ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51539

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.013, 0.036, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.014, 0.038, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.024, 0.066, 0.109, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.066 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.006, 0.054, 0.101, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.054 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.109, 0.257, 0.406, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.257 std_dev=0.148
O2' A 0, 0.122, 0.274, 0.427, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.274 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.147, 0.306, 0.465, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.306 std_dev=0.159
N3 B 0, 0.149, 0.362, 0.575, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.362 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.157, 0.374, 0.591, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.374 std_dev=0.217
C2 B 0, 0.176, 0.422, 0.668, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.422 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.193, 0.443, 0.693, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.443 std_dev=0.250
O5' A 0, 0.217, 0.477, 0.737, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.477 std_dev=0.260
C4 B 0, 0.101, 0.361, 0.622, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.361 std_dev=0.260
C3' A 0, 0.227, 0.497, 0.767, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.497 std_dev=0.270
OP2 B 0, 0.269, 0.550, 0.830, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.550 std_dev=0.281
N9 B 0, 0.072, 0.355, 0.637, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.355 std_dev=0.282
O5' B 0, 0.230, 0.536, 0.842, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.536 std_dev=0.306
P B 0, 0.255, 0.564, 0.874, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.564 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.131, 0.446, 0.761, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.446 std_dev=0.315
P A 0, 0.284, 0.609, 0.933, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.609 std_dev=0.324
OP2 A 0, 0.286, 0.613, 0.941, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.613 std_dev=0.328
C2' B 0, 0.283, 0.613, 0.944, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.613 std_dev=0.331
OP1 B 0, 0.305, 0.659, 1.014, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.659 std_dev=0.355
C4' B 0, 0.258, 0.631, 1.004, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.631 std_dev=0.373
N1 B 0, 0.103, 0.479, 0.855, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.479 std_dev=0.376
C5' A 0, 0.299, 0.694, 1.090, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.694 std_dev=0.395
O3' A 0, 0.344, 0.746, 1.148, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.746 std_dev=0.402
C3' B 0, 0.375, 0.778, 1.182, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.778 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.254, 0.660, 1.065, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.660 std_dev=0.406
C5' B 0, 0.233, 0.680, 1.127, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.680 std_dev=0.447
C8 B 0, -0.005, 0.448, 0.901, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.448 std_dev=0.453
C5 B 0, -0.025, 0.438, 0.900, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.438 std_dev=0.463
OP1 A 0, 0.383, 0.882, 1.381, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.882 std_dev=0.499
C6 B 0, -0.025, 0.497, 1.019, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.497 std_dev=0.522
O3' B 0, 0.509, 1.051, 1.593, 1.543 max_d=1.543 avg_d=1.051 std_dev=0.542
N7 B 0, -0.082, 0.503, 1.087, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.503 std_dev=0.585
N6 B 0, -0.098, 0.649, 1.396, 2.052 max_d=2.052 avg_d=0.649 std_dev=0.747

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.06 0.13 0.07
C2 0.05 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.06 0.13 0.01 0.08 0.17 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.08 0.06 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.09 0.10 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.10 0.05 0.10 0.06 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.12 0.09 0.07
C4 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.14 0.03 0.08 0.16 0.08
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.09 0.07 0.03
C5 0.03 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.17 0.03 0.11 0.19 0.11
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.01
C6 0.04 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.12 0.03 0.19 0.01 0.13 0.20 0.12
C8 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.16 0.06 0.10 0.18 0.10
N1 0.04 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.11 0.04 0.17 0.01 0.10 0.18 0.10
N2 0.06 0.01 0.06 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.08 0.09 0.12 0.01 0.06 0.16 0.07
N3 0.04 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.06 0.13 0.01 0.08 0.15 0.07
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.17 0.06 0.12 0.19 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.04 0.08 0.16 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.10 0.09 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.12 0.04 0.11 0.08 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.15 0.16 0.11 0.10
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.09 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.03 0.06 0.15 0.09
O5' 0.08 0.13 0.04 0.06 0.14 0.02 0.17 0.00 0.19 0.16 0.17 0.12 0.13 0.17 0.13 0.03 0.11 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00
O6 0.05 0.01 0.09 0.13 0.03 0.07 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.07 0.15 0.03 0.21 0.00 0.17 0.23 0.16
OP1 0.06 0.08 0.09 0.12 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.06 0.08 0.12 0.08 0.10 0.16 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.17 0.10 0.09 0.16 0.07 0.19 0.02 0.20 0.18 0.18 0.16 0.15 0.19 0.16 0.09 0.11 0.15 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.05 0.07 0.08 0.03 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.07 0.07 0.11 0.08 0.04 0.10 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.23 0.32 0.18 0.31 0.06 0.45 0.12 0.44 0.51 0.31 0.21 0.56 0.59 0.34 0.42 0.23 0.12 0.07 0.02 0.03 0.02
C2 0.24 0.18 0.32 0.19 0.26 0.07 0.35 0.13 0.29 0.49 0.23 0.17 0.31 0.49 0.32 0.38 0.17 0.12 0.07 0.03 0.03 0.04
C2' 0.28 0.22 0.35 0.22 0.33 0.10 0.47 0.10 0.46 0.54 0.32 0.20 0.58 0.62 0.37 0.42 0.21 0.17 0.08 0.05 0.06 0.05
C3' 0.26 0.22 0.34 0.21 0.31 0.09 0.45 0.11 0.44 0.51 0.31 0.20 0.57 0.59 0.35 0.42 0.21 0.16 0.10 0.11 0.12 0.10
C4 0.23 0.19 0.32 0.18 0.26 0.05 0.38 0.16 0.34 0.48 0.25 0.18 0.40 0.54 0.31 0.41 0.18 0.10 0.10 0.05 0.05 0.06
C4' 0.24 0.25 0.31 0.17 0.30 0.06 0.43 0.12 0.44 0.47 0.33 0.22 0.57 0.55 0.33 0.42 0.25 0.12 0.07 0.05 0.06 0.05
C5 0.19 0.17 0.29 0.16 0.22 0.05 0.30 0.20 0.27 0.41 0.22 0.16 0.31 0.43 0.26 0.39 0.14 0.06 0.14 0.08 0.09 0.10
C5' 0.25 0.29 0.32 0.18 0.31 0.07 0.42 0.13 0.43 0.46 0.36 0.26 0.56 0.53 0.33 0.45 0.27 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09
C6 0.16 0.16 0.27 0.15 0.18 0.06 0.24 0.24 0.22 0.34 0.19 0.14 0.23 0.34 0.22 0.36 0.12 0.04 0.17 0.09 0.10 0.12
C8 0.21 0.19 0.30 0.17 0.25 0.03 0.34 0.18 0.32 0.43 0.24 0.17 0.39 0.48 0.28 0.42 0.17 0.08 0.12 0.07 0.08 0.08
N1 0.18 0.15 0.29 0.17 0.19 0.06 0.25 0.20 0.21 0.38 0.18 0.14 0.22 0.37 0.24 0.36 0.13 0.06 0.14 0.06 0.05 0.09
N2 0.27 0.18 0.33 0.22 0.27 0.12 0.34 0.12 0.28 0.47 0.22 0.18 0.29 0.45 0.34 0.36 0.18 0.18 0.04 0.01 0.06 0.01
N3 0.25 0.21 0.33 0.19 0.30 0.08 0.43 0.13 0.38 0.53 0.28 0.19 0.43 0.59 0.35 0.40 0.20 0.13 0.06 0.03 0.03 0.04
N7 0.19 0.18 0.29 0.16 0.22 0.05 0.29 0.21 0.27 0.38 0.22 0.16 0.32 0.42 0.25 0.40 0.15 0.06 0.16 0.10 0.11 0.11
N9 0.24 0.21 0.32 0.18 0.29 0.05 0.41 0.15 0.38 0.49 0.28 0.19 0.48 0.56 0.33 0.43 0.20 0.11 0.09 0.04 0.05 0.05
O2' 0.28 0.22 0.33 0.21 0.34 0.12 0.49 0.10 0.48 0.54 0.33 0.20 0.62 0.62 0.38 0.39 0.24 0.18 0.10 0.06 0.07 0.07
O3' 0.28 0.22 0.34 0.23 0.32 0.12 0.46 0.13 0.46 0.52 0.33 0.20 0.60 0.60 0.36 0.41 0.21 0.18 0.11 0.13 0.14 0.12
O4' 0.25 0.27 0.31 0.17 0.31 0.08 0.43 0.16 0.44 0.46 0.34 0.24 0.57 0.55 0.33 0.43 0.27 0.12 0.07 0.02 0.03 0.02
O5' 0.32 0.27 0.41 0.29 0.35 0.14 0.46 0.12 0.45 0.53 0.34 0.26 0.56 0.59 0.39 0.53 0.30 0.19 0.22 0.19 0.20 0.19
O6 0.12 0.15 0.23 0.14 0.15 0.09 0.19 0.28 0.19 0.25 0.18 0.13 0.20 0.25 0.17 0.34 0.12 0.04 0.20 0.12 0.13 0.14
OP1 0.19 0.23 0.27 0.17 0.23 0.07 0.31 0.17 0.32 0.35 0.28 0.20 0.40 0.39 0.25 0.39 0.20 0.09 0.19 0.19 0.20 0.18
OP2 0.08 0.20 0.19 0.21 0.10 0.21 0.15 0.33 0.18 0.20 0.21 0.14 0.24 0.23 0.10 0.27 0.12 0.14 0.25 0.27 0.27 0.25
P 0.14 0.20 0.23 0.15 0.18 0.09 0.26 0.23 0.27 0.31 0.24 0.16 0.35 0.35 0.19 0.36 0.14 0.05 0.18 0.18 0.19 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.18 0.12 0.14 0.16
C2 0.06 0.00 0.08 0.14 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.15 0.35 0.07 0.16 0.14 0.14 0.14
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.13 0.03 0.06 0.06 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.31 0.19 0.21 0.25
C3' 0.04 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.10 0.14 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.18 0.13 0.21
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.23 0.03 0.17 0.13 0.15 0.15
C4' 0.02 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.08 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.19 0.03 0.20 0.15 0.17 0.18
C5' 0.05 0.09 0.13 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.15 0.20 0.12 0.08 0.18 0.21 0.12 0.11 0.07 0.01 0.01 0.08 0.19 0.02
C6 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.24 0.03 0.18 0.14 0.16 0.17
C8 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.28 0.18 0.25 0.25
N1 0.06 0.01 0.06 0.10 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.31 0.06 0.17 0.15 0.16 0.16
N3 0.06 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.14 0.33 0.06 0.15 0.13 0.13 0.13
N6 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.18 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.10 0.22 0.01 0.17 0.13 0.16 0.16
N7 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.21 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.25 0.17 0.23 0.23
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.14 0.01 0.21 0.14 0.18 0.19
O2' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.09 0.03 0.07 0.11 0.10 0.06 0.13 0.14 0.10 0.05 0.05 0.00 0.05 0.02 0.31 0.21 0.25 0.26
O3' 0.14 0.35 0.03 0.00 0.23 0.01 0.19 0.07 0.24 0.05 0.31 0.33 0.22 0.09 0.14 0.05 0.00 0.09 0.17 0.22 0.10 0.18
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.12 0.10 0.10 0.11
O5' 0.18 0.16 0.31 0.26 0.17 0.01 0.20 0.01 0.18 0.28 0.17 0.15 0.17 0.25 0.21 0.31 0.17 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.14 0.19 0.18 0.13 0.05 0.15 0.08 0.14 0.18 0.15 0.13 0.13 0.17 0.14 0.21 0.22 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.14 0.21 0.13 0.15 0.10 0.17 0.19 0.16 0.25 0.16 0.13 0.16 0.23 0.18 0.25 0.10 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.14 0.25 0.21 0.15 0.02 0.18 0.02 0.17 0.25 0.16 0.13 0.16 0.23 0.19 0.26 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00