ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51562

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
N2 A 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.000, 0.116, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O3' A 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C5' A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
N4 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
O5' A 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N3 B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
O2 B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
N1 B 0, 0.000, 0.289, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.289 std_dev=0.289
P A 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O3' B 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP1 A 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C2' B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
O2' B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C1' B 0, 0.000, 0.365, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
OP2 A 0, 0.000, 0.390, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C4' B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O4' B 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429
OP1 B 0, 0.000, 0.434, 0.869, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.434 std_dev=0.434
P B 0, 0.000, 0.439, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.439 std_dev=0.439
O5' B 0, 0.000, 0.439, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.439 std_dev=0.439
OP2 B 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C5' B 0, 0.000, 0.461, 0.922, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.461 std_dev=0.461

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.10 0.07 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.10
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.09 0.09
C4 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.12 0.09 0.07
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.13 0.13 0.10
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.12 0.12 0.09
C8 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.17 0.16 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.03 0.11 0.09 0.07
N2 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.09 0.07 0.10 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.10 0.07 0.05
N7 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.15 0.16 0.13
N9 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.13 0.10 0.08
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.16 0.12
O3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.18 0.10 0.08
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
O5' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.00 0.15 0.15 0.12
OP1 0.12 0.10 0.17 0.17 0.12 0.09 0.13 0.01 0.12 0.17 0.11 0.10 0.10 0.15 0.13 0.20 0.18 0.06 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.12 0.09 0.09 0.02 0.13 0.02 0.12 0.16 0.09 0.06 0.07 0.16 0.10 0.16 0.10 0.01 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.10 0.09 0.07 0.02 0.10 0.02 0.09 0.13 0.07 0.05 0.05 0.13 0.08 0.12 0.08 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.00 0.11 0.12 0.03 0.10 0.00 0.10 0.03 0.04 0.03 0.08 0.01 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11
C2 0.03 0.06 0.09 0.10 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.06 0.07 0.10 0.06 0.07
C2' 0.09 0.00 0.10 0.11 0.05 0.10 0.01 0.10 0.02 0.03 0.04 0.10 0.01 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10
C3' 0.09 0.01 0.10 0.10 0.07 0.09 0.04 0.10 0.00 0.02 0.06 0.13 0.01 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.07 0.09
C4 0.07 0.03 0.10 0.11 0.05 0.09 0.00 0.09 0.03 0.02 0.06 0.08 0.05 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09
C4' 0.12 0.02 0.13 0.13 0.05 0.12 0.02 0.13 0.02 0.05 0.04 0.11 0.02 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11
C5 0.04 0.05 0.07 0.08 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.09 0.05 0.07
C5' 0.17 0.05 0.18 0.18 0.04 0.18 0.01 0.18 0.06 0.09 0.02 0.10 0.06 0.19 0.18 0.19 0.17 0.17 0.14 0.16
C6 0.00 0.08 0.04 0.05 0.08 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.10 0.10 0.10 0.02 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04
C8 0.07 0.02 0.09 0.10 0.04 0.08 0.00 0.08 0.03 0.02 0.05 0.08 0.03 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09
N1 0.00 0.08 0.05 0.07 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.09 0.09 0.10 0.04 0.09 0.03 0.05 0.08 0.04 0.05
N2 0.03 0.04 0.10 0.11 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.11 0.05 0.08 0.10 0.07 0.08
N3 0.06 0.03 0.10 0.11 0.05 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.08 0.05 0.08 0.12 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09
N7 0.04 0.04 0.07 0.08 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07
N9 0.09 0.00 0.11 0.11 0.03 0.10 0.01 0.10 0.04 0.03 0.04 0.07 0.02 0.09 0.12 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10
O2' 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.01 0.06 0.10 0.04 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07
O3' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.11 0.04 0.09 0.04 0.05 0.02 0.09 0.16 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04
O4' 0.14 0.05 0.16 0.16 0.00 0.14 0.03 0.15 0.07 0.08 0.01 0.05 0.04 0.14 0.15 0.16 0.15 0.16 0.14 0.15
O5' 0.19 0.06 0.21 0.21 0.02 0.20 0.03 0.20 0.08 0.10 0.01 0.09 0.07 0.22 0.21 0.21 0.19 0.20 0.15 0.18
O6 0.05 0.11 0.02 0.00 0.10 0.02 0.06 0.02 0.04 0.08 0.12 0.12 0.13 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.07 0.21 0.21 0.01 0.19 0.03 0.19 0.08 0.10 0.01 0.07 0.07 0.21 0.22 0.19 0.18 0.19 0.16 0.17
OP2 0.13 0.02 0.18 0.18 0.04 0.16 0.01 0.15 0.05 0.06 0.03 0.10 0.02 0.18 0.19 0.16 0.15 0.16 0.12 0.14
P 0.13 0.02 0.17 0.17 0.06 0.15 0.01 0.15 0.03 0.05 0.04 0.12 0.02 0.18 0.18 0.16 0.14 0.15 0.11 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C2 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.08 0.08 0.08 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C4 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.13 0.14 0.15 0.14
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.14 0.15 0.15 0.15
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.11 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.12 0.11 0.08 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.07 0.05 0.06
N3 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.11 0.11 0.12 0.11
N4 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.14 0.16 0.19 0.16
O2 0.07 0.00 0.04 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.04 0.08 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
O5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.11 0.14 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.00 0.08 0.00 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.11 0.07 0.11 0.16 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.08 0.02 0.02 0.15 0.03 0.15 0.02 0.08 0.05 0.12 0.19 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.08 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.00 0.11 0.06 0.11 0.16 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00