ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51575

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 2, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.011, 0.043, 0.075, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.043 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.020, 0.061, 0.102, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.061 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.023, 0.078, 0.134, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.078 std_dev=0.056
C8 A 0, 0.025, 0.089, 0.153, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.089 std_dev=0.064
C2' B 0, 0.140, 0.349, 0.558, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.349 std_dev=0.209
O2' B 0, 0.165, 0.416, 0.667, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.416 std_dev=0.251
C3' B 0, 0.209, 0.575, 0.940, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.575 std_dev=0.366
C1' B 0, 0.086, 0.505, 0.923, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.505 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.173, 0.608, 1.043, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.608 std_dev=0.435
O3' B 0, 0.195, 0.733, 1.271, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.733 std_dev=0.538
C4' B 0, 0.043, 0.602, 1.160, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.602 std_dev=0.558
C6 B 0, 0.097, 0.749, 1.400, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.749 std_dev=0.652
N1 B 0, -0.039, 0.647, 1.334, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.647 std_dev=0.687
C5' B 0, -0.014, 0.870, 1.753, 3.580 max_d=3.580 avg_d=0.870 std_dev=0.883
O5' B 0, 0.091, 1.131, 2.171, 3.815 max_d=3.815 avg_d=1.131 std_dev=1.040
O4' A 0, -0.117, 0.980, 2.078, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.980 std_dev=1.097
C5 B 0, -0.180, 0.946, 2.072, 4.442 max_d=4.442 avg_d=0.946 std_dev=1.126
C2' A 0, -0.115, 1.082, 2.279, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.082 std_dev=1.197
C2 B 0, -0.467, 0.768, 2.003, 4.796 max_d=4.796 avg_d=0.768 std_dev=1.235
OP2 B 0, 0.103, 1.422, 2.740, 4.840 max_d=4.840 avg_d=1.422 std_dev=1.319
O2 B 0, -0.625, 0.777, 2.180, 5.382 max_d=5.382 avg_d=0.777 std_dev=1.402
P B 0, -0.166, 1.244, 2.654, 5.497 max_d=5.497 avg_d=1.244 std_dev=1.410
C4' A 0, -0.194, 1.360, 2.914, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.360 std_dev=1.554
C3' A 0, -0.153, 1.491, 3.135, 3.516 max_d=3.516 avg_d=1.491 std_dev=1.644
OP1 B 0, -0.495, 1.157, 2.809, 6.467 max_d=6.467 avg_d=1.157 std_dev=1.652
C4 B 0, -0.628, 1.035, 2.699, 6.453 max_d=6.453 avg_d=1.035 std_dev=1.663
N3 B 0, -0.729, 0.944, 2.616, 6.435 max_d=6.435 avg_d=0.944 std_dev=1.673
O3' A 0, -0.101, 1.680, 3.460, 3.972 max_d=3.972 avg_d=1.680 std_dev=1.780
O2' A 0, -0.159, 1.648, 3.455, 3.807 max_d=3.807 avg_d=1.648 std_dev=1.807
O4 B 0, -0.991, 1.192, 3.374, 8.364 max_d=8.364 avg_d=1.192 std_dev=2.182
C5' A 0, -0.337, 2.587, 5.511, 6.135 max_d=6.135 avg_d=2.587 std_dev=2.924
O5' A 0, -0.383, 3.316, 7.015, 7.702 max_d=7.702 avg_d=3.316 std_dev=3.699
P A 0, -0.566, 4.570, 9.706, 10.698 max_d=10.698 avg_d=4.570 std_dev=5.136
OP2 A 0, -0.640, 4.683, 10.006, 11.113 max_d=11.113 avg_d=4.683 std_dev=5.323
OP1 A 0, -0.597, 5.373, 11.344, 12.500 max_d=12.500 avg_d=5.373 std_dev=5.971

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.41 0.01 0.26 0.01 0.24 0.09 0.15
C2 0.03 0.00 0.16 0.29 0.01 0.75 0.01 1.62 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.21 0.52 1.12 0.01 1.57 2.01 1.70
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.33 0.07 0.12 0.11 0.21 0.18 0.10 0.04 0.00 0.03 0.01 0.19 0.08 0.20 0.67 0.36
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.11 0.01 0.33 0.02 0.26 0.59 0.14 0.49 0.31 0.58 0.26 0.02 0.01 0.01 0.05 0.37 0.11 0.25 0.07
C4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.30 0.00 0.76 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.14 0.27 0.11 0.01 0.23 0.49 0.32
C4' 0.01 0.75 0.01 0.01 0.30 0.00 0.07 0.00 0.22 0.48 0.52 0.99 0.72 0.35 0.07 0.31 0.04 0.00 0.01 0.13 0.18 0.21 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.33 0.00 0.07 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.14 0.12 0.53 0.01 0.45 0.32 0.36
C5' 0.17 1.62 0.33 0.02 0.76 0.00 0.38 0.00 0.69 0.57 1.24 2.05 1.51 0.34 0.14 0.03 0.25 0.03 0.01 0.51 0.33 0.34 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.26 0.00 0.22 0.01 0.69 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.19 0.23 0.24 0.00 0.20 0.28 0.21
C8 0.01 0.02 0.12 0.59 0.01 0.48 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.31 0.09 0.28 1.51 0.02 1.54 1.48 1.51
N1 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.52 0.01 1.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.16 0.40 0.59 0.01 0.97 1.28 1.07
N2 0.03 0.00 0.21 0.49 0.01 0.99 0.01 2.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.28 0.63 1.77 0.02 2.46 3.00 2.57
N3 0.03 0.00 0.18 0.31 0.00 0.72 0.00 1.51 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.26 0.51 0.99 0.01 1.28 1.70 1.42
N7 0.00 0.01 0.10 0.58 0.01 0.35 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.19 0.14 1.36 0.02 1.43 1.45 1.38
N9 0.00 0.02 0.04 0.26 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.18 0.13 0.01 0.59 0.01 0.53 0.31 0.45
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.16 0.31 0.26 0.03 0.25 0.31 0.16 0.11 0.07 0.33 0.18 0.00 0.05 0.22 0.13 0.29 0.17 0.77 0.32
O3' 0.41 0.21 0.03 0.01 0.14 0.04 0.14 0.25 0.19 0.09 0.16 0.28 0.26 0.19 0.13 0.05 0.00 0.34 0.16 0.26 0.47 0.07 0.22
O4' 0.01 0.52 0.01 0.01 0.27 0.00 0.12 0.03 0.23 0.28 0.40 0.63 0.51 0.14 0.01 0.22 0.34 0.00 0.38 0.16 0.42 0.15 0.33
O5' 0.26 1.12 0.19 0.05 0.11 0.01 0.53 0.01 0.24 1.51 0.59 1.77 0.99 1.36 0.59 0.13 0.16 0.38 0.00 0.48 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.37 0.01 0.13 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.29 0.26 0.16 0.48 0.00 0.41 0.34 0.31
OP1 0.24 1.57 0.20 0.11 0.23 0.18 0.45 0.33 0.20 1.54 0.97 2.46 1.28 1.43 0.53 0.17 0.47 0.42 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 2.01 0.67 0.25 0.49 0.21 0.32 0.34 0.28 1.48 1.28 3.00 1.70 1.45 0.31 0.77 0.07 0.15 0.02 0.34 0.01 0.00 0.01
P 0.15 1.70 0.36 0.07 0.32 0.01 0.36 0.02 0.21 1.51 1.07 2.57 1.42 1.38 0.45 0.32 0.22 0.33 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.39 0.23 0.28 0.10 0.24 0.20 0.25 0.09 0.20 0.24 0.70 0.31 0.47 0.17 0.31 0.63 1.16 0.76 1.01
C2 0.39 0.54 0.23 0.23 0.12 0.23 0.08 0.26 0.04 0.30 0.40 0.91 0.32 0.37 0.11 0.33 0.62 1.14 0.69 0.97
C2' 0.43 0.35 0.28 0.21 0.23 0.38 0.28 0.10 0.12 0.23 0.15 0.66 0.27 0.33 0.36 0.44 0.42 1.02 0.58 0.82
C3' 0.66 0.49 0.51 0.44 0.10 0.62 0.17 0.36 0.17 0.40 0.23 0.82 0.50 0.50 0.26 0.70 0.43 1.02 0.59 0.77
C4 0.40 0.62 0.24 0.24 0.20 0.21 0.07 0.30 0.07 0.34 0.51 0.97 0.32 0.39 0.18 0.33 0.69 1.25 0.81 1.08
C4' 1.18 0.97 0.92 0.84 0.61 1.10 0.70 0.97 0.83 0.97 0.74 1.21 0.90 0.75 0.50 1.27 0.92 1.29 0.93 1.06
C5 0.46 0.83 0.23 0.21 0.43 0.18 0.14 0.39 0.15 0.46 0.78 1.20 0.31 0.32 0.45 0.34 0.78 1.38 0.93 1.20
C5' 2.30 1.91 2.06 2.02 1.44 2.31 1.61 2.19 1.85 2.01 1.59 2.11 2.09 1.94 1.21 2.44 2.01 2.21 1.87 1.98
C6 0.48 0.96 0.21 0.19 0.58 0.17 0.22 0.45 0.21 0.53 0.95 1.34 0.29 0.25 0.62 0.33 0.82 1.44 0.97 1.25
C8 0.42 0.72 0.23 0.23 0.33 0.19 0.10 0.37 0.11 0.40 0.66 1.07 0.31 0.38 0.33 0.33 0.76 1.37 0.93 1.19
N1 0.46 0.84 0.21 0.18 0.41 0.18 0.12 0.37 0.14 0.46 0.76 1.23 0.29 0.27 0.41 0.33 0.74 1.31 0.83 1.13
N2 0.33 0.33 0.24 0.26 0.12 0.28 0.18 0.21 0.08 0.17 0.17 0.64 0.33 0.40 0.18 0.32 0.52 0.98 0.55 0.82
N3 0.37 0.46 0.24 0.26 0.07 0.25 0.14 0.24 0.05 0.25 0.30 0.79 0.33 0.43 0.11 0.33 0.60 1.12 0.69 0.96
N7 0.46 0.87 0.22 0.21 0.50 0.17 0.18 0.43 0.18 0.48 0.85 1.22 0.31 0.32 0.53 0.34 0.81 1.44 1.00 1.26
N9 0.38 0.57 0.23 0.25 0.16 0.21 0.10 0.30 0.06 0.30 0.45 0.91 0.32 0.42 0.14 0.32 0.69 1.26 0.83 1.09
O2' 0.28 0.15 0.23 0.29 0.46 0.43 0.45 0.38 0.27 0.12 0.26 0.37 0.36 0.46 0.62 0.35 0.54 1.03 0.59 0.87
O3' 0.51 0.35 0.36 0.30 0.27 0.51 0.29 0.20 0.08 0.26 0.14 0.67 0.35 0.41 0.45 0.56 0.32 0.95 0.52 0.74
O4' 0.84 0.82 0.48 0.35 0.51 0.63 0.52 0.54 0.59 0.72 0.67 1.07 0.41 0.22 0.44 0.89 0.69 1.16 0.78 0.97
O5' 2.06 1.48 1.92 1.96 0.84 2.25 1.06 2.11 1.41 1.62 1.08 1.75 2.08 2.04 0.54 2.25 1.83 2.14 1.61 1.81
O6 0.50 1.12 0.19 0.20 0.82 0.20 0.37 0.57 0.30 0.62 1.21 1.46 0.27 0.21 0.91 0.32 0.92 1.56 1.11 1.37
OP1 3.16 2.19 3.11 3.31 1.48 3.65 1.87 3.57 2.36 2.55 1.66 2.39 3.36 3.52 1.06 3.49 3.14 3.48 2.78 3.06
OP2 3.35 2.47 3.36 3.46 1.69 3.70 2.01 3.54 2.49 2.75 1.94 2.73 3.66 3.67 1.29 3.55 3.15 3.43 2.77 3.03
P 3.08 2.24 2.97 3.08 1.52 3.42 1.86 3.30 2.30 2.52 1.73 2.46 3.21 3.22 1.14 3.34 2.92 3.20 2.57 2.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.19 0.04 0.01 0.09 0.56 0.08 0.22
C2 0.03 0.00 0.06 0.13 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.02 0.05 0.19 0.78 0.23 0.23
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.15 0.10 0.05 0.08 0.09 0.00 0.02 0.13 0.02 0.30 0.61 0.19 0.41
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.28 0.01 0.31 0.02 0.27 0.16 0.20 0.07 0.03 0.01 0.34 0.02 0.06 0.26 0.09 0.09
C4 0.02 0.02 0.10 0.28 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.23 0.23 0.01 0.03 0.36 0.88 0.47 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.15 0.08 0.09 0.06 0.17 0.02 0.17 0.00 0.01 0.16 0.09 0.04
C5 0.02 0.02 0.11 0.31 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.03 0.22 0.28 0.02 0.03 0.40 0.89 0.46 0.24
C5' 0.06 0.12 0.15 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.19 0.12 0.16 0.11 0.04 0.14 0.23 0.01 0.01 0.08 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.15 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.22 0.02 0.03 0.32 0.83 0.29 0.20
N1 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.08 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.12 0.03 0.02 0.19 0.74 0.18 0.21
N3 0.03 0.01 0.08 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.17 0.01 0.04 0.27 0.84 0.36 0.23
O2 0.05 0.01 0.09 0.07 0.02 0.06 0.03 0.11 0.03 0.03 0.01 0.00 0.18 0.29 0.02 0.08 0.15 0.74 0.17 0.26
O2' 0.03 0.17 0.00 0.03 0.23 0.17 0.22 0.04 0.17 0.12 0.21 0.18 0.00 0.08 0.24 0.12 0.27 0.58 0.22 0.41
O3' 0.19 0.17 0.02 0.01 0.23 0.02 0.28 0.14 0.22 0.12 0.17 0.29 0.08 0.00 0.30 0.14 0.10 0.45 0.26 0.21
O4 0.04 0.02 0.13 0.34 0.01 0.17 0.02 0.23 0.02 0.03 0.01 0.02 0.24 0.30 0.00 0.03 0.40 0.89 0.57 0.28
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.12 0.14 0.03 0.00 0.09 0.37 0.12 0.13
O5' 0.09 0.19 0.30 0.06 0.36 0.01 0.40 0.01 0.32 0.19 0.27 0.15 0.27 0.10 0.40 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.56 0.78 0.61 0.26 0.88 0.16 0.89 0.08 0.83 0.74 0.84 0.74 0.58 0.45 0.89 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.23 0.19 0.09 0.47 0.09 0.46 0.21 0.29 0.18 0.36 0.17 0.22 0.26 0.57 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.23 0.41 0.09 0.25 0.04 0.24 0.02 0.20 0.21 0.23 0.26 0.41 0.21 0.28 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00