ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51573

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 5, 6, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.019, 0.061, 0.102, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.061 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.021, 0.074, 0.127, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.074 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.018, 0.092, 0.165, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.092 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.085, 0.163, 0.240, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.163 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.061, 0.144, 0.228, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.144 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.150, 0.263, 0.376, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.263 std_dev=0.113
O3' A 0, 0.074, 0.202, 0.330, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.202 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.181, 0.321, 0.462, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.321 std_dev=0.141
O2' B 0, 0.283, 0.433, 0.583, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.433 std_dev=0.150
O3' B 0, 0.293, 0.455, 0.616, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.455 std_dev=0.161
C2' B 0, 0.341, 0.505, 0.670, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.505 std_dev=0.165
P A 0, 0.171, 0.343, 0.516, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.343 std_dev=0.172
OP1 A 0, 0.237, 0.411, 0.586, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.411 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.316, 0.493, 0.670, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.493 std_dev=0.177
OP2 A 0, 0.208, 0.388, 0.568, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.388 std_dev=0.180
C4' B 0, 0.311, 0.493, 0.676, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.493 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.349, 0.546, 0.743, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.546 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.308, 0.520, 0.732, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.520 std_dev=0.212
O4' B 0, 0.329, 0.541, 0.754, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.541 std_dev=0.212
OP1 B 0, 0.140, 0.354, 0.568, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.354 std_dev=0.214
P B 0, 0.209, 0.438, 0.667, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.438 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.321, 0.550, 0.779, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.550 std_dev=0.229
N1 B 0, 0.373, 0.609, 0.846, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.609 std_dev=0.237
OP2 B 0, 0.175, 0.430, 0.684, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.430 std_dev=0.254
C2 B 0, 0.372, 0.632, 0.892, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.632 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.447, 0.729, 1.010, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.729 std_dev=0.281
C4 B 0, 0.456, 0.801, 1.146, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.801 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.311, 0.674, 1.036, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.674 std_dev=0.362
O2 B 0, 0.223, 0.588, 0.953, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.588 std_dev=0.365
O4 B 0, 0.534, 0.957, 1.379, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.957 std_dev=0.423
C5 B 0, 0.337, 0.764, 1.191, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.764 std_dev=0.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.18 0.03 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.00 0.21 0.06 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.15 0.06 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.11 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.21 0.07 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.22 0.11 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.00 0.23 0.12 0.13
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.21 0.10 0.11
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.00 0.22 0.09 0.12
N2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05 0.01 0.21 0.05 0.09
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.05 0.00 0.20 0.05 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.23 0.13 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.20 0.06 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.14 0.07 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.10 0.07 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.07 0.09 0.12 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.16 0.05 0.06
O5' 0.05 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.11 0.07 0.05 0.05 0.11 0.07 0.03 0.06 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.00 0.23 0.14 0.15
OP1 0.18 0.21 0.15 0.11 0.21 0.11 0.22 0.05 0.23 0.21 0.22 0.21 0.20 0.23 0.20 0.14 0.09 0.16 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.11 0.06 0.12 0.10 0.09 0.05 0.05 0.13 0.06 0.07 0.12 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.05 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.09 0.08 0.14 0.08 0.04 0.05 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.13 0.12 0.11
C2 0.06 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.13 0.11 0.11
C2' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.13 0.11 0.11
C3' 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.13 0.12 0.11
C4 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.12 0.10 0.09
C4' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.13 0.12 0.11
C5 0.07 0.11 0.08 0.09 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.13 0.08 0.09 0.12 0.07 0.09 0.11 0.10 0.09
C5' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.13 0.12 0.11
C6 0.10 0.14 0.10 0.11 0.13 0.09 0.14 0.10 0.13 0.11 0.15 0.17 0.10 0.11 0.14 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10
C8 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.06 0.08 0.11 0.10 0.09
N1 0.09 0.13 0.09 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.15 0.09 0.10 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11
N2 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.15 0.13 0.13
N3 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.12 0.11 0.10
N7 0.07 0.11 0.08 0.09 0.11 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.12 0.13 0.08 0.09 0.12 0.07 0.08 0.11 0.11 0.09
N9 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.12 0.11 0.10
O2' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.13 0.12 0.11
O3' 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.13 0.12 0.12
O4' 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.13 0.12 0.11
O5' 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.15 0.14 0.13
O6 0.13 0.18 0.13 0.13 0.17 0.11 0.17 0.11 0.16 0.14 0.19 0.23 0.13 0.13 0.17 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11
OP1 0.18 0.18 0.18 0.18 0.16 0.19 0.16 0.19 0.16 0.17 0.18 0.19 0.18 0.18 0.17 0.19 0.18 0.16 0.16 0.16
OP2 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10
P 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.11 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.06 0.07 0.09 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.06
O2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.10 0.01 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.11 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.05 0.10 0.04 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.06
O5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.08 0.07 0.03 0.05 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00