ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.033, 0.069, 0.105, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.069 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.340, 0.714, 1.088, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.714 std_dev=0.374
O4' A 0, 0.341, 0.721, 1.102, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.721 std_dev=0.381
O2' A 0, 0.396, 0.822, 1.247, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.822 std_dev=0.425
C8 B 0, 0.343, 0.793, 1.244, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.793 std_dev=0.451
N9 B 0, 0.256, 0.728, 1.199, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.728 std_dev=0.472
C1' B 0, 0.294, 0.791, 1.287, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.791 std_dev=0.497
O2' B 0, 0.483, 0.983, 1.484, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.983 std_dev=0.500
C4 B 0, 0.340, 0.868, 1.396, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.868 std_dev=0.528
N7 B 0, 0.500, 1.045, 1.589, 1.537 max_d=1.537 avg_d=1.045 std_dev=0.545
C4' A 0, 0.487, 1.032, 1.578, 1.493 max_d=1.493 avg_d=1.032 std_dev=0.546
C5 B 0, 0.482, 1.047, 1.613, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.047 std_dev=0.566
N3 B 0, 0.359, 0.942, 1.524, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.942 std_dev=0.583
C2' B 0, 0.327, 0.919, 1.510, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.919 std_dev=0.591
C3' A 0, 0.544, 1.148, 1.752, 1.652 max_d=1.652 avg_d=1.148 std_dev=0.604
C2 B 0, 0.433, 1.071, 1.709, 1.746 max_d=1.746 avg_d=1.071 std_dev=0.638
C6 B 0, 0.592, 1.255, 1.917, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.255 std_dev=0.662
O4' B 0, 0.406, 1.069, 1.733, 1.789 max_d=1.789 avg_d=1.069 std_dev=0.664
N1 B 0, 0.548, 1.223, 1.898, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.223 std_dev=0.675
N6 B 0, 0.747, 1.524, 2.302, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.524 std_dev=0.778
OP1 A 0, 0.695, 1.527, 2.360, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.527 std_dev=0.833
O5' A 0, 0.683, 1.550, 2.417, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.550 std_dev=0.867
O3' A 0, 0.791, 1.659, 2.527, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.659 std_dev=0.868
C3' B 0, 0.772, 1.651, 2.530, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.651 std_dev=0.879
C4' B 0, 0.740, 1.660, 2.579, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.660 std_dev=0.919
C5' A 0, 0.857, 1.820, 2.783, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.820 std_dev=0.963
O5' B 0, 0.823, 1.845, 2.866, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.845 std_dev=1.022
P A 0, 0.775, 1.884, 2.994, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.884 std_dev=1.109
C5' B 0, 0.852, 1.968, 3.085, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.968 std_dev=1.117
P B 0, 0.800, 1.979, 3.158, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.979 std_dev=1.179
O3' B 0, 1.204, 2.438, 3.673, 3.264 max_d=3.264 avg_d=2.438 std_dev=1.235
OP2 B 0, 1.035, 2.271, 3.508, 3.442 max_d=3.442 avg_d=2.271 std_dev=1.237
OP1 B 0, 0.727, 2.124, 3.521, 3.673 max_d=3.673 avg_d=2.124 std_dev=1.397
OP2 A 0, 1.043, 2.526, 4.008, 4.044 max_d=4.044 avg_d=2.526 std_dev=1.483

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.21 0.33 0.02
C2 0.02 0.00 0.11 0.14 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.05 0.16 0.00 0.25 0.38 0.05
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.14 0.12 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.23 0.07
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.09 0.11 0.17 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.14 0.10
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.14 0.00 0.25 0.42 0.03
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.14 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.26 0.47 0.05
C5' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.15 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.17 0.00 0.27 0.45 0.07
C8 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.04 0.09 0.01 0.25 0.52 0.05
N1 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.04 0.17 0.00 0.26 0.41 0.06
N2 0.02 0.00 0.14 0.17 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.23 0.06 0.17 0.01 0.25 0.35 0.05
N3 0.01 0.00 0.12 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.16 0.05 0.14 0.00 0.24 0.37 0.03
N7 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.12 0.01 0.26 0.53 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.24 0.42 0.03
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.10 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.18 0.07
O3' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.14 0.23 0.16 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.05 0.13 0.11 0.14
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.24 0.31 0.05
O5' 0.07 0.16 0.01 0.06 0.14 0.00 0.15 0.00 0.17 0.09 0.17 0.17 0.14 0.12 0.10 0.03 0.14 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.17 0.00 0.27 0.45 0.09
OP1 0.21 0.25 0.09 0.05 0.25 0.13 0.26 0.15 0.27 0.25 0.26 0.25 0.24 0.26 0.24 0.09 0.13 0.24 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.33 0.38 0.23 0.14 0.42 0.14 0.47 0.15 0.45 0.52 0.41 0.35 0.37 0.53 0.42 0.18 0.11 0.31 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.07 0.10 0.03 0.03 0.05 0.00 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.14 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.22 0.27 0.23 0.21 0.19 0.25 0.18 0.28 0.21 0.27 0.18 0.32 0.26 0.18 0.36 0.37 0.10 0.13 0.12 0.35 0.22
C2 0.09 0.10 0.13 0.20 0.13 0.21 0.19 0.19 0.20 0.19 0.15 0.08 0.22 0.22 0.13 0.21 0.35 0.11 0.11 0.13 0.38 0.23
C2' 0.22 0.23 0.32 0.22 0.25 0.14 0.29 0.12 0.30 0.29 0.27 0.21 0.33 0.31 0.26 0.40 0.32 0.13 0.12 0.11 0.28 0.15
C3' 0.21 0.16 0.29 0.21 0.22 0.13 0.27 0.11 0.27 0.29 0.22 0.16 0.31 0.31 0.24 0.37 0.32 0.13 0.12 0.11 0.28 0.14
C4 0.12 0.14 0.20 0.18 0.17 0.18 0.23 0.17 0.25 0.20 0.21 0.11 0.29 0.25 0.16 0.30 0.31 0.11 0.10 0.12 0.36 0.21
C4' 0.15 0.16 0.26 0.23 0.19 0.17 0.24 0.15 0.26 0.23 0.22 0.14 0.31 0.27 0.18 0.34 0.38 0.10 0.12 0.11 0.34 0.19
C5 0.11 0.09 0.17 0.14 0.13 0.18 0.22 0.16 0.24 0.19 0.19 0.06 0.29 0.24 0.13 0.26 0.26 0.13 0.09 0.14 0.36 0.21
C5' 0.15 0.14 0.25 0.23 0.17 0.17 0.24 0.15 0.26 0.23 0.20 0.12 0.31 0.28 0.18 0.33 0.38 0.10 0.13 0.12 0.35 0.20
C6 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.20 0.19 0.18 0.21 0.17 0.14 0.12 0.26 0.23 0.09 0.21 0.24 0.16 0.11 0.17 0.37 0.22
C8 0.13 0.16 0.24 0.18 0.18 0.17 0.25 0.15 0.28 0.21 0.25 0.12 0.33 0.26 0.16 0.32 0.28 0.11 0.10 0.12 0.34 0.20
N1 0.10 0.11 0.12 0.17 0.09 0.22 0.18 0.19 0.18 0.17 0.13 0.11 0.22 0.22 0.09 0.20 0.30 0.15 0.11 0.16 0.39 0.23
N2 0.09 0.11 0.13 0.26 0.13 0.24 0.17 0.21 0.17 0.18 0.14 0.09 0.19 0.20 0.13 0.15 0.43 0.10 0.14 0.13 0.39 0.24
N3 0.13 0.15 0.19 0.20 0.17 0.19 0.22 0.18 0.23 0.21 0.20 0.12 0.26 0.24 0.17 0.28 0.35 0.10 0.12 0.12 0.37 0.22
N7 0.12 0.11 0.19 0.15 0.14 0.17 0.23 0.16 0.27 0.19 0.21 0.08 0.32 0.25 0.13 0.28 0.24 0.13 0.10 0.13 0.34 0.20
N9 0.14 0.18 0.24 0.20 0.19 0.18 0.25 0.16 0.28 0.21 0.25 0.14 0.31 0.26 0.17 0.34 0.32 0.11 0.11 0.11 0.35 0.21
O2' 0.24 0.28 0.33 0.24 0.28 0.15 0.30 0.13 0.32 0.29 0.30 0.26 0.34 0.31 0.27 0.43 0.34 0.14 0.13 0.12 0.27 0.15
O3' 0.25 0.17 0.32 0.22 0.24 0.14 0.29 0.10 0.27 0.32 0.21 0.18 0.30 0.33 0.27 0.40 0.30 0.17 0.14 0.14 0.24 0.11
O4' 0.13 0.17 0.25 0.25 0.16 0.21 0.22 0.20 0.25 0.18 0.23 0.13 0.30 0.22 0.14 0.34 0.41 0.12 0.15 0.14 0.39 0.24
O5' 0.18 0.19 0.23 0.16 0.25 0.10 0.33 0.09 0.35 0.33 0.28 0.16 0.41 0.38 0.25 0.27 0.25 0.12 0.14 0.10 0.22 0.10
O6 0.14 0.23 0.11 0.13 0.13 0.21 0.18 0.19 0.20 0.15 0.17 0.24 0.26 0.22 0.10 0.21 0.21 0.20 0.14 0.20 0.37 0.23
OP1 0.31 0.31 0.40 0.31 0.36 0.21 0.44 0.19 0.46 0.42 0.40 0.29 0.53 0.47 0.36 0.42 0.31 0.22 0.29 0.22 0.23 0.19
OP2 0.47 0.65 0.43 0.51 0.51 0.55 0.45 0.54 0.48 0.38 0.57 0.62 0.43 0.37 0.45 0.48 0.64 0.51 0.47 0.55 0.78 0.62
P 0.12 0.08 0.20 0.20 0.10 0.18 0.18 0.16 0.19 0.19 0.12 0.09 0.26 0.23 0.12 0.29 0.34 0.11 0.10 0.13 0.36 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.38 0.18
C2 0.02 0.00 0.18 0.19 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.02 0.15 0.08 0.30 0.13
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.06 0.14 0.17 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.33 0.17
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.01 0.15 0.06 0.18 0.17 0.15 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04
C4 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.02 0.11 0.11 0.36 0.16
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.12 0.17 0.35 0.16
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.15 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.15 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.14 0.02 0.14 0.16 0.31 0.14
C8 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.08 0.22 0.45 0.22
N1 0.02 0.00 0.14 0.18 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.16 0.02 0.15 0.11 0.29 0.13
N3 0.02 0.00 0.17 0.17 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.14 0.02 0.13 0.07 0.32 0.14
N6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.14 0.03 0.15 0.19 0.28 0.13
N7 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.10 0.24 0.39 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.07 0.13 0.40 0.19
O2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.11 0.13 0.07 0.06 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.11 0.30 0.11
O3' 0.03 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.14 0.06 0.16 0.14 0.14 0.08 0.04 0.04 0.00 0.02 0.04 0.29 0.05 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.34 0.16
O5' 0.01 0.15 0.05 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.14 0.08 0.15 0.13 0.15 0.10 0.07 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.09 0.12 0.11 0.11 0.17 0.15 0.16 0.22 0.11 0.07 0.19 0.24 0.13 0.11 0.29 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.38 0.30 0.33 0.13 0.36 0.18 0.35 0.07 0.31 0.45 0.29 0.32 0.28 0.39 0.40 0.30 0.05 0.34 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.13 0.17 0.04 0.16 0.06 0.16 0.01 0.14 0.22 0.13 0.14 0.13 0.20 0.19 0.11 0.10 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00