ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51546

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O3' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O3' B 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O5' B 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C5' B 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
OP1 A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C4' B 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C3' B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
P A 0, 0.000, 0.094, 0.187, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.094 std_dev=0.094
OP2 A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O4' B 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
P B 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C8 B 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
OP1 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
N9 B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C1' B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
N7 B 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C2' B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
N3 B 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
N1 B 0, 0.000, 0.230, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.230
N6 B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O2' B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03
C2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03
C6 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C8 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04
N1 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
N2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
N3 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
N7 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04
N9 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03
O5' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03
OP1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.10 0.06 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.04 0.09 0.09 0.07 0.03 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.15 0.04
C2 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.19 0.08
C2' 0.03 0.10 0.07 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.10 0.10 0.07 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.08 0.14 0.04
C3' 0.03 0.09 0.06 0.03 0.06 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.09 0.14 0.05
C4 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.17 0.06
C4' 0.03 0.09 0.06 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.14 0.04
C5 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.19 0.07
C5' 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.16 0.04
C6 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.19 0.07
C8 0.01 0.09 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.16 0.05
N1 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.01 0.08 0.21 0.09
N2 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.18 0.07
N3 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.18 0.07
N7 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.18 0.07
N9 0.02 0.09 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.16 0.05
O2' 0.06 0.13 0.10 0.05 0.09 0.01 0.09 0.02 0.10 0.06 0.12 0.12 0.10 0.06 0.07 0.10 0.03 0.00 0.00 0.09 0.12 0.04
O3' 0.04 0.10 0.07 0.03 0.06 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.09 0.09 0.07 0.03 0.04 0.08 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.06
O4' 0.03 0.09 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.15 0.04
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.18 0.07
O6 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.02 0.04 0.18 0.05
OP1 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.09 0.20 0.08
OP2 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.03 0.10 0.21 0.09
P 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.10 0.20 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.05
C4 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01
C5 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02
C8 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.00 0.03
N3 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.01
N6 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.05 0.05
N7 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N9 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.17 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.08 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.03 0.14 0.15 0.05 0.07 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.13 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00