ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51557

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.006, 0.042, 0.078, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.021, 0.152, 0.284, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.152 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.034, 0.176, 0.319, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.176 std_dev=0.142
O2' A 0, 0.054, 0.201, 0.348, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.201 std_dev=0.147
N1 B 0, 0.101, 0.347, 0.593, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.347 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.100, 0.357, 0.613, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.357 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.109, 0.374, 0.639, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.374 std_dev=0.265
C3' A 0, 0.111, 0.378, 0.645, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.378 std_dev=0.267
O2' B 0, 0.101, 0.378, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.378 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.112, 0.410, 0.707, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.410 std_dev=0.297
C4' A 0, 0.126, 0.449, 0.772, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.449 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.133, 0.456, 0.780, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.456 std_dev=0.324
O4' B 0, 0.143, 0.488, 0.834, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.488 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.150, 0.513, 0.875, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.513 std_dev=0.363
O2 B 0, 0.144, 0.513, 0.882, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.513 std_dev=0.369
N3 B 0, 0.169, 0.584, 0.998, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.584 std_dev=0.414
C4 B 0, 0.179, 0.610, 1.041, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.610 std_dev=0.431
O3' A 0, 0.169, 0.614, 1.060, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.614 std_dev=0.446
C3' B 0, 0.151, 0.600, 1.049, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.600 std_dev=0.449
C4' B 0, 0.180, 0.652, 1.124, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.652 std_dev=0.472
N4 B 0, 0.229, 0.783, 1.337, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.783 std_dev=0.554
O3' B 0, 0.180, 0.740, 1.300, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.740 std_dev=0.560
O5' A 0, 0.229, 0.795, 1.361, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.795 std_dev=0.566
C5' A 0, 0.188, 0.779, 1.370, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.779 std_dev=0.591
C5' B 0, 0.220, 0.896, 1.571, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.896 std_dev=0.675
O5' B 0, 0.178, 0.935, 1.692, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.935 std_dev=0.757
P B 0, 0.291, 1.257, 2.223, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.257 std_dev=0.966
P A 0, 0.336, 1.357, 2.377, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.357 std_dev=1.021
OP2 B 0, 0.368, 1.390, 2.412, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.390 std_dev=1.022
OP1 B 0, 0.385, 1.530, 2.676, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.530 std_dev=1.145
OP2 A 0, 0.615, 2.207, 3.798, 3.695 max_d=3.695 avg_d=2.207 std_dev=1.592
OP1 A 0, 0.781, 2.698, 4.615, 4.273 max_d=4.273 avg_d=2.698 std_dev=1.917

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.38 0.03 0.10
C2 0.02 0.00 0.16 0.27 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.33 0.02 0.18 0.02 0.35 0.29 0.14
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.02 0.09 0.02 0.11 0.02 0.15 0.19 0.15 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.24 0.10 0.36 0.17 0.21
C3' 0.03 0.27 0.00 0.00 0.22 0.00 0.24 0.01 0.27 0.13 0.29 0.28 0.24 0.19 0.15 0.01 0.00 0.01 0.34 0.28 0.40 0.20 0.29
C4 0.01 0.00 0.10 0.22 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.01 0.19 0.00 0.31 0.28 0.14
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.15 0.14 0.13 0.11 0.09 0.16 0.09 0.11 0.02 0.01 0.01 0.16 0.24 0.36 0.17
C5 0.00 0.01 0.09 0.24 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.01 0.24 0.00 0.25 0.44 0.20
C5' 0.05 0.21 0.02 0.01 0.22 0.01 0.29 0.00 0.30 0.29 0.26 0.18 0.17 0.33 0.19 0.10 0.04 0.01 0.02 0.33 0.13 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.27 0.00 0.15 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.02 0.25 0.00 0.25 0.49 0.22
C8 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.01 0.24 0.01 0.21 0.37 0.19
N1 0.02 0.01 0.15 0.29 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.37 0.02 0.21 0.02 0.30 0.41 0.18
N2 0.04 0.00 0.19 0.28 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.34 0.02 0.15 0.03 0.38 0.25 0.12
N3 0.02 0.00 0.15 0.24 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.26 0.01 0.15 0.01 0.37 0.20 0.11
N7 0.00 0.00 0.04 0.19 0.00 0.16 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.01 0.27 0.01 0.20 0.51 0.24
N9 0.00 0.01 0.04 0.15 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.18 0.01 0.31 0.20 0.12
O2' 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.12 0.01 0.29 0.24 0.10
O3' 0.00 0.33 0.02 0.00 0.25 0.02 0.30 0.04 0.36 0.17 0.37 0.34 0.26 0.26 0.15 0.08 0.00 0.02 0.30 0.38 0.43 0.32 0.28
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.08 0.02 0.44 0.23 0.18
O5' 0.09 0.18 0.24 0.34 0.19 0.01 0.24 0.02 0.25 0.24 0.21 0.15 0.15 0.27 0.18 0.12 0.30 0.08 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.02 0.10 0.28 0.00 0.16 0.00 0.33 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.02 0.27 0.00 0.22 0.59 0.25
OP1 0.38 0.35 0.36 0.40 0.31 0.24 0.25 0.13 0.25 0.21 0.30 0.38 0.37 0.20 0.31 0.29 0.43 0.44 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.29 0.17 0.20 0.28 0.36 0.44 0.35 0.49 0.37 0.41 0.25 0.20 0.51 0.20 0.24 0.32 0.23 0.01 0.59 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.21 0.29 0.14 0.17 0.20 0.02 0.22 0.19 0.18 0.12 0.11 0.24 0.12 0.10 0.28 0.18 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.14 0.19 0.16 0.23 0.13 0.18 0.11 0.10 0.07 0.22 0.30 0.16 0.21 0.18 0.08 0.09 0.08 0.25 0.14
C2 0.11 0.09 0.15 0.12 0.24 0.15 0.22 0.12 0.13 0.03 0.19 0.29 0.14 0.20 0.13 0.13 0.15 0.16 0.29 0.20
C2' 0.22 0.24 0.31 0.27 0.25 0.22 0.19 0.18 0.13 0.17 0.27 0.30 0.29 0.33 0.28 0.17 0.02 0.07 0.15 0.03
C3' 0.28 0.27 0.33 0.31 0.27 0.28 0.22 0.26 0.20 0.23 0.29 0.31 0.29 0.33 0.31 0.25 0.11 0.13 0.12 0.07
C4 0.11 0.10 0.16 0.13 0.23 0.14 0.18 0.10 0.09 0.04 0.20 0.30 0.14 0.20 0.15 0.11 0.12 0.13 0.29 0.18
C4' 0.09 0.10 0.14 0.12 0.18 0.13 0.13 0.12 0.07 0.06 0.17 0.23 0.09 0.13 0.12 0.09 0.06 0.06 0.21 0.10
C5 0.12 0.06 0.15 0.12 0.21 0.14 0.17 0.09 0.07 0.03 0.15 0.30 0.11 0.19 0.13 0.13 0.14 0.16 0.33 0.21
C5' 0.19 0.11 0.19 0.20 0.09 0.24 0.08 0.24 0.11 0.13 0.10 0.12 0.12 0.19 0.18 0.23 0.11 0.14 0.10 0.08
C6 0.13 0.03 0.13 0.10 0.21 0.14 0.17 0.08 0.06 0.04 0.11 0.32 0.11 0.18 0.11 0.15 0.16 0.19 0.35 0.24
C8 0.11 0.09 0.17 0.14 0.20 0.14 0.16 0.10 0.07 0.04 0.17 0.29 0.11 0.19 0.16 0.12 0.12 0.13 0.31 0.19
N1 0.13 0.02 0.13 0.11 0.25 0.14 0.22 0.10 0.11 0.02 0.15 0.32 0.10 0.18 0.11 0.15 0.17 0.19 0.34 0.23
N2 0.10 0.10 0.14 0.13 0.24 0.17 0.24 0.14 0.18 0.08 0.18 0.27 0.14 0.21 0.14 0.13 0.18 0.18 0.28 0.21
N3 0.09 0.13 0.16 0.13 0.24 0.14 0.20 0.12 0.12 0.05 0.21 0.29 0.16 0.21 0.14 0.10 0.13 0.13 0.27 0.18
N7 0.12 0.06 0.15 0.13 0.19 0.14 0.15 0.09 0.05 0.04 0.13 0.28 0.11 0.19 0.14 0.13 0.13 0.16 0.34 0.21
N9 0.11 0.12 0.18 0.15 0.22 0.14 0.17 0.10 0.09 0.05 0.20 0.30 0.14 0.20 0.16 0.10 0.11 0.11 0.28 0.17
O2' 0.06 0.19 0.16 0.10 0.27 0.10 0.22 0.13 0.16 0.12 0.26 0.32 0.21 0.17 0.12 0.05 0.14 0.15 0.25 0.18
O3' 0.30 0.29 0.33 0.31 0.31 0.29 0.27 0.28 0.25 0.26 0.32 0.35 0.30 0.31 0.29 0.27 0.15 0.17 0.14 0.13
O4' 0.02 0.11 0.09 0.07 0.23 0.10 0.20 0.10 0.13 0.08 0.20 0.30 0.06 0.12 0.09 0.08 0.14 0.13 0.31 0.19
O5' 0.11 0.07 0.13 0.10 0.18 0.17 0.22 0.18 0.19 0.12 0.09 0.23 0.10 0.20 0.13 0.18 0.25 0.27 0.43 0.33
O6 0.14 0.06 0.12 0.09 0.18 0.13 0.15 0.07 0.05 0.06 0.06 0.31 0.13 0.17 0.09 0.16 0.17 0.23 0.39 0.27
OP1 0.53 0.44 0.59 0.56 0.24 0.58 0.28 0.53 0.37 0.44 0.31 0.15 0.56 0.73 0.61 0.53 0.45 0.48 0.44 0.44
OP2 0.18 0.34 0.24 0.22 0.62 0.10 0.59 0.17 0.44 0.32 0.51 0.77 0.23 0.19 0.23 0.14 0.40 0.41 0.71 0.53
P 0.12 0.02 0.19 0.15 0.21 0.17 0.22 0.15 0.14 0.06 0.11 0.32 0.13 0.30 0.20 0.16 0.22 0.24 0.44 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.13 0.09
C2 0.04 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.02 0.14 0.14 0.24 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.12 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.04
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.10 0.10 0.13 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.18 0.22 0.32 0.25
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.18 0.23 0.31 0.25
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.16 0.18 0.23 0.20
N1 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.12 0.13 0.20 0.15
N3 0.03 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.16 0.19 0.29 0.22
N4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.19 0.26 0.36 0.28
O2 0.08 0.00 0.12 0.13 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.08 0.13 0.12 0.21 0.15
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.09 0.02 0.07 0.07 0.12 0.13 0.14 0.03 0.00 0.02 0.12 0.10 0.09 0.11
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.02 0.00 0.08 0.07 0.10 0.07
O5' 0.08 0.14 0.04 0.05 0.18 0.01 0.18 0.01 0.16 0.12 0.16 0.19 0.13 0.06 0.12 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.07 0.14 0.02 0.00 0.22 0.01 0.23 0.04 0.18 0.13 0.19 0.26 0.12 0.06 0.10 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.24 0.08 0.02 0.32 0.03 0.31 0.02 0.23 0.20 0.29 0.36 0.21 0.05 0.09 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.17 0.04 0.03 0.25 0.02 0.25 0.02 0.20 0.15 0.22 0.28 0.15 0.07 0.11 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00