ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51561

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C5' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O6 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
N2 A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C2' A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O3' B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
OP2 A 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
O5' A 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
P A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
OP1 A 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C3' B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C2' B 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
O2' B 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C4' B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
C5' B 0, 0.000, 0.672, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.672 std_dev=0.672
C1' B 0, 0.000, 0.694, 1.388, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.694 std_dev=0.694
O4' B 0, 0.000, 0.714, 1.427, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.714 std_dev=0.714
O2 B 0, 0.000, 0.880, 1.759, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.880 std_dev=0.880
N1 B 0, 0.000, 0.941, 1.881, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.941 std_dev=0.941
C2 B 0, 0.000, 1.008, 2.016, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.008 std_dev=1.008
O5' B 0, 0.000, 1.098, 2.196, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.098 std_dev=1.098
C6 B 0, 0.000, 1.153, 2.305, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.153 std_dev=1.153
P B 0, 0.000, 1.208, 2.415, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.208 std_dev=1.208
OP1 B 0, 0.000, 1.218, 2.436, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.218 std_dev=1.218
OP2 B 0, 0.000, 1.221, 2.441, 2.441 max_d=2.441 avg_d=1.221 std_dev=1.221
N3 B 0, 0.000, 1.266, 2.532, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.266 std_dev=1.266
C5 B 0, 0.000, 1.450, 2.901, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.450 std_dev=1.450
C4 B 0, 0.000, 1.496, 2.992, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.496 std_dev=1.496
N4 B 0, 0.000, 1.802, 3.604, 3.604 max_d=3.604 avg_d=1.802 std_dev=1.802

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.02
C2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.05 0.13 0.01 0.04 0.01 0.00
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01
C4 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03
C5 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.04 0.03
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.01 0.03 0.04
C8 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.09 0.02 0.00 0.06 0.03
N1 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03
N2 0.07 0.00 0.08 0.07 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.08 0.06 0.14 0.01 0.05 0.01 0.00
N3 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04 0.11 0.01 0.06 0.02 0.01
N7 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.11 0.03 0.01 0.05 0.04
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.01 0.03 0.04 0.00
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.03 0.13 0.08 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.08 0.00
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.02
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.02
O5' 0.05 0.13 0.02 0.00 0.11 0.01 0.12 0.00 0.14 0.09 0.14 0.14 0.11 0.11 0.09 0.03 0.04 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01
O6 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.15 0.00 0.04 0.03 0.06
OP1 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.04 0.01 0.06 0.07 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.44 0.27 0.20 0.40 0.33 0.38 0.30 0.37 0.40 0.43 0.40 0.49 0.32 0.12 0.38 0.17 0.26 0.14 0.18
C2 0.23 0.20 0.16 0.11 0.13 0.22 0.13 0.20 0.15 0.19 0.16 0.10 0.24 0.23 0.07 0.23 0.04 0.17 0.04 0.06
C2' 0.44 0.51 0.29 0.22 0.49 0.36 0.46 0.35 0.44 0.46 0.51 0.49 0.54 0.35 0.14 0.44 0.23 0.30 0.19 0.23
C3' 0.42 0.50 0.28 0.21 0.47 0.34 0.43 0.32 0.41 0.44 0.50 0.47 0.53 0.34 0.12 0.41 0.19 0.26 0.15 0.19
C4 0.31 0.32 0.22 0.15 0.24 0.26 0.23 0.23 0.24 0.28 0.28 0.22 0.37 0.30 0.09 0.29 0.08 0.17 0.06 0.08
C4' 0.39 0.44 0.25 0.18 0.40 0.32 0.37 0.29 0.36 0.39 0.43 0.40 0.48 0.31 0.10 0.38 0.14 0.23 0.12 0.15
C5 0.26 0.26 0.21 0.15 0.17 0.23 0.16 0.19 0.18 0.23 0.21 0.13 0.32 0.30 0.10 0.25 0.03 0.12 0.00 0.03
C5' 0.36 0.41 0.23 0.15 0.35 0.28 0.31 0.25 0.31 0.35 0.39 0.34 0.46 0.30 0.08 0.35 0.08 0.16 0.05 0.09
C6 0.20 0.15 0.17 0.13 0.04 0.19 0.05 0.16 0.09 0.14 0.09 0.00 0.21 0.27 0.11 0.19 0.02 0.09 0.04 0.01
C8 0.32 0.36 0.24 0.16 0.29 0.26 0.26 0.22 0.27 0.31 0.33 0.27 0.42 0.32 0.10 0.30 0.07 0.14 0.04 0.07
N1 0.18 0.12 0.15 0.11 0.03 0.19 0.04 0.16 0.08 0.11 0.06 0.01 0.17 0.24 0.10 0.18 0.02 0.12 0.02 0.00
N2 0.19 0.14 0.09 0.07 0.09 0.20 0.10 0.19 0.12 0.15 0.11 0.07 0.17 0.12 0.03 0.21 0.04 0.19 0.04 0.07
N3 0.29 0.29 0.19 0.13 0.23 0.25 0.22 0.23 0.23 0.27 0.26 0.21 0.34 0.26 0.07 0.29 0.08 0.20 0.07 0.10
N7 0.28 0.29 0.22 0.15 0.20 0.23 0.18 0.19 0.20 0.25 0.25 0.17 0.36 0.31 0.10 0.26 0.03 0.10 0.01 0.02
N9 0.34 0.38 0.24 0.17 0.32 0.28 0.29 0.25 0.30 0.33 0.36 0.30 0.44 0.32 0.10 0.33 0.11 0.19 0.08 0.11
O2' 0.49 0.56 0.33 0.27 0.57 0.43 0.55 0.43 0.52 0.52 0.57 0.58 0.56 0.36 0.19 0.50 0.34 0.42 0.29 0.35
O3' 0.45 0.54 0.30 0.22 0.53 0.37 0.49 0.35 0.47 0.48 0.55 0.55 0.56 0.34 0.13 0.45 0.24 0.31 0.20 0.24
O4' 0.36 0.40 0.24 0.17 0.34 0.30 0.32 0.27 0.32 0.35 0.38 0.33 0.45 0.30 0.10 0.35 0.11 0.21 0.09 0.12
O5' 0.40 0.44 0.29 0.21 0.37 0.33 0.34 0.31 0.34 0.39 0.42 0.36 0.49 0.34 0.15 0.39 0.12 0.22 0.12 0.14
O6 0.15 0.06 0.15 0.13 0.06 0.17 0.03 0.13 0.02 0.07 0.01 0.11 0.13 0.25 0.13 0.15 0.06 0.05 0.08 0.06
OP1 0.16 0.20 0.07 0.01 0.10 0.09 0.06 0.06 0.07 0.14 0.17 0.08 0.27 0.13 0.06 0.14 0.16 0.05 0.14 0.13
OP2 0.28 0.33 0.16 0.06 0.23 0.18 0.18 0.13 0.19 0.26 0.30 0.22 0.41 0.24 0.01 0.25 0.09 0.03 0.10 0.08
P 0.24 0.28 0.14 0.05 0.19 0.17 0.15 0.12 0.16 0.22 0.25 0.17 0.36 0.21 0.00 0.22 0.09 0.00 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.11 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.16 0.09
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.10 0.02 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.14 0.26 0.16
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.14 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.13 0.24 0.15
C5' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.13 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.16 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.04 0.16 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.12 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.02 0.09 0.22 0.13
N4 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.00 0.05 0.20 0.30 0.19
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.07
O2' 0.02 0.07 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.10 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.04 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.04 0.09 0.04 0.07 0.04 0.07 0.11 0.00 0.03 0.00 0.02 0.13 0.09 0.04 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.17 0.02 0.06
O5' 0.07 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.13 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.02 0.09 0.10 0.14 0.14 0.13 0.16 0.04 0.02 0.09 0.20 0.02 0.09 0.09 0.17 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.04 0.16 0.04 0.02 0.26 0.02 0.24 0.02 0.16 0.12 0.22 0.30 0.13 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.09 0.03 0.04 0.16 0.00 0.15 0.00 0.09 0.06 0.13 0.19 0.07 0.04 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00