0.11	0.16	0.13	0.19	0.21	0.21	0.10	0.16	0.14	0.10	0.14	0.48	0.46	0.10
N7	0.15	0.19	0.13	0.14	0.17	0.14	0.25	0.16	0.28	0.24	0.20	0.19	0.42	0.30	0.17	0.14	0.14	0.16	0.15	0.48	0.35	0.08
N9	0.12	0.25	0.11	0.11	0.12	0.11	0.14	0.15	0.13	0.18	0.18	0.20	0.25	0.23	0.12	0.14	0.12	0.11	0.13	0.55	0.39	0.07
O2'	0.17	0.34	0.20	0.21	0.19	0.17	0.14	0.22	0.18	0.16	0.30	0.28	0.15	0.17	0.15	0.20	0.19	0.14	0.23	0.73	0.60	0.28
O3'	0.57	0.57	0.61	0.63	0.55	0.60	0.52	0.68	0.51	0.50	0.54	0.57	0.45	0.48	0.54	0.59	0.60	0.52	0.69	0.48	0.95	0.66
O4'	0.19	0.39	0.20	0.20	0.22	0.19	0.17	0.26	0.23	0.19	0.38	0.31	0.18	0.19	0.18	0.22	0.20	0.16	0.25	0.65	0.34	0.20
O5'	0.47	0.53	0.45	0.46	0.49	0.49	0.48	0.57	0.51	0.44	0.54	0.51	0.49	0.44	0.47	0.38	0.39	0.48	0.55	0.29	0.67	0.48
O6	0.19	0.26	0.17	0.17	0.25	0.18	0.34	0.17	0.41	0.27	0.38	0.22	0.51	0.34	0.22	0.18	0.18	0.20	0.16	0.36	0.34	0.12
OP1	0.43	0.44	0.39	0.40	0.44	0.46	0.44	0.55	0.44	0.43	0.45	0.44	0.43	0.43	0.44	0.31	0.31	0.46	0.53	0.28	0.65	0.48
OP2	0.43	0.46	0.43	0.43	0.43	0.43	0.41	0.47	0.41	0.40	0.44	0.45	0.36	0.39	0.43	0.40	0.35	0.43	0.45	0.46	0.59	0.42
P	0.46	0.48	0.43	0.44	0.47	0.48	0.45	0.56	0.46	0.44	0.48	0.48	0.42	0.43	0.46	0.35	0.35	0.48	0.52	0.28	0.61	0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.05	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.01	0.06	0.19	0.13	0.07
C2	0.04	0.00	0.08	0.07	0.01	0.05	0.02	0.09	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.12	0.16	0.06	0.11	0.35	0.24	0.11
C2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.04	0.02	0.02	0.05	0.04	0.05	0.06	0.08	0.03	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.09	0.15	0.20	0.10
C3'	0.02	0.07	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.03	0.02	0.05	0.05	0.07	0.03	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.14	0.14	0.10
C4	0.02	0.01	0.04	0.03	0.00	0.02	0.01	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.07	0.10	0.03	0.12	0.34	0.20	0.10
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.03	0.08	0.03	0.05	0.05	0.07	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.13	0.19	0.02
C5	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04	0.00	0.15	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.06	0.07	0.02	0.15	0.39	0.23	0.11
C5'	0.05	0.09	0.05	0.03	0.11	0.01	0.15	0.00	0.15	0.18	0.11	0.08	0.18	0.19	0.11	0.04	0.04	0.02	0.01	0.24	0.22	0.01
C6	0.02	0.02	0.04	0.02	0.00	0.03	0.00	0.15	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.02	0.16	0.41	0.28	0.13
C8	0.02	0.02	0.05	0.05	0.01	0.08	0.01	0.18	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.07	0.05	0.06	0.16	0.38	0.16	0.09
N1	0.03	0.01	0.06	0.05	0.01	0.03	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.10	0.13	0.04	0.13	0.39	0.28	0.13
N3	0.03	0.01	0.08	0.07	0.01	0.05	0.02	0.08	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.12	0.15	0.05	0.10	0.31	0.21	0.10
N6	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.05	0.01	0.18	0.00	0.02	0.03	0.02	0.00	0.02	0.01	0.07	0.08	0.02	0.19	0.42	0.31	0.15
N7	0.01	0.02	0.03	0.04	0.02	0.07	0.01	0.19	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.07	0.05	0.04	0.17	0.43	0.20	0.10
N9	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.06	0.02	0.11	0.31	0.15	0.09
O2'	0.01	0.12	0.01	0.01	0.07	0.01	0.06	0.04	0.08	0.07	0.10	0.12	0.07	0.07	0.04	0.00	0.02	0.02	0.09	0.19	0.29	0.12
O3'	0.06	0.16	0.02	0.01	0.10	0.02	0.07	0.04	0.10	0.05	0.13	0.15	0.08	0.05	0.06	0.02	0.00	0.05	0.09	0.20	0.13	0.11
O4'	0.01	0.06	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.02	0.06	0.04	0.05	0.02	0.04	0.02	0.02	0.05	0.00	0.09	0.15	0.33	0.14
O5'	0.06	0.11	0.09	0.08	0.12	0.01	0.15	0.01	0.16	0.16	0.13	0.10	0.19	0.17	0.11	0.09	0.09	0.09	0.00	0.02	0.03	0.01
OP1	0.19	0.35	0.15	0.14	0.34	0.13	0.39	0.24	0.41	0.38	0.39	0.31	0.42	0.43	0.31	0.19	0.20	0.15	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.24	0.20	0.14	0.20	0.19	0.23	0.22	0.28	0.16	0.28	0.21	0.31	0.20	0.15	0.29	0.13	0.33	0.03	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.11	0.10	0.10	0.10	0.02	0.11	0.01	0.13	0.09	0.13	0.10	0.15	0.10	0.09	0.12	0.11	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00