ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51571

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 10, 13, 13, 9, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.025, 0.034, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.027, 0.035, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.035, 0.046, 0.057, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.046 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.032 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.055, 0.071, 0.087, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.071 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.017, 0.042, 0.068, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.048 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.133, 0.181, 0.230, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.181 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.035, 0.088, 0.141, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.088 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.270, 0.342, 0.414, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.342 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.067, 0.148, 0.229, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.148 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.493, 0.584, 0.676, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.584 std_dev=0.091
P A 0, 0.363, 0.462, 0.562, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.462 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.333, 0.435, 0.537, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.435 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.354, 0.462, 0.570, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.462 std_dev=0.108
OP1 A 0, 0.356, 0.472, 0.588, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.472 std_dev=0.116
OP2 A 0, 0.315, 0.432, 0.549, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.432 std_dev=0.117
C1' B 0, 0.429, 0.585, 0.740, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.585 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.447, 0.604, 0.762, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.604 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.403, 0.562, 0.720, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.562 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.426, 0.585, 0.745, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.585 std_dev=0.159
C3' B 0, 0.342, 0.510, 0.678, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.510 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.401, 0.572, 0.743, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.572 std_dev=0.171
N3 B 0, 0.427, 0.598, 0.769, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.598 std_dev=0.171
O2 B 0, 0.349, 0.520, 0.690, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.520 std_dev=0.171
O2' B 0, 0.446, 0.624, 0.803, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.624 std_dev=0.178
O3' B 0, 0.317, 0.496, 0.674, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.496 std_dev=0.179
OP2 B 0, 0.309, 0.490, 0.671, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.490 std_dev=0.181
C4' B 0, 0.345, 0.527, 0.709, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.527 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.478, 0.668, 0.859, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.668 std_dev=0.190
C6 B 0, 0.489, 0.681, 0.872, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.681 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.299, 0.497, 0.695, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.497 std_dev=0.198
O3' A 0, 1.218, 1.419, 1.619, 1.580 max_d=1.580 avg_d=1.419 std_dev=0.200
P B 0, 0.269, 0.474, 0.680, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.474 std_dev=0.205
C5 B 0, 0.507, 0.714, 0.921, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.714 std_dev=0.207
C5' B 0, 0.319, 0.528, 0.736, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.528 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.233, 0.445, 0.658, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.445 std_dev=0.213
O4 B 0, 0.471, 0.695, 0.920, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.695 std_dev=0.224

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.07 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.08 0.00 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.08 0.00 0.07 0.09 0.06
N2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.06 0.08 0.01 0.08 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.09 0.09 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.08 0.00 0.07 0.11 0.07
OP1 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.07 0.06 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.06 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.05 0.12 0.06 0.10 0.06 0.09 0.08 0.13 0.14 0.06 0.06 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
C2 0.08 0.13 0.06 0.05 0.14 0.06 0.11 0.06 0.10 0.10 0.15 0.15 0.05 0.06 0.15 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07
C2' 0.06 0.11 0.05 0.05 0.11 0.05 0.10 0.06 0.08 0.08 0.13 0.14 0.06 0.06 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06
C3' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.11 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.13 0.14 0.06 0.07 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
C4 0.07 0.11 0.05 0.05 0.12 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.13 0.13 0.05 0.06 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
C4' 0.08 0.11 0.07 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.13 0.13 0.07 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08
C5 0.06 0.10 0.06 0.06 0.12 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.12 0.11 0.07 0.07 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
C5' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.13 0.08 0.09 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
C6 0.07 0.10 0.07 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.12 0.11 0.09 0.08 0.14 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06
C8 0.06 0.10 0.05 0.05 0.11 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.12 0.12 0.06 0.06 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
N1 0.07 0.12 0.05 0.05 0.13 0.06 0.11 0.06 0.09 0.09 0.14 0.14 0.08 0.07 0.15 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06
N2 0.11 0.15 0.09 0.07 0.15 0.07 0.13 0.07 0.12 0.13 0.16 0.17 0.07 0.07 0.16 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08
N3 0.08 0.13 0.06 0.05 0.13 0.06 0.11 0.06 0.09 0.10 0.14 0.15 0.05 0.06 0.14 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07
N7 0.07 0.09 0.06 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.11 0.07 0.07 0.13 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06
N9 0.06 0.11 0.05 0.05 0.11 0.05 0.10 0.06 0.08 0.08 0.12 0.13 0.05 0.06 0.13 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.08 0.13 0.07 0.07 0.12 0.07 0.11 0.08 0.10 0.09 0.14 0.17 0.08 0.08 0.14 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08
O3' 0.08 0.12 0.08 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.09 0.13 0.16 0.08 0.09 0.13 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08
O4' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.13 0.13 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
O5' 0.10 0.12 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.14 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09
O6 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.12 0.11 0.15 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07
OP1 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.10 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09
OP2 0.10 0.12 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.09 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09
P 0.08 0.10 0.07 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.11 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.07 0.06 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.06 0.08 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04
O5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.04 0.04 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.09 0.09 0.04 0.06 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.02 0.04 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00