ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51545

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
O4' A 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C2' A 0, 0.000, 0.259, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O2' A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O2' B 0, 0.000, 0.306, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C4' A 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C6 B 0, 0.000, 0.376, 0.752, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C3' A 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C2' B 0, 0.000, 0.452, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.452 std_dev=0.452
OP1 B 0, 0.000, 0.471, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.471 std_dev=0.471
C4' B 0, 0.000, 0.477, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.000, 0.484, 0.968, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.484 std_dev=0.484
N3 B 0, 0.000, 0.557, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C3' B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
C5 B 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C5' B 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C5' A 0, 0.000, 0.604, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.604 std_dev=0.604
O4' B 0, 0.000, 0.608, 1.216, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.608 std_dev=0.608
O3' B 0, 0.000, 0.616, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.616 std_dev=0.616
O3' A 0, 0.000, 0.616, 1.232, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.616 std_dev=0.616
N1 B 0, 0.000, 0.620, 1.239, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.620 std_dev=0.620
N6 B 0, 0.000, 0.623, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.623 std_dev=0.623
N9 B 0, 0.000, 0.625, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.625 std_dev=0.625
P B 0, 0.000, 0.700, 1.400, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.700 std_dev=0.700
OP2 B 0, 0.000, 0.840, 1.680, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.840 std_dev=0.840
O5' B 0, 0.000, 0.850, 1.700, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.850 std_dev=0.850
C2 B 0, 0.000, 0.856, 1.713, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.856 std_dev=0.856
O5' A 0, 0.000, 0.987, 1.975, 1.975 max_d=1.975 avg_d=0.987 std_dev=0.987
N7 B 0, 0.000, 1.217, 2.434, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.217 std_dev=1.217
C8 B 0, 0.000, 1.236, 2.471, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.236 std_dev=1.236
P A 0, 0.000, 1.485, 2.970, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.485 std_dev=1.485
OP2 A 0, 0.000, 1.533, 3.066, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.533 std_dev=1.533
OP1 A 0, 0.000, 1.851, 3.702, 3.702 max_d=3.702 avg_d=1.851 std_dev=1.851

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.13 0.00 0.11 0.00 0.16 0.19 0.11
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.09 0.15 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.09 0.10 0.06
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.09 0.16 0.11 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.13 0.09 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.14 0.07
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.08 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.14 0.17 0.11
C5' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.00 0.18 0.21 0.14
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.05 0.02 0.01 0.05 0.09 0.06
N1 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.01 0.11 0.00 0.19 0.21 0.13
N2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.19 0.00 0.11 0.00 0.17 0.19 0.10
N3 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.01 0.08 0.00 0.12 0.15 0.07
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.04 0.06 0.01 0.11 0.15 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.03
O2' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.13 0.10 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01
O3' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.16 0.07 0.19 0.12 0.14 0.05 0.05 0.00 0.00 0.08 0.04 0.16 0.07 0.10
O4' 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.10 0.05 0.09
O5' 0.01 0.11 0.06 0.08 0.07 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.11 0.08 0.06 0.03 0.02 0.08 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.11 0.00 0.20 0.24 0.16
OP1 0.01 0.16 0.09 0.13 0.11 0.02 0.14 0.05 0.18 0.05 0.19 0.17 0.12 0.11 0.05 0.03 0.16 0.10 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.19 0.10 0.09 0.14 0.01 0.17 0.01 0.21 0.09 0.21 0.19 0.15 0.15 0.08 0.06 0.07 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.11 0.06 0.09 0.07 0.00 0.11 0.00 0.14 0.06 0.13 0.10 0.07 0.11 0.03 0.01 0.10 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.25 0.03 0.04 0.10 0.00 0.14 0.04 0.22 0.04 0.29 0.14 0.24 0.09 0.03 0.07 0.03 0.03 0.13 0.02 0.11 0.07
C2 0.01 0.14 0.00 0.01 0.11 0.02 0.15 0.00 0.17 0.09 0.17 0.09 0.19 0.13 0.07 0.07 0.11 0.03 0.07 0.02 0.14 0.10
C2' 0.20 0.25 0.16 0.14 0.29 0.20 0.38 0.16 0.42 0.34 0.36 0.21 0.46 0.40 0.28 0.22 0.16 0.21 0.10 0.23 0.35 0.29
C3' 0.25 0.25 0.24 0.23 0.34 0.25 0.46 0.21 0.49 0.44 0.39 0.22 0.58 0.51 0.34 0.28 0.25 0.25 0.16 0.28 0.41 0.34
C4 0.00 0.19 0.02 0.02 0.12 0.02 0.17 0.01 0.22 0.10 0.24 0.11 0.25 0.15 0.07 0.10 0.11 0.03 0.08 0.03 0.14 0.09
C4' 0.08 0.25 0.09 0.07 0.19 0.09 0.27 0.04 0.34 0.18 0.34 0.18 0.39 0.25 0.15 0.17 0.13 0.07 0.04 0.10 0.20 0.15
C5 0.01 0.15 0.05 0.06 0.12 0.03 0.18 0.01 0.22 0.12 0.21 0.09 0.26 0.17 0.08 0.12 0.16 0.03 0.06 0.02 0.15 0.10
C5' 0.09 0.26 0.13 0.12 0.21 0.10 0.28 0.05 0.35 0.20 0.35 0.18 0.42 0.27 0.16 0.21 0.19 0.06 0.03 0.10 0.20 0.14
C6 0.01 0.11 0.06 0.08 0.11 0.04 0.17 0.02 0.20 0.13 0.17 0.07 0.24 0.18 0.09 0.12 0.20 0.04 0.04 0.02 0.15 0.10
C8 0.00 0.18 0.03 0.03 0.12 0.02 0.18 0.01 0.24 0.10 0.25 0.11 0.28 0.16 0.07 0.10 0.12 0.03 0.09 0.02 0.13 0.08
N1 0.01 0.10 0.05 0.06 0.11 0.03 0.16 0.02 0.18 0.12 0.15 0.06 0.21 0.16 0.08 0.11 0.18 0.04 0.04 0.02 0.15 0.11
N2 0.02 0.11 0.04 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.13 0.06 0.13 0.08 0.14 0.10 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.02 0.14 0.10
N3 0.01 0.20 0.01 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.20 0.08 0.23 0.13 0.22 0.13 0.06 0.07 0.07 0.03 0.09 0.03 0.14 0.09
N7 0.00 0.16 0.05 0.06 0.12 0.03 0.19 0.00 0.23 0.12 0.22 0.09 0.28 0.18 0.08 0.12 0.17 0.04 0.07 0.02 0.14 0.09
N9 0.01 0.21 0.01 0.00 0.12 0.01 0.17 0.02 0.23 0.08 0.27 0.13 0.26 0.14 0.06 0.09 0.09 0.03 0.10 0.03 0.13 0.08
O2' 0.17 0.26 0.09 0.07 0.25 0.16 0.32 0.13 0.38 0.27 0.37 0.21 0.41 0.32 0.23 0.16 0.08 0.20 0.06 0.23 0.32 0.27
O3' 0.36 0.24 0.32 0.32 0.45 0.36 0.62 0.33 0.63 0.63 0.44 0.26 0.77 0.72 0.48 0.33 0.30 0.38 0.31 0.43 0.58 0.50
O4' 0.07 0.26 0.04 0.06 0.08 0.05 0.11 0.10 0.21 0.02 0.30 0.13 0.24 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.19 0.03 0.05 0.00
O5' 0.12 0.29 0.21 0.20 0.25 0.13 0.34 0.08 0.40 0.26 0.38 0.21 0.47 0.33 0.20 0.28 0.30 0.07 0.01 0.11 0.23 0.16
O6 0.02 0.09 0.08 0.11 0.11 0.04 0.18 0.04 0.19 0.14 0.15 0.05 0.24 0.19 0.09 0.13 0.24 0.04 0.02 0.01 0.15 0.10
OP1 0.19 0.31 0.33 0.33 0.31 0.21 0.41 0.15 0.46 0.35 0.42 0.26 0.55 0.42 0.28 0.40 0.45 0.12 0.08 0.16 0.28 0.20
OP2 0.20 0.34 0.35 0.35 0.32 0.23 0.41 0.17 0.46 0.35 0.43 0.28 0.54 0.42 0.29 0.41 0.49 0.12 0.10 0.16 0.29 0.22
P 0.09 0.28 0.23 0.22 0.23 0.11 0.31 0.05 0.38 0.22 0.37 0.20 0.46 0.30 0.18 0.30 0.34 0.02 0.03 0.05 0.17 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.27 0.29 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.32 0.09 0.16 0.03 0.11 0.10
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.00 0.06 0.03 0.12 0.12 0.20 0.27 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.09 0.07 0.03
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.19 0.00 0.16 0.03 0.20 0.01 0.26 0.27 0.17 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.00 0.03
C4 0.01 0.00 0.14 0.19 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.18 0.05 0.19 0.04 0.06 0.02
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.08 0.05
C5 0.00 0.00 0.06 0.16 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.16 0.02 0.25 0.13 0.04 0.08
C5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.15 0.20 0.11 0.06 0.17 0.21 0.12 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.12 0.20 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.04 0.24 0.10 0.03 0.05
C8 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.02 0.07 0.27 0.21 0.09 0.18
N1 0.01 0.00 0.20 0.26 0.00 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.29 0.07 0.20 0.02 0.05 0.04
N3 0.02 0.00 0.27 0.27 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.27 0.09 0.14 0.04 0.13 0.12
N6 0.01 0.00 0.07 0.17 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.21 0.03 0.27 0.15 0.09 0.11
N7 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.06 0.04 0.30 0.23 0.14 0.20
N9 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.18 0.08 0.05 0.02
O2' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.12 0.07 0.14 0.04 0.11 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.11 0.07 0.02
O3' 0.04 0.32 0.02 0.00 0.18 0.03 0.16 0.00 0.23 0.02 0.29 0.27 0.21 0.06 0.05 0.06 0.00 0.03 0.04 0.22 0.09 0.08
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.09 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.21 0.15
O5' 0.07 0.16 0.05 0.04 0.19 0.01 0.25 0.01 0.24 0.27 0.20 0.14 0.27 0.30 0.18 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.01 0.03 0.09 0.15 0.04 0.06 0.13 0.08 0.10 0.21 0.02 0.04 0.15 0.23 0.08 0.11 0.22 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.11 0.07 0.00 0.06 0.08 0.04 0.00 0.03 0.09 0.05 0.13 0.09 0.14 0.05 0.07 0.09 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.05 0.18 0.04 0.12 0.11 0.20 0.02 0.02 0.08 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00