ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51540

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.048, 0.308, 0.567, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.308 std_dev=0.260
C2' A 0, 0.061, 0.326, 0.591, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.326 std_dev=0.265
O2' A 0, 0.083, 0.395, 0.707, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.312
C4' A 0, 0.052, 0.443, 0.833, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.443 std_dev=0.390
C3' A 0, 0.089, 0.513, 0.937, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.513 std_dev=0.424
O2' B 0, 0.156, 0.673, 1.190, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.673 std_dev=0.517
O3' A 0, 0.137, 0.697, 1.257, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.697 std_dev=0.560
C1' B 0, 0.344, 0.915, 1.486, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.915 std_dev=0.571
N3 B 0, 0.377, 0.989, 1.602, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.989 std_dev=0.613
C2' B 0, 0.357, 0.985, 1.614, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.985 std_dev=0.629
N9 B 0, 0.369, 1.003, 1.637, 1.703 max_d=1.703 avg_d=1.003 std_dev=0.634
C4 B 0, 0.364, 1.015, 1.665, 1.747 max_d=1.747 avg_d=1.015 std_dev=0.650
O4' B 0, 0.362, 1.012, 1.663, 1.735 max_d=1.735 avg_d=1.012 std_dev=0.651
C2 B 0, 0.402, 1.093, 1.784, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.093 std_dev=0.691
C5' A 0, 0.124, 0.821, 1.519, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.821 std_dev=0.697
O5' A 0, 0.205, 0.934, 1.663, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.934 std_dev=0.729
OP2 B 0, 0.107, 0.837, 1.567, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.837 std_dev=0.730
O5' B 0, 0.285, 1.039, 1.793, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.039 std_dev=0.754
C8 B 0, 0.393, 1.151, 1.909, 2.130 max_d=2.130 avg_d=1.151 std_dev=0.758
P B 0, 0.154, 0.925, 1.695, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.925 std_dev=0.770
C5 B 0, 0.370, 1.150, 1.929, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.150 std_dev=0.779
N1 B 0, 0.374, 1.182, 1.991, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.182 std_dev=0.809
N7 B 0, 0.388, 1.240, 2.093, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.240 std_dev=0.853
C6 B 0, 0.357, 1.217, 2.077, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.217 std_dev=0.860
OP1 B 0, 0.258, 1.118, 1.978, 2.412 max_d=2.412 avg_d=1.118 std_dev=0.860
C3' B 0, 0.509, 1.426, 2.343, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.426 std_dev=0.917
OP3 A 0, 0.000, 0.922, 1.843, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.922 std_dev=0.922
C4' B 0, 0.494, 1.419, 2.345, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.419 std_dev=0.925
N6 B 0, 0.343, 1.363, 2.383, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.363 std_dev=1.020
O3' B 0, 0.550, 1.605, 2.660, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.605 std_dev=1.055
C5' B 0, 0.678, 1.899, 3.120, 3.316 max_d=3.316 avg_d=1.899 std_dev=1.221
P A 0, -0.022, 1.518, 3.059, 4.046 max_d=4.046 avg_d=1.518 std_dev=1.540
OP1 A 0, 0.988, 2.922, 4.856, 5.274 max_d=5.274 avg_d=2.922 std_dev=1.934
OP2 A 0, 0.452, 2.611, 4.769, 5.889 max_d=5.889 avg_d=2.611 std_dev=2.159

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2OP3P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.01 0.24 0.40 0.44 0.22
C2 0.00 0.00 0.22 0.26 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.32 0.07 0.36 0.00 0.50 0.78 0.55 0.49
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.10 0.17 0.26 0.22 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.24 0.08 0.36 0.54 0.54 0.41
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.15 0.00 0.11 0.02 0.15 0.11 0.22 0.30 0.24 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.30 0.14 0.44 0.61 0.48 0.51
C4 0.00 0.00 0.12 0.15 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.16 0.04 0.40 0.01 0.53 0.85 0.53 0.56
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.19 0.27 0.21 0.14
C5 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.02 0.50 0.01 0.72 1.13 0.54 0.78
C5' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.12 0.05 0.12 0.11 0.09 0.08 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.20 0.36 0.07 0.02
C6 0.00 0.00 0.10 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.19 0.03 0.51 0.00 0.76 1.18 0.55 0.80
C8 0.00 0.00 0.10 0.11 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.04 0.53 0.01 0.71 1.12 0.51 0.81
N1 0.00 0.00 0.17 0.22 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.27 0.05 0.44 0.00 0.64 1.00 0.56 0.66
N2 0.01 0.00 0.26 0.30 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.38 0.09 0.31 0.00 0.43 0.66 0.55 0.40
N3 0.00 0.00 0.22 0.24 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.28 0.07 0.31 0.00 0.42 0.66 0.53 0.41
N7 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.57 0.01 0.84 1.32 0.52 0.93
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.38 0.01 0.48 0.78 0.50 0.53
O2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.07 0.06 0.12 0.21 0.16 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.26 0.35 0.46 0.27
O3' 0.01 0.32 0.02 0.00 0.16 0.02 0.13 0.03 0.19 0.12 0.27 0.38 0.28 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.18 0.17 0.51 0.52 0.41 0.51
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.29 0.25 0.05
O5' 0.18 0.36 0.24 0.30 0.40 0.01 0.50 0.01 0.51 0.53 0.44 0.31 0.31 0.57 0.38 0.06 0.18 0.05 0.00 0.56 0.01 0.02 0.00 0.02
O6 0.01 0.00 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.02 0.56 0.00 0.87 1.34 0.54 0.92
OP1 0.24 0.50 0.36 0.44 0.53 0.19 0.72 0.20 0.76 0.71 0.64 0.43 0.42 0.84 0.48 0.26 0.51 0.07 0.01 0.87 0.00 0.01 0.01 0.02
OP2 0.40 0.78 0.54 0.61 0.85 0.27 1.13 0.36 1.18 1.12 1.00 0.66 0.66 1.32 0.78 0.35 0.52 0.29 0.02 1.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP3 0.44 0.55 0.54 0.48 0.53 0.21 0.54 0.07 0.55 0.51 0.56 0.55 0.53 0.52 0.50 0.46 0.41 0.25 0.00 0.54 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.49 0.41 0.51 0.56 0.14 0.78 0.02 0.80 0.81 0.66 0.40 0.41 0.93 0.53 0.27 0.51 0.05 0.02 0.92 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.50 0.10 0.10 0.29 0.12 0.41 0.13 0.54 0.26 0.59 0.33 0.63 0.38 0.17 0.12 0.10 0.11 0.15 0.16 0.10 0.11
C2 0.05 0.41 0.06 0.07 0.22 0.08 0.28 0.11 0.35 0.20 0.39 0.34 0.37 0.27 0.10 0.10 0.07 0.09 0.16 0.15 0.12 0.11
C2' 0.24 0.61 0.23 0.22 0.45 0.19 0.54 0.17 0.62 0.43 0.65 0.50 0.68 0.52 0.36 0.24 0.24 0.18 0.30 0.30 0.21 0.22
C3' 0.23 0.52 0.19 0.19 0.41 0.20 0.51 0.21 0.59 0.43 0.58 0.43 0.67 0.53 0.34 0.19 0.19 0.21 0.33 0.33 0.23 0.26
C4 0.11 0.40 0.09 0.11 0.23 0.11 0.38 0.15 0.47 0.30 0.48 0.26 0.55 0.40 0.18 0.10 0.09 0.12 0.12 0.10 0.13 0.07
C4' 0.11 0.41 0.17 0.16 0.25 0.13 0.38 0.13 0.49 0.26 0.50 0.29 0.60 0.38 0.16 0.21 0.18 0.11 0.18 0.19 0.10 0.12
C5 0.17 0.25 0.16 0.18 0.21 0.17 0.41 0.23 0.47 0.40 0.39 0.13 0.58 0.48 0.24 0.15 0.17 0.17 0.10 0.09 0.20 0.10
C5' 0.14 0.36 0.24 0.22 0.23 0.15 0.37 0.15 0.47 0.27 0.45 0.27 0.61 0.39 0.17 0.28 0.26 0.12 0.18 0.18 0.10 0.11
C6 0.21 0.22 0.21 0.23 0.15 0.23 0.36 0.28 0.36 0.43 0.24 0.15 0.47 0.49 0.26 0.19 0.22 0.22 0.11 0.11 0.22 0.13
C8 0.15 0.34 0.14 0.16 0.27 0.14 0.46 0.20 0.56 0.39 0.51 0.19 0.70 0.50 0.24 0.12 0.14 0.15 0.09 0.08 0.19 0.09
N1 0.16 0.32 0.15 0.16 0.11 0.17 0.26 0.21 0.29 0.32 0.30 0.25 0.35 0.35 0.17 0.16 0.16 0.17 0.12 0.09 0.16 0.09
N2 0.11 0.42 0.11 0.10 0.29 0.09 0.27 0.09 0.33 0.13 0.39 0.40 0.32 0.19 0.16 0.10 0.09 0.10 0.24 0.22 0.16 0.18
N3 0.06 0.46 0.07 0.08 0.25 0.09 0.33 0.11 0.42 0.21 0.47 0.35 0.46 0.30 0.13 0.11 0.07 0.10 0.17 0.17 0.11 0.12
N7 0.20 0.22 0.19 0.21 0.26 0.19 0.46 0.25 0.53 0.44 0.41 0.13 0.69 0.54 0.28 0.15 0.20 0.19 0.10 0.10 0.24 0.13
N9 0.11 0.43 0.10 0.11 0.26 0.11 0.42 0.14 0.53 0.32 0.54 0.27 0.63 0.43 0.19 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.13 0.07
O2' 0.23 0.66 0.25 0.23 0.46 0.18 0.52 0.14 0.63 0.38 0.69 0.54 0.67 0.47 0.34 0.27 0.27 0.13 0.27 0.27 0.19 0.19
O3' 0.32 0.56 0.28 0.29 0.47 0.32 0.55 0.32 0.62 0.48 0.61 0.48 0.69 0.57 0.41 0.29 0.31 0.31 0.42 0.43 0.30 0.35
O4' 0.21 0.37 0.27 0.27 0.20 0.26 0.32 0.25 0.45 0.20 0.47 0.24 0.57 0.31 0.14 0.30 0.29 0.23 0.19 0.20 0.14 0.16
O5' 0.44 0.47 0.45 0.45 0.39 0.43 0.36 0.46 0.40 0.34 0.44 0.47 0.44 0.33 0.38 0.40 0.43 0.44 0.40 0.40 0.34 0.39
O6 0.27 0.26 0.28 0.31 0.21 0.30 0.40 0.37 0.31 0.52 0.10 0.21 0.47 0.58 0.33 0.24 0.30 0.28 0.16 0.19 0.30 0.21
OP1 0.65 0.84 0.62 0.66 0.75 0.62 0.82 0.71 0.91 0.73 0.91 0.76 0.99 0.81 0.70 0.48 0.59 0.64 0.55 0.56 0.58 0.57
OP2 0.59 0.79 0.43 0.46 0.73 0.54 0.83 0.66 0.91 0.74 0.89 0.71 1.02 0.83 0.68 0.28 0.34 0.66 0.68 0.69 0.70 0.72
OP3 0.29 0.01 0.28 0.27 0.08 0.40 0.06 0.30 0.17 0.06 0.14 0.13 0.29 0.06 0.15 0.47 0.31 0.38 0.66 0.66 0.60 0.65
P 0.47 0.64 0.41 0.43 0.53 0.45 0.58 0.52 0.68 0.48 0.71 0.57 0.76 0.54 0.48 0.33 0.37 0.50 0.48 0.49 0.46 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.20 0.17 0.15
C2 0.02 0.00 0.13 0.13 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.17 0.03 0.23 0.26 0.35 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.14 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.16 0.18 0.13
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.17 0.11 0.12 0.13 0.17 0.08 0.01 0.00 0.00 0.12 0.16 0.14 0.11
C4 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.02 0.25 0.26 0.30 0.26
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.06 0.05 0.10 0.12 0.06 0.07 0.00 0.00 0.01 0.13 0.11 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.29 0.32 0.35 0.31
C5' 0.03 0.11 0.01 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.18 0.20 0.15 0.09 0.21 0.22 0.11 0.06 0.03 0.01 0.01 0.19 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.01 0.28 0.32 0.38 0.32
C8 0.01 0.00 0.07 0.17 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.03 0.36 0.35 0.29 0.31
N1 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.13 0.02 0.25 0.29 0.38 0.30
N3 0.02 0.00 0.14 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.16 0.03 0.22 0.23 0.31 0.24
N6 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.01 0.30 0.36 0.41 0.35
N7 0.00 0.00 0.05 0.17 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.02 0.36 0.38 0.37 0.35
N9 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.26 0.26 0.24 0.23
O2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.07 0.08 0.06 0.11 0.04 0.17 0.20 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.05 0.07 0.12 0.05
O3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.03 0.12 0.19 0.13 0.16 0.15 0.19 0.07 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.15 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.17 0.19 0.10 0.11
O5' 0.18 0.23 0.12 0.12 0.25 0.01 0.29 0.01 0.28 0.36 0.25 0.22 0.30 0.36 0.26 0.05 0.18 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.26 0.16 0.16 0.26 0.13 0.32 0.19 0.32 0.35 0.29 0.23 0.36 0.38 0.26 0.07 0.07 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.35 0.18 0.14 0.30 0.11 0.35 0.18 0.38 0.29 0.38 0.31 0.41 0.37 0.24 0.12 0.15 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.27 0.13 0.11 0.26 0.02 0.31 0.01 0.32 0.31 0.30 0.24 0.35 0.35 0.23 0.05 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00