ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51576

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.019, 0.033, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.022, 0.040, 0.057, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.040 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.026, 0.047, 0.068, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.047 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.028, 0.050, 0.073, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.050 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.023, 0.050, 0.078, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.050 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.033, 0.062, 0.091, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.062 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.042, 0.077, 0.112, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.077 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.051, 0.093, 0.134, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.093 std_dev=0.042
N2 A 0, 0.034, 0.084, 0.135, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.051
O6 A 0, 0.062, 0.115, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.115 std_dev=0.053
C8 A 0, 0.066, 0.121, 0.175, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.121 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.068, 0.123, 0.178, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.123 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.052, 0.133, 0.213, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.133 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.099, 0.197, 0.294, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.197 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.076, 0.197, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.197 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.091, 0.231, 0.371, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.231 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.132, 0.280, 0.429, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.280 std_dev=0.148
O3' A 0, 0.178, 0.344, 0.511, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.344 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.132, 0.398, 0.664, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.398 std_dev=0.266
O2 B 0, 0.234, 0.504, 0.774, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.504 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.232, 0.536, 0.841, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.536 std_dev=0.305
O3' B 0, 0.215, 0.524, 0.833, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.524 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.222, 0.566, 0.910, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.566 std_dev=0.344
C1' B 0, 0.238, 0.588, 0.937, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.588 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.182, 0.541, 0.901, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.541 std_dev=0.360
N1 B 0, 0.221, 0.592, 0.963, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.592 std_dev=0.371
OP2 A 0, 0.267, 0.672, 1.076, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.672 std_dev=0.405
C6 B 0, 0.329, 0.734, 1.139, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.734 std_dev=0.405
O4' B 0, 0.320, 0.729, 1.138, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.729 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.214, 0.628, 1.043, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.628 std_dev=0.415
C4 B 0, 0.242, 0.660, 1.078, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.660 std_dev=0.418
C3' B 0, 0.238, 0.658, 1.077, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.658 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.352, 0.775, 1.199, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.775 std_dev=0.424
P A 0, 0.230, 0.665, 1.101, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.665 std_dev=0.436
C4' B 0, 0.281, 0.738, 1.195, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.738 std_dev=0.457
O4 B 0, 0.254, 0.718, 1.182, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.718 std_dev=0.464
OP1 B 0, 0.342, 0.829, 1.316, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.829 std_dev=0.487
C5' B 0, 0.414, 0.902, 1.389, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.902 std_dev=0.487
P B 0, 0.317, 0.840, 1.364, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.840 std_dev=0.523
O5' B 0, 0.516, 1.050, 1.585, 1.500 max_d=1.500 avg_d=1.050 std_dev=0.535
OP2 B 0, 0.537, 1.101, 1.664, 1.586 max_d=1.586 avg_d=1.101 std_dev=0.564
OP1 A 0, 0.416, 1.077, 1.739, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.077 std_dev=0.661

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.14 0.19 0.11
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.02 0.07 0.17 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.20 0.20 0.15
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.15 0.13 0.11
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.11 0.19 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.10 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05 0.02 0.10 0.19 0.09
C5' 0.04 0.07 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.13 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04 0.01 0.06 0.17 0.06
C8 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.13 0.04 0.19 0.24 0.16
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.01 0.05 0.16 0.06
N2 0.05 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.11 0.07 0.08 0.04 0.06 0.16 0.07
N3 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06 0.01 0.09 0.18 0.09
N7 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.11 0.04 0.15 0.22 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.14 0.20 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.10 0.06 0.06 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.08 0.23 0.22 0.17
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.11 0.07 0.05 0.04 0.05 0.00 0.06 0.08 0.05 0.12 0.12 0.09
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.07 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.08 0.14 0.07
O5' 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.13 0.05 0.08 0.06 0.11 0.06 0.06 0.08 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04 0.05 0.00 0.05 0.17 0.05
OP1 0.14 0.07 0.20 0.15 0.11 0.07 0.10 0.02 0.06 0.19 0.05 0.06 0.09 0.15 0.14 0.23 0.12 0.08 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.17 0.20 0.13 0.19 0.10 0.19 0.08 0.17 0.24 0.16 0.16 0.18 0.22 0.20 0.22 0.12 0.14 0.04 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.07 0.15 0.11 0.09 0.06 0.09 0.02 0.06 0.16 0.06 0.07 0.09 0.13 0.12 0.17 0.09 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.07 0.07 0.07 0.03 0.11 0.05 0.11 0.08 0.10 0.03 0.08 0.16 0.06 0.05 0.25 0.16 0.13 0.48 0.09
C2 0.16 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.13 0.08 0.09 0.14 0.08 0.09 0.20 0.19 0.18 0.49 0.10
C2' 0.14 0.06 0.07 0.07 0.04 0.11 0.04 0.12 0.07 0.09 0.04 0.09 0.16 0.06 0.07 0.25 0.16 0.13 0.47 0.09
C3' 0.13 0.05 0.06 0.06 0.03 0.11 0.05 0.13 0.08 0.09 0.03 0.06 0.16 0.06 0.06 0.26 0.12 0.13 0.46 0.07
C4 0.17 0.09 0.11 0.09 0.06 0.11 0.10 0.10 0.12 0.13 0.06 0.09 0.16 0.08 0.06 0.25 0.18 0.18 0.48 0.11
C4' 0.10 0.06 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.11 0.07 0.07 0.07 0.08 0.20 0.05 0.08 0.23 0.10 0.14 0.47 0.08
C5 0.17 0.10 0.11 0.10 0.08 0.12 0.11 0.10 0.14 0.13 0.06 0.09 0.15 0.09 0.07 0.25 0.18 0.19 0.48 0.11
C5' 0.10 0.09 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.18 0.05 0.09 0.22 0.13 0.16 0.50 0.12
C6 0.17 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.13 0.09 0.15 0.14 0.08 0.09 0.13 0.10 0.09 0.22 0.18 0.20 0.48 0.11
C8 0.17 0.09 0.10 0.10 0.05 0.14 0.09 0.12 0.12 0.13 0.05 0.09 0.16 0.09 0.05 0.28 0.17 0.19 0.48 0.11
N1 0.16 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.09 0.15 0.13 0.09 0.09 0.13 0.09 0.11 0.19 0.18 0.19 0.49 0.11
N2 0.14 0.11 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.14 0.14 0.12 0.16 0.20 0.20 0.50 0.11
N3 0.16 0.09 0.11 0.09 0.07 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.06 0.09 0.16 0.08 0.06 0.22 0.18 0.17 0.49 0.10
N7 0.18 0.10 0.11 0.11 0.07 0.14 0.11 0.11 0.14 0.14 0.06 0.09 0.15 0.10 0.06 0.27 0.18 0.20 0.47 0.12
N9 0.16 0.08 0.10 0.09 0.05 0.12 0.08 0.11 0.11 0.12 0.04 0.09 0.16 0.08 0.05 0.26 0.17 0.17 0.48 0.10
O2' 0.13 0.07 0.06 0.06 0.09 0.09 0.06 0.11 0.05 0.07 0.08 0.12 0.15 0.06 0.13 0.22 0.18 0.10 0.49 0.09
O3' 0.20 0.13 0.10 0.12 0.09 0.18 0.13 0.22 0.15 0.16 0.09 0.14 0.10 0.12 0.07 0.32 0.20 0.15 0.39 0.11
O4' 0.11 0.05 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.11 0.08 0.08 0.06 0.06 0.19 0.05 0.07 0.24 0.11 0.14 0.48 0.09
O5' 0.09 0.08 0.07 0.05 0.08 0.09 0.05 0.09 0.07 0.07 0.11 0.12 0.19 0.06 0.11 0.22 0.12 0.15 0.48 0.10
O6 0.16 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.10 0.15 0.14 0.09 0.09 0.12 0.10 0.10 0.20 0.18 0.19 0.47 0.11
OP1 0.12 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.17 0.06 0.09 0.23 0.13 0.16 0.47 0.10
OP2 0.24 0.18 0.19 0.20 0.14 0.22 0.17 0.21 0.20 0.21 0.14 0.19 0.18 0.20 0.12 0.34 0.22 0.24 0.49 0.20
P 0.13 0.10 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09 0.12 0.17 0.08 0.09 0.24 0.13 0.17 0.48 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.13 0.12 0.59 0.16
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.19 0.08 0.46 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.36 0.08 0.53 0.13
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.28 0.10 0.51 0.10
C4 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.07 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.35 0.10 0.27 0.12
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.03 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.13 0.50 0.12
C5 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.11 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.06 0.41 0.12 0.26 0.14
C5' 0.05 0.11 0.07 0.01 0.25 0.01 0.30 0.00 0.27 0.16 0.17 0.03 0.04 0.05 0.27 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.11 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06 0.01 0.05 0.39 0.09 0.38 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.24 0.07 0.49 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.26 0.08 0.36 0.09
O2 0.03 0.01 0.06 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.11 0.07 0.03 0.03 0.11 0.12 0.51 0.15
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.04 0.11 0.00 0.07 0.05 0.02 0.39 0.09 0.49 0.15
O3' 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.07 0.07 0.00 0.04 0.08 0.21 0.12 0.50 0.08
O4 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.27 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.37 0.13 0.22 0.15
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.08 0.05 0.00 0.16 0.21 0.67 0.28
O5' 0.13 0.19 0.36 0.28 0.35 0.01 0.41 0.01 0.39 0.24 0.26 0.11 0.39 0.21 0.37 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.08 0.08 0.10 0.10 0.13 0.12 0.14 0.09 0.07 0.08 0.12 0.09 0.12 0.13 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.46 0.53 0.51 0.27 0.50 0.26 0.27 0.38 0.49 0.36 0.51 0.49 0.50 0.22 0.67 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.11 0.13 0.10 0.12 0.12 0.14 0.01 0.10 0.10 0.09 0.15 0.15 0.08 0.15 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00