ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51553

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.016, 0.025, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.021, 0.032, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.032 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.025, 0.040, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.040 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.020, 0.039, 0.057, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.035, 0.054, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.054 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.041, 0.063, 0.085, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.063 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.051, 0.078, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.078 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.062, 0.097, 0.131, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.097 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.077, 0.120, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.120 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.093, 0.144, 0.195, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.144 std_dev=0.051
O3' B 0, 0.233, 0.378, 0.523, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.378 std_dev=0.145
OP2 A 0, 0.289, 0.438, 0.587, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.438 std_dev=0.149
P A 0, 0.253, 0.417, 0.580, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.417 std_dev=0.163
O4' A 0, 0.385, 0.551, 0.717, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.551 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.352, 0.521, 0.689, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.521 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.368, 0.541, 0.713, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.541 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.198, 0.380, 0.562, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.380 std_dev=0.182
C3' B 0, 0.193, 0.378, 0.562, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.378 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.470, 0.691, 0.913, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.691 std_dev=0.222
C4' B 0, 0.334, 0.567, 0.801, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.567 std_dev=0.234
C2' A 0, 0.646, 0.909, 1.172, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.909 std_dev=0.263
C6 B 0, 0.127, 0.395, 0.663, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.395 std_dev=0.268
C5' A 0, 0.448, 0.716, 0.984, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.716 std_dev=0.268
O5' B 0, 0.530, 0.811, 1.092, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.811 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.115, 0.397, 0.679, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.397 std_dev=0.282
C2' B 0, -0.024, 0.261, 0.547, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.261 std_dev=0.285
C5' B 0, 0.521, 0.809, 1.097, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.809 std_dev=0.288
O3' A 0, 0.707, 0.996, 1.284, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.996 std_dev=0.289
O2' B 0, 0.086, 0.380, 0.674, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.380 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.297, 0.594, 0.891, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.594 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.083, 0.423, 0.763, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.423 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.613, 0.979, 1.345, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.979 std_dev=0.366
P B 0, 0.614, 0.988, 1.361, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.988 std_dev=0.373
N1 B 0, -0.004, 0.375, 0.753, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.375 std_dev=0.378
OP1 B 0, 0.636, 1.066, 1.496, 1.569 max_d=1.569 avg_d=1.066 std_dev=0.430
C4 B 0, -0.059, 0.414, 0.886, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.414 std_dev=0.473
C2 B 0, -0.007, 0.507, 1.020, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.507 std_dev=0.513
N4 B 0, -0.027, 0.503, 1.033, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.503 std_dev=0.530
O2' A 0, 1.409, 1.960, 2.511, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.960 std_dev=0.551
N3 B 0, -0.027, 0.540, 1.107, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.540 std_dev=0.567
O2 B 0, 0.111, 0.681, 1.251, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.681 std_dev=0.570

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.05 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.12 0.11 0.10
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.09 0.08 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.09 0.05 0.05 0.13 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.14 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.04 0.12 0.00 0.12 0.11 0.11
C8 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.05 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09
N2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.06 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.05 0.05 0.01 0.08 0.07 0.06
N7 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.13 0.01 0.13 0.12 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02 0.08 0.07 0.09 0.12 0.09 0.07 0.04 0.00 0.03 0.02 0.07 0.08 0.14 0.14 0.11
O3' 0.05 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.12 0.09 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03
O5' 0.03 0.07 0.07 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.12 0.11 0.09 0.06 0.05 0.13 0.07 0.07 0.03 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05 0.14 0.00 0.13 0.13 0.13
OP1 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09 0.06 0.11 0.02 0.12 0.12 0.10 0.07 0.08 0.13 0.09 0.14 0.11 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.11 0.06 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.12 0.07 0.14 0.07 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.10 0.06 0.08 0.03 0.11 0.01 0.11 0.11 0.09 0.06 0.06 0.13 0.07 0.11 0.06 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.04 0.09 0.06 0.09 0.07 0.06
C2 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.08 0.10 0.07 0.03 0.05 0.06 0.09 0.06 0.04 0.05 0.10 0.06 0.06 0.08
C2' 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09
C3' 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06
C4 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06
C4' 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06
C5 0.07 0.11 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.08 0.12 0.12 0.14 0.07 0.11 0.09 0.13 0.07 0.08 0.10
C5' 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.13 0.07 0.13 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07
C6 0.10 0.15 0.10 0.14 0.13 0.14 0.11 0.17 0.10 0.11 0.16 0.15 0.19 0.08 0.16 0.12 0.18 0.11 0.12 0.14
C8 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.06 0.06 0.07
N1 0.08 0.12 0.07 0.12 0.10 0.13 0.09 0.17 0.08 0.08 0.12 0.11 0.16 0.05 0.12 0.11 0.17 0.10 0.11 0.13
N2 0.05 0.05 0.06 0.02 0.03 0.05 0.07 0.10 0.07 0.03 0.03 0.04 0.09 0.10 0.04 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07
N3 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.09 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.07 0.08 0.03 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05
N7 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.13 0.14 0.09 0.12 0.09 0.13 0.07 0.08 0.10
N9 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.05
O2' 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.09 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.14 0.11 0.11
O3' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07
O4' 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.13 0.08 0.14 0.10 0.08 0.11 0.07 0.11 0.06 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09
O5' 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.13 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07
O6 0.15 0.21 0.16 0.20 0.19 0.19 0.15 0.21 0.14 0.16 0.22 0.21 0.26 0.13 0.21 0.17 0.23 0.15 0.17 0.19
OP1 0.13 0.11 0.11 0.10 0.13 0.12 0.15 0.11 0.15 0.13 0.11 0.13 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.13 0.12 0.11
OP2 0.12 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.15 0.10 0.15 0.12 0.09 0.12 0.08 0.12 0.09 0.13 0.10 0.11 0.10 0.09
P 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.14 0.09 0.14 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.05 0.05 0.09 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.05 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.13 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.07 0.09 0.12 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.06 0.07 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.06 0.07 0.11 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.10 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.05 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.06 0.06 0.12 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.07 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.10 0.05 0.08 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.04 0.05 0.13 0.02 0.12 0.01 0.10 0.08 0.11 0.14 0.08 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00