ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51552

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 5, 2, 0, 4, 1, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C2' B 0, 0.255, 0.512, 0.768, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.512 std_dev=0.257
O4' A 0, -0.107, 0.236, 0.580, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.236 std_dev=0.343
C2' A 0, -0.105, 0.245, 0.594, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.245 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.226, 0.606, 0.985, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.606 std_dev=0.380
C4' A 0, -0.059, 0.338, 0.734, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.338 std_dev=0.397
O2' A 0, -0.200, 0.367, 0.933, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.367 std_dev=0.567
C3' A 0, -0.162, 0.404, 0.971, 2.638 max_d=2.638 avg_d=0.404 std_dev=0.567
C1' B 0, 0.067, 0.732, 1.397, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.732 std_dev=0.665
O3' A 0, -0.233, 0.604, 1.440, 3.884 max_d=3.884 avg_d=0.604 std_dev=0.836
C5' A 0, -0.251, 0.611, 1.472, 3.973 max_d=3.973 avg_d=0.611 std_dev=0.862
C3' B 0, 0.180, 1.079, 1.977, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.079 std_dev=0.899
O4' B 0, 0.032, 0.985, 1.938, 2.992 max_d=2.992 avg_d=0.985 std_dev=0.953
N1 B 0, -0.161, 0.852, 1.865, 3.561 max_d=3.561 avg_d=0.852 std_dev=1.013
C6 B 0, -0.153, 0.897, 1.948, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.897 std_dev=1.050
O3' B 0, 0.013, 1.155, 2.297, 3.649 max_d=3.649 avg_d=1.155 std_dev=1.142
O5' B 0, 0.031, 1.190, 2.348, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.190 std_dev=1.158
C4' B 0, -0.001, 1.177, 2.355, 3.770 max_d=3.770 avg_d=1.177 std_dev=1.178
O5' A 0, -0.512, 0.804, 2.121, 5.325 max_d=5.325 avg_d=0.804 std_dev=1.317
C5' B 0, -0.122, 1.341, 2.805, 4.511 max_d=4.511 avg_d=1.341 std_dev=1.463
C5 B 0, -0.378, 1.183, 2.744, 4.675 max_d=4.675 avg_d=1.183 std_dev=1.561
P B 0, -0.177, 1.504, 3.184, 5.372 max_d=5.372 avg_d=1.504 std_dev=1.680
C2 B 0, -0.558, 1.127, 2.812, 6.088 max_d=6.088 avg_d=1.127 std_dev=1.685
OP2 B 0, -0.163, 1.644, 3.451, 6.000 max_d=6.000 avg_d=1.644 std_dev=1.807
OP2 A 0, -0.655, 1.159, 2.973, 7.380 max_d=7.380 avg_d=1.159 std_dev=1.814
O2 B 0, -0.633, 1.261, 3.154, 6.936 max_d=6.936 avg_d=1.261 std_dev=1.893
P A 0, -0.778, 1.125, 3.027, 7.639 max_d=7.639 avg_d=1.125 std_dev=1.903
C4 B 0, -0.699, 1.407, 3.513, 7.131 max_d=7.131 avg_d=1.407 std_dev=2.106
N3 B 0, -0.790, 1.401, 3.593, 7.760 max_d=7.760 avg_d=1.401 std_dev=2.192
OP1 B 0, -0.399, 1.855, 4.110, 7.271 max_d=7.271 avg_d=1.855 std_dev=2.254
OP1 A 0, -0.897, 1.428, 3.752, 8.942 max_d=8.942 avg_d=1.428 std_dev=2.325
N4 B 0, -0.936, 1.747, 4.430, 9.016 max_d=9.016 avg_d=1.747 std_dev=2.683

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.08 0.01 0.14 0.42 0.20
C2 0.02 0.00 0.21 0.19 0.00 0.13 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.27 0.09 0.46 0.01 0.85 0.63 0.61
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.08 0.09 0.10 0.16 0.25 0.21 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.26 0.07 0.38 0.27 0.21
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.27 0.15 0.27 0.18 0.25 0.12 0.01 0.01 0.02 0.26 0.17 0.38 0.18 0.16
C4 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.14 0.05 0.22 0.01 0.40 0.47 0.30
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.16 0.08 0.18 0.12 0.13 0.05 0.15 0.03 0.00 0.01 0.06 0.17 0.31 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.03 0.21 0.01 0.27 0.46 0.24
C5' 0.03 0.28 0.08 0.01 0.12 0.00 0.10 0.00 0.13 0.25 0.21 0.37 0.26 0.21 0.08 0.08 0.12 0.01 0.01 0.12 0.22 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.15 0.05 0.24 0.00 0.44 0.44 0.29
C8 0.01 0.01 0.10 0.27 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.06 0.41 0.02 0.30 0.61 0.44
N1 0.02 0.00 0.16 0.15 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.21 0.08 0.35 0.01 0.71 0.54 0.47
N2 0.03 0.00 0.25 0.27 0.01 0.18 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.34 0.11 0.59 0.02 1.09 0.77 0.79
N3 0.02 0.00 0.21 0.18 0.00 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.26 0.09 0.42 0.01 0.73 0.60 0.54
N7 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.04 0.37 0.02 0.26 0.59 0.40
N9 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.16 0.01 0.13 0.46 0.22
O2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.21 0.15 0.19 0.08 0.24 0.09 0.29 0.35 0.29 0.13 0.10 0.00 0.05 0.10 0.14 0.23 0.33 0.31 0.18
O3' 0.17 0.27 0.03 0.01 0.14 0.03 0.11 0.12 0.15 0.14 0.21 0.34 0.26 0.13 0.08 0.05 0.00 0.10 0.29 0.15 0.61 0.26 0.31
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.11 0.09 0.04 0.01 0.10 0.10 0.00 0.09 0.04 0.13 0.47 0.27
O5' 0.08 0.46 0.26 0.26 0.22 0.01 0.21 0.01 0.24 0.41 0.35 0.59 0.42 0.37 0.16 0.14 0.29 0.09 0.00 0.25 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.15 0.04 0.25 0.00 0.38 0.43 0.26
OP1 0.14 0.85 0.38 0.38 0.40 0.17 0.27 0.22 0.44 0.30 0.71 1.09 0.73 0.26 0.13 0.33 0.61 0.13 0.02 0.38 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.63 0.27 0.18 0.47 0.31 0.46 0.28 0.44 0.61 0.54 0.77 0.60 0.59 0.46 0.31 0.26 0.47 0.01 0.43 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.61 0.21 0.16 0.30 0.08 0.24 0.01 0.29 0.44 0.47 0.79 0.54 0.40 0.22 0.18 0.31 0.27 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 0.70 0.24 0.38 0.62 0.54 0.51 0.41 0.41 0.49 0.73 0.73 0.95 0.18 0.53 0.67 0.39 0.71 1.27 0.86
C2 0.57 0.87 0.24 0.29 0.63 0.38 0.44 0.31 0.39 0.57 0.85 0.66 1.19 0.20 0.35 0.58 0.41 0.75 1.30 0.89
C2' 0.57 0.56 0.24 0.52 0.46 0.73 0.38 0.55 0.29 0.41 0.53 0.58 0.83 0.29 0.78 0.79 0.36 0.63 1.04 0.70
C3' 0.62 0.62 0.25 0.51 0.49 0.76 0.42 0.56 0.33 0.46 0.58 0.60 0.90 0.31 0.79 0.85 0.36 0.69 1.06 0.72
C4 0.60 0.93 0.24 0.31 0.76 0.43 0.57 0.35 0.48 0.61 0.96 0.83 1.24 0.19 0.39 0.64 0.43 0.86 1.40 0.98
C4' 0.55 0.72 0.22 0.39 0.67 0.58 0.54 0.40 0.42 0.50 0.75 0.79 0.95 0.24 0.63 0.71 0.33 0.71 1.19 0.79
C5 0.65 1.14 0.25 0.31 0.97 0.38 0.71 0.39 0.59 0.74 1.21 1.06 1.48 0.20 0.31 0.65 0.51 1.07 1.54 1.12
C5' 0.64 0.90 0.38 0.44 0.85 0.57 0.71 0.38 0.57 0.66 0.95 0.98 1.13 0.41 0.68 0.74 0.39 0.85 1.26 0.87
C6 0.68 1.30 0.27 0.33 1.11 0.35 0.79 0.44 0.66 0.84 1.39 1.19 1.65 0.21 0.27 0.63 0.57 1.18 1.60 1.19
C8 0.63 1.02 0.25 0.31 0.89 0.44 0.67 0.38 0.55 0.68 1.08 1.00 1.33 0.19 0.38 0.68 0.48 1.01 1.50 1.08
N1 0.65 1.19 0.26 0.31 0.92 0.33 0.64 0.38 0.55 0.77 1.21 0.95 1.55 0.21 0.27 0.60 0.50 1.00 1.49 1.07
N2 0.48 0.64 0.22 0.30 0.41 0.38 0.27 0.29 0.25 0.41 0.59 0.43 0.92 0.20 0.38 0.51 0.37 0.57 1.13 0.75
N3 0.54 0.76 0.23 0.32 0.59 0.45 0.44 0.34 0.37 0.50 0.76 0.64 1.05 0.19 0.43 0.61 0.39 0.70 1.27 0.86
N7 0.66 1.17 0.25 0.31 1.03 0.40 0.76 0.41 0.62 0.76 1.26 1.15 1.50 0.20 0.31 0.67 0.54 1.15 1.59 1.17
N9 0.59 0.87 0.24 0.33 0.74 0.47 0.58 0.37 0.47 0.59 0.91 0.84 1.16 0.18 0.43 0.67 0.42 0.85 1.39 0.97
O2' 0.54 0.50 0.35 0.66 0.55 0.80 0.46 0.66 0.33 0.38 0.55 0.70 0.67 0.40 0.92 0.77 0.46 0.60 0.95 0.65
O3' 0.66 0.50 0.32 0.68 0.41 0.96 0.36 0.78 0.29 0.42 0.44 0.57 0.77 0.39 0.97 0.97 0.48 0.73 0.93 0.68
O4' 0.53 0.80 0.26 0.33 0.76 0.45 0.61 0.33 0.48 0.55 0.87 0.89 1.03 0.18 0.46 0.62 0.38 0.77 1.33 0.90
O5' 0.79 1.03 0.58 0.66 0.87 0.73 0.72 0.59 0.64 0.78 1.04 0.95 1.31 0.64 0.91 0.88 0.61 1.05 1.42 1.05
O6 0.71 1.47 0.28 0.39 1.34 0.35 0.96 0.55 0.78 0.94 1.63 1.46 1.82 0.22 0.28 0.63 0.67 1.39 1.72 1.33
OP1 1.37 1.51 1.26 1.34 1.43 1.35 1.31 1.23 1.26 1.35 1.53 1.51 1.72 1.26 1.57 1.43 1.17 1.46 1.67 1.39
OP2 1.04 1.39 0.86 0.81 1.31 0.85 1.13 0.72 1.02 1.11 1.47 1.42 1.64 0.79 0.98 1.05 0.75 1.31 1.53 1.19
P 1.05 1.34 0.90 0.91 1.25 0.92 1.08 0.80 0.99 1.08 1.39 1.35 1.57 0.87 1.10 1.08 0.79 1.24 1.52 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.26 0.01 0.25 0.32 0.37 0.31
C2 0.02 0.00 0.17 0.24 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.33 0.06 0.35 0.49 0.55 0.45
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.04 0.03 0.10 0.14 0.14 0.02 0.13 0.05 0.30 0.00 0.11 0.01 0.47 0.39 0.72 0.58
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.28 0.01 0.26 0.02 0.22 0.17 0.28 0.30 0.25 0.01 0.01 0.02 0.28 0.19 0.48 0.28
C4 0.02 0.01 0.04 0.28 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.32 0.04 0.48 0.74 0.83 0.66
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.06 0.08 0.10 0.10 0.23 0.07 0.01 0.01 0.15 0.32 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.26 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.28 0.07 0.51 0.81 0.83 0.71
C5' 0.06 0.08 0.14 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.16 0.08 0.10 0.15 0.08 0.12 0.16 0.02 0.01 0.20 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.22 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.23 0.09 0.47 0.70 0.65 0.61
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.24 0.02 0.36 0.50 0.50 0.46
N3 0.02 0.00 0.13 0.28 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.35 0.05 0.41 0.61 0.70 0.56
N4 0.02 0.01 0.05 0.30 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.35 0.04 0.51 0.82 0.94 0.73
O2 0.03 0.00 0.30 0.25 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.30 0.41 0.10 0.28 0.37 0.47 0.36
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.23 0.23 0.25 0.12 0.23 0.14 0.22 0.25 0.30 0.00 0.15 0.15 0.27 0.26 0.75 0.47
O3' 0.26 0.33 0.11 0.01 0.32 0.07 0.28 0.16 0.23 0.24 0.35 0.35 0.41 0.15 0.00 0.20 0.25 0.40 0.40 0.23
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.05 0.04 0.10 0.15 0.20 0.00 0.08 0.26 0.20 0.10
O5' 0.25 0.35 0.47 0.28 0.48 0.01 0.51 0.01 0.47 0.36 0.41 0.51 0.28 0.27 0.25 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.49 0.39 0.19 0.74 0.15 0.81 0.20 0.70 0.50 0.61 0.82 0.37 0.26 0.40 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.55 0.72 0.48 0.83 0.32 0.83 0.35 0.65 0.50 0.70 0.94 0.47 0.75 0.40 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.45 0.58 0.28 0.66 0.06 0.71 0.02 0.61 0.46 0.56 0.73 0.36 0.47 0.23 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00