ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O5' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O3' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
OP1 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
P A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O3' B 0, 0.000, 0.163, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O5' B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
P B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
OP2 A 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C5' B 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
OP1 B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
N7 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C8 B 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O4' B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
N9 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
N6 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C6 B 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C4 B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O2' B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
N3 B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
N1 B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C2 B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.05
OP1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.11 0.10 0.07 0.11 0.04 0.11 0.00 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.07 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05 0.03
C2 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.11 0.08 0.07
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04
C3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05
C4' 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01
C5 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.09 0.08 0.06
C5' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01
C6 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.04 0.10 0.09 0.08
C8 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05
N1 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.11 0.09 0.08
N2 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.08 0.08
N3 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05
N7 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.03 0.02 0.08 0.07 0.06
N9 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.05
O3' 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.05 0.08 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02
O4' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02
O5' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01
O6 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.07 0.08 0.04 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.09 0.08 0.05 0.11 0.10 0.08
OP1 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00
OP2 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.03 0.03 0.05
P 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03
O5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00