Doublet Group distance statistics: 51537

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.007
O6	A	0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N7	A	0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1	A	0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C4	A	0, -0.003, 0.009, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N2	A	0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3	A	0, -0.003, 0.010, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C8	A	0, -0.004, 0.013, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.017
N9	A	0, -0.010, 0.019, 0.049, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.019 std_dev=0.030
O4'	A	0, -0.005, 0.103, 0.211, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.103 std_dev=0.108
C2'	A	0, -0.016, 0.111, 0.238, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.111 std_dev=0.127
C4'	A	0, 0.021, 0.150, 0.279, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.150 std_dev=0.129
C3'	A	0, 0.010, 0.151, 0.293, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.151 std_dev=0.141
O3'	A	0, 0.020, 0.183, 0.346, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.183 std_dev=0.163
O2'	A	0, -0.039, 0.160, 0.360, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.160 std_dev=0.199
O5'	B	0, 0.061, 0.310, 0.558, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.310 std_dev=0.248
C5'	A	0, 0.018, 0.307, 0.596, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.307 std_dev=0.289
O2'	B	0, 0.078, 0.406, 0.733, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.406 std_dev=0.328
C2'	B	0, 0.052, 0.425, 0.799, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.425 std_dev=0.373
P	B	0, 0.000, 0.456, 0.911, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.456 std_dev=0.456
C3'	B	0, -0.123, 0.581, 1.285, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.581 std_dev=0.704
O3'	B	0, -0.178, 0.656, 1.490, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.656 std_dev=0.834
C5'	B	0, -0.261, 0.747, 1.755, 2.733 max_d=2.733 avg_d=0.747 std_dev=1.008
O5'	A	0, -0.294, 0.755, 1.803, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.755 std_dev=1.049
C4'	B	0, -0.347, 0.808, 1.964, 3.091 max_d=3.091 avg_d=0.808 std_dev=1.155
C1'	B	0, -0.356, 0.917, 2.189, 3.422 max_d=3.422 avg_d=0.917 std_dev=1.272
OP2	B	0, -0.340, 0.996, 2.333, 3.611 max_d=3.611 avg_d=0.996 std_dev=1.336
O4'	B	0, -0.427, 0.957, 2.340, 3.696 max_d=3.696 avg_d=0.957 std_dev=1.384
OP1	B	0, -0.466, 0.940, 2.345, 3.724 max_d=3.724 avg_d=0.940 std_dev=1.406
OP1	A	0, -0.559, 1.002, 2.564, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.002 std_dev=1.561
P	A	0, -0.587, 1.063, 2.713, 4.341 max_d=4.341 avg_d=1.063 std_dev=1.650
N9	B	0, -0.686, 1.271, 3.228, 5.157 max_d=5.157 avg_d=1.271 std_dev=1.957
C8	B	0, -0.767, 1.304, 3.375, 5.424 max_d=5.424 avg_d=1.304 std_dev=2.071
OP2	A	0, -0.880, 1.470, 3.820, 6.146 max_d=6.146 avg_d=1.470 std_dev=2.350
C4	B	0, -1.141, 1.763, 4.666, 7.549 max_d=7.549 avg_d=1.763 std_dev=2.904
N7	B	0, -1.269, 1.812, 4.893, 7.959 max_d=7.959 avg_d=1.812 std_dev=3.081
N3	B	0, -1.288, 1.974, 5.236, 8.476 max_d=8.476 avg_d=1.974 std_dev=3.262
C5	B	0, -1.485, 2.074, 5.632, 9.175 max_d=9.175 avg_d=2.074 std_dev=3.558
C2	B	0, -1.748, 2.459, 6.665, 10.854 max_d=10.854 avg_d=2.459 std_dev=4.207
C6	B	0, -2.002, 2.612, 7.226, 11.827 max_d=11.827 avg_d=2.612 std_dev=4.614
N1	B	0, -2.100, 2.777, 7.655, 12.519 max_d=12.519 avg_d=2.777 std_dev=4.878
N6	B	0, -2.435, 3.000, 8.435, 13.861 max_d=13.861 avg_d=3.000 std_dev=5.435

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.01	0.13	0.25	0.17
C2	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.01	0.34	0.01	0.37	0.67	0.44
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.04	0.02	0.04	0.04	0.04	0.01	0.00	0.00	0.01	0.26	0.02	0.15	0.33	0.19
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.04	0.03	0.05	0.07	0.06	0.03	0.02	0.00	0.00	0.01	0.32	0.03	0.18	0.37	0.22
C4	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.34	0.01	0.39	0.71	0.49
C4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.04	0.03	0.04	0.03	0.05
C5	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	0.02	0.42	0.00	0.55	0.99	0.69
C5'	0.04	0.07	0.04	0.03	0.07	0.02	0.09	0.00	0.09	0.07	0.08	0.07	0.07	0.09	0.06	0.04	0.03	0.03	0.01	0.10	0.03	0.03	0.03
C6	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.03	0.02	0.44	0.00	0.59	1.05	0.72
C8	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.04	0.39	0.01	0.51	0.93	0.69
N1	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.04	0.01	0.40	0.01	0.49	0.88	0.59
N2	0.02	0.00	0.04	0.07	0.01	0.02	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.07	0.02	0.31	0.01	0.31	0.57	0.35
N3	0.02	0.00	0.04	0.06	0.00	0.02	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.30	0.01	0.30	0.56	0.36
N7	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.03	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.04	0.04	0.44	0.01	0.62	1.14	0.81
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.31	0.01	0.35	0.63	0.45
O2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.02	0.04	0.04	0.04	0.02	0.05	0.04	0.03	0.03	0.01	0.00	0.01	0.03	0.13	0.05	0.05	0.07	0.07
O3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.04	0.04	0.07	0.05	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.28	0.03	0.09	0.26	0.10
O4'	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.08	0.08
O5'	0.16	0.34	0.26	0.32	0.34	0.04	0.42	0.01	0.44	0.39	0.40	0.31	0.30	0.44	0.31	0.13	0.28	0.02	0.00	0.47	0.02	0.01	0.02
O6	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.03	0.02	0.47	0.00	0.67	1.19	0.82
OP1	0.13	0.37	0.15	0.18	0.39	0.04	0.55	0.03	0.59	0.51	0.49	0.31	0.30	0.62	0.35	0.05	0.09	0.06	0.02	0.67	0.00	0.01	0.00
OP2	0.25	0.67	0.33	0.37	0.71	0.03	0.99	0.03	1.05	0.93	0.88	0.57	0.56	1.14	0.63	0.07	0.26	0.08	0.01	1.19	0.01	0.00	0.01
P	0.17	0.44	0.19	0.22	0.49	0.05	0.69	0.03	0.72	0.69	0.59	0.35	0.36	0.81	0.45	0.07	0.10	0.08	0.02	0.82	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.58	2.98	0.01	0.60	2.06	0.56	2.53	0.63	3.23	1.51	3.47	2.21	3.58	2.16	1.36	0.07	0.24	0.17	0.11	0.63	0.57	0.04
C2	0.46	2.12	0.03	0.63	1.71	0.63	2.02	0.60	2.34	1.31	2.38	1.73	2.45	1.77	1.18	0.05	0.28	0.05	0.08	0.44	0.54	0.04
C2'	0.82	3.48	0.11	0.53	2.36	0.40	2.75	0.56	3.49	1.63	3.88	2.65	3.77	2.27	1.58	0.05	0.22	0.43	0.09	0.75	0.50	0.06
C3'	0.88	3.70	0.16	0.51	2.53	0.38	3.00	0.54	3.83	1.79	4.22	2.80	4.21	2.50	1.71	0.09	0.23	0.48	0.04	0.74	0.62	0.02
C4	0.43	2.64	0.04	0.67	1.95	0.72	2.47	0.71	3.07	1.51	3.16	1.97	3.38	2.16	1.28	0.08	0.32	0.05	0.10	0.50	0.68	0.05
C4'	0.71	3.33	0.06	0.55	2.29	0.47	2.80	0.58	3.60	1.68	3.90	2.48	4.04	2.38	1.53	0.03	0.22	0.32	0.06	0.68	0.64	0.03
C5	0.25	2.36	0.08	0.74	1.82	0.90	2.48	0.83	3.07	1.54	3.00	1.70	3.50	2.26	1.18	0.12	0.41	0.27	0.13	0.44	0.82	0.09
C5'	0.74	3.43	0.13	0.53	2.40	0.47	2.99	0.56	3.84	1.82	4.09	2.54	4.39	2.59	1.62	0.06	0.21	0.34	0.02	0.59	0.80	0.13
C6	0.11	1.89	0.11	0.77	1.58	1.01	2.24	0.87	2.68	1.46	2.48	1.36	3.05	2.14	1.04	0.14	0.46	0.45	0.14	0.34	0.85	0.11
C8	0.36	2.73	0.07	0.71	1.99	0.82	2.66	0.80	3.40	1.62	3.45	1.95	3.94	2.38	1.29	0.11	0.37	0.14	0.13	0.52	0.82	0.08
N1	0.20	1.76	0.09	0.74	1.54	0.89	2.01	0.76	2.30	1.35	2.17	1.36	2.50	1.88	1.05	0.11	0.40	0.32	0.11	0.35	0.70	0.08
N2	0.57	1.75	0.03	0.51	1.47	0.40	1.58	0.43	1.77	1.07	1.84	1.56	1.79	1.36	1.08	0.04	0.16	0.20	0.04	0.42	0.36	0.01
N3	0.55	2.57	0.01	0.60	1.90	0.56	2.25	0.58	2.73	1.40	2.88	2.02	2.89	1.92	1.28	0.04	0.24	0.13	0.07	0.51	0.54	0.03
N7	0.23	2.45	0.09	0.75	1.85	0.94	2.58	0.87	3.28	1.59	3.20	1.72	3.85	2.38	1.19	0.13	0.42	0.31	0.14	0.45	0.89	0.10
N9	0.48	2.86	0.04	0.65	2.04	0.68	2.60	0.70	3.30	1.57	3.45	2.10	3.70	2.27	1.34	0.08	0.30	0.03	0.10	0.55	0.70	0.05
O2'	0.80	3.21	0.06	0.51	2.14	0.33	2.43	0.53	3.08	1.41	3.49	2.49	3.28	1.96	1.44	0.05	0.20	0.47	0.16	0.85	0.29	0.18
O3'	1.00	3.85	0.20	0.46	2.61	0.26	3.02	0.48	3.85	1.79	4.30	2.96	4.19	2.47	1.78	0.10	0.21	0.64	0.05	0.84	0.51	0.04
O4'	0.54	2.97	0.02	0.61	2.06	0.58	2.60	0.64	3.34	1.56	3.55	2.17	3.78	2.25	1.36	0.09	0.23	0.14	0.09	0.60	0.65	0.04
O5'	0.98	3.55	0.41	0.23	2.64	0.17	3.33	0.18	4.18	2.20	4.32	2.67	4.81	3.00	1.91	0.26	0.09	0.61	0.43	0.06	1.34	0.63
O6	0.13	1.51	0.14	0.79	1.32	1.15	2.07	0.95	2.45	1.39	2.15	1.02	2.92	2.10	0.85	0.17	0.51	0.68	0.16	0.24	0.98	0.16
OP1	1.07	3.64	0.47	0.19	2.76	0.10	3.51	0.11	4.38	2.37	4.46	2.75	5.11	3.22	2.03	0.30	0.08	0.71	0.54	0.06	1.52	0.77
OP2	1.26	3.51	0.76	0.18	2.87	0.24	3.70	0.34	4.49	2.70	4.40	2.70	5.29	3.53	2.24	0.55	0.42	0.94	1.01	0.71	2.10	1.32
P	1.06	3.49	0.50	0.15	2.70	0.08	3.45	0.06	4.28	2.37	4.31	2.64	5.00	3.19	2.00	0.33	0.15	0.70	0.62	0.19	1.60	0.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.00	0.01	0.20	0.01	0.05	0.03	0.29	0.15
C2	0.03	0.00	0.23	0.09	0.01	0.09	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.20	0.14	0.17	0.13	0.08	0.12	0.06
C2'	0.01	0.23	0.00	0.01	0.13	0.01	0.08	0.13	0.14	0.11	0.19	0.22	0.13	0.05	0.01	0.00	0.01	0.02	0.30	0.23	0.42	0.34
C3'	0.02	0.09	0.01	0.00	0.11	0.02	0.18	0.01	0.19	0.16	0.14	0.06	0.24	0.20	0.09	0.01	0.01	0.02	0.10	0.09	0.05	0.05
C4	0.01	0.01	0.13	0.11	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.08	0.16	0.08	0.15	0.05
C4'	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.00	0.10	0.01	0.08	0.21	0.02	0.10	0.15	0.19	0.06	0.09	0.01	0.01	0.02	0.15	0.09	0.04
C5	0.01	0.01	0.08	0.18	0.01	0.10	0.00	0.15	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.13	0.28	0.02	0.30	0.18	0.11	0.16
C5'	0.04	0.05	0.13	0.01	0.03	0.01	0.15	0.00	0.14	0.24	0.04	0.08	0.24	0.26	0.06	0.07	0.40	0.01	0.00	0.18	0.03	0.01
C6	0.01	0.01	0.14	0.19	0.01	0.08	0.01	0.14	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.07	0.25	0.04	0.32	0.22	0.15	0.20
C8	0.02	0.01	0.11	0.16	0.00	0.21	0.02	0.24	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.33	0.43	0.17	0.32	0.16	0.13	0.14
N1	0.01	0.00	0.19	0.14	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.09	0.06	0.11	0.23	0.16	0.12	0.13
N3	0.03	0.00	0.22	0.06	0.00	0.10	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.21	0.21	0.18	0.07	0.03	0.17	0.07
N6	0.04	0.01	0.13	0.24	0.02	0.15	0.03	0.24	0.00	0.06	0.02	0.00	0.00	0.07	0.04	0.13	0.40	0.05	0.43	0.33	0.27	0.33
N7	0.02	0.01	0.05	0.20	0.01	0.19	0.01	0.26	0.03	0.00	0.02	0.01	0.07	0.00	0.01	0.31	0.48	0.12	0.39	0.23	0.12	0.24
N9	0.00	0.01	0.01	0.09	0.00	0.06	0.02	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.13	0.10	0.02	0.13	0.05	0.21	0.05
O2'	0.01	0.20	0.00	0.01	0.02	0.09	0.13	0.07	0.07	0.33	0.09	0.21	0.13	0.31	0.13	0.00	0.27	0.06	0.32	0.27	0.53	0.38
O3'	0.20	0.14	0.01	0.01	0.05	0.01	0.28	0.40	0.25	0.43	0.06	0.21	0.40	0.48	0.10	0.27	0.00	0.08	0.52	0.86	0.77	0.69
O4'	0.01	0.17	0.02	0.02	0.08	0.01	0.02	0.01	0.04	0.17	0.11	0.18	0.05	0.12	0.02	0.06	0.08	0.00	0.07	0.10	0.20	0.07
O5'	0.05	0.13	0.30	0.10	0.16	0.02	0.30	0.00	0.32	0.32	0.23	0.07	0.43	0.39	0.13	0.32	0.52	0.07	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.03	0.08	0.23	0.09	0.08	0.15	0.18	0.18	0.22	0.16	0.16	0.03	0.33	0.23	0.05	0.27	0.86	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.29	0.12	0.42	0.05	0.15	0.09	0.11	0.03	0.15	0.13	0.12	0.17	0.27	0.12	0.21	0.53	0.77	0.20	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.15	0.06	0.34	0.05	0.05	0.04	0.16	0.01	0.20	0.14	0.13	0.07	0.33	0.24	0.05	0.38	0.69	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00