ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51533

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 1, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.036 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.023
O2' B 0, 0.189, 0.440, 0.692, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.440 std_dev=0.252
C1' B 0, 0.501, 0.864, 1.228, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.864 std_dev=0.363
C2' B 0, 0.437, 0.802, 1.166, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.802 std_dev=0.365
O4' A 0, -0.161, 0.365, 0.890, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.365 std_dev=0.526
C2' A 0, -0.125, 0.403, 0.930, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.403 std_dev=0.527
OP2 A 0, 1.080, 1.748, 2.415, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.748 std_dev=0.667
C3' A 0, -0.138, 0.592, 1.322, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.592 std_dev=0.730
C3' B 0, 1.525, 2.257, 2.989, 2.818 max_d=2.818 avg_d=2.257 std_dev=0.732
C4' A 0, -0.127, 0.626, 1.380, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.626 std_dev=0.753
N9 B 0, 1.485, 2.254, 3.022, 2.760 max_d=2.760 avg_d=2.254 std_dev=0.769
O2' A 0, -0.277, 0.536, 1.349, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.536 std_dev=0.813
O5' A 0, 0.053, 0.916, 1.778, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.916 std_dev=0.863
P A 0, 0.277, 1.145, 2.014, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.145 std_dev=0.869
O3' A 0, -0.135, 0.773, 1.681, 2.762 max_d=2.762 avg_d=0.773 std_dev=0.908
OP1 A 0, 1.924, 2.912, 3.901, 3.596 max_d=3.596 avg_d=2.912 std_dev=0.988
C5' A 0, -0.069, 0.984, 2.037, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.984 std_dev=1.053
O3' B 0, 1.881, 2.950, 4.019, 3.788 max_d=3.788 avg_d=2.950 std_dev=1.069
C8 B 0, 2.380, 3.477, 4.575, 4.171 max_d=4.171 avg_d=3.477 std_dev=1.097
C4' B 0, 1.273, 2.444, 3.615, 4.625 max_d=4.625 avg_d=2.444 std_dev=1.171
O4' B 0, 0.199, 1.381, 2.563, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.381 std_dev=1.182
C4 B 0, 2.349, 3.565, 4.780, 4.278 max_d=4.278 avg_d=3.565 std_dev=1.215
N3 B 0, 3.001, 4.346, 5.691, 5.000 max_d=5.000 avg_d=4.346 std_dev=1.345
N7 B 0, 3.307, 4.798, 6.288, 5.545 max_d=5.545 avg_d=4.798 std_dev=1.490
C5 B 0, 3.287, 4.831, 6.375, 5.655 max_d=5.655 avg_d=4.831 std_dev=1.544
C5' B 0, 1.910, 3.711, 5.511, 7.029 max_d=7.029 avg_d=3.711 std_dev=1.800
C2 B 0, 4.198, 6.026, 7.854, 6.838 max_d=6.838 avg_d=6.026 std_dev=1.828
C6 B 0, 4.423, 6.421, 8.419, 7.397 max_d=7.397 avg_d=6.421 std_dev=1.998
N1 B 0, 4.815, 6.931, 9.047, 7.904 max_d=7.904 avg_d=6.931 std_dev=2.116
O5' B 0, 2.197, 4.512, 6.826, 8.892 max_d=8.892 avg_d=4.512 std_dev=2.315
N6 B 0, 5.380, 7.785, 10.190, 8.932 max_d=8.932 avg_d=7.785 std_dev=2.405
P B 0, 2.753, 5.843, 8.932, 11.861 max_d=11.861 avg_d=5.843 std_dev=3.089
OP2 B 0, 4.716, 7.949, 11.182, 12.926 max_d=12.926 avg_d=7.949 std_dev=3.233
OP1 B 0, 1.854, 5.383, 8.913, 12.942 max_d=12.942 avg_d=5.383 std_dev=3.529

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.23 0.01 0.05 0.03 0.20 0.07 0.07
C2 0.02 0.00 0.38 0.29 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.24 0.09 0.28 0.08 0.01 0.67 0.22 0.19
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.20 0.01 0.11 0.14 0.18 0.18 0.30 0.46 0.37 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.33 0.14 0.64 0.55 0.48
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.27 0.00 0.32 0.01 0.35 0.24 0.33 0.27 0.24 0.31 0.20 0.01 0.00 0.02 0.06 0.37 0.55 0.18 0.22
C4 0.01 0.01 0.20 0.27 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.13 0.02 0.66 0.19 0.22
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.05 0.22 0.05 0.16 0.10 0.19 0.08 0.24 0.02 0.01 0.01 0.09 0.34 0.24 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.13 0.07 0.24 0.01 1.01 0.28 0.38
C5' 0.03 0.13 0.14 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.06 0.24 0.07 0.20 0.12 0.22 0.06 0.09 0.16 0.02 0.01 0.10 0.34 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.35 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.13 0.23 0.00 1.11 0.32 0.41
C8 0.02 0.01 0.18 0.24 0.01 0.22 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.12 0.17 0.31 0.02 0.87 0.18 0.38
N1 0.02 0.00 0.30 0.33 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.22 0.15 0.01 0.92 0.28 0.31
N2 0.03 0.00 0.46 0.27 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.13 0.33 0.04 0.02 0.57 0.22 0.14
N3 0.02 0.00 0.37 0.24 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.10 0.26 0.05 0.02 0.51 0.17 0.13
N7 0.03 0.01 0.08 0.31 0.01 0.19 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.18 0.10 0.34 0.02 1.18 0.29 0.49
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.03 0.01 0.13 0.03 0.51 0.12 0.18
O2' 0.02 0.24 0.01 0.01 0.02 0.24 0.16 0.09 0.09 0.38 0.10 0.38 0.24 0.35 0.16 0.00 0.04 0.18 0.23 0.15 0.74 0.53 0.45
O3' 0.23 0.09 0.02 0.00 0.04 0.02 0.13 0.16 0.16 0.12 0.11 0.13 0.10 0.18 0.03 0.04 0.00 0.16 0.14 0.21 0.53 0.10 0.08
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.14 0.01 0.07 0.02 0.13 0.17 0.22 0.33 0.26 0.10 0.01 0.18 0.16 0.00 0.10 0.10 0.12 0.33 0.14
O5' 0.05 0.08 0.33 0.06 0.13 0.01 0.24 0.01 0.23 0.31 0.15 0.04 0.05 0.34 0.13 0.23 0.14 0.10 0.00 0.29 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.14 0.37 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.15 0.21 0.10 0.29 0.00 1.32 0.37 0.50
OP1 0.20 0.67 0.64 0.55 0.66 0.34 1.01 0.34 1.11 0.87 0.92 0.57 0.51 1.18 0.51 0.74 0.53 0.12 0.02 1.32 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.22 0.55 0.18 0.19 0.24 0.28 0.36 0.32 0.18 0.28 0.22 0.17 0.29 0.12 0.53 0.10 0.33 0.02 0.37 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.19 0.48 0.22 0.22 0.04 0.38 0.01 0.41 0.38 0.31 0.14 0.13 0.49 0.18 0.45 0.08 0.14 0.00 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 0.75 0.21 0.16 0.50 0.85 0.73 1.22 0.69 1.16 0.72 0.52 0.83 1.10 0.74 0.10 0.74 1.16 1.81 2.63 2.19 2.42
C2 0.51 0.77 0.18 0.12 0.38 0.67 0.46 0.77 0.54 0.66 0.70 0.59 0.56 0.59 0.46 0.10 0.68 0.91 0.98 1.48 1.07 1.25
C2' 0.17 0.95 0.32 0.57 0.41 0.27 0.54 0.66 0.62 0.80 0.82 0.76 0.72 0.83 0.37 0.47 1.35 0.59 1.35 2.14 1.81 2.01
C3' 0.27 1.03 0.17 0.35 0.43 0.47 0.55 0.94 0.66 0.87 0.90 0.80 0.75 0.86 0.42 0.28 1.06 0.72 1.67 2.58 2.25 2.42
C4 0.57 0.84 0.20 0.12 0.44 0.72 0.59 0.95 0.64 0.90 0.78 0.60 0.72 0.83 0.59 0.10 0.74 1.01 1.35 1.93 1.54 1.75
C4' 0.63 0.82 0.30 0.21 0.47 0.92 0.69 1.34 0.68 1.13 0.78 0.56 0.82 1.06 0.70 0.23 0.59 1.13 1.99 3.03 2.53 2.74
C5 0.51 0.96 0.20 0.12 0.47 0.61 0.59 0.79 0.72 0.78 0.91 0.69 0.79 0.74 0.52 0.10 0.74 0.87 1.13 1.57 1.31 1.45
C5' 0.58 0.91 0.30 0.21 0.44 0.88 0.62 1.28 0.68 1.02 0.86 0.62 0.79 0.95 0.62 0.26 0.58 1.07 1.91 2.94 2.46 2.65
C6 0.44 1.06 0.21 0.14 0.53 0.52 0.61 0.62 0.80 0.62 1.01 0.78 0.84 0.63 0.45 0.11 0.70 0.73 0.83 1.14 0.98 1.04
C8 0.57 0.90 0.21 0.12 0.48 0.70 0.66 0.98 0.72 0.98 0.86 0.62 0.84 0.94 0.63 0.10 0.77 0.99 1.47 2.04 1.75 1.92
N1 0.43 0.97 0.20 0.14 0.49 0.53 0.54 0.59 0.70 0.55 0.89 0.75 0.72 0.54 0.41 0.11 0.67 0.73 0.73 1.07 0.85 0.92
N2 0.48 0.62 0.16 0.13 0.30 0.69 0.35 0.72 0.41 0.54 0.55 0.49 0.42 0.45 0.38 0.10 0.62 0.88 0.81 1.33 0.85 1.04
N3 0.59 0.74 0.20 0.13 0.41 0.78 0.55 0.98 0.57 0.88 0.68 0.54 0.63 0.79 0.59 0.10 0.71 1.06 1.34 1.96 1.49 1.72
N7 0.52 0.97 0.20 0.11 0.48 0.62 0.63 0.83 0.76 0.85 0.94 0.68 0.85 0.82 0.55 0.10 0.76 0.89 1.24 1.69 1.46 1.60
N9 0.60 0.82 0.20 0.13 0.46 0.77 0.66 1.06 0.67 1.03 0.78 0.57 0.79 0.97 0.66 0.09 0.76 1.06 1.56 2.23 1.85 2.06
O2' 0.37 0.64 0.19 0.50 0.50 0.39 0.84 0.80 0.79 1.18 0.65 0.48 1.02 1.24 0.66 0.38 1.31 0.81 1.53 2.23 1.97 2.16
O3' 0.52 0.77 0.22 0.19 0.48 0.75 0.75 1.28 0.71 1.19 0.72 0.56 0.89 1.18 0.69 0.18 0.76 0.99 2.08 3.02 2.75 2.90
O4' 0.86 0.71 0.50 0.38 0.58 1.15 0.80 1.51 0.73 1.28 0.73 0.47 0.87 1.19 0.88 0.39 0.41 1.38 2.07 3.05 2.50 2.74
O5' 0.39 1.11 0.12 0.18 0.45 0.64 0.55 1.02 0.74 0.82 1.03 0.80 0.81 0.78 0.45 0.11 0.81 0.84 1.64 2.53 2.15 2.32
O6 0.41 1.21 0.23 0.18 0.63 0.44 0.73 0.51 0.97 0.59 1.19 0.87 1.02 0.67 0.46 0.13 0.67 0.62 0.66 0.83 0.86 0.80
OP1 0.21 1.64 0.42 0.49 0.67 0.48 0.51 0.91 0.93 0.40 1.47 1.29 0.86 0.31 0.18 0.57 1.10 0.54 1.55 2.39 2.21 2.27
OP2 0.75 1.28 0.44 0.32 0.87 0.80 1.04 1.12 1.15 1.21 1.29 1.00 1.29 1.24 0.88 0.36 0.81 1.10 1.71 2.46 2.21 2.33
P 0.30 1.28 0.11 0.23 0.51 0.57 0.56 0.97 0.82 0.73 1.18 0.95 0.87 0.70 0.37 0.17 0.88 0.75 1.60 2.45 2.16 2.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.21 0.61 0.30 0.34
C2 0.03 0.00 0.17 0.23 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.12 0.07 0.26 1.04 0.46 0.54
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.01 0.04 0.16 0.08 0.09 0.14 0.17 0.07 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.57 0.54 0.56 0.59
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.23 0.01 0.29 0.02 0.31 0.23 0.29 0.18 0.34 0.28 0.18 0.02 0.01 0.02 0.32 0.17 0.22 0.24
C4 0.02 0.01 0.09 0.23 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.08 0.04 0.23 1.06 0.44 0.53
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.12 0.10 0.05 0.14 0.14 0.07 0.23 0.02 0.00 0.02 0.23 0.12 0.07
C5 0.02 0.01 0.04 0.29 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.29 0.05 0.03 0.21 1.29 0.48 0.61
C5' 0.05 0.09 0.16 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.16 0.12 0.13 0.06 0.19 0.17 0.06 0.07 0.18 0.01 0.01 0.12 0.22 0.03
C6 0.03 0.01 0.08 0.31 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.06 0.04 0.21 1.33 0.50 0.63
C8 0.02 0.02 0.09 0.23 0.01 0.12 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.06 0.06 0.18 1.27 0.41 0.58
N1 0.03 0.01 0.14 0.29 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.05 0.06 0.24 1.21 0.49 0.60
N3 0.03 0.01 0.17 0.18 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.17 0.07 0.26 0.92 0.43 0.49
N6 0.03 0.01 0.07 0.34 0.02 0.14 0.02 0.19 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.34 0.12 0.04 0.19 1.45 0.52 0.66
N7 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.14 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.10 0.05 0.18 1.42 0.47 0.63
N9 0.01 0.02 0.01 0.18 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.18 0.09 0.01 0.22 0.98 0.39 0.49
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.25 0.23 0.29 0.07 0.32 0.22 0.30 0.23 0.34 0.28 0.18 0.00 0.05 0.18 0.33 0.33 0.38 0.32
O3' 0.27 0.12 0.03 0.01 0.08 0.02 0.05 0.18 0.06 0.06 0.05 0.17 0.12 0.10 0.09 0.05 0.00 0.18 0.11 0.46 0.12 0.13
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.18 0.18 0.00 0.09 0.44 0.11 0.13
O5' 0.21 0.26 0.57 0.32 0.23 0.02 0.21 0.01 0.21 0.18 0.24 0.26 0.19 0.18 0.22 0.33 0.11 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 1.04 0.54 0.17 1.06 0.23 1.29 0.12 1.33 1.27 1.21 0.92 1.45 1.42 0.98 0.33 0.46 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.46 0.56 0.22 0.44 0.12 0.48 0.22 0.50 0.41 0.49 0.43 0.52 0.47 0.39 0.38 0.12 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.54 0.59 0.24 0.53 0.07 0.61 0.03 0.63 0.58 0.60 0.49 0.66 0.63 0.49 0.32 0.13 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00