ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51543

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.011, 0.037, 0.064, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.012, 0.041, 0.071, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.029
C5 A 0, 0.014, 0.048, 0.083, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.048 std_dev=0.034
C4 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.054 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.019, 0.066, 0.112, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.066 std_dev=0.046
O6 A 0, 0.023, 0.077, 0.131, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.077 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.031, 0.107, 0.183, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.107 std_dev=0.076
N7 A 0, 0.032, 0.108, 0.185, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.108 std_dev=0.077
C8 A 0, 0.036, 0.124, 0.212, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.124 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.039, 0.134, 0.229, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.134 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.042, 0.143, 0.245, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.143 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.050, 0.171, 0.292, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.171 std_dev=0.121
OP2 B 0, 0.057, 0.193, 0.330, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.193 std_dev=0.136
C4' A 0, 0.074, 0.252, 0.431, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.252 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.126, 0.431, 0.736, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.431 std_dev=0.305
OP1 B 0, 0.128, 0.436, 0.744, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.436 std_dev=0.308
C2' B 0, 0.145, 0.497, 0.848, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.497 std_dev=0.351
P B 0, 0.149, 0.510, 0.871, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.510 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.152, 0.519, 0.886, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.519 std_dev=0.367
C5' A 0, 0.157, 0.535, 0.913, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.535 std_dev=0.378
C5' B 0, 0.161, 0.549, 0.937, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.549 std_dev=0.388
N9 B 0, 0.161, 0.550, 0.938, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.550 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.170, 0.580, 0.991, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.580 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.176, 0.601, 1.026, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.601 std_dev=0.425
N3 B 0, 0.178, 0.610, 1.041, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.610 std_dev=0.431
O5' A 0, 0.180, 0.615, 1.050, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.615 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.208, 0.711, 1.213, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.711 std_dev=0.503
O2' B 0, 0.212, 0.722, 1.233, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.722 std_dev=0.511
O4' B 0, 0.230, 0.784, 1.339, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.784 std_dev=0.555
O5' B 0, 0.272, 0.930, 1.588, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.930 std_dev=0.658
C8 B 0, 0.279, 0.953, 1.628, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.953 std_dev=0.674
P A 0, 0.295, 1.006, 1.717, 1.512 max_d=1.512 avg_d=1.006 std_dev=0.711
C5 B 0, 0.296, 1.012, 1.727, 1.526 max_d=1.526 avg_d=1.012 std_dev=0.715
C2 B 0, 0.302, 1.030, 1.758, 1.554 max_d=1.554 avg_d=1.030 std_dev=0.728
O3' B 0, 0.336, 1.148, 1.960, 1.735 max_d=1.735 avg_d=1.148 std_dev=0.812
N7 B 0, 0.343, 1.172, 2.001, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.172 std_dev=0.829
OP2 A 0, 0.359, 1.224, 2.090, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.224 std_dev=0.866
OP1 A 0, 0.363, 1.241, 2.118, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.241 std_dev=0.877
C6 B 0, 0.387, 1.322, 2.256, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.322 std_dev=0.935
N1 B 0, 0.389, 1.328, 2.267, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.328 std_dev=0.939
N6 B 0, 0.502, 1.714, 2.927, 2.583 max_d=2.583 avg_d=1.714 std_dev=1.212

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.14 0.13
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.10 0.00 0.20 0.32 0.25
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.11 0.01 0.21 0.30 0.25
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.16 0.00 0.28 0.38 0.31
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.06 0.01 0.01 0.13 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.00 0.16 0.00 0.31 0.42 0.34
C8 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.16 0.00 0.26 0.31 0.28
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.14 0.00 0.27 0.38 0.30
N2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.07 0.01 0.17 0.30 0.23
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.16 0.27 0.22
N7 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.19 0.00 0.32 0.40 0.34
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.11 0.01 0.18 0.24 0.22
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.04 0.07 0.03 0.10 0.02 0.10 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.11 0.01 0.05 0.07
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.10
O5' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.16 0.16 0.14 0.07 0.08 0.19 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.02 0.01 0.19 0.00 0.36 0.46 0.37
OP1 0.08 0.20 0.00 0.05 0.21 0.01 0.28 0.01 0.31 0.26 0.27 0.17 0.16 0.32 0.18 0.01 0.12 0.08 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.32 0.04 0.01 0.30 0.02 0.38 0.00 0.42 0.31 0.38 0.30 0.27 0.40 0.24 0.05 0.06 0.09 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.25 0.05 0.01 0.25 0.03 0.31 0.00 0.34 0.28 0.30 0.23 0.22 0.34 0.22 0.07 0.05 0.10 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.30 0.19 0.16 0.02 0.27 0.08 0.19 0.10 0.32 0.30 0.15 0.08 0.28 0.19 0.28 0.24 0.27 0.05 0.02 0.03 0.02
C2 0.20 0.31 0.18 0.16 0.11 0.26 0.16 0.17 0.30 0.16 0.36 0.19 0.31 0.01 0.10 0.24 0.23 0.28 0.02 0.03 0.01 0.05
C2' 0.20 0.29 0.19 0.18 0.00 0.27 0.06 0.20 0.10 0.29 0.28 0.16 0.07 0.25 0.17 0.26 0.27 0.25 0.11 0.04 0.05 0.06
C3' 0.19 0.28 0.17 0.14 0.01 0.24 0.06 0.16 0.09 0.28 0.27 0.15 0.07 0.24 0.16 0.26 0.23 0.24 0.05 0.02 0.02 0.01
C4 0.22 0.34 0.19 0.15 0.06 0.27 0.07 0.19 0.28 0.26 0.40 0.19 0.32 0.15 0.15 0.25 0.21 0.30 0.00 0.00 0.02 0.00
C4' 0.23 0.22 0.21 0.17 0.07 0.28 0.14 0.19 0.01 0.35 0.20 0.09 0.04 0.33 0.22 0.31 0.25 0.28 0.04 0.00 0.01 0.02
C5 0.21 0.37 0.18 0.13 0.11 0.26 0.17 0.20 0.38 0.20 0.46 0.21 0.46 0.03 0.11 0.23 0.18 0.32 0.03 0.03 0.04 0.02
C5' 0.21 0.21 0.18 0.12 0.06 0.24 0.12 0.14 0.02 0.32 0.20 0.10 0.02 0.30 0.20 0.30 0.19 0.27 0.03 0.05 0.05 0.04
C6 0.19 0.37 0.16 0.12 0.17 0.25 0.28 0.20 0.45 0.09 0.47 0.23 0.54 0.13 0.05 0.19 0.16 0.32 0.05 0.04 0.05 0.02
C8 0.22 0.35 0.19 0.14 0.04 0.27 0.05 0.20 0.27 0.28 0.41 0.19 0.33 0.17 0.16 0.26 0.19 0.31 0.01 0.03 0.03 0.03
N1 0.19 0.34 0.16 0.14 0.17 0.26 0.28 0.19 0.41 0.06 0.42 0.21 0.47 0.15 0.03 0.20 0.19 0.31 0.05 0.00 0.03 0.02
N2 0.19 0.23 0.18 0.17 0.09 0.25 0.12 0.14 0.21 0.10 0.25 0.15 0.21 0.01 0.08 0.24 0.26 0.24 0.01 0.07 0.03 0.10
N3 0.21 0.31 0.19 0.16 0.04 0.26 0.04 0.17 0.22 0.25 0.34 0.18 0.22 0.16 0.15 0.26 0.24 0.27 0.01 0.03 0.00 0.03
N7 0.22 0.37 0.18 0.13 0.09 0.26 0.14 0.20 0.36 0.22 0.45 0.20 0.45 0.07 0.12 0.24 0.17 0.33 0.03 0.05 0.04 0.04
N9 0.22 0.33 0.19 0.15 0.02 0.27 0.01 0.19 0.22 0.30 0.38 0.18 0.24 0.22 0.17 0.27 0.22 0.30 0.01 0.02 0.03 0.02
O2' 0.25 0.23 0.24 0.25 0.07 0.35 0.13 0.28 0.01 0.33 0.20 0.10 0.03 0.30 0.22 0.33 0.37 0.30 0.23 0.13 0.13 0.15
O3' 0.20 0.23 0.19 0.16 0.03 0.26 0.08 0.17 0.05 0.28 0.21 0.12 0.02 0.25 0.17 0.28 0.27 0.24 0.09 0.00 0.01 0.03
O4' 0.22 0.27 0.20 0.16 0.05 0.27 0.13 0.19 0.05 0.36 0.27 0.13 0.01 0.34 0.21 0.30 0.22 0.29 0.02 0.02 0.03 0.02
O5' 0.14 0.31 0.10 0.03 0.04 0.15 0.00 0.06 0.16 0.23 0.32 0.19 0.15 0.19 0.11 0.20 0.08 0.20 0.13 0.13 0.13 0.12
O6 0.17 0.38 0.13 0.09 0.20 0.24 0.34 0.20 0.50 0.00 0.50 0.24 0.62 0.24 0.00 0.16 0.12 0.31 0.07 0.08 0.08 0.05
OP1 0.01 0.42 0.06 0.14 0.17 0.02 0.14 0.08 0.29 0.07 0.43 0.30 0.29 0.02 0.04 0.06 0.09 0.08 0.28 0.24 0.24 0.23
OP2 0.13 0.57 0.19 0.28 0.34 0.12 0.33 0.21 0.49 0.09 0.61 0.45 0.53 0.16 0.19 0.09 0.25 0.05 0.43 0.36 0.36 0.35
P 0.05 0.48 0.10 0.17 0.23 0.03 0.20 0.12 0.36 0.03 0.51 0.36 0.37 0.02 0.08 0.01 0.14 0.03 0.33 0.28 0.28 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.06 0.09 0.09
C2 0.01 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.12 0.05 0.30 0.29 0.28 0.34
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.05 0.10 0.03 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.03 0.10 0.07
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.13 0.27 0.05 0.04 0.18 0.26 0.12 0.02 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.01 0.03 0.36 0.28 0.21 0.33
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.15 0.02 0.03 0.09 0.14 0.06 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.13 0.01 0.48 0.38 0.32 0.42
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.20 0.24 0.15 0.06 0.24 0.26 0.13 0.07 0.06 0.00 0.00 0.01 0.16 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.08 0.02 0.47 0.41 0.39 0.45
C8 0.01 0.00 0.11 0.27 0.00 0.15 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.01 0.51 0.33 0.16 0.35
N1 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.03 0.04 0.39 0.37 0.37 0.42
N3 0.01 0.00 0.10 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.13 0.05 0.26 0.23 0.19 0.28
N6 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.15 0.02 0.53 0.48 0.46 0.50
N7 0.00 0.00 0.09 0.26 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.26 0.01 0.56 0.41 0.30 0.44
N9 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.01 0.35 0.22 0.09 0.26
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.21 0.08 0.16 0.07 0.21 0.00 0.29 0.32 0.19 0.06 0.08 0.00 0.06 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09
O3' 0.01 0.12 0.04 0.00 0.01 0.03 0.13 0.06 0.08 0.27 0.03 0.13 0.15 0.26 0.10 0.06 0.00 0.02 0.06 0.07 0.17 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.03 0.18 0.04
O5' 0.14 0.30 0.13 0.10 0.36 0.02 0.48 0.00 0.47 0.51 0.39 0.26 0.53 0.56 0.35 0.09 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.29 0.03 0.01 0.28 0.01 0.38 0.01 0.41 0.33 0.37 0.23 0.48 0.41 0.22 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.28 0.10 0.10 0.21 0.18 0.32 0.16 0.39 0.16 0.37 0.19 0.46 0.30 0.09 0.09 0.17 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.34 0.07 0.04 0.33 0.01 0.42 0.01 0.45 0.35 0.42 0.28 0.50 0.44 0.26 0.09 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00