ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51535

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.020, 0.032, 0.044, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.032 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.036, 0.061, 0.085, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.061 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.043, 0.070, 0.096, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.070 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.046, 0.075, 0.104, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.075 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.004, 0.034, 0.065, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.048, 0.083, 0.119, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.083 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.021, 0.061, 0.100, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.061 std_dev=0.039
O6 A 0, 0.072, 0.117, 0.163, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.117 std_dev=0.045
N2 A 0, 0.010, 0.064, 0.118, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.064 std_dev=0.054
N7 A 0, 0.086, 0.142, 0.198, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.142 std_dev=0.056
C8 A 0, 0.098, 0.161, 0.225, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.161 std_dev=0.064
O2' B 0, 0.290, 0.513, 0.736, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.513 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.679, 1.152, 1.625, 1.795 max_d=1.795 avg_d=1.152 std_dev=0.473
C2' A 0, 0.971, 1.540, 2.110, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.540 std_dev=0.569
O4' A 0, 1.006, 1.583, 2.161, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.583 std_dev=0.578
O2' A 0, 1.355, 2.112, 2.868, 2.683 max_d=2.683 avg_d=2.112 std_dev=0.756
C3' A 0, 1.400, 2.241, 3.082, 2.869 max_d=2.869 avg_d=2.241 std_dev=0.841
C4' A 0, 1.581, 2.514, 3.447, 3.252 max_d=3.252 avg_d=2.514 std_dev=0.933
O3' A 0, 1.620, 2.570, 3.521, 3.350 max_d=3.350 avg_d=2.570 std_dev=0.951
C3' B 0, 1.525, 2.483, 3.441, 3.227 max_d=3.227 avg_d=2.483 std_dev=0.958
O3' B 0, 1.753, 2.795, 3.837, 3.694 max_d=3.694 avg_d=2.795 std_dev=1.042
C1' B 0, 0.606, 1.756, 2.907, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.756 std_dev=1.151
O5' A 0, 2.026, 3.215, 4.404, 4.225 max_d=4.225 avg_d=3.215 std_dev=1.189
C4' B 0, 1.864, 3.208, 4.552, 4.400 max_d=4.400 avg_d=3.208 std_dev=1.344
N9 B 0, 1.656, 3.018, 4.380, 5.621 max_d=5.621 avg_d=3.018 std_dev=1.362
C5' A 0, 2.400, 3.836, 5.272, 4.999 max_d=4.999 avg_d=3.836 std_dev=1.436
O4' B 0, 1.100, 2.567, 4.034, 4.545 max_d=4.545 avg_d=2.567 std_dev=1.467
P A 0, 2.635, 4.208, 5.780, 5.843 max_d=5.843 avg_d=4.208 std_dev=1.573
OP2 A 0, 2.731, 4.374, 6.017, 6.215 max_d=6.215 avg_d=4.374 std_dev=1.643
C8 B 0, 2.339, 4.186, 6.033, 7.203 max_d=7.203 avg_d=4.186 std_dev=1.847
OP1 A 0, 3.032, 4.935, 6.838, 6.621 max_d=6.621 avg_d=4.935 std_dev=1.903
C4 B 0, 1.961, 3.943, 5.924, 6.815 max_d=6.815 avg_d=3.943 std_dev=1.981
C5' B 0, 2.874, 4.892, 6.910, 6.531 max_d=6.531 avg_d=4.892 std_dev=2.018
O5' B 0, 3.364, 5.414, 7.464, 6.742 max_d=6.742 avg_d=5.414 std_dev=2.050
N3 B 0, 2.487, 4.617, 6.747, 6.993 max_d=6.993 avg_d=4.617 std_dev=2.130
N7 B 0, 2.392, 5.066, 7.741, 8.774 max_d=8.774 avg_d=5.066 std_dev=2.675
C5 B 0, 2.087, 4.907, 7.727, 8.567 max_d=8.567 avg_d=4.907 std_dev=2.820
P B 0, 4.680, 7.601, 10.522, 9.463 max_d=9.463 avg_d=7.601 std_dev=2.921
C2 B 0, 3.179, 6.157, 9.135, 9.193 max_d=9.193 avg_d=6.157 std_dev=2.978
OP2 B 0, 4.967, 8.028, 11.090, 10.438 max_d=10.438 avg_d=8.028 std_dev=3.062
OP1 B 0, 5.305, 8.788, 12.272, 11.152 max_d=11.152 avg_d=8.788 std_dev=3.484
N1 B 0, 3.205, 6.849, 10.494, 10.730 max_d=10.730 avg_d=6.849 std_dev=3.644
C6 B 0, 2.520, 6.196, 9.873, 10.218 max_d=10.218 avg_d=6.196 std_dev=3.676
N6 B 0, 2.563, 7.188, 11.812, 12.165 max_d=12.165 avg_d=7.188 std_dev=4.624

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.16 0.04 0.14 0.28 0.11
C2 0.08 0.00 0.23 0.31 0.01 0.15 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.35 0.11 0.35 0.01 0.25 0.60 0.30
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.13 0.02 0.10 0.04 0.14 0.05 0.20 0.27 0.22 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.28 0.13 0.39 0.25 0.24
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.23 0.00 0.24 0.02 0.29 0.14 0.32 0.33 0.28 0.19 0.14 0.01 0.01 0.02 0.34 0.29 0.53 0.19 0.29
C4 0.04 0.01 0.13 0.23 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.24 0.06 0.37 0.02 0.22 0.61 0.30
C4' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.14 0.12 0.15 0.18 0.14 0.13 0.08 0.11 0.03 0.01 0.02 0.15 0.20 0.26 0.02
C5 0.03 0.01 0.10 0.24 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.26 0.04 0.47 0.01 0.26 0.82 0.41
C5' 0.03 0.22 0.04 0.02 0.18 0.00 0.23 0.00 0.26 0.21 0.25 0.23 0.19 0.25 0.14 0.08 0.07 0.01 0.01 0.28 0.30 0.40 0.01
C6 0.05 0.01 0.14 0.29 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.33 0.06 0.49 0.00 0.28 0.88 0.44
C8 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.06 0.47 0.01 0.23 0.75 0.39
N1 0.07 0.00 0.20 0.32 0.02 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.37 0.09 0.43 0.01 0.27 0.76 0.37
N2 0.09 0.01 0.27 0.33 0.02 0.18 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.18 0.39 0.13 0.32 0.02 0.26 0.54 0.28
N3 0.07 0.01 0.22 0.28 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.30 0.10 0.31 0.01 0.23 0.50 0.25
N7 0.02 0.01 0.04 0.19 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.04 0.53 0.01 0.27 0.92 0.47
N9 0.01 0.03 0.03 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.13 0.02 0.34 0.02 0.18 0.53 0.26
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.11 0.06 0.08 0.07 0.11 0.10 0.18 0.12 0.10 0.05 0.00 0.06 0.09 0.10 0.07 0.26 0.22 0.13
O3' 0.09 0.35 0.02 0.01 0.24 0.03 0.26 0.07 0.33 0.14 0.37 0.39 0.30 0.20 0.13 0.06 0.00 0.06 0.28 0.34 0.64 0.25 0.30
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.13 0.10 0.04 0.02 0.09 0.06 0.00 0.08 0.05 0.07 0.28 0.12
O5' 0.16 0.35 0.28 0.34 0.37 0.02 0.47 0.01 0.49 0.47 0.43 0.32 0.31 0.53 0.34 0.10 0.28 0.08 0.00 0.54 0.02 0.02 0.00
O6 0.04 0.01 0.13 0.29 0.02 0.15 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.34 0.05 0.54 0.00 0.31 1.00 0.50
OP1 0.14 0.25 0.39 0.53 0.22 0.20 0.26 0.30 0.28 0.23 0.27 0.26 0.23 0.27 0.18 0.26 0.64 0.07 0.02 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.60 0.25 0.19 0.61 0.26 0.82 0.40 0.88 0.75 0.76 0.54 0.50 0.92 0.53 0.22 0.25 0.28 0.02 1.00 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.30 0.24 0.29 0.30 0.02 0.41 0.01 0.44 0.39 0.37 0.28 0.25 0.47 0.26 0.13 0.30 0.12 0.00 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.77 3.58 0.18 0.71 2.42 0.97 2.98 1.24 3.88 1.71 4.22 2.64 4.32 2.49 1.57 0.16 1.15 0.60 0.63 1.20 0.55 0.71
C2 0.60 2.36 0.19 0.51 1.79 0.83 2.13 0.84 2.56 1.34 2.66 1.88 2.73 1.85 1.22 0.10 0.87 0.53 0.29 0.39 0.76 0.23
C2' 0.71 3.63 0.23 0.94 2.45 1.19 3.13 1.49 4.14 1.75 4.42 2.63 4.73 2.63 1.55 0.26 1.46 0.67 0.80 1.51 0.57 0.92
C3' 0.61 3.53 0.25 1.03 2.35 1.33 3.06 1.66 4.11 1.66 4.35 2.52 4.79 2.58 1.43 0.31 1.54 0.72 0.95 1.75 0.64 1.10
C4 0.66 2.91 0.18 0.56 2.06 0.89 2.54 0.99 3.20 1.52 3.39 2.21 3.52 2.18 1.37 0.11 0.95 0.55 0.37 0.66 0.70 0.33
C4' 0.74 3.71 0.23 0.87 2.46 1.16 3.10 1.53 4.10 1.73 4.43 2.69 4.70 2.59 1.56 0.21 1.31 0.68 0.90 1.68 0.70 1.08
C5 0.62 2.57 0.21 0.48 1.86 0.87 2.31 0.90 2.89 1.43 3.00 1.96 3.23 2.03 1.25 0.11 0.81 0.60 0.31 0.42 0.88 0.24
C5' 0.65 3.57 0.25 0.91 2.36 1.22 3.00 1.58 4.00 1.65 4.30 2.58 4.64 2.52 1.46 0.23 1.33 0.68 0.94 1.74 0.71 1.11
C6 0.61 2.21 0.23 0.40 1.64 0.83 2.02 0.77 2.47 1.31 2.53 1.74 2.74 1.82 1.13 0.13 0.67 0.66 0.30 0.21 1.04 0.32
C8 0.67 3.01 0.19 0.55 2.11 0.91 2.65 1.04 3.39 1.58 3.57 2.24 3.83 2.29 1.39 0.11 0.93 0.58 0.40 0.74 0.74 0.36
N1 0.59 2.03 0.22 0.41 1.56 0.80 1.88 0.74 2.25 1.23 2.29 1.65 2.45 1.69 1.09 0.13 0.68 0.62 0.29 0.18 0.99 0.31
N2 0.59 2.07 0.17 0.51 1.69 0.79 1.93 0.78 2.22 1.25 2.27 1.75 2.29 1.66 1.17 0.09 0.88 0.48 0.27 0.34 0.69 0.21
N3 0.68 2.97 0.17 0.58 2.12 0.87 2.55 0.99 3.16 1.52 3.38 2.28 3.38 2.15 1.40 0.10 1.01 0.53 0.39 0.70 0.63 0.37
N7 0.63 2.69 0.21 0.49 1.92 0.89 2.42 0.94 3.06 1.48 3.18 2.02 3.46 2.13 1.28 0.11 0.82 0.61 0.33 0.50 0.88 0.26
N9 0.71 3.21 0.18 0.60 2.23 0.91 2.76 1.09 3.54 1.63 3.78 2.39 3.95 2.35 1.46 0.12 1.02 0.56 0.45 0.87 0.64 0.46
O2' 0.94 4.04 0.24 0.82 2.77 1.03 3.43 1.41 4.50 1.99 4.87 2.98 5.05 2.87 1.82 0.24 1.35 0.74 0.83 1.60 0.72 1.03
O3' 0.61 3.59 0.33 1.18 2.38 1.47 3.14 1.86 4.24 1.68 4.47 2.54 5.01 2.64 1.44 0.39 1.68 0.81 1.17 2.10 0.87 1.39
O4' 0.80 3.62 0.25 0.72 2.43 0.99 2.99 1.31 3.90 1.72 4.25 2.67 4.39 2.50 1.58 0.21 1.13 0.64 0.73 1.35 0.63 0.84
O5' 0.89 3.67 0.45 0.79 2.54 1.05 3.17 1.33 4.12 1.88 4.37 2.74 4.74 2.72 1.69 0.39 1.22 0.69 0.72 1.34 0.72 0.81
O6 0.65 2.14 0.24 0.33 1.57 0.80 1.93 0.70 2.34 1.27 2.42 1.68 2.61 1.75 1.10 0.13 0.55 0.75 0.35 0.26 1.21 0.46
OP1 0.94 3.67 0.46 0.86 2.57 1.13 3.25 1.39 4.22 1.95 4.43 2.73 4.92 2.83 1.73 0.35 1.28 0.78 0.77 1.42 0.77 0.84
OP2 0.79 3.36 0.59 0.90 2.32 1.17 2.94 1.36 3.83 1.70 4.03 2.49 4.45 2.53 1.52 0.57 1.35 0.73 0.62 1.20 0.56 0.62
P 0.81 3.50 0.41 0.81 2.41 1.10 3.05 1.36 3.98 1.78 4.20 2.59 4.62 2.63 1.59 0.34 1.24 0.70 0.71 1.33 0.69 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.35 0.01 0.14 0.20 0.21 0.16
C2 0.03 0.00 0.29 0.26 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.32 0.14 0.13 0.16 0.26 0.27
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.16 0.01 0.10 0.21 0.17 0.11 0.25 0.27 0.15 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.45 0.60 0.78 0.58
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.28 0.01 0.39 0.02 0.41 0.35 0.35 0.20 0.48 0.42 0.25 0.02 0.01 0.02 0.13 0.32 0.27 0.17
C4 0.02 0.01 0.16 0.28 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.17 0.07 0.13 0.18 0.23 0.26
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.13 0.20 0.09 0.08 0.18 0.20 0.09 0.32 0.02 0.00 0.02 0.13 0.07 0.03
C5 0.01 0.02 0.10 0.39 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.11 0.04 0.22 0.33 0.39 0.37
C5' 0.08 0.07 0.21 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.17 0.22 0.11 0.06 0.24 0.24 0.09 0.11 0.23 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01 0.13 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.15 0.06 0.24 0.37 0.46 0.41
C8 0.04 0.02 0.11 0.35 0.01 0.20 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.34 0.14 0.11 0.21 0.31 0.31 0.33
N1 0.03 0.01 0.25 0.35 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.21 0.10 0.19 0.27 0.37 0.35
N3 0.04 0.01 0.27 0.20 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.36 0.14 0.11 0.14 0.19 0.21
N6 0.02 0.02 0.15 0.48 0.02 0.18 0.02 0.24 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.38 0.21 0.05 0.31 0.50 0.60 0.51
N7 0.03 0.02 0.04 0.42 0.01 0.20 0.00 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.39 0.20 0.08 0.28 0.43 0.48 0.43
N9 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.10 0.02 0.10 0.15 0.16 0.21
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.25 0.32 0.34 0.11 0.34 0.34 0.28 0.17 0.38 0.39 0.23 0.00 0.09 0.22 0.32 0.47 0.87 0.48
O3' 0.35 0.32 0.05 0.01 0.17 0.02 0.11 0.23 0.15 0.14 0.21 0.36 0.21 0.20 0.10 0.09 0.00 0.22 0.27 0.30 0.20 0.22
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.11 0.10 0.14 0.05 0.08 0.02 0.22 0.22 0.00 0.09 0.14 0.12 0.16
O5' 0.14 0.13 0.45 0.13 0.13 0.02 0.22 0.01 0.24 0.21 0.19 0.11 0.31 0.28 0.10 0.32 0.27 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.20 0.16 0.60 0.32 0.18 0.13 0.33 0.10 0.37 0.31 0.27 0.14 0.50 0.43 0.15 0.47 0.30 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.26 0.78 0.27 0.23 0.07 0.39 0.02 0.46 0.31 0.37 0.19 0.60 0.48 0.16 0.87 0.20 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.58 0.17 0.26 0.03 0.37 0.02 0.41 0.33 0.35 0.21 0.51 0.43 0.21 0.48 0.22 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00