ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51559

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O3' A 0, 0.000, 0.076, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C3' A 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O3' B 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
O2' A 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
N3 B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
C3' B 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C5' A 0, 0.000, 0.346, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.000, 0.355, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.355 std_dev=0.355
N1 B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
N4 B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
O2 B 0, 0.000, 0.453, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.000, 0.483, 0.966, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.483 std_dev=0.483
O5' A 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C6 B 0, 0.000, 0.512, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.512 std_dev=0.512
OP2 A 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C5 B 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
P A 0, 0.000, 0.539, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.539 std_dev=0.539
OP1 A 0, 0.000, 0.570, 1.139, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.570 std_dev=0.570
O4' B 0, 0.000, 0.573, 1.147, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.573 std_dev=0.573
C5' B 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
OP2 B 0, 0.000, 0.660, 1.320, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.660 std_dev=0.660
P B 0, 0.000, 0.665, 1.329, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.665 std_dev=0.665
OP1 B 0, 0.000, 0.666, 1.331, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.666 std_dev=0.666
O5' B 0, 0.000, 0.679, 1.358, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.679 std_dev=0.679

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.10 0.15 0.10
C2 0.04 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.02 0.04 0.09 0.01 0.08 0.14 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.09 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.08 0.01 0.10 0.15 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.03 0.10 0.16 0.12
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.10 0.00 0.12 0.17 0.14
C8 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.09 0.15 0.09
N1 0.03 0.00 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.04 0.09 0.02 0.09 0.15 0.12
N2 0.03 0.00 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.02 0.05 0.09 0.02 0.08 0.14 0.11
N3 0.04 0.00 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.15 0.10
N9 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.10 0.16 0.11
O2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.04 0.13 0.17 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.18 0.10
O3' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.10 0.12 0.09
O5' 0.05 0.09 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.09 0.09 0.07 0.05 0.06 0.01 0.04 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01
O6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.14 0.00 0.15 0.22 0.18
OP1 0.10 0.08 0.11 0.06 0.10 0.07 0.10 0.07 0.12 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.14 0.15 0.07 0.15 0.06 0.16 0.01 0.17 0.15 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.18 0.05 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.10 0.03 0.11 0.03 0.12 0.02 0.14 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.00 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.05 0.13 0.02 0.01 0.06 0.03 0.13 0.11 0.09
C2 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.05 0.15 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.10 0.06
C2' 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.11 0.07 0.05
C3' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.05 0.16 0.13 0.11
C4 0.05 0.11 0.04 0.04 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.10 0.07 0.18 0.05 0.01 0.07 0.02 0.13 0.11 0.09
C4' 0.05 0.10 0.04 0.07 0.08 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.10 0.08 0.14 0.04 0.06 0.08 0.08 0.20 0.17 0.15
C5 0.07 0.13 0.05 0.03 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.07 0.21 0.08 0.00 0.08 0.01 0.11 0.10 0.07
C5' 0.06 0.11 0.05 0.08 0.08 0.09 0.05 0.09 0.04 0.07 0.11 0.09 0.15 0.04 0.06 0.09 0.09 0.21 0.19 0.16
C6 0.03 0.11 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.11 0.05 0.21 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.06 0.03
C8 0.09 0.15 0.07 0.06 0.09 0.09 0.03 0.06 0.03 0.08 0.14 0.09 0.22 0.10 0.02 0.12 0.04 0.13 0.12 0.10
N1 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.10 0.05 0.18 0.02 0.04 0.00 0.04 0.08 0.07 0.03
N2 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.02 0.05 0.03 0.11 0.05 0.01 0.06 0.04 0.11 0.09 0.05
N3 0.03 0.10 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.07 0.16 0.03 0.03 0.04 0.03 0.14 0.12 0.09
N7 0.10 0.16 0.08 0.05 0.09 0.09 0.02 0.05 0.02 0.08 0.15 0.10 0.24 0.11 0.01 0.11 0.03 0.12 0.11 0.09
N9 0.06 0.11 0.05 0.04 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.11 0.07 0.18 0.06 0.01 0.09 0.04 0.13 0.11 0.09
O2' 0.09 0.07 0.11 0.08 0.09 0.05 0.11 0.04 0.11 0.09 0.08 0.08 0.04 0.11 0.11 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00
O3' 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.07 0.09 0.19 0.15 0.14
O4' 0.07 0.13 0.07 0.08 0.09 0.09 0.05 0.07 0.04 0.08 0.13 0.10 0.18 0.07 0.06 0.09 0.07 0.18 0.16 0.13
O5' 0.07 0.11 0.06 0.09 0.09 0.10 0.05 0.10 0.05 0.07 0.11 0.10 0.15 0.06 0.08 0.10 0.10 0.23 0.20 0.17
O6 0.01 0.09 0.01 0.05 0.00 0.02 0.09 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.20 0.04 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02
OP1 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.06 0.12 0.05 0.06 0.09 0.09 0.12 0.05 0.08 0.11 0.12 0.24 0.21 0.18
OP2 0.15 0.18 0.14 0.16 0.15 0.19 0.12 0.18 0.12 0.14 0.18 0.16 0.23 0.14 0.14 0.20 0.18 0.28 0.26 0.23
P 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.14 0.08 0.13 0.08 0.10 0.14 0.13 0.18 0.09 0.10 0.14 0.13 0.25 0.22 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.10 0.02 0.11 0.12 0.10 0.09
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.14 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.07 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.09 0.10 0.09 0.08
N4 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03
O2 0.07 0.00 0.14 0.14 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.16 0.05 0.13 0.16 0.13 0.11
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.11 0.00 0.00 0.03 0.03 0.09 0.07 0.05
O3' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.04 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.12 0.10
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03
O5' 0.04 0.11 0.03 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.09 0.05 0.13 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.08 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.09 0.10 0.04 0.16 0.09 0.14 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.10 0.07 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.04 0.13 0.07 0.12 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.09 0.05 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.03 0.11 0.05 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00