ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51574

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.015, 0.023, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.017, 0.039, 0.062, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.115, 0.241, 0.367, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.241 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.082, 0.210, 0.337, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.210 std_dev=0.127
O4' A 0, 0.118, 0.246, 0.373, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.246 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.229, 0.432, 0.635, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.432 std_dev=0.203
C3' A 0, 0.224, 0.435, 0.646, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.435 std_dev=0.211
O2' B 0, 0.347, 0.614, 0.882, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.614 std_dev=0.267
C5' A 0, 0.375, 0.670, 0.965, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.670 std_dev=0.295
C2' B 0, 0.299, 0.602, 0.905, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.602 std_dev=0.303
O3' A 0, 0.321, 0.651, 0.981, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.651 std_dev=0.330
O2 B 0, 0.373, 0.724, 1.074, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.724 std_dev=0.351
C4' B 0, 0.200, 0.558, 0.916, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.558 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.500, 0.912, 1.323, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.912 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.800, 1.355, 1.909, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.355 std_dev=0.554
C3' B 0, 0.776, 1.370, 1.965, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.370 std_dev=0.595
O4' B 0, 0.707, 1.315, 1.923, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.315 std_dev=0.608
N1 B 0, 0.926, 1.552, 2.177, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.552 std_dev=0.625
O5' A 0, 1.011, 1.669, 2.326, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.669 std_dev=0.658
P A 0, 0.990, 1.660, 2.330, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.660 std_dev=0.670
C5' B 0, 0.836, 1.552, 2.267, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.552 std_dev=0.715
OP2 A 0, 1.154, 1.970, 2.786, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.970 std_dev=0.816
N3 B 0, 1.230, 2.056, 2.882, 2.759 max_d=2.759 avg_d=2.056 std_dev=0.826
C6 B 0, 1.450, 2.406, 3.362, 3.148 max_d=3.148 avg_d=2.406 std_dev=0.956
OP1 A 0, 1.645, 2.707, 3.768, 3.430 max_d=3.430 avg_d=2.707 std_dev=1.062
O3' B 0, 1.702, 2.840, 3.978, 3.728 max_d=3.728 avg_d=2.840 std_dev=1.138
C4 B 0, 1.777, 2.950, 4.123, 3.778 max_d=3.778 avg_d=2.950 std_dev=1.173
C5 B 0, 1.874, 3.104, 4.335, 3.937 max_d=3.937 avg_d=3.104 std_dev=1.230
O4 B 0, 2.147, 3.565, 4.982, 4.601 max_d=4.601 avg_d=3.565 std_dev=1.418
O5' B 0, 2.277, 3.840, 5.402, 5.127 max_d=5.127 avg_d=3.840 std_dev=1.562
OP2 B 0, 3.108, 5.185, 7.262, 6.783 max_d=6.783 avg_d=5.185 std_dev=2.077
P B 0, 3.337, 5.543, 7.750, 7.120 max_d=7.120 avg_d=5.543 std_dev=2.207
OP1 B 0, 4.767, 7.886, 11.004, 9.860 max_d=9.860 avg_d=7.886 std_dev=3.118

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.17 0.02 0.06 0.11 0.05
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.03 0.33 0.01 0.20 0.36 0.20
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.09 0.12 0.10 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.05 0.18 0.14 0.10
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.11 0.09 0.13 0.14 0.12 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.21 0.11 0.30 0.11 0.14
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.34 0.01 0.19 0.32 0.19
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.06 0.09 0.14 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.42 0.01 0.27 0.43 0.28
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.14 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.13 0.22 0.22 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.03 0.43 0.00 0.31 0.48 0.31
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.41 0.03 0.23 0.33 0.23
N1 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.03 0.38 0.01 0.26 0.43 0.26
N2 0.04 0.00 0.12 0.14 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.19 0.04 0.30 0.01 0.17 0.34 0.18
N3 0.03 0.01 0.10 0.12 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.03 0.29 0.01 0.15 0.29 0.15
N7 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.45 0.03 0.31 0.45 0.32
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.32 0.02 0.15 0.24 0.15
O2' 0.03 0.13 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.02 0.11 0.15 0.11 0.03 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.04 0.15 0.10 0.17 0.19 0.14 0.12 0.07 0.04 0.00 0.02 0.14 0.15 0.35 0.16 0.15
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.08 0.04 0.09 0.13 0.13
O5' 0.17 0.33 0.19 0.21 0.34 0.03 0.42 0.01 0.43 0.41 0.38 0.30 0.29 0.45 0.32 0.07 0.14 0.08 0.00 0.47 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.15 0.04 0.47 0.00 0.36 0.55 0.37
OP1 0.06 0.20 0.18 0.30 0.19 0.09 0.27 0.22 0.31 0.23 0.26 0.17 0.15 0.31 0.15 0.08 0.35 0.09 0.02 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.36 0.14 0.11 0.32 0.14 0.43 0.22 0.48 0.33 0.43 0.34 0.29 0.45 0.24 0.10 0.16 0.13 0.01 0.55 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.20 0.10 0.14 0.19 0.06 0.28 0.02 0.31 0.23 0.26 0.18 0.15 0.32 0.15 0.06 0.15 0.13 0.01 0.37 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.33 0.09 0.20 0.67 0.10 0.61 0.28 0.46 0.32 0.51 0.22 0.15 0.29 0.82 0.21 0.84 1.63 1.07 1.10
C2 0.14 0.28 0.08 0.11 0.49 0.08 0.47 0.21 0.39 0.29 0.40 0.16 0.17 0.16 0.53 0.15 0.69 1.34 0.75 0.87
C2' 0.18 0.35 0.15 0.27 0.73 0.16 0.69 0.31 0.51 0.35 0.55 0.24 0.13 0.43 0.90 0.22 0.87 1.77 1.12 1.19
C3' 0.16 0.32 0.16 0.28 0.71 0.17 0.67 0.30 0.49 0.32 0.52 0.20 0.12 0.43 0.88 0.20 0.86 1.77 1.11 1.19
C4 0.12 0.26 0.09 0.14 0.51 0.07 0.47 0.21 0.37 0.26 0.41 0.16 0.17 0.17 0.60 0.14 0.71 1.40 0.85 0.92
C4' 0.16 0.33 0.11 0.23 0.71 0.11 0.66 0.29 0.49 0.33 0.53 0.20 0.13 0.35 0.88 0.21 0.86 1.73 1.15 1.17
C5 0.12 0.19 0.10 0.12 0.38 0.10 0.36 0.17 0.28 0.20 0.30 0.13 0.19 0.16 0.45 0.13 0.61 1.23 0.72 0.80
C5' 0.12 0.29 0.11 0.21 0.65 0.08 0.61 0.26 0.45 0.29 0.48 0.15 0.11 0.31 0.82 0.17 0.82 1.67 1.10 1.13
C6 0.15 0.17 0.13 0.13 0.30 0.14 0.29 0.16 0.25 0.19 0.24 0.12 0.20 0.21 0.34 0.15 0.52 1.08 0.59 0.68
C8 0.11 0.22 0.09 0.13 0.45 0.07 0.42 0.19 0.32 0.22 0.35 0.15 0.18 0.16 0.55 0.13 0.68 1.37 0.87 0.91
N1 0.16 0.20 0.12 0.12 0.34 0.13 0.34 0.17 0.29 0.22 0.28 0.13 0.20 0.17 0.38 0.15 0.56 1.13 0.60 0.72
N2 0.18 0.32 0.08 0.12 0.51 0.09 0.52 0.24 0.45 0.35 0.42 0.18 0.16 0.22 0.52 0.18 0.74 1.38 0.76 0.91
N3 0.15 0.32 0.08 0.15 0.59 0.08 0.56 0.24 0.44 0.31 0.48 0.19 0.16 0.22 0.67 0.17 0.77 1.48 0.89 0.98
N7 0.12 0.18 0.11 0.12 0.36 0.09 0.34 0.16 0.26 0.18 0.28 0.13 0.19 0.17 0.44 0.12 0.60 1.23 0.74 0.80
N9 0.13 0.27 0.08 0.16 0.55 0.07 0.51 0.23 0.38 0.27 0.43 0.18 0.17 0.20 0.67 0.15 0.75 1.48 0.94 0.99
O2' 0.25 0.42 0.16 0.30 0.83 0.18 0.79 0.33 0.59 0.42 0.62 0.30 0.17 0.50 1.02 0.29 0.93 1.89 1.24 1.28
O3' 0.19 0.35 0.19 0.32 0.77 0.21 0.74 0.34 0.55 0.36 0.56 0.22 0.15 0.53 0.96 0.23 0.90 1.88 1.17 1.27
O4' 0.16 0.32 0.08 0.19 0.66 0.09 0.61 0.28 0.46 0.32 0.50 0.21 0.16 0.26 0.82 0.22 0.84 1.63 1.11 1.11
O5' 0.38 0.50 0.25 0.15 0.72 0.29 0.69 0.46 0.60 0.50 0.61 0.41 0.47 0.15 0.81 0.41 1.03 1.83 1.25 1.29
O6 0.18 0.15 0.15 0.17 0.21 0.18 0.22 0.15 0.20 0.17 0.17 0.15 0.21 0.30 0.24 0.19 0.42 0.91 0.47 0.56
OP1 0.16 0.19 0.13 0.15 0.34 0.12 0.35 0.26 0.29 0.22 0.25 0.13 0.34 0.18 0.41 0.18 0.80 1.58 1.05 1.06
OP2 0.41 0.47 0.34 0.30 0.61 0.35 0.60 0.48 0.55 0.48 0.54 0.41 0.54 0.34 0.67 0.42 0.99 1.69 1.12 1.20
P 0.21 0.28 0.15 0.14 0.45 0.15 0.44 0.30 0.37 0.29 0.36 0.21 0.34 0.16 0.53 0.23 0.83 1.58 1.04 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.18 0.01 0.00 0.27 0.50 0.34 0.29
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.01 0.03 0.38 0.66 0.56 0.42
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.13 0.04 0.02 0.06 0.11 0.01 0.03 0.03 0.01 0.45 0.82 0.38 0.52
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.22 0.00 0.24 0.02 0.21 0.13 0.17 0.08 0.01 0.02 0.23 0.01 0.25 0.52 0.15 0.25
C4 0.02 0.01 0.03 0.22 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.00 0.03 0.48 0.80 0.80 0.55
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.05 0.04 0.16 0.03 0.07 0.00 0.04 0.25 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.24 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.16 0.00 0.03 0.49 0.78 0.82 0.55
C5' 0.06 0.07 0.13 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.05 0.06 0.14 0.11 0.02 0.01 0.12 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.12 0.01 0.04 0.47 0.68 0.68 0.48
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.06 0.01 0.02 0.38 0.62 0.53 0.40
N3 0.02 0.00 0.06 0.17 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.06 0.01 0.03 0.44 0.74 0.69 0.49
O2 0.04 0.00 0.11 0.08 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.21 0.02 0.03 0.32 0.61 0.46 0.37
O2' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.17 0.16 0.15 0.06 0.12 0.10 0.17 0.15 0.00 0.05 0.19 0.11 0.29 0.74 0.23 0.38
O3' 0.18 0.11 0.03 0.02 0.10 0.03 0.16 0.14 0.12 0.06 0.06 0.21 0.05 0.00 0.12 0.13 0.14 0.40 0.35 0.15
O4 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.12 0.00 0.03 0.49 0.85 0.86 0.58
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.11 0.13 0.03 0.00 0.15 0.26 0.25 0.09
O5' 0.27 0.38 0.45 0.25 0.48 0.04 0.49 0.01 0.47 0.38 0.44 0.32 0.29 0.14 0.49 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.66 0.82 0.52 0.80 0.25 0.78 0.12 0.68 0.62 0.74 0.61 0.74 0.40 0.85 0.26 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.34 0.56 0.38 0.15 0.80 0.18 0.82 0.20 0.68 0.53 0.69 0.46 0.23 0.35 0.86 0.25 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.29 0.42 0.52 0.25 0.55 0.06 0.55 0.02 0.48 0.40 0.49 0.37 0.38 0.15 0.58 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00